genome.fa.s21.2.7.7.80.10.50.1000.83.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Dt_chr13
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  55873576

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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          161   162   163   164   165   166   167   168   169   170   171   172   173   174   175   176   
          177   178   179   180   181   182   

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
25055484--25055518	6	5.7	6	89	3	52	51	2	0	45	1.16
25057701--25057759	25	2.4	25	97	0	109	45	6	20	27	1.76
25065287--25065332	12	3.9	11	81	13	56	32	6	0	60	1.22
25067302--25067544	130	1.9	130	96	0	450	20	24	16	38	1.92
25067654--25067690	19	1.9	19	100	0	74	10	27	21	40	1.86
25070777--25070818	15	2.7	16	82	14	52	45	0	2	52	1.13
25070768--25070809	15	2.9	15	82	10	52	47	0	0	52	1.00
25071031--25071068	16	2.4	16	86	0	58	28	34	2	34	1.71
25071614--25071648	18	2.0	17	88	5	52	54	0	0	45	0.99
25076564--25076598	15	2.3	15	90	0	52	60	2	0	37	1.12
25080213--25080507	156	1.9	156	83	2	387	27	13	17	40	1.88
25086147--25086205	30	2.0	30	89	0	91	11	23	35	28	1.91
25096111--25096136	6	4.3	6	100	0	52	80	0	0	19	0.71
25098110--25098625	89	5.8	88	73	6	387	29	23	16	31	1.96
25098120--25098648	133	4.0	133	87	1	711	29	23	16	30	1.96
25098110--25098649	44	12.2	44	71	8	324	29	23	16	30	1.96
25113886--25113933	15	3.1	15	82	8	53	79	12	2	6	1.01
25119094--25119118	12	2.1	12	100	0	50	36	8	16	40	1.77
25120914--25120958	23	2.0	23	90	0	72	57	4	6	31	1.44
25121055--25121298	70	3.6	66	72	16	169	53	4	6	34	1.48
25121017--25121251	24	10.3	23	69	17	111	55	3	6	34	1.45
25121613--25121664	27	2.0	26	81	11	61	65	0	13	21	1.26
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
25122814--25122873	21	2.9	21	82	9	86	28	0	1	70	0.97
25125578--25125635	24	2.3	25	85	8	82	25	8	15	50	1.73
25127080--25127183	47	2.2	48	77	11	106	43	0	1	54	1.11
25126978--25127233	120	2.1	120	97	0	485	42	0	3	53	1.22
25127046--25127241	61	3.2	61	73	13	215	40	0	4	54	1.25
25127514--25127803	145	2.0	145	98	0	562	34	35	17	12	1.88
25140603--25141029	44	9.6	44	80	1	449	30	16	23	29	1.96
25140603--25141029	89	4.8	89	90	1	633	30	16	23	29	1.96
25141106--25141185	42	1.9	41	87	7	117	30	17	23	28	1.97
25142426--25142463	3	12.7	3	83	10	51	28	0	2	68	1.03
25142930--25143343	114	3.7	112	74	11	344	34	15	21	28	1.94
25143713--25143763	7	7.6	7	91	8	88	15	0	52	31	1.43
25143718--25143785	33	2.1	33	85	0	91	19	0	48	32	1.49
25143862--25143951	7	12.9	7	82	4	92	21	1	47	30	1.58
25143922--25144106	95	1.9	96	82	4	230	27	1	30	41	1.66
25144177--25144203	14	1.9	14	100	0	54	48	0	7	44	1.31
25144240--25144280	18	2.3	18	91	4	66	82	0	4	12	0.81
25144771--25145162	198	2.0	198	90	1	624	28	16	20	33	1.95
25145662--25145686	10	2.5	10	100	0	50	48	12	8	32	1.69
25146163--25146312	73	2.1	73	100	0	300	50	1	6	41	1.37
25146164--25146280	38	3.2	38	67	16	118	53	1	7	36	1.40
25146349--25146713	26	14.1	26	91	3	585	47	20	0	32	1.53
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
25146654--25146741	18	4.4	18	70	25	61	45	20	0	34	1.51
25146705--25146758	9	5.7	10	79	20	55	42	20	0	37	1.52
25146679--25146744	18	3.6	18	84	10	89	46	18	0	34	1.49
25148525--25148602	39	2.0	39	100	0	156	23	20	20	35	1.96
25153778--25153815	16	2.4	16	95	0	67	26	34	2	36	1.71
25162578--25162626	23	2.2	22	85	10	64	44	0	18	36	1.50
25162582--25162629	21	2.3	19	77	19	51	47	0	16	35	1.47
25165308--25165349	17	2.4	18	80	11	52	23	2	7	66	1.28
25171374--25171442	16	4.2	16	96	3	129	24	0	37	37	1.56
25171374--25171442	33	2.1	32	97	2	129	24	0	37	37	1.56
25171658--25171712	15	3.4	16	80	16	53	50	1	0	47	1.11
25171678--25171712	18	2.0	17	88	5	52	54	0	0	45	0.99
25171798--25171953	18	8.0	18	67	24	77	53	1	1	42	1.19
