genome.fa.s21.2.7.7.80.10.50.1000.90.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Dt_chr13
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  55873576

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
27155220--27155317	49	2.0	49	97	0	187	31	21	16	30	1.95
27157760--27157932	22	7.5	22	80	13	195	24	14	17	43	1.86
27157760--27158168	47	8.7	47	92	1	498	26	12	17	43	1.84
27157761--27158168	22	17.4	23	70	17	139	25	12	17	43	1.84
27159131--27159338	91	2.3	91	90	0	317	45	3	3	47	1.37
27159253--27159313	28	2.2	28	85	5	81	45	0	3	50	1.17
27159171--27159313	44	3.2	43	69	20	121	46	2	3	48	1.31
27159365--27159553	59	3.2	57	68	19	152	41	3	4	50	1.37
27159392--27159590	66	3.2	64	68	19	186	41	3	6	49	1.44
27159354--27159651	120	2.5	120	94	1	517	42	2	5	50	1.37
27159427--27159614	61	3.1	61	69	17	192	42	1	6	48	1.39
27159479--27159530	15	3.6	15	80	12	56	44	0	1	53	1.11
27159608--27159649	15	2.7	16	82	14	52	45	0	2	52	1.13
27159599--27159640	15	2.9	15	82	10	52	47	0	0	52	1.00
27159863--27159916	16	3.4	16	84	0	72	25	33	3	37	1.74
27165301--27165366	13	5.1	13	79	0	78	37	24	6	31	1.80
27171065--27172798	867	2.0	867	99	0	3441	37	9	9	43	1.70
27175772--27175924	47	3.3	47	89	3	220	48	3	3	44	1.37
27175892--27176190	59	5.2	57	70	16	206	44	3	3	49	1.34
27176006--27176035	15	1.9	16	93	6	53	43	0	6	50	1.28
27176027--27176092	15	4.5	15	69	21	50	45	1	0	53	1.09
27175906--27176196	120	2.5	119	91	3	457	44	3	3	48	1.36
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
27176144--27176176	16	2.1	16	88	5	50	45	0	0	54	0.99
27175906--27176226	117	2.7	114	84	9	380	43	2	4	49	1.36
27176409--27176445	16	2.3	16	95	0	65	21	32	5	40	1.76
27176905--27176969	18	3.6	19	68	19	50	60	0	0	40	0.97
27177313--27177393	37	2.2	37	88	0	117	34	9	16	39	1.81
27183085--27183122	20	1.9	19	89	5	58	23	5	0	71	1.07
27183084--27183139	19	2.9	18	84	10	67	21	3	1	73	1.08
27183098--27183139	18	2.3	19	87	4	59	19	0	2	78	0.86
27183160--27183215	29	1.9	29	85	7	78	42	3	3	50	1.37
27189105--27189177	30	2.4	29	88	6	101	73	1	0	24	0.90
27189128--27189183	6	9.2	6	78	9	60	78	0	0	21	0.75
27189331--27189361	9	3.4	9	90	0	53	25	9	22	41	1.84
27193477--27193689	104	2.0	105	95	0	383	34	10	14	40	1.80
27193916--27193969	23	2.3	23	87	0	72	44	7	1	46	1.42
27196957--27196985	13	2.1	14	93	6	51	41	20	6	31	1.79
27198945--27198976	15	2.1	15	94	0	55	15	6	9	68	1.36
27205026--27205099	33	2.2	33	76	9	78	28	18	17	35	1.94
27207009--27207035	13	2.1	13	100	0	54	48	7	37	7	1.59
27224365--27224409	16	2.8	16	89	0	72	42	4	26	26	1.74
27228306--27228382	33	2.3	33	81	0	91	20	19	12	46	1.83
27228403--27228481	33	2.4	34	80	6	90	18	12	21	46	1.82
27228605--27228700	51	1.9	50	80	2	111	26	23	10	39	1.87
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
27237375--27237638	138	1.9	138	88	3	397	43	6	10	39	1.64
27237626--27237764	75	1.9	75	87	6	210	33	11	8	46	1.71
27237682--27237723	22	2.0	22	86	13	61	40	4	9	45	1.58
27238374--27238466	27	3.4	27	83	0	114	13	17	36	32	1.89
27242176--27242212	17	2.2	17	95	0	65	24	2	21	51	1.61
27243437--27243668	46	5.0	46	95	0	410	35	9	26	28	1.87
27247701--27247745	21	2.2	20	81	11	56	48	22	4	24	1.68
27257357--27257534	95	1.9	95	96	0	329	30	11	18	39	1.87
27262068--27262100	14	2.4	14	85	5	50	72	0	9	18	1.10
27263916--27264002	43	2.0	43	100	0	174	36	9	13	40	1.77
27264675--27264720	19	2.5	19	86	10	60	39	6	2	52	1.40
27265004--27265048	19	2.3	20	85	11	58	31	4	2	62	1.27
27270272--27270312	22	1.9	21	85	5	55	12	17	9	60	1.57
27276951--27277010	28	2.2	27	78	3	66	30	15	25	30	1.95
27277174--27277291	27	4.4	26	80	9	94	38	13	25	22	1.91
