genome.fa.s21.2.7.7.80.10.50.1000.59.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Dt_chr13
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  55873576

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   21   22   23   24   25   26   27   28   29   30   31   32   
          33   34   35   36   37   38   39   40   41   42   43   44   45   46   47   48   
          49   50   51   52   53   54   55   56   57   58   59   60   61   62   63   64   
          65   66   67   68   69   70   71   72   73   74   75   76   77   78   79   80   
          81   82   83   84   85   86   87   88   89   90   91   92   93   94   95   96   
          97   98   99   100   101   102   103   104   105   106   107   108   109   110   111   112   
          113   114   115   116   117   118   119   120   121   122   123   124   125   126   127   128   
          129   130   131   132   133   134   135   136   137   138   139   140   141   142   143   144   
          145   146   147   148   149   150   151   152   153   154   155   156   157   158   159   160   
          161   162   163   164   165   166   167   168   169   170   171   172   173   174   175   176   
          177   178   179   180   181   182   

This is table  59  of  182  ( 21791 repeats found )

Click on indices to view alignment

Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
18105085--18105177	27	3.7	27	75	17	94	37	4	5	52	1.44
18105061--18105152	13	6.9	13	81	4	103	36	4	5	53	1.44
18105640--18105729	44	2.0	44	95	0	162	43	6	15	34	1.73
18105677--18105721	18	2.4	20	85	10	60	44	4	15	35	1.67
18105653--18105728	24	3.3	23	68	26	63	47	6	14	31	1.70
18106627--18106710	18	4.6	18	71	11	64	28	4	9	57	1.51
18106626--18106704	38	2.1	38	85	2	106	27	5	8	58	1.50
18106639--18106704	19	3.5	19	79	2	71	30	3	10	56	1.49
18111408--18111474	35	1.9	35	87	0	98	31	22	23	22	1.98
18113072--18113125	25	2.2	25	96	0	99	27	22	24	25	2.00
18113080--18113171	25	3.7	25	80	8	91	29	25	22	22	1.99
18120709--18120766	19	3.0	18	75	12	53	39	5	1	53	1.33
18122224--18122260	20	1.9	19	89	10	58	35	13	13	37	1.84
18123733--18123787	27	2.0	27	86	6	76	43	9	14	32	1.77
18130523--18130614	37	2.5	37	82	1	123	41	30	13	15	1.85
18134035--18134220	73	2.5	74	85	1	268	18	11	27	42	1.85
18134036--18134220	37	5.1	37	86	2	266	17	11	27	42	1.85
18138758--18138819	25	2.5	25	71	23	58	29	19	24	27	1.98
18138773--18138845	25	2.9	25	68	13	60	34	20	21	23	1.97
18145348--18145373	12	2.2	12	100	0	52	15	0	26	57	1.38
18145326--18145395	34	2.0	35	91	2	115	14	1	31	52	1.50
18145302--18145418	57	2.0	58	86	4	166	13	2	34	49	1.56
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
18145360--18145452	23	4.1	23	83	4	118	10	3	40	45	1.55
18145290--18145441	80	1.9	81	82	4	191	13	3	35	46	1.62
18154532--18154571	16	2.5	17	80	12	57	40	5	5	50	1.46
18158027--18158073	21	2.2	22	84	3	60	25	19	34	21	1.96
18163664--18163724	28	2.2	28	88	5	88	34	9	22	32	1.87
18166275--18166301	5	5.4	5	100	0	54	81	0	0	18	0.69
18171015--18171042	13	2.2	13	100	0	56	64	0	14	21	1.29
18171551--18171595	21	2.2	20	84	4	54	42	0	13	44	1.43