25171864--25171906	22	1.9	23	85	4	61	60	2	0	37	1.10
25171656--25172195	120	4.5	120	90	4	752	52	3	1	42	1.29
25172319--25172397	25	3.3	25	79	16	112	40	7	17	34	1.78
25183953--25183990	19	2.0	19	100	0	76	36	10	15	36	1.82
25188555--25188685	41	3.2	41	72	5	97	22	22	13	41	1.89
25190696--25190801	20	5.3	20	67	8	72	23	23	18	33	1.97
25190686--25190831	40	3.7	41	82	5	174	22	21	19	36	1.95
25195752--25195802	20	2.4	21	83	9	68	25	25	35	13	1.93
25195753--25195810	20	2.8	20	84	5	62	22	24	36	17	1.95
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
25199348--25199381	15	2.3	15	89	0	50	29	0	2	67	1.05
25204575--25204618	24	1.9	22	100	0	70	43	20	9	27	1.82
25209425--25209481	28	2.0	29	96	3	107	61	0	17	21	1.35
25219210--25219309	33	3.0	33	91	0	146	32	21	19	28	1.97
25223785--25223817	14	2.2	16	89	10	52	81	0	9	9	0.87
25228852--25228917	34	1.9	34	100	0	132	53	6	16	24	1.66
25230692--25230771	35	2.3	34	78	20	85	38	2	6	52	1.40
25230896--25230941	19	2.5	18	82	3	56	36	0	4	58	1.18
25231054--25231108	21	2.6	21	91	8	94	27	40	9	23	1.85
25235420--25235449	4	7.5	4	100	0	60	73	0	0	26	0.84
25235586--25235653	28	2.4	28	92	0	118	42	10	0	47	1.37
25235662--25235693	16	2.0	16	93	0	55	65	21	6	6	1.38
25238441--25238471	14	2.2	14	94	0	53	38	9	19	32	1.84
25238882--25238979	27	3.6	27	71	17	103	13	13	21	52	1.74
25241046--25241103	26	2.2	26	96	0	107	34	12	10	43	1.76
25241425--25241501	14	5.0	15	71	20	52	42	15	9	32	1.78
25241441--25241480	20	2.0	20	90	0	62	50	12	10	27	1.72
25241429--25241495	34	1.9	35	90	3	109	46	13	8	31	1.74
25241464--25241503	14	2.9	14	84	0	53	42	17	7	32	1.77
25248883--25248949	23	2.8	23	75	4	62	28	22	32	16	1.95
25249107--25249168	24	2.6	25	80	14	69	37	17	27	17	1.93
25250482--25250525	19	2.5	17	82	13	54	65	2	4	27	1.23
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
25250524--25250562	18	2.1	19	90	4	62	53	2	0	43	1.14
25250776--25250814	19	2.1	19	86	13	55	30	2	0	66	1.05
25256339--25256363	10	2.5	10	100	0	50	12	0	16	72	1.13
25256826--25256881	3	19.7	3	78	10	64	35	3	0	60	1.14
25256919--25256966	24	2.0	25	83	4	62	35	10	8	45	1.68
25256913--25256967	28	2.0	28	88	0	83	34	9	9	47	1.67
25257327--25257416	46	1.9	47	86	2	128	38	10	1	50	1.43
25261510--25261549	16	2.4	16	87	8	53	82	2	12	2	0.87
25261523--25261567	7	6.3	7	84	5	54	84	2	11	2	0.80
25262512--25263290	44	17.8	44	68	9	306	29	19	24	26	1.98
25262472--25262708	131	1.8	131	82	4	309	29	18	24	26	1.98
25262472--25262855	175	2.2	175	89	2	585	30	19	24	26	1.98
25262645--25263315	132	5.1	132	91	0	1006	29	20	23	26	1.99
25263283--25263507	44	5.2	44	76	7	190	31	20	21	26	1.98
25263303--25263546	44	5.7	41	74	8	175	31	18	21	28	1.97
25265192--25265245	26	2.0	28	85	7	76	35	9	7	48	1.63
25265593--25265682	46	1.9	47	84	2	119	38	11	1	48	1.46
25268719--25268750	4	8.0	4	100	0	64	75	0	0	25	0.81
25275597--25275675	40	2.0	40	100	0	158	27	10	16	45	1.79
25279504--25279548	23	2.0	23	82	8	56	55	2	2	40	1.24
25279529--25279636	49	2.2	48	85	6	146	50	3	7	37	1.48
25279557--25279664	48	2.2	47	79	12	128	47	3	7	41	1.49
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
25279818--25279928	58	1.9	59	81	5	136	45	4	12	37	1.63
25280891--25280917	14	1.9	14	100	0	54	88	0	7	3	0.61
25287094--25287138	21	2.1	21	84	8	56	20	6	2	71	1.20
25288633--25288708	15	5.1	15	74	16	52	34	3	2	59	1.30
25288778--25288802	11	2.3	11	100	0	50	36	8	0	56	1.29
25291828--25291877	21	2.3	22	82	10	66	26	12	6	56	1.58
25291948--25291973	12	2.2	12	100	0	52	19	7	15	57	1.62
25292643--25292676	18	1.9	17	94	5	59	82	2	14	0	0.79
25292744--25292782	7	5.7	7	81	6	53	76	2	10	10	1.10
25292743--25292782	13	2.9	14	81	3	55	77	2	10	10	1.08

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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