27283781--27283830	25	2.0	25	100	0	100	32	20	8	40	1.81
27304524--27304565	19	2.2	19	87	8	59	9	7	9	73	1.24
27311354--27311392	20	2.0	20	84	0	51	53	5	23	17	1.63
27312463--27312498	6	6.0	6	86	0	54	44	16	22	16	1.86
27312466--27312498	12	2.8	12	100	0	66	45	15	24	15	1.84
27315124--27315153	15	2.0	15	100	0	60	33	6	6	53	1.53
27317074--27317131	3	19.7	3	92	3	100	68	0	29	1	0.99
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
27317194--27317275	3	27.7	3	97	2	157	68	0	31	0	0.90
27317074--27317334	144	1.8	144	93	1	452	52	10	20	16	1.73
27336074--27336114	20	2.0	20	90	0	64	31	14	19	34	1.92
27378020--27378094	29	2.6	29	89	4	116	28	13	21	37	1.91
27378362--27378414	11	4.7	12	71	19	51	28	24	1	45	1.64
27378360--27378414	23	2.5	22	79	5	65	27	25	1	45	1.64
27378376--27378473	51	1.9	51	85	4	135	26	22	4	46	1.69
27380252--27380291	18	2.2	18	90	0	62	20	30	5	45	1.72
27380549--27380595	21	2.2	21	85	7	60	36	36	25	2	1.68
27380886--27380987	22	4.7	22	87	3	145	44	30	0	25	1.55
27380883--27380912	15	2.0	15	93	0	51	50	33	0	16	1.46
27380844--27380907	15	4.5	15	71	11	62	45	31	1	21	1.62
27380837--27380987	64	2.4	65	85	2	189	44	29	0	25	1.59
27380887--27380987	43	2.3	43	89	0	157	43	30	0	25	1.55
27384134--27384698	125	4.5	124	81	5	622	30	21	16	30	1.96
27398120--27398159	16	2.5	15	84	11	53	72	0	17	10	1.11
27400011--27400084	30	2.6	27	72	12	76	21	5	25	47	1.72
27401744--27401772	12	2.4	12	100	0	58	24	6	20	48	1.74
27401756--27401807	23	2.3	23	93	0	86	30	7	13	48	1.71
27404634--27404693	30	2.0	30	100	0	120	33	13	20	33	1.91
27405398--27405436	17	2.3	17	86	8	53	46	0	0	53	1.00
27414838--27414894	6	9.5	6	92	0	96	80	3	0	15	0.84
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
27432933--27432964	16	2.0	16	93	0	55	25	15	0	59	1.36
27433188--27433379	50	3.8	49	77	11	210	31	27	16	23	1.96
27433185--27433368	101	1.8	100	87	3	246	30	27	17	24	1.97
27435445--27435478	17	2.1	17	88	5	52	55	0	0	44	0.99
27437862--27438057	43	4.6	43	86	1	252	29	33	14	21	1.94
27439953--27439996	22	2.0	22	100	0	88	40	18	9	31	1.81
27442496--27442789	146	2.0	147	89	3	450	31	12	14	41	1.83
27443600--27443644	7	6.4	7	100	0	90	44	55	0	0	0.99
27443733--27443986	118	2.2	118	100	0	508	40	30	2	26	1.68
27444020--27444052	15	2.3	15	89	5	50	33	33	3	30	1.73
27444470--27444622	41	3.8	40	80	5	164	32	28	20	17	1.96
27444456--27444656	81	2.5	82	86	0	269	31	27	20	20	1.97
27444511--27444648	41	3.4	39	74	11	109	34	26	18	20	1.96
27444529--27444656	41	3.1	39	73	10	114	32	25	19	22	1.98
27454242--27454303	26	2.3	27	78	13	65	46	1	6	45	1.38
27457552--27457645	43	2.2	43	86	0	134	43	22	12	21	1.86
27458211--27458237	9	3.0	9	100	0	54	33	0	0	66	0.92
27462929--27462980	26	1.9	27	84	7	70	44	9	3	42	1.55
27468327--27468673	46	7.3	46	86	7	460	36	14	21	27	1.92
27468261--27468673	98	4.3	98	94	1	667	35	14	21	28	1.93
27468637--27468856	37	6.0	37	96	1	390	38	16	20	24	1.93
27471387--27471557	46	3.6	46	88	9	270	34	14	22	28	1.94
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
27471439--27471557	52	2.2	52	92	2	193	36	14	23	26	1.93
27471520--27471629	37	3.0	37	89	2	170	35	15	23	25	1.94
27473452--27473510	6	9.7	6	85	3	64	67	13	6	11	1.40
27473448--27473511	31	2.1	31	91	5	103	68	12	7	10	1.38
27474578--27474654	38	2.0	38	100	0	154	27	7	28	36	1.85
27475595--27475625	13	2.4	13	100	0	62	77	0	0	22	0.77
27475758--27475984	44	5.2	42	68	6	121	27	25	22	24	2.00
27475744--27476209	88	5.3	87	86	2	601	27	24	24	23	2.00
27475744--27476626	176	5.1	176	81	7	918	26	24	25	23	2.00
27476220--27476626	88	4.6	88	87	3	525	25	24	26	23	2.00

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