genome.fa.s21.2.7.7.80.10.50.1000.47.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Dt_chr13
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  55873576

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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          161   162   163   164   165   166   167   168   169   170   171   172   173   174   175   176   
          177   178   179   180   181   182   

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
14805527--14805568	21	2.0	21	86	9	59	73	4	4	16	1.17
14807527--14807641	46	2.5	46	95	0	212	29	25	21	23	1.99
14807520--14807640	23	5.2	24	86	7	180	30	25	20	23	1.98
14814754--14814796	6	6.8	6	79	10	50	76	2	2	18	1.00
14815129--14815198	4	16.8	4	76	8	59	71	1	5	21	1.15
14815129--14815182	25	2.2	25	90	6	83	74	1	5	18	1.11
14815146--14815198	17	3.4	16	77	17	58	71	0	3	24	1.02
14822890--14823031	30	4.7	31	81	6	166	33	14	14	37	1.87
14823638--14823677	21	2.0	21	85	5	55	30	2	30	37	1.71
14825583--14825725	43	3.3	42	80	10	141	30	26	17	25	1.97
14828487--14828583	30	3.2	30	75	2	106	28	26	15	28	1.96
14832483--14832579	30	3.2	30	75	2	106	28	26	15	28	1.96
14837898--14838655	2	379.0	2	100	0	1516	0	50	0	50	1.00
14840431--14840474	22	2.0	22	86	4	61	47	31	6	13	1.69
14848972--14849020	24	2.0	24	100	0	98	34	16	24	24	1.95
14859425--14859496	36	2.0	36	97	0	135	29	25	12	33	1.92
14864747--14864793	17	2.5	19	80	16	53	59	0	2	38	1.09
14864754--14864805	21	2.4	22	83	3	70	61	1	1	34	1.18
14867435--14867485	28	1.9	25	84	11	66	50	1	13	33	1.53
14867866--14867974	22	5.0	21	78	9	85	17	30	18	33	1.94
14873761--14873811	23	2.2	23	89	0	75	43	21	7	27	1.80
14884904--14884946	23	1.9	23	90	4	70	39	18	4	37	1.72
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
14886919--14887125	49	4.2	49	88	4	267	33	19	15	30	1.94
14893113--14893155	23	1.9	23	90	4	70	39	18	4	37	1.72
14895184--14895221	19	2.0	19	100	0	76	36	10	21	31	1.87
14897505--14897642	72	1.9	72	93	0	240	33	1	8	56	1.39
14897845--14897888	23	1.9	23	95	0	79	45	0	27	27	1.54
14898093--14898129	9	4.1	9	92	0	65	29	10	13	45	1.77
14905201--14905302	27	3.8	27	77	0	96	28	19	17	34	1.95
14908276--14908335	25	2.5	23	81	10	75	13	6	18	61	1.53
14908276--14908332	12	4.7	12	72	12	53	12	5	19	63	1.47
14910454--14910614	44	3.6	45	78	12	147	27	22	20	29	1.98
14910642--14910757	45	2.6	45	81	14	150	28	25	18	27	1.98
14910488--14910766	147	1.9	147	93	0	477	27	22	19	30	1.98
14910778--14910889	44	2.5	44	78	8	120	32	19	19	28	1.97
14924954--14925011	19	2.8	21	74	12	66	24	13	29	32	1.94
14931730--14931884	42	3.6	43	78	6	125	27	18	24	29	1.98
14931767--14931866	42	2.3	43	83	8	132	30	17	23	30	1.96
14937504--14937585	24	3.5	24	75	6	71	36	24	19	19	1.95
14941964--14942033	22	3.3	21	86	7	97	25	28	32	12	1.93
14943630--14943692	26	2.4	26	89	5	92	25	3	0	71	1.01
14943630--14943691	13	4.8	13	76	7	63	25	3	0	70	1.02
14948274--14948332	29	2.0	30	83	3	75	32	3	11	52	1.54
14948252--14948332	31	2.7	29	78	5	90	35	3	9	50	1.53
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
14958368--14958470	40	2.6	40	81	3	100	29	21	23	26	1.99
14958538--14958646	40	2.7	39	85	12	141	26	26	23	22	2.00
14958950--14959138	7	26.4	7	71	12	89	21	1	31	46	1.59
14958950--14959188	14	16.7	14	70	10	117	21	0	33	44	1.58
14958983--14959144	72	2.2	72	93	1	270	20	0	32	45	1.56
14959085--14959188	7	14.6	7	75	4	55	19	0	35	45	1.51
14960636--14960674	20	2.0	20	84	0	51	12	10	28	48	1.74
14965313--14965708	43	9.3	43	85	3	541	25	16	26	31	1.96
14976345--14976401	28	2.0	28	96	0	105	29	15	10	43	1.80
14976591--14976629	16	2.4	16	95	0	69	38	7	28	25	1.83
14976612--14976699	45	2.0	44	88	6	133	30	3	28	37	1.74
14976812--14976945	57	2.3	56	82	7	144	51	4	1	42	1.31
14977514--14977604	46	2.0	46	93	0	155	48	5	2	43	1.38
