genome.fa.s21.2.7.7.80.10.50.1000.71.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Dt_chr13
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  55873576

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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          161   162   163   164   165   166   167   168   169   170   171   172   173   174   175   176   
          177   178   179   180   181   182   

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
21487526--21487565	13	3.2	13	82	7	55	0	12	15	72	1.12
21487482--21487587	46	2.3	46	90	9	166	1	16	12	68	1.28
21487538--21487633	10	9.4	10	71	17	63	1	12	13	72	1.17
21487491--21487603	48	2.3	47	82	13	149	1	15	11	70	1.24
21488174--21488238	32	2.1	32	97	2	123	47	12	9	30	1.72
21490406--21490477	22	3.3	22	80	11	85	52	0	2	44	1.15
21491061--21491089	2	14.5	2	100	0	58	51	0	0	48	1.00
21492130--21492180	17	3.2	16	78	8	50	47	1	0	50	1.12
21492211--21492254	7	6.4	7	81	5	54	50	0	2	47	1.13
21492218--21492269	20	2.6	20	96	0	95	48	0	0	51	1.00
21492224--21492312	31	2.8	30	80	14	90	51	0	0	48	1.00
21496874--21497545	50	13.5	49	67	9	270	30	21	22	25	1.98
21496861--21497558	99	7.0	99	84	2	783	31	21	21	25	1.98
21496856--21497499	198	3.2	197	88	1	912	31	21	22	25	1.98
21497568--21497978	90	4.6	90	89	0	606	28	14	24	32	1.95
21497568--21497976	45	9.1	45	81	8	465	28	14	24	32	1.95
21499659--21499703	19	2.4	19	85	3	56	26	6	2	64	1.30
21499963--21499990	13	2.2	13	100	0	56	46	0	7	46	1.30
21500984--21501085	51	2.0	52	88	1	152	29	20	21	28	1.98
21501386--21501435	21	2.4	21	79	0	64	2	46	18	34	1.60
21506951--21507184	9	25.8	9	76	6	204	31	2	16	49	1.61
21507417--21507468	27	2.0	26	85	11	70	42	9	5	42	1.61
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
21510858--21511014	76	2.1	75	92	1	260	22	21	16	38	1.92
21510934--21511832	114	7.9	114	94	0	1519	26	25	15	32	1.95
21513723--21513804	32	2.6	32	76	23	93	30	25	14	29	1.95
21513745--21513803	28	2.0	29	90	9	93	30	25	13	30	1.94
21519393--21519484	46	2.0	46	97	0	175	40	14	4	41	1.65
21523927--21523969	2	21.5	2	100	0	86	0	51	0	48	1.00
21531214--21531243	7	4.3	7	100	0	60	13	13	30	43	1.82
21531387--21531443	28	2.0	28	100	0	114	31	3	14	50	1.59
21546303--21546792	172	2.8	172	78	9	464	47	8	11	31	1.71
21547048--21547095	24	2.0	24	100	0	96	25	12	16	45	1.82
21550138--21550177	21	1.9	21	94	0	71	40	22	10	27	1.86
21552324--21552355	7	4.6	7	96	0	55	31	15	0	53	1.43
21560795--21560823	2	14.5	2	100	0	58	0	48	0	51	1.00
21561089--21561135	21	2.2	21	84	0	67	23	38	29	8	1.84
21567753--21567788	17	2.0	19	89	10	58	66	0	0	33	0.92
21567762--21567796	17	2.0	17	88	5	52	71	0	2	25	1.00
21571113--21571159	19	2.4	19	85	3	58	34	6	0	59	1.23
21571311--21571418	31	3.6	32	68	20	88	25	9	12	51	1.70
21571645--21571685	18	2.2	18	86	4	55	34	2	2	60	1.23
21573276--21573325	20	2.5	20	86	0	73	18	6	34	42	1.74
21573342--21573368	14	1.9	14	100	0	54	22	7	29	40	1.81
21576902--21577118	46	4.6	47	81	12	234	27	17	30	25	1.97
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
21576948--21577118	94	1.8	94	97	0	324	26	16	31	25	1.96
21579015--21579156	40	3.6	39	87	3	196	26	27	22	23	2.00
21578992--21579198	40	5.2	41	78	11	184	26	27	22	23	1.99
21581359--21581405	13	3.6	13	94	0	85	23	27	34	14	1.94
21591141--21591452	46	6.7	46	72	13	176	28	18	29	23	1.98
21591323--21591450	47	2.7	47	81	8	129	28	19	29	22	1.98
21591181--21591444	140	1.9	140	82	6	338	28	18	29	23	1.97
21602446--21602490	18	2.3	19	81	14	56	46	4	0	48	1.22
21604264--21604297	16	2.1	16	100	0	68	26	26	23	23	2.00
21605242--21605286	7	6.4	7	81	0	54	20	46	0	33	1.51
21611505--21611625	59	2.1	58	95	3	224	20	22	16	39	1.91
21614700--21614753	28	2.0	28	88	3	83	50	3	3	42	1.38
21619601--21619801	108	1.8	110	85	4	282	23	24	17	33	1.96
