genome.fa.s21.2.7.7.80.10.50.1000.7.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Dt_chr13
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  55873576

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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          177   178   179   180   181   182   

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2032930--2033011	28	2.9	28	88	1	128	19	3	31	45	1.68
2033220--2033303	21	4.0	21	87	4	107	13	22	26	38	1.91
2034387--2034573	46	3.9	48	75	15	163	25	15	28	29	1.96
2035725--2037303	789	2.0	789	99	0	3149	39	9	17	33	1.82
2039137--2039184	24	2.0	24	83	0	60	39	22	25	12	1.89
2039793--2039831	5	7.6	5	82	5	51	41	17	0	41	1.50
2045169--2045206	18	2.3	16	86	13	51	76	0	0	23	0.79
2046098--2046136	18	2.2	18	86	9	53	56	10	0	33	1.33
2055509--2055633	50	2.5	48	82	8	126	63	1	29	5	1.27
2055530--2055623	43	2.1	44	81	13	113	61	1	30	6	1.28
2058194--2058246	23	2.4	22	84	9	63	35	0	3	60	1.15
2059402--2059460	29	2.0	29	96	0	109	33	11	13	40	1.81
2074753--2074809	30	1.9	30	96	0	105	21	33	0	45	1.52
2092289--2092325	18	2.1	18	94	0	65	32	5	21	40	1.76
2095414--2095479	27	2.4	27	94	0	114	42	12	24	21	1.86
2095536--2095793	69	3.8	68	81	6	288	28	14	25	31	1.95
2095534--2095795	34	7.7	33	79	9	249	27	14	25	31	1.95
2106979--2107165	96	1.9	97	86	5	263	32	25	13	28	1.94
2107900--2107964	5	13.4	5	81	12	66	81	0	0	18	0.69
2107905--2107971	14	5.5	12	78	19	52	80	1	0	17	0.79
2107903--2107964	6	10.5	6	83	13	76	82	0	0	17	0.67
2107908--2107973	12	5.2	13	85	14	86	81	1	0	16	0.76
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2107903--2107973	39	1.9	36	81	13	74	81	1	0	16	0.76
2110144--2110192	21	2.3	21	92	0	80	44	14	26	14	1.83
2113508--2113541	18	1.9	18	94	5	61	64	5	2	26	1.30
2114266--2114315	10	5.0	10	79	13	50	66	2	8	24	1.29
2114266--2114305	20	2.0	20	90	9	64	65	2	7	25	1.32
2115379--2115431	24	2.2	24	96	0	97	43	7	7	41	1.61
2115659--2115945	75	3.8	75	91	0	448	35	19	19	26	1.95
2115659--2115927	40	7.1	40	64	22	150	36	18	18	25	1.94
2115684--2115944	35	7.0	35	67	22	149	34	19	19	26	1.96
2115971--2116019	20	2.4	21	89	3	82	36	24	2	36	1.67
2115987--2116078	37	2.5	36	85	7	96	38	22	1	38	1.62
2120364--2120464	32	3.0	32	78	10	96	63	4	2	28	1.30
2120346--2120465	33	3.9	29	73	20	82	63	4	5	27	1.34
2121840--2121872	17	1.9	17	93	0	57	18	6	6	69	1.30
2122139--2122737	44	13.6	44	88	2	855	29	27	13	29	1.94
2122885--2123044	87	1.8	87	100	0	320	29	26	15	28	1.96
2122888--2123023	41	3.2	41	66	13	121	31	26	15	26	1.96
2122711--2123145	218	2.0	218	88	2	651	28	23	17	31	1.97
2134992--2135093	32	3.2	33	79	9	95	63	4	4	26	1.35
2135034--2135109	16	4.8	16	76	10	59	65	3	2	27	1.23
2135084--2135124	21	1.9	22	90	5	66	65	2	2	29	1.18
2135161--2135211	22	2.3	23	86	3	68	66	0	1	31	1.03
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2136468--2136500	17	1.9	17	93	0	57	18	6	6	69	1.30
2136868--2137876	44	23.1	44	83	4	1146	27	26	13	31	1.94
2142614--2142864	124	2.0	124	100	0	502	25	23	17	33	1.97
2152276--2152337	27	2.2	29	77	11	67	50	3	3	43	1.34
2152470--2152521	14	3.6	14	73	14	52	61	0	5	32	1.20
2152494--2152538	22	2.2	19	88	11	63	57	0	4	37	1.19
2152471--2152538	21	3.3	22	82	10	72	60	0	4	35	1.17
2152584--2152625	20	2.2	19	87	12	59	50	4	0	45	1.23
2155208--2155238	2	16.0	2	93	6	55	48	0	0	51	1.00
2160776--2160890	43	2.7	43	86	2	151	34	28	11	25	1.90
2163262--2163305	22	2.0	22	86	0	61	36	0	4	59	1.18
2163268--2163305	11	3.5	11	82	13	51	34	0	2	63	1.09
2163852--2163891	19	2.2	17	86	8	53	7	35	0	57	1.27
2169482--2169526	22	2.0	22	83	8	56	26	8	2	62	1.37
2169749--2169860	55	2.0	55	89	0	170	50	8	15	25	1.72