18172025--18172092	26	2.7	25	77	4	73	16	27	22	33	1.95
18172174--18172253	25	3.2	25	70	7	72	20	25	21	33	1.97
18179211--18179251	21	2.0	21	90	0	64	36	0	17	46	1.48
18179820--18179906	25	3.5	25	72	7	70	26	21	11	40	1.87
18184157--18184225	30	2.3	29	83	14	79	31	4	10	53	1.54
18185177--18185242	30	2.2	29	79	12	71	33	15	6	45	1.70
18191160--18191202	19	2.3	19	91	0	68	69	16	6	6	1.32
18191941--18191967	12	2.2	12	100	0	54	44	0	7	48	1.31
18192864--18192938	24	3.2	24	78	15	77	60	1	0	38	1.06
18201670--18201776	53	2.0	53	100	0	214	40	16	18	24	1.91
18203386--18203433	18	2.7	18	90	0	69	33	12	12	41	1.80
18203862--18204171	72	4.3	72	90	1	455	23	5	15	54	1.63
18206997--18207179	91	2.0	91	98	0	357	28	21	18	31	1.97
18220384--18220491	51	2.1	52	91	1	173	43	6	19	30	1.76
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
18239134--18239198	15	4.2	15	75	7	58	49	0	20	30	1.49
18242037--18242065	5	5.8	5	100	0	58	20	0	20	58	1.39
18257287--18257322	17	2.2	17	95	5	65	36	0	5	58	1.22
18257286--18257334	18	2.8	18	77	20	59	36	0	4	59	1.17
18273637--18273703	31	2.2	31	86	5	91	19	19	5	55	1.63
18278357--18278381	13	1.9	13	100	0	50	32	4	24	40	1.73
18282995--18283047	27	2.0	27	85	7	72	30	16	5	47	1.70
18283060--18283085	13	2.0	13	100	0	52	53	7	0	38	1.30
18285691--18286182	50	9.7	50	77	6	425	26	22	21	29	1.99
18285665--18285882	107	2.0	107	88	1	321	27	21	22	27	1.99
18285818--18286195	100	3.8	100	94	0	630	26	22	19	30	1.98
18298957--18298990	14	2.5	14	95	4	61	50	35	0	14	1.44
18299528--18299581	25	2.1	26	86	6	74	48	1	11	38	1.50
18301874--18301902	12	2.4	12	100	0	58	34	31	20	13	1.92
18302343--18302406	25	2.6	25	89	0	101	35	18	28	17	1.93
18302390--18302472	27	3.2	26	79	12	91	34	21	27	15	1.94
18302579--18302641	25	2.6	25	76	2	65	34	19	26	19	1.95
18322901--18322951	22	2.3	23	80	10	61	56	5	3	33	1.42
18323515--18323614	53	1.9	51	85	4	137	23	34	3	40	1.70
18345333--18345358	10	2.6	10	100	0	52	34	7	0	57	1.27
18350970--18351046	26	3.1	26	69	14	81	33	20	23	22	1.97
18352810--18352897	45	2.0	45	93	0	149	30	31	9	28	1.88
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
18354919--18355236	68	4.7	67	75	5	205	34	13	23	28	1.93
18358122--18358223	9	11.4	9	88	2	134	42	25	8	23	1.83
18364215--18364245	3	10.7	3	93	6	55	29	0	0	70	0.87
18369447--18369530	42	2.0	42	97	0	159	30	14	32	22	1.94
18371188--18371488	46	6.8	44	71	11	197	30	19	21	27	1.98
18371062--18371520	44	10.5	44	69	12	221	29	18	22	28	1.97
18371243--18371358	43	2.7	44	82	6	139	31	21	21	25	1.98
18371243--18371403	87	1.9	87	80	7	193	33	19	19	26	1.96
18371062--18371622	218	2.6	219	86	2	777	31	17	22	29	1.97
18371642--18371960	129	2.5	129	88	1	460	33	20	17	27	1.96
18371649--18371960	44	7.2	44	70	11	196	33	20	17	27	1.96
18372800--18372826	6	4.5	6	100	0	54	14	0	0	85	0.61
18373456--18373509	24	2.2	24	78	12	58	42	5	3	48	1.44
18373691--18373752	28	2.2	27	86	11	81	40	9	1	48	1.46
18380489--18380525	16	2.2	17	90	4	58	70	0	0	29	0.88
18382141--18382176	7	5.1	7	100	0	72	13	44	0	41	1.44
18383012--18383119	54	2.0	54	98	0	207	38	6	25	28	1.81
18392582--18392711	65	2.0	65	98	0	251	22	18	13	45	1.85
18396621--18396659	20	1.9	21	89	5	62	41	0	25	33	1.56
