genome.fa.s21.2.7.7.80.10.50.1000.69.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Dt_chr13
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  55873576

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
21033227--21033283	25	2.4	22	80	13	60	19	42	1	36	1.62
21033259--21033297	16	2.6	15	84	11	53	23	35	5	35	1.77
21033519--21033586	33	2.1	33	94	0	118	32	2	29	35	1.73
21033827--21033864	17	2.2	17	95	0	67	10	36	13	39	1.79
21035334--21035386	24	2.2	24	96	0	97	43	3	3	49	1.38
21035493--21035538	22	2.1	22	88	8	67	45	10	4	39	1.59
21035549--21035594	22	2.1	22	91	0	74	47	10	2	39	1.51
21035571--21035779	34	6.7	34	68	18	150	48	10	2	38	1.53
21035605--21035650	22	2.1	22	91	0	74	47	10	2	39	1.51
21035671--21035899	9	26.7	9	65	18	60	44	13	3	38	1.60
21035478--21035684	56	3.7	56	99	0	405	47	11	2	39	1.52
21035571--21035779	96	2.3	90	89	5	310	48	10	2	38	1.53
21035779--21035857	34	2.3	34	80	0	86	43	13	1	41	1.53
21035901--21035956	25	2.2	25	83	0	67	44	14	5	35	1.68
21035937--21035970	16	2.1	16	94	0	59	52	14	0	32	1.42
21043109--21043279	66	2.6	65	85	4	209	40	18	26	14	1.89
21043251--21043362	21	5.3	21	80	0	107	38	16	40	5	1.71
21043261--21043362	42	2.4	42	83	3	125	39	15	40	4	1.69
21043667--21043872	43	4.7	42	83	10	229	20	19	29	30	1.97
21043666--21043872	89	2.4	89	81	11	250	21	19	29	29	1.97
21043860--21044008	43	3.5	43	77	5	158	36	26	18	18	1.94
21044055--21044097	22	2.0	22	95	0	77	41	27	20	9	1.83
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
21044209--21044288	30	2.6	30	78	13	81	63	5	6	25	1.38
21044437--21044494	28	2.1	28	83	6	73	60	13	6	18	1.55
21047448--21047617	35	4.8	36	82	3	166	25	13	17	44	1.85
21047763--21047845	31	2.7	31	84	0	112	18	21	37	22	1.94
21051039--21051112	37	2.0	37	100	0	148	29	16	29	24	1.96
21056267--21056360	47	2.0	47	89	0	143	29	14	22	32	1.94
21061244--21061481	35	6.9	35	82	6	290	19	22	17	40	1.91
21061241--21061481	103	2.3	103	91	0	376	19	22	17	40	1.91
21061241--21061481	67	3.5	68	79	10	276	19	22	17	40	1.91
21074512--21074656	35	4.2	35	85	5	197	42	17	22	17	1.90
21074521--21074655	67	2.0	66	92	1	225	40	17	23	18	1.91
21075477--21075521	21	2.1	22	84	12	58	66	8	11	13	1.44
21076499--21076544	10	4.9	9	81	7	56	17	4	0	78	0.91
21076498--21076544	19	2.5	19	76	13	60	17	6	0	76	0.98
21078532--21078700	71	2.4	71	83	2	214	31	15	21	30	1.95
21083133--21083176	15	2.9	15	80	6	52	50	6	0	43	1.29
21083146--21083262	62	1.9	62	86	5	168	52	3	2	41	1.32
21083238--21083363	20	6.9	18	70	16	75	48	2	2	46	1.28
21083309--21083345	5	7.2	5	96	3	65	43	0	0	56	0.99
21099025--21099066	16	2.6	16	92	0	66	50	2	2	45	1.27
21106007--21106040	17	1.9	18	94	5	61	41	0	11	47	1.40
21107248--21107314	26	2.6	25	77	13	73	47	0	7	44	1.31
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
21109449--21109518	28	2.5	28	81	2	88	40	11	0	48	1.39
21109565--21109622	27	2.2	26	93	3	98	24	29	27	18	1.98
21110113--21110173	19	3.3	19	77	9	63	49	0	8	42	1.32
21110353--21110413	18	3.3	17	75	13	50	45	0	11	42	1.40
21110107--21110584	240	2.0	240	98	0	929	46	9	7	36	1.66
21110577--21110614	20	1.9	20	88	0	58	39	7	7	44	1.63
21110876--21110933	27	2.2	26	93	3	98	18	27	29	24	1.98
21110974--21111039	26	2.5	26	87	0	96	50	0	10	39	1.37
21115154--21116703	775	2.0	776	97	0	2949	27	15	20	36	1.93
21117413--21117497	31	2.8	29	82	13	102	43	16	8	31	1.77
21123997--21124023	11	2.5	11	100	0	54	51	18	7	22	1.70
21132995--21133179	61	2.9	62	77	16	189	51	4	3	40	1.38
21133068--21133119	20	2.8	18	78	21	63	51	0	3	44	1.19
21151494--21151569	35	2.2	35	90	2	118	17	5	18	59	1.56
21152004--21152083	38	2.1	38	97	2	153	37	10	23	28	1.87