2172493--2172570	38	2.0	39	87	2	113	56	3	12	26	1.54
2183317--2184270	69	13.8	69	76	5	652	37	23	17	21	1.94
2183317--2184270	138	6.9	138	75	4	767	37	23	17	21	1.94
2190608--2190639	15	2.1	15	100	0	64	37	6	0	56	1.25
2201039--2201091	13	4.1	13	92	0	88	16	47	18	16	1.83
2209051--2209182	72	1.9	71	80	6	160	28	22	18	29	1.98
2213073--2213616	50	10.8	50	79	3	572	29	25	18	26	1.98
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2213073--2213616	101	5.4	100	80	2	541	29	25	18	26	1.98
2213074--2213616	151	3.6	151	91	0	879	30	25	18	25	1.98
2217508--2217749	132	1.8	132	84	1	333	33	25	21	20	1.97
2218389--2218413	5	5.0	5	100	0	50	20	0	0	80	0.72
2219736--2219776	20	2.0	21	85	4	57	53	0	2	43	1.13
2237259--2237330	27	2.6	28	80	4	85	15	29	15	40	1.88
2237371--2237464	45	2.1	45	100	0	188	25	18	14	41	1.88
2257608--2257659	16	3.2	16	84	10	63	51	3	0	44	1.19
2260609--2260720	46	2.5	44	86	7	145	24	31	18	25	1.98
2260644--2260817	46	3.7	46	78	7	174	22	30	20	26	1.98
2264111--2264138	13	2.2	13	100	0	56	21	14	0	64	1.29
2266880--2267041	54	3.0	54	100	0	324	22	5	31	40	1.77
2266896--2267035	27	5.2	27	65	24	98	21	5	30	42	1.76
2273468--2273562	28	3.6	24	81	13	93	46	33	4	15	1.66
2273482--2273565	28	3.0	28	91	1	132	46	30	3	19	1.66
2280390--2280426	17	2.1	18	85	14	51	56	0	2	40	1.13
2285566--2285698	18	7.5	18	86	5	191	39	10	13	36	1.79
2285557--2285698	35	4.0	35	94	2	230	38	9	14	37	1.79
2290851--2291150	149	2.0	149	96	0	546	24	21	23	31	1.98
2292230--2292315	44	2.0	44	90	4	138	30	13	27	27	1.95
2292343--2292794	119	4.0	107	81	13	544	33	16	18	31	1.93
2292450--2292888	119	3.7	119	89	0	662	34	16	17	30	1.93
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2292448--2292888	238	1.9	238	93	0	756	34	16	18	31	1.93
2292812--2292991	83	2.2	83	94	0	324	33	20	18	27	1.96
2299990--2300179	38	4.9	38	86	2	218	32	25	21	21	1.98
2299990--2300179	76	2.5	78	83	3	240	32	25	21	21	1.98
2307928--2307983	29	2.0	28	86	10	78	19	41	21	17	1.91
2309272--2309412	43	3.0	47	74	13	146	29	29	17	23	1.97
2309325--2309440	43	2.7	42	82	4	153	30	31	17	20	1.95
2311962--2312278	155	2.0	155	91	0	508	32	14	33	18	1.92
2317243--2317610	46	7.7	49	77	12	267	24	30	18	26	1.98
2317246--2317610	94	3.9	94	75	15	335	24	30	18	26	1.98
2320216--2320703	245	2.0	245	86	1	692	26	18	18	36	1.94
2322583--2322667	29	3.0	29	86	5	111	24	14	31	29	1.94
2327655--2327881	49	4.5	49	90	3	301	28	29	13	28	1.94
2327702--2327881	49	3.6	49	95	2	306	28	30	13	27	1.94
2329540--2329683	27	5.3	27	79	6	130	29	22	7	39	1.82
2329554--2329683	54	2.4	54	79	12	149	31	23	6	39	1.79
2329687--2329837	27	5.6	27	75	8	94	41	20	9	28	1.83
2329802--2329896	27	3.4	28	75	12	88	44	16	6	32	1.73
2329940--2330013	27	2.7	27	76	12	71	37	20	20	21	1.94
2329953--2330017	27	2.4	27	82	5	78	35	18	24	21	1.96
2330827--2330896	25	2.8	25	93	0	113	27	25	22	24	2.00
2330826--2330921	25	3.9	24	81	9	95	28	23	22	25	2.00
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2330827--2330921	50	1.9	50	80	8	113	28	24	23	24	2.00
2345056--2345199	27	5.3	27	86	3	173	29	25	7	38	1.83
2345203--2345354	27	5.7	26	81	10	132	42	21	6	28	1.78
2345171--2345420	54	4.6	54	74	11	163	39	19	8	32	1.83
2345256--2345417	27	5.9	27	78	11	114	40	19	8	32	1.82
2345470--2345534	27	2.4	27	79	5	69	36	18	23	21	1.95
2346343--2346412	25	2.8	24	85	8	86	27	25	21	25	1.99
2346632--2346739	31	3.5	31	90	0	162	25	17	27	28	1.98
2348989--2349118	27	4.8	27	84	3	163	30	25	5	39	1.78
2348989--2349118	54	2.4	54	85	2	181	30	25	5	39	1.78

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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