18414991--18415032	17	2.5	17	84	3	50	33	4	0	61	1.17
18418634--18418691	23	2.5	23	91	0	89	50	25	10	13	1.74
18418657--18418726	35	2.0	35	91	0	113	47	24	14	14	1.81
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
18418692--18418770	23	3.4	23	92	0	131	45	26	13	13	1.82
18418634--18418749	58	2.0	58	87	0	169	48	25	12	12	1.78
18419472--18419569	28	3.5	28	73	6	90	21	18	16	43	1.87
18429512--18429792	43	6.6	42	81	4	285	35	14	18	30	1.91
18429512--18429786	128	2.1	127	82	4	336	35	14	18	31	1.91
18433428--18433471	20	2.3	19	81	11	54	34	2	11	52	1.50
18442405--18442448	19	2.3	19	92	7	72	27	0	2	70	0.99
18443055--18443088	17	2.0	17	94	0	59	38	11	2	47	1.55
18445607--18445644	15	2.6	15	83	4	51	44	15	7	31	1.75
18445611--18445676	34	1.9	35	87	6	100	45	15	6	33	1.70
18458325--18458492	40	4.2	40	82	8	148	27	27	20	24	1.99
18458360--18458545	80	2.3	80	83	9	229	27	27	20	23	1.99
18458362--18458545	40	4.6	40	83	7	205	27	27	21	23	1.99
18463508--18463563	29	1.9	29	85	0	76	37	12	7	42	1.70
18467539--18467591	26	2.0	26	96	0	97	37	5	9	47	1.60
18471085--18471131	21	2.3	20	82	7	58	38	0	14	46	1.45
18471093--18471133	21	2.0	21	95	0	73	36	0	12	51	1.40
18481306--18481343	18	2.1	18	100	0	76	57	5	10	26	1.53
18482663--18482728	33	2.0	33	100	0	132	45	12	15	27	1.81
18483034--18483063	7	4.3	7	100	0	60	43	16	13	26	1.85
18484683--18484820	70	2.0	69	92	1	231	40	15	7	36	1.75
18487456--18487515	27	2.2	27	90	0	93	18	33	23	25	1.97
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
18487539--18487572	15	2.3	15	90	10	52	61	5	0	32	1.20
18487548--18487840	105	2.9	102	86	6	407	53	15	0	30	1.44
18500504--18500542	17	2.2	17	86	4	51	30	2	5	61	1.31
18504684--18504810	43	2.8	45	79	5	150	40	15	18	24	1.90
18504825--18504941	45	2.6	45	87	0	171	40	18	20	20	1.92
18506425--18506466	20	2.1	20	86	8	59	19	4	19	57	1.58
18506929--18507163	29	8.0	29	80	9	219	50	12	13	23	1.75
18506931--18507163	59	4.0	59	78	6	233	50	12	13	23	1.76
18506929--18507163	88	2.7	86	81	7	276	50	12	13	23	1.75
18516386--18516639	138	1.8	137	86	2	366	34	25	20	19	1.96

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   21   22   23   24   25   26   27   28   29   30   31   32   
          33   34   35   36   37   38   39   40   41   42   43   44   45   46   47   48   
          49   50   51   52   53   54   55   56   57   58   59   60   61   62   63   64   
          65   66   67   68   69   70   71   72   73   74   75   76   77   78   79   80   
          81   82   83   84   85   86   87   88   89   90   91   92   93   94   95   96   
          97   98   99   100   101   102   103   104   105   106   107   108   109   110   111   112   
          113   114   115   116   117   118   119   120   121   122   123   124   125   126   127   128   
          129   130   131   132   133   134   135   136   137   138   139   140   141   142   143   144   
          145   146   147   148   149   150   151   152   153   154   155   156   157   158   159   160   
          161   162   163   164   165   166   167   168   169   170   171   172   173   174   175   176   
          177   178   179   180   181   182