21157116--21157145	15	1.9	16	93	6	53	0	33	3	63	1.11
21159244--21159299	22	2.7	20	76	15	60	26	7	5	60	1.44
21159307--21159340	17	2.0	17	94	0	59	44	0	0	55	0.99
21163607--21163663	29	1.9	30	89	10	91	40	12	7	40	1.70
21164085--21164143	29	2.0	29	96	0	109	27	37	3	32	1.73
21167769--21167830	31	2.0	31	84	6	81	40	14	8	37	1.76
21171866--21171904	15	2.7	14	84	7	51	51	0	0	48	1.00
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
21177687--21177735	26	1.9	26	87	4	73	8	26	0	65	1.20
21177946--21177996	24	2.1	24	82	13	61	74	1	3	19	1.07
21179049--21179092	22	2.0	22	90	0	70	54	0	0	45	0.99
21179117--21179147	15	2.0	16	93	6	55	61	0	0	38	0.96
21179187--21179243	15	3.5	15	71	17	51	49	1	1	47	1.22
21179711--21179738	14	2.0	14	100	0	56	35	14	0	50	1.43
21180761--21180977	115	1.9	115	100	0	434	35	12	7	44	1.71
21182540--21182570	3	10.3	3	100	0	62	64	0	35	0	0.94
21185216--21185271	28	2.0	28	100	0	112	10	25	17	46	1.80
21185217--21185279	28	2.2	28	94	0	108	12	25	17	44	1.84
21187793--21187832	20	2.1	19	85	4	53	42	12	0	45	1.42
21188652--21188676	12	2.1	12	100	0	50	40	16	16	28	1.89
21191215--21191245	2	15.5	2	100	0	62	0	48	0	51	1.00
21208519--21208552	12	2.8	13	86	13	54	70	0	8	20	1.13
21208709--21208742	17	1.9	18	94	5	61	58	5	8	26	1.51
21209374--21209410	14	2.4	17	86	13	53	48	0	0	51	1.00
21209560--21209610	14	3.6	14	74	7	50	68	0	13	17	1.21
21209599--21209632	16	2.1	16	88	5	50	76	5	14	2	1.09
21210332--21210373	9	4.8	9	77	16	52	33	0	7	59	1.25
21210504--21210580	27	3.1	25	78	14	70	38	0	24	36	1.56
21210504--21210561	23	2.5	24	80	11	66	39	0	24	36	1.55
21210724--21210819	39	2.5	39	80	6	108	20	23	28	27	1.99
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
21215225--21215261	14	2.4	17	86	13	53	48	0	0	51	1.00
21215411--21215461	14	3.6	14	74	7	50	68	0	13	17	1.21
21215450--21215483	16	2.1	16	88	5	50	76	5	14	2	1.09
21216923--21216972	10	5.0	10	85	9	75	68	2	8	22	1.26
21217449--21218275	59	14.0	59	100	0	1654	33	11	20	33	1.89
21229809--21229922	58	2.0	56	98	1	210	28	21	15	34	1.94
21235490--21235566	39	2.0	39	94	0	136	46	9	12	31	1.73
21235976--21236023	9	5.2	9	78	12	53	58	2	0	39	1.10
21236028--21236078	25	2.1	24	88	3	75	64	0	1	33	1.05
21236019--21236081	29	2.2	29	77	11	67	68	0	1	30	0.99
21244130--21244162	15	2.1	17	88	11	52	48	3	3	45	1.33
21247933--21248050	60	1.9	61	87	3	175	36	12	14	36	1.84
21248483--21248523	16	2.6	16	81	14	50	17	0	19	63	1.31
21251155--21251212	11	5.5	10	86	13	73	31	0	3	65	1.09
21251161--21251213	8	6.6	8	85	10	65	33	0	1	64	1.05
21251160--21251211	14	3.7	14	87	10	79	32	0	1	65	1.04
21251160--21251213	3	19.0	3	85	11	78	33	0	1	64	1.04
21251843--21251892	25	2.0	25	84	0	64	32	10	10	48	1.70
21252064--21252109	17	2.6	17	86	10	58	30	0	10	58	1.32
21253347--21253377	10	3.0	10	90	9	53	32	29	9	29	1.89
21257875--21257977	36	2.9	35	77	4	98	59	0	38	0	1.11
21257926--21257977	5	11.0	5	80	12	65	61	0	38	0	0.96
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
21258816--21259058	18	13.6	17	67	17	93	30	16	11	42	1.82
21258860--21258901	20	2.1	20	86	8	59	38	11	9	40	1.75
21258837--21258940	54	1.9	54	84	0	136	31	14	10	43	1.79
21258881--21259008	35	3.7	34	78	11	116	32	16	8	42	1.78
21258816--21259181	17	19.9	18	66	19	93	32	13	10	43	1.79
21258816--21259058	34	6.8	35	73	14	146	30	16	11	42	1.82
21259067--21259125	19	3.4	16	78	17	57	38	6	8	45	1.61
21259069--21259108	19	2.2	18	90	4	62	45	2	7	45	1.45
21259111--21259163	19	2.7	19	77	11	63	35	15	13	35	1.86
21259082--21259202	55	2.2	55	81	10	138	36	9	11	42	1.75

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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