genome.fa.s21.2.7.7.80.10.50.1000.63.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Dt_chr13
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  55873576

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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          161   162   163   164   165   166   167   168   169   170   171   172   173   174   175   176   
          177   178   179   180   181   182   

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
19266238--19266594	129	2.8	129	93	0	633	31	20	20	26	1.97
19266852--19267116	45	5.9	45	71	10	150	25	23	22	29	1.99
19266926--19267061	44	3.1	44	72	4	130	23	22	26	27	2.00
19266847--19267111	89	3.0	89	78	6	284	24	22	23	29	1.99
19268328--19268389	6	10.0	6	77	16	56	3	17	1	77	0.98
19268332--19268383	20	2.6	20	84	6	61	3	17	1	76	1.02
19268330--19268400	19	3.7	18	77	15	54	2	18	1	77	0.97
19287080--19287148	35	2.0	35	91	0	111	24	4	28	42	1.74
19288934--19288970	20	1.9	19	89	10	58	45	16	16	21	1.84
19290571--19290624	17	3.2	16	76	21	56	33	9	22	35	1.86
19290568--19290623	26	2.2	26	90	0	85	33	8	21	35	1.85
19291740--19291803	19	3.3	19	87	8	92	39	7	14	39	1.74
19291741--19291816	21	3.7	21	89	3	111	40	9	11	38	1.74
19294351--19294399	25	2.0	25	83	0	62	38	0	16	44	1.48
19294795--19294880	43	2.0	43	88	4	129	52	2	22	23	1.59
19297052--19297096	24	1.9	23	86	4	63	31	4	6	57	1.44
19301450--19301490	21	2.0	21	90	9	66	29	2	0	68	1.03
19314579--19314620	20	2.1	20	95	0	75	38	26	9	26	1.87
19315060--19315131	36	2.0	35	86	2	99	30	22	9	37	1.86
19320109--19320153	24	2.0	24	86	8	67	37	17	8	35	1.81
19320170--19320241	36	2.0	35	86	2	99	29	26	8	36	1.86
19331982--19332186	35	5.7	35	77	8	166	45	10	11	33	1.74
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
19331980--19332133	74	2.1	74	92	0	254	44	10	10	35	1.73
19332100--19332252	16	8.9	16	69	15	92	45	11	11	32	1.76
19332200--19332273	16	4.3	18	81	13	68	39	13	10	36	1.80
19332417--19332453	16	2.2	16	90	9	56	78	2	0	18	0.87
19332943--19332992	26	2.0	25	85	14	68	2	18	24	56	1.52
19333043--19333099	5	11.4	5	76	14	55	7	21	52	19	1.69
19333106--19333145	15	2.7	15	84	11	55	7	10	0	82	0.84
19333128--19333187	23	2.4	26	78	13	72	1	23	0	75	0.90
19333153--19333194	11	3.9	11	84	9	52	0	26	0	73	0.83
19334144--19334830	149	4.5	149	80	8	659	35	19	16	28	1.94
19334144--19334853	153	4.6	150	80	8	682	36	19	16	28	1.93
19334144--19334856	75	9.3	76	81	7	664	36	18	16	28	1.93
19335184--19335256	38	1.9	38	100	0	146	5	31	16	46	1.70
19335725--19335781	21	2.8	21	79	10	57	1	12	7	78	1.01
19335732--19335784	27	2.0	27	85	14	74	0	11	5	83	0.81
19335748--19335773	12	2.2	12	100	0	52	0	7	7	84	0.77
19335743--19335781	12	3.4	11	86	10	51	0	10	7	82	0.86
19354778--19354839	31	2.0	31	100	0	124	58	12	16	12	1.64
19356040--19356130	34	2.7	34	91	0	137	37	30	4	27	1.76
19358936--19359032	48	2.0	48	100	0	194	46	12	14	26	1.80
19373301--19373597	132	2.2	132	85	2	400	31	19	22	26	1.97
19373403--19373706	89	3.4	88	90	1	439	30	18	24	27	1.98
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
19373223--19373666	44	10.0	44	73	4	311	31	19	23	26	1.98
19382415--19382455	10	4.2	10	76	17	50	60	2	0	36	1.10
19382421--19382463	18	2.4	18	81	11	54	62	2	0	34	1.08
19385279--19385321	12	3.6	12	83	0	50	23	0	11	65	1.25
19385877--19385902	12	2.2	12	100	0	52	23	15	23	38	1.92
19392791--19392838	18	2.6	19	75	15	55	64	2	0	33	1.05
19393516--19393555	9	4.4	10	84	15	52	55	0	5	40	1.22
19394250--19394284	12	2.9	12	91	0	52	80	0	2	17	0.84
19398356--19398414	27	2.2	27	87	0	82	27	22	30	20	1.98
19404314--19404370	23	2.5	22	74	20	64	38	7	8	45	1.62
19404348--19404437	17	5.3	17	83	4	110	46	12	10	31	1.74
19407045--19407493	193	2.3	193	92	0	754	35	20	13	30	1.92
19407318--19407493	71	2.5	71	85	3	214	34	22	14	28	1.93