21619575--21619809	55	4.4	53	76	9	203	22	23	18	35	1.96
21621839--21621883	23	2.0	23	100	0	90	13	22	26	37	1.91
21621822--21621889	23	3.0	23	82	8	84	14	22	25	38	1.92
21626770--21626986	46	4.6	47	81	12	234	28	17	30	24	1.97
21626816--21626986	94	1.8	94	96	0	315	27	16	31	24	1.96
21628880--21629063	40	4.6	40	85	4	230	25	27	22	23	2.00
21628873--21629067	79	2.5	80	84	2	250	25	27	22	25	2.00
21631224--21631270	13	3.6	13	88	0	76	25	27	31	14	1.95
21638886--21639091	103	2.0	103	99	0	403	32	19	15	33	1.92
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
21641109--21641420	46	6.7	46	72	13	167	28	18	29	23	1.98
21641291--21641418	47	2.7	47	81	8	129	28	19	29	22	1.98
21641149--21641412	140	1.9	140	82	6	329	29	18	29	23	1.97
21646834--21646927	28	3.4	28	83	0	125	26	15	31	25	1.96
21651634--21651736	54	1.9	54	89	0	161	32	21	33	13	1.92
21653076--21653224	42	3.5	41	73	14	108	24	17	26	32	1.97
21653121--21653232	42	2.6	42	79	9	122	25	17	25	32	1.97
21656105--21656183	37	2.1	37	90	0	122	25	31	18	24	1.98
21656367--21656399	16	2.1	16	100	0	66	18	39	24	18	1.92
21656318--21656447	65	2.0	65	98	0	251	27	33	12	26	1.92
21656383--21656474	49	1.9	47	93	4	157	29	30	8	31	1.87
21656745--21656802	24	2.5	23	81	16	66	32	5	0	62	1.18
21665456--21665495	21	1.9	21	94	0	71	45	12	27	15	1.82
21667336--21667362	13	2.1	13	100	0	54	44	14	0	40	1.46
21668324--21668537	45	4.8	45	83	3	252	25	28	17	29	1.97
21668324--21668537	90	2.4	90	86	3	288	25	28	17	29	1.97
21670181--21670226	4	11.5	4	100	0	92	76	0	0	23	0.79
21678875--21678901	14	1.9	14	100	0	54	88	0	11	0	0.50
21682109--21682454	174	2.0	173	81	3	401	38	12	20	28	1.89
21683012--21683089	15	5.2	15	67	11	61	44	7	21	25	1.79
21683008--21683089	30	2.7	30	94	0	137	46	7	21	24	1.77
21687257--21687287	11	2.8	11	95	0	53	19	48	3	29	1.64
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
21697851--21697880	7	4.4	7	95	4	53	26	0	13	60	1.34
21697851--21697887	14	2.7	13	88	12	56	27	0	13	59	1.35
21698507--21698542	18	2.0	18	88	0	54	27	27	5	38	1.79
21698974--21699051	34	2.3	34	80	10	79	46	6	5	42	1.51
21702226--21702625	126	3.2	126	90	1	599	27	20	18	33	1.96
21702637--21702993	97	3.7	100	76	10	278	40	16	2	41	1.62
21702683--21702973	95	3.1	95	81	4	313	40	16	2	40	1.63
21703691--21703767	37	2.1	36	83	7	93	50	1	9	38	1.42
21706238--21706675	217	2.0	217	98	0	842	39	20	10	30	1.86
21716376--21716437	30	2.0	31	93	3	108	40	6	27	25	1.80
21719079--21719225	78	1.9	77	85	1	204	29	16	23	30	1.96
21721496--21721521	5	5.2	5	100	0	52	61	0	0	38	0.96
21726907--21727015	24	4.6	23	69	21	73	39	11	0	48	1.45
21731872--21731995	61	2.0	61	98	0	239	47	12	25	14	1.80
21731995--21732036	7	6.0	7	81	18	52	69	0	16	14	1.20
21731995--21732038	15	3.1	15	87	12	58	68	0	18	13	1.22
21733215--21733399	88	2.1	88	85	2	255	28	23	24	23	2.00
21733589--21734297	100	7.1	100	94	1	1070	28	22	25	23	1.99
21734391--21734503	45	2.5	44	77	4	111	26	16	27	29	1.97
21734431--21734589	44	3.7	43	73	8	135	27	20	24	28	1.99
21735959--21736017	3	20.0	3	78	16	61	32	0	1	66	1.02
21735959--21736017	28	2.2	28	85	8	79	32	0	1	66	1.02
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
21736175--21736283	24	4.6	23	69	21	73	39	11	0	48	1.45
21738058--21738125	8	8.4	8	71	26	54	58	2	2	35	1.28
21742210--21742249	18	2.2	18	95	0	71	22	30	7	40	1.81
21742668--21742755	45	2.0	45	90	0	140	34	0	13	52	1.41
21742723--21742779	25	2.3	25	93	3	98	42	0	14	43	1.44
21742678--21742807	69	1.9	70	93	1	226	36	0	13	50	1.43
21743939--21743995	27	2.1	27	100	0	114	17	17	22	42	1.89
21746008--21746260	125	2.0	125	92	0	425	31	24	16	28	1.96
21748904--21748938	15	2.3	15	90	0	52	45	0	22	31	1.53
21750239--21750424	30	6.2	30	94	0	309	12	36	25	25	1.91

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