genome.fa.s21.2.7.7.80.10.50.1000.74.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Dt_chr13
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  55873576

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
22328339--22328528	81	2.4	78	84	10	237	0	31	1	66	1.01
22328493--22328536	18	2.4	18	88	7	63	0	31	0	68	0.90
22328493--22328548	22	2.8	21	86	10	73	0	35	0	64	0.94
22328687--22328745	27	2.3	27	94	5	104	45	0	11	42	1.41
22333670--22333840	71	2.4	71	98	0	324	53	12	6	27	1.62
22334265--22334312	18	2.7	18	96	0	87	39	12	12	35	1.81
22338342--22338440	23	4.3	23	94	0	171	31	26	21	21	1.98
22338530--22338555	8	3.2	8	100	0	52	34	23	15	26	1.94
22338674--22338712	18	2.2	17	86	13	53	46	20	0	33	1.51
22341458--22341498	21	2.0	21	90	0	64	43	14	2	39	1.59
22346466--22346592	39	3.4	39	72	18	142	33	20	14	32	1.92
22352576--22352638	30	2.1	30	96	0	117	23	3	15	57	1.53
22352746--22352777	12	2.8	12	90	9	50	75	0	0	25	0.81
22353935--22353972	17	2.2	18	86	13	53	78	7	5	7	1.07
22354861--22354886	6	4.3	6	100	0	52	80	0	0	19	0.71
22359271--22359300	13	2.3	13	94	0	51	23	0	3	73	0.98
22364445--22364502	11	5.4	11	72	17	50	18	3	3	74	1.11
22364682--22364722	17	2.3	19	80	12	52	12	9	2	75	1.13
22365214--22365282	16	4.2	16	92	3	120	24	1	37	36	1.65
22365214--22365282	33	2.1	32	94	2	120	24	1	37	36	1.65
22365263--22365353	45	2.0	45	85	2	121	27	6	28	37	1.82
22365518--22365552	18	2.0	17	88	5	52	54	0	0	45	0.99
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
22365638--22365672	18	2.0	17	88	5	52	54	0	0	45	0.99
22365501--22365899	120	3.3	120	98	0	764	49	5	2	43	1.37
22368064--22368101	14	2.7	14	87	0	58	34	7	18	39	1.80
22368214--22368287	20	3.7	20	74	13	80	36	4	1	58	1.26
22368303--22368338	18	2.0	18	88	0	54	61	8	0	30	1.26
22370576--22370621	21	2.1	22	96	4	85	47	4	28	19	1.68
22378723--22378765	22	2.0	21	86	13	61	41	9	9	39	1.69
22381733--22381851	48	2.5	48	93	2	195	33	26	10	30	1.89
22389010--22389055	23	1.9	25	86	8	69	45	4	4	45	1.43
22406390--22406422	16	2.1	16	100	0	66	24	18	0	57	1.40
22413147--22413181	18	2.0	17	88	5	52	45	0	0	54	0.99
22413108--22413343	75	3.1	75	65	16	212	47	4	2	44	1.39
22413046--22413448	154	2.6	154	97	1	752	47	5	3	43	1.42
22413301--22413335	18	2.0	17	88	5	52	45	0	0	54	0.99
22413136--22413371	75	3.1	75	66	16	221	47	2	3	46	1.34
22413568--22413606	16	2.4	16	86	0	51	28	33	2	35	1.71
22413581--22413637	16	3.6	16	95	0	87	33	36	0	29	1.58
22417408--22417452	7	6.0	7	85	14	63	28	0	2	68	1.01
22423561--22423611	27	1.9	26	92	4	84	17	23	25	33	1.96
22423695--22423929	33	6.7	33	67	24	124	21	19	26	32	1.97
22423549--22423892	103	3.4	102	87	3	494	22	18	26	32	1.97
22427299--22427352	28	1.9	28	81	7	65	48	1	9	40	1.46
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
22428848--22428897	24	2.1	24	96	0	91	58	0	18	24	1.40
22434559--22434652	48	2.0	48	87	8	138	40	27	12	19	1.88
22436129--22436429	158	1.9	160	89	1	471	39	6	17	36	1.77
22438614--22438654	22	1.9	21	85	5	55	19	7	14	58	1.59
22439898--22439931	18	1.9	18	88	5	52	29	0	5	64	1.17
22440047--22440088	21	2.0	21	86	9	59	66	0	0	33	0.92
22440037--22440089	21	2.6	20	77	11	54	64	0	1	33	1.05
22441525--22441560	2	18.0	2	100	0	72	50	0	0	50	1.00
22441913--22441949	20	1.9	19	89	10	58	32	27	0	40	1.57
22444092--22444123	15	2.1	15	94	0	55	12	15	21	50	1.77
22448800--22448834	18	1.9	18	94	0	61	60	0	5	34	1.21
22448781--22448837	27	2.1	27	81	12	64	64	0	3	31	1.10
22448950--22448982	17	1.9	17	93	0	57	72	6	6	15	1.24
22454622--22454675	27	2.0	27	100	0	108	37	14	11	37	1.82
22457377--22457410	17	2.0	17	88	0	50	32	2	0	64	1.08