19415813--19416164	36	9.8	37	74	12	206	42	11	12	33	1.78
19415813--19416162	35	9.7	37	74	11	150	42	10	12	34	1.78
19415813--19416128	71	4.4	74	76	11	205	42	10	12	34	1.77
19416121--19416174	16	3.2	16	75	14	56	40	9	14	35	1.78
19415665--19416175	17	29.3	18	71	14	270	43	11	11	34	1.76
19416338--19416388	17	3.0	16	77	11	57	72	1	0	25	0.95
19416515--19416585	10	6.5	10	81	15	70	0	23	0	76	0.79
19416522--19416583	31	2.0	28	77	20	54	0	22	0	77	0.77
19416517--19416583	21	3.3	21	80	12	77	0	22	0	77	0.77
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
19416515--19416585	34	2.2	33	82	14	85	0	23	0	76	0.79
19416708--19416733	13	2.0	13	100	0	52	0	38	15	46	1.46
19416846--19416891	11	3.9	12	81	18	53	0	21	0	78	0.76
19416846--19416880	18	1.9	18	88	11	54	0	17	0	82	0.66
19417010--19417099	45	2.0	45	97	0	171	35	27	20	16	1.94
19417134--19417251	30	3.9	29	77	12	96	44	3	22	29	1.69
19419731--19419941	71	3.0	71	95	0	368	29	18	18	33	1.95
19424140--19424180	17	2.4	18	80	12	50	41	0	0	58	0.98
19424996--19425043	19	2.4	20	86	13	64	58	0	0	41	0.98
19427535--19427633	19	5.3	19	77	14	91	69	1	3	26	1.09
19427543--19427633	8	11.0	8	71	17	62	70	1	3	25	1.09
19427536--19427633	21	5.2	18	75	14	74	70	1	3	25	1.08
19427536--19427633	9	10.3	9	75	14	74	70	1	3	25	1.08
19427874--19427933	9	6.1	10	78	20	56	60	0	5	35	1.19
19427874--19427926	20	2.6	21	85	8	65	58	0	5	35	1.22
19427888--19427940	19	3.0	16	80	20	61	67	0	1	30	1.01
19428258--19428347	30	2.9	31	86	5	128	51	10	3	35	1.52
19429753--19429791	21	1.9	20	85	15	53	64	0	15	20	1.30
19447109--19447144	15	2.5	14	86	8	54	44	8	0	47	1.33
19449066--19449137	4	17.2	4	80	11	74	73	0	1	25	0.91
19449066--19449157	30	3.1	29	87	10	125	73	1	1	23	0.96
19462744--19462784	17	2.4	18	92	8	68	24	14	26	34	1.94
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
19476473--19476723	50	4.9	50	88	5	344	26	21	29	22	1.99
19478711--19478840	43	3.0	43	79	2	118	30	24	16	27	1.97
19478768--19478870	43	2.4	43	80	6	118	31	24	18	26	1.98
19480877--19480952	24	3.2	24	86	0	98	22	23	3	50	1.66
19480957--19481251	33	8.8	32	72	7	167	28	25	15	30	1.96
19481073--19481317	101	2.4	101	93	0	409	28	24	16	31	1.96
19481124--19481284	35	4.7	34	72	10	114	28	26	16	29	1.97
19480954--19481215	134	2.0	134	93	0	452	28	24	16	30	1.96
19480957--19481248	134	2.2	134	89	1	442	28	25	16	30	1.96
19488467--19488569	41	2.5	42	88	3	147	30	27	13	29	1.94
19490512--19490562	13	4.0	12	80	12	57	76	0	19	3	0.94
19490907--19490960	18	2.9	19	75	10	58	44	0	12	42	1.43
19496004--19496034	14	2.2	14	94	0	53	19	0	6	74	1.03
19503808--19503847	11	3.6	11	93	0	71	15	35	0	50	1.44
19506529--19506690	42	3.9	42	77	8	143	46	17	20	14	1.84
19506550--19506614	21	3.1	21	65	12	53	47	20	20	12	1.81
19506562--19506626	21	3.1	21	71	2	60	49	18	18	13	1.80
19510124--19510181	28	2.0	29	83	9	75	41	13	17	27	1.87
19515053--19515083	16	1.9	16	93	0	53	16	0	22	61	1.34
19515616--19515699	29	2.6	34	67	21	81	15	9	21	53	1.70
19517480--19517556	38	2.0	38	100	0	154	45	12	10	31	1.76
19523139--19523192	21	2.6	21	81	0	63	31	42	9	16	1.80
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
19524024--19524240	109	2.0	109	99	0	425	35	22	16	25	1.95
19524348--19524466	3	40.0	3	91	1	159	0	36	0	62	1.01
19524870--19524936	9	7.2	9	72	21	50	34	1	1	62	1.13
19531728--19531768	2	20.5	2	100	0	82	0	48	0	51	1.00
19532477--19532567	30	3.0	30	95	0	164	41	20	8	28	1.82
19535107--19535140	17	2.0	17	88	0	50	11	14	5	67	1.39
19536102--19536147	3	15.3	3	100	0	92	34	0	32	32	1.58
19543150--19543242	9	9.9	9	71	16	57	30	3	3	63	1.26
19543150--19543241	38	2.4	38	82	10	109	29	3	3	64	1.25
19543150--19543241	19	4.9	18	73	11	87	29	3	3	64	1.25

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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