genome.fa.s21.2.7.7.80.10.50.1000.55.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Dt_chr13
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  55873576

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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          161   162   163   164   165   166   167   168   169   170   171   172   173   174   175   176   
          177   178   179   180   181   182   

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
17066349--17066387	15	2.6	15	91	0	60	30	41	15	12	1.85
17075126--17075165	21	2.0	20	85	5	53	45	0	0	55	0.99
17075406--17075437	14	2.1	16	88	11	50	34	6	9	50	1.60
17075815--17075847	17	2.0	17	88	5	50	48	0	3	48	1.17
17076160--17076200	20	2.0	20	85	4	55	24	2	4	68	1.22
17076161--17076227	21	3.2	21	83	6	75	25	0	5	68	1.12
17076171--17076228	10	5.7	10	82	11	55	25	0	5	68	1.10
17078520--17078620	27	3.7	27	98	0	193	24	27	27	19	1.99
17079582--17079612	9	3.4	9	90	0	53	25	12	22	38	1.90
17079665--17079701	9	4.1	9	85	0	56	45	16	10	27	1.80
17080064--17080106	19	2.4	18	85	11	54	27	25	0	46	1.53
17080315--17080340	10	2.6	10	100	0	52	23	11	19	46	1.82
17087166--17087204	19	2.1	19	100	0	78	33	10	25	30	1.89
17090681--17090920	50	4.7	50	78	6	207	27	21	27	23	1.99
17092321--17092395	37	2.0	37	92	0	123	28	10	18	42	1.83
17113311--17113352	21	2.0	21	85	0	57	35	7	19	38	1.79
17113479--17113536	19	2.9	19	75	10	55	37	10	8	43	1.70
17113485--17113536	19	2.7	19	77	11	61	34	11	9	44	1.73
17113561--17113610	22	2.1	25	85	10	70	40	8	2	50	1.43
17120073--17120155	25	3.4	25	70	6	80	43	15	15	25	1.86
17120045--17120155	48	2.3	48	88	0	159	45	15	14	24	1.83
17124981--17125105	40	3.1	40	79	4	153	24	32	14	29	1.94
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
17124981--17125122	40	3.5	40	78	3	151	21	32	15	30	1.94
17125757--17125813	17	3.5	16	72	18	55	19	26	33	21	1.97
17125745--17125813	32	2.2	32	94	0	120	20	24	31	23	1.98
17125745--17125795	15	3.3	15	75	20	59	19	25	31	23	1.98
17130757--17130869	37	3.1	38	75	13	94	40	1	4	53	1.31
17134848--17134891	22	2.0	21	82	4	52	61	9	0	29	1.27
17135841--17135885	10	4.6	10	94	5	74	57	0	0	42	0.98
17135841--17135882	9	4.6	9	91	5	66	59	0	0	40	0.97
17135841--17135882	19	2.2	19	95	0	75	59	0	0	40	0.97
17139202--17139229	14	2.0	14	100	0	56	35	0	28	35	1.58
17144285--17144326	17	2.5	17	88	0	66	14	11	9	64	1.50
17148451--17148509	17	3.5	17	76	6	66	35	6	3	54	1.44
17148794--17148840	24	2.1	21	84	11	58	42	4	0	53	1.20
17149144--17149176	14	2.4	14	94	0	57	45	6	15	33	1.70
17152226--17152252	11	2.5	11	100	0	54	29	0	25	44	1.54
17152884--17152980	47	2.1	47	98	0	185	44	14	11	29	1.80
17158256--17158319	28	2.3	28	80	0	83	32	15	15	35	1.90
17169723--17169900	27	6.6	27	84	3	205	29	28	15	26	1.96
17169744--17169899	82	1.9	81	88	3	233	29	28	15	26	1.96
17175684--17175712	12	2.3	13	94	5	51	65	6	6	20	1.40
17181425--17181501	33	2.3	33	80	4	84	24	19	9	46	1.79
17181497--17181533	18	2.1	18	89	0	56	32	27	5	35	1.79
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
17187866--17187966	40	2.6	38	80	12	116	49	8	2	38	1.49
17190215--17190240	13	2.0	13	100	0	52	69	0	0	30	0.89
17192976--17193017	17	2.4	18	84	11	52	57	2	26	14	1.50
17193563--17193597	15	2.3	15	95	0	61	31	20	0	48	1.50
17199896--17199978	41	2.0	41	100	0	166	27	9	21	40	1.84
17207837--17208138	102	3.0	102	92	0	480	31	29	20	18	1.97
17213331--17213577	50	4.8	50	80	6	221	28	21	27	22	1.99
17213343--17213528	100	1.8	105	83	6	256	26	20	29	23	1.99
17220124--17220174	26	2.0	26	84	0	66	47	7	1	43	1.43
17220138--17220178	21	2.0	21	85	4	57	46	7	0	46	1.30
17224169--17224194	13	2.0	13	100	0	52	0	30	7	61	1.24
17224221--17224246	13	2.0	13	100	0	52	0	30	7	61	1.24
17224871--17225125	127	2.0	127	98	0	492	35	10	22	31	1.88