14978761--14978888	32	4.1	32	91	3	215	44	14	10	31	1.78
14978760--14978885	63	2.0	63	96	0	234	42	15	10	31	1.80
14984414--14984530	43	2.7	43	96	1	209	9	15	11	64	1.50
14984886--14985006	58	2.1	58	93	1	208	48	23	10	16	1.77
14985112--14985176	32	2.1	32	97	2	123	47	12	9	30	1.72
14985782--14985812	13	2.4	13	100	0	62	41	9	9	38	1.71
14989986--14990024	14	2.8	13	81	11	51	76	0	12	10	1.01
14992176--14992325	75	2.0	75	97	0	282	34	19	21	25	1.96
14995438--14995463	12	2.2	12	100	0	52	7	15	30	46	1.74
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
14995452--14995583	40	3.3	38	79	9	138	35	18	21	24	1.96
14995467--14995585	40	3.0	39	80	7	141	37	20	18	23	1.94
14995640--14995968	41	8.0	41	84	2	392	23	20	27	29	1.99
14996920--14996964	14	3.1	15	87	9	67	17	0	48	33	1.48
14996923--14996962	7	5.7	7	85	8	55	12	0	55	32	1.38
14996922--14996969	14	3.4	14	81	16	55	14	0	50	35	1.44
14998030--14998069	17	2.4	17	95	0	71	47	15	22	15	1.82
15000069--15000636	160	3.5	160	99	0	1118	30	7	23	38	1.82
15000078--15000823	23	32.7	23	75	10	561	30	7	23	38	1.82
15000109--15000825	137	5.2	136	80	7	650	30	7	23	38	1.82
15001428--15001719	43	6.8	43	86	0	388	21	18	31	28	1.97
15001791--15001832	22	1.9	22	95	0	75	40	28	19	11	1.87
15003770--15003830	26	2.2	29	80	13	76	22	16	8	52	1.70
15007497--15007532	18	2.0	19	89	10	58	19	16	5	58	1.58
15009458--15009482	13	1.9	13	100	0	50	88	0	0	12	0.53
15010760--15010819	26	2.4	26	81	10	72	23	3	10	63	1.40
15023129--15023367	43	5.6	43	68	15	172	28	21	23	25	1.99
15023127--15023438	87	3.6	83	71	13	245	29	22	23	25	1.99
15023078--15023437	171	2.1	175	91	3	588	29	22	23	25	1.99
15023339--15023501	85	1.9	87	81	7	199	31	23	21	23	1.98
15025775--15025859	43	2.0	43	97	0	161	35	18	11	34	1.88
15028106--15028152	19	2.5	18	86	6	58	27	21	0	51	1.48
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
15028127--15028212	43	2.0	43	88	4	129	22	20	1	55	1.50
15031059--15031086	7	4.0	7	100	0	56	71	0	0	28	0.86
15031782--15031855	33	2.2	32	83	6	94	35	4	2	58	1.31
15037277--15037316	15	2.7	15	88	0	62	62	7	0	30	1.23
15037659--15037715	6	9.7	6	84	3	62	49	1	5	43	1.35
15041274--15041474	100	2.0	100	94	1	350	38	18	6	36	1.77
15043933--15043961	12	2.5	12	94	5	51	44	6	0	48	1.29
15044789--15044841	26	2.0	26	88	0	79	64	3	7	24	1.37
15045153--15045255	50	2.1	50	90	0	161	51	4	11	32	1.59
15047244--15047407	43	3.9	43	82	4	181	29	14	26	29	1.95
15053050--15053112	25	2.6	25	92	2	101	15	30	11	42	1.82
15055192--15055236	21	2.1	21	87	0	63	28	17	8	44	1.79
15056513--15056710	103	1.9	102	88	9	296	36	18	17	27	1.93
15058005--15058049	21	2.2	21	84	4	56	28	13	15	42	1.85
15058030--15058172	71	2.0	70	80	9	157	30	11	19	38	1.87
15058418--15058460	22	2.0	22	100	0	86	37	4	39	18	1.72
15058668--15058729	24	2.5	24	81	2	61	35	9	19	35	1.85
15059110--15059191	39	2.1	39	86	0	110	41	10	24	23	1.86
15059125--15059208	39	2.2	39	82	0	96	44	14	19	22	1.86
15060643--15060675	16	2.1	16	100	0	66	21	12	12	54	1.69
15061987--15062040	14	4.0	13	74	9	54	70	1	7	20	1.21
15068110--15068183	37	2.0	36	94	2	130	16	36	21	24	1.93
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
15075712--15075914	39	5.2	38	76	7	156	19	22	17	40	1.91
15075755--15075898	78	1.8	78	83	2	191	20	25	15	39	1.91
15076085--15076172	35	2.5	35	79	1	95	31	19	13	35	1.91
15076064--15076270	98	2.1	98	87	1	290	33	21	12	32	1.90
15076916--15077024	50	2.2	49	80	9	125	24	36	0	37	1.62
15078779--15078920	49	2.9	49	78	0	140	28	25	19	26	1.98
15079775--15079827	23	2.3	23	86	0	70	47	0	30	22	1.52
15086603--15086637	16	2.2	16	100	0	70	45	0	31	22	1.53
15087068--15087098	9	3.4	9	90	0	53	38	22	12	25	1.90
15092423--15092637	51	4.2	51	98	0	403	32	14	24	29	1.94

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