22457758--22457792	4	8.8	4	93	0	61	22	2	0	74	0.95
22465876--22465923	6	8.0	6	92	0	69	64	12	0	22	1.27
22472473--22472502	5	6.0	5	100	0	60	60	0	40	0	0.97
22473711--22473759	20	2.7	18	81	12	55	46	2	4	46	1.33
22483446--22483471	3	8.7	3	100	0	52	34	34	0	30	1.58
22484045--22484128	28	3.1	28	79	17	74	54	1	0	44	1.07
22485945--22485983	15	2.5	16	83	4	53	28	0	35	35	1.58
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
22486265--22486304	20	2.0	20	95	0	71	35	22	20	22	1.96
22486905--22486968	23	2.8	23	83	4	76	28	10	20	40	1.86
22489892--22489969	39	2.0	39	100	0	156	17	23	12	46	1.83
22490867--22490891	12	2.1	12	100	0	50	8	24	24	44	1.80
22495906--22495940	11	3.0	12	83	8	54	48	20	8	22	1.76
22497062--22497110	23	2.1	23	100	0	98	38	12	16	32	1.86
22504671--22504734	19	3.3	19	75	16	51	9	10	14	65	1.47
22505369--22505423	21	2.5	22	76	5	58	61	1	0	36	1.06
22505925--22506066	71	2.0	71	95	0	257	29	10	12	47	1.75
22506241--22506299	30	2.0	30	86	6	84	47	3	5	44	1.42
22506643--22506692	21	2.6	18	80	17	57	42	2	0	56	1.11
22508111--22508168	30	1.9	30	89	0	89	24	20	20	34	1.97
22513099--22513130	16	1.9	17	93	6	57	43	0	12	43	1.42
22519052--22519086	15	2.3	15	90	9	54	40	2	2	54	1.30
22519052--22519086	7	4.7	7	89	10	52	40	2	2	54	1.30
22519832--22519872	21	2.0	21	85	0	55	65	0	2	31	1.05
22522595--22522620	3	8.7	3	100	0	52	65	0	0	34	0.93
22532794--22532818	13	1.9	13	100	0	50	32	0	32	36	1.58
22533785--22533984	106	1.9	105	86	6	291	37	14	17	31	1.89
22533917--22534056	72	1.9	73	89	4	221	42	12	11	34	1.78
22533991--22534424	107	4.1	106	88	6	592	39	13	15	31	1.87
22533992--22534408	210	2.0	213	88	4	628	39	12	15	31	1.86
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
22535148--22535370	105	2.1	104	87	7	328	29	18	15	37	1.91
22534962--22535316	194	1.8	193	89	5	563	31	14	11	42	1.81
22539602--22539698	42	2.3	42	78	7	108	16	22	17	43	1.88
22542104--22542781	336	2.0	341	88	3	1023	28	20	16	34	1.94
22547026--22547057	12	2.6	13	85	14	50	56	6	0	37	1.25
22548662--22548703	22	2.0	21	85	4	57	23	7	0	69	1.13
22548673--22548723	6	8.2	6	77	16	50	21	3	0	74	0.98
22549157--22549193	8	4.6	8	96	0	65	89	2	0	8	0.58
22550830--22550876	23	2.0	23	100	0	94	8	21	40	29	1.83
22557110--22557176	31	2.2	31	83	5	82	23	10	19	46	1.81
22557412--22557474	31	2.0	31	90	0	99	34	4	9	50	1.56
22566037--22566217	60	3.0	60	100	0	362	31	22	14	31	1.94
22567202--22567247	19	2.3	19	88	7	65	65	2	0	32	1.05
22568213--22568266	27	2.0	27	88	0	81	35	20	14	29	1.93
22570193--22570244	24	2.2	24	85	0	68	50	7	3	38	1.50
22572910--22572980	22	3.2	22	79	13	74	36	14	5	43	1.68
22573164--22573205	11	3.8	11	75	12	50	33	7	2	57	1.39
22573164--22573212	13	4.1	13	75	20	52	30	8	4	57	1.47
22573322--22573347	10	2.6	10	100	0	52	7	0	0	92	0.39
22579930--22579990	30	2.0	30	96	0	113	37	4	9	47	1.58
22593147--22593215	24	2.8	25	82	6	97	57	0	1	40	1.07
22596524--22596569	23	1.9	25	82	8	60	56	8	6	28	1.54
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
22606637--22606677	19	2.0	22	86	13	61	34	4	4	56	1.42
22608509--22608542	17	2.0	17	94	0	59	44	50	0	5	1.26
22611508--22611541	17	2.0	17	94	0	59	44	50	0	5	1.26
22617588--22617759	89	1.9	89	89	2	265	36	19	10	33	1.86
22617834--22617903	10	7.3	10	82	6	74	61	1	1	35	1.14
22617835--22617895	28	2.2	28	84	0	77	62	1	1	34	1.15
22617835--22617903	9	7.3	9	83	6	75	60	1	1	36	1.14
22618139--22618178	20	2.0	21	85	14	57	32	2	10	55	1.47
22618225--22618289	28	2.4	28	80	10	73	35	0	0	64	0.94
22627438--22627666	121	1.9	121	90	0	368	38	23	11	26	1.88

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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