17226999--17227048	26	1.9	26	87	4	66	54	0	0	46	1.00
17227172--17227202	16	1.9	16	93	0	53	58	9	9	22	1.59
17230385--17230592	91	2.3	91	89	2	310	45	3	3	47	1.37
17230417--17230560	47	3.1	46	64	25	106	43	2	4	50	1.33
17230425--17230567	44	3.2	43	66	21	105	45	2	3	48	1.31
17230619--17230897	66	4.7	57	66	21	153	43	2	4	49	1.36
17230646--17230853	66	3.3	63	67	20	184	41	2	6	49	1.43
17230608--17230900	120	2.4	120	94	2	518	42	2	4	50	1.36
17230733--17230784	15	3.6	15	80	12	56	44	0	1	53	1.11
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
17230681--17230868	61	3.1	61	69	17	201	43	1	6	48	1.38
17230849--17230883	18	2.0	17	88	5	52	45	0	0	54	0.99
17230837--17231154	157	2.0	157	97	0	600	47	4	2	44	1.38
17231006--17231040	18	2.0	17	88	5	52	45	0	0	54	0.99
17230838--17231076	75	3.1	75	64	18	191	47	3	2	46	1.34
17231279--17231311	16	2.1	16	94	0	57	39	33	0	27	1.57
17242050--17242214	86	1.9	85	84	8	219	34	27	15	21	1.94
17249198--17249226	15	1.9	15	100	0	58	20	0	6	72	1.07
17253704--17253778	11	6.7	11	82	1	78	22	26	2	48	1.64
17257439--17257876	125	3.5	125	90	0	662	31	20	16	31	1.95
17257994--17258039	22	2.1	22	84	4	58	47	36	2	13	1.54
17258240--17258305	29	2.3	29	73	2	71	43	18	18	19	1.88
17259826--17260100	74	3.7	76	78	10	273	40	10	5	43	1.63
17260127--17260160	4	8.5	4	93	0	59	2	0	23	73	0.97
17262720--17262940	110	2.0	111	98	0	426	26	9	15	48	1.75
17263077--17263245	84	2.0	84	97	2	322	21	14	16	47	1.82
17263209--17263386	90	2.0	89	97	1	338	30	17	20	32	1.95
17263335--17263437	53	1.9	53	100	0	206	35	17	18	28	1.94
17263662--17263904	122	2.0	122	99	0	477	30	19	16	32	1.95
17263830--17263981	76	2.0	76	97	0	286	37	13	20	28	1.91
17264773--17265056	143	2.0	143	97	0	532	19	22	20	36	1.95
17265101--17265162	26	2.4	25	78	2	70	35	19	4	40	1.73
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
17265234--17265370	68	2.0	68	97	0	256	32	22	2	42	1.66
17267256--17267381	28	4.5	28	87	2	164	34	26	11	27	1.90
17277297--17277562	46	5.8	46	95	0	451	20	19	29	31	1.97
17280218--17280356	37	3.8	37	89	0	206	26	30	17	25	1.98
17280218--17280356	74	1.9	74	92	0	233	26	30	17	25	1.98
17280587--17280713	25	5.3	25	62	24	76	29	33	8	27	1.87
17280539--17281055	273	1.9	273	96	0	964	28	33	9	28	1.88
17280526--17281149	47	13.5	47	92	5	970	28	33	9	29	1.89
17283363--17283710	85	4.1	85	98	0	671	26	25	8	39	1.84
17284369--17284469	33	3.2	33	61	23	81	47	6	29	15	1.72
17284367--17284488	61	2.0	61	96	0	226	45	9	28	17	1.78
17284528--17284711	92	2.0	92	98	0	359	30	22	23	23	1.99
17289696--17289871	46	3.8	46	78	12	207	21	19	28	30	1.97
17289695--17289864	93	1.8	93	94	0	304	22	19	28	29	1.98
17292079--17293074	47	21.2	47	98	0	1875	32	10	29	27	1.90
17295013--17295066	27	2.0	27	92	0	90	29	29	18	22	1.97
17297287--17297349	10	6.0	11	73	15	53	34	12	20	31	1.90
17297281--17297356	31	2.5	31	82	2	91	35	10	19	34	1.86
17297299--17297357	10	5.7	10	80	6	55	33	10	18	37	1.85
17303002--17303122	40	3.0	40	92	0	188	19	21	31	27	1.98
17303111--17303241	43	3.0	43	87	0	190	11	22	32	34	1.90
17303372--17303426	25	2.2	25	87	6	76	29	12	32	25	1.93
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
17303385--17303508	53	2.3	53	88	2	178	24	16	30	29	1.96
17303410--17303505	28	3.5	28	68	13	83	22	17	29	30	1.97
17303408--17303515	53	2.0	53	94	0	189	23	17	30	28	1.97
17316431--17316557	45	2.9	45	82	8	138	24	27	22	25	2.00
17316890--17317062	43	4.1	43	88	1	251	30	32	23	13	1.93
17317039--17317113	38	2.0	38	89	0	114	29	26	21	22	1.99
17319799--17319838	20	2.0	21	85	5	55	42	0	20	37	1.52
17320593--17320768	49	3.6	49	78	7	189	29	19	27	23	1.98
17320504--17320748	93	2.6	95	82	7	268	28	19	27	24	1.98
17326586--17326621	9	3.6	10	88	11	56	61	2	0	36	1.11

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