genome.fa.s21.2.7.7.80.10.50.1000.23.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Dt_chr13
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  55873576

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   21   22   23   24   25   26   27   28   29   30   31   32   
          33   34   35   36   37   38   39   40   41   42   43   44   45   46   47   48   
          49   50   51   52   53   54   55   56   57   58   59   60   61   62   63   64   
          65   66   67   68   69   70   71   72   73   74   75   76   77   78   79   80   
          81   82   83   84   85   86   87   88   89   90   91   92   93   94   95   96   
          97   98   99   100   101   102   103   104   105   106   107   108   109   110   111   112   
          113   114   115   116   117   118   119   120   121   122   123   124   125   126   127   128   
          129   130   131   132   133   134   135   136   137   138   139   140   141   142   143   144   
          145   146   147   148   149   150   151   152   153   154   155   156   157   158   159   160   
          161   162   163   164   165   166   167   168   169   170   171   172   173   174   175   176   
          177   178   179   180   181   182   

This is table  23  of  182  ( 21791 repeats found )

Click on indices to view alignment

Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
7767650--7767707	30	1.9	30	89	0	89	41	3	24	31	1.71
7767919--7767950	13	2.5	13	94	0	55	31	0	12	56	1.37
7768045--7768229	50	3.7	50	99	0	361	26	23	32	16	1.96
7774343--7774477	35	3.7	37	79	10	152	31	10	23	34	1.89
7782188--7782231	20	2.2	20	84	15	56	20	2	0	77	0.88
7782981--7783173	97	1.9	99	84	10	261	31	17	23	27	1.97
7783175--7783207	7	4.7	7	88	11	50	87	0	9	3	0.63
7783182--7783216	16	2.2	16	90	10	54	88	0	11	0	0.51
7784416--7784502	27	3.2	27	80	9	106	37	24	21	16	1.93
7786342--7786392	24	2.1	24	100	0	102	17	19	19	43	1.89
7791233--7791337	27	3.9	27	86	9	135	34	21	24	19	1.96
7792992--7793021	15	2.0	15	93	0	51	50	0	10	40	1.36
7802796--7802853	30	1.9	30	82	6	73	17	22	34	25	1.96
7804372--7804406	3	11.7	3	93	0	61	28	0	2	68	1.04
7804531--7804561	16	1.9	16	93	0	53	74	0	9	16	1.07
7807269--7807298	16	1.9	16	93	6	53	6	13	13	66	1.43
7811559--7811723	62	2.6	62	83	8	174	34	7	12	45	1.70
7812193--7812238	6	7.7	6	82	0	56	6	34	39	19	1.78
7812193--7812238	18	2.6	18	92	0	74	6	34	39	19	1.78
7812884--7812920	14	2.6	14	91	0	56	37	5	21	35	1.77
7814927--7814965	19	2.1	18	85	4	51	2	35	2	58	1.25
7818889--7818937	25	2.0	25	84	4	64	63	8	0	28	1.23
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
7818901--7818946	25	1.9	23	86	8	65	63	8	0	28	1.24
7821611--7821641	14	2.1	15	94	5	55	77	0	22	0	0.77
7823152--7823256	53	2.0	54	84	5	142	27	17	33	21	1.96
7828867--7828891	13	1.9	13	100	0	50	24	24	24	28	2.00
7830328--7830477	26	6.0	24	66	16	65	20	25	20	33	1.97
7830374--7830515	74	1.9	73	81	4	169	19	24	21	34	1.96
7830373--7830528	25	6.4	24	67	16	88	18	24	21	35	1.95
7832949--7833010	27	2.3	27	85	0	79	33	33	6	25	1.82
7837466--7837553	29	3.0	29	85	9	115	19	38	1	40	1.59
7837889--7838252	182	2.0	182	98	0	712	43	11	7	37	1.69
7841411--7841453	2	21.5	2	100	0	86	51	48	0	0	1.00
7845188--7845272	27	3.3	27	74	15	97	32	8	18	40	1.81
7845170--7845272	51	2.0	51	94	0	179	31	9	18	40	1.83
7845170--7845246	24	3.1	24	72	17	66	29	9	18	42	1.81
7847413--7847455	2	21.5	2	100	0	86	0	0	48	51	1.00
7848328--7848355	6	4.7	6	100	0	56	35	0	0	64	0.94
7848333--7848373	21	2.0	20	85	4	55	39	0	0	60	0.96
7854868--7854908	20	2.0	20	100	0	82	36	29	14	19	1.92
7857101--7857125	9	2.8	9	100	0	50	20	24	0	56	1.43
7858049--7858089	20	2.1	20	86	4	57	60	0	4	34	1.18
7858413--7858474	26	2.3	25	76	15	61	30	6	0	62	1.20
7859271--7859311	21	2.0	21	90	0	64	43	9	0	46	1.36
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
7866208--7866305	35	2.6	38	81	14	123	31	22	11	34	1.89
7870494--7870608	42	2.7	42	86	4	142	28	25	13	32	1.94
7870580--7870698	47	2.6	47	84	1	141	30	25	15	28	1.96
7870734--7870823	31	2.9	31	93	0	153	25	26	21	26	1.99
7870806--7870841	18	2.0	18	94	0	63	25	22	19	33	1.97
7870775--7870872	49	2.0	49	93	0	169	23	26	21	28	1.99
7870745--7870905	80	2.0	80	90	2	252	24	24	21	29	1.99
7870824--7870923	31	3.2	32	85	2	116	25	27	17	31	1.97
7870907--7871027	50	2.4	51	88	2	181	24	21	15	38	1.93
7871241--7871292	27	2.0	26	84	3	68	17	26	21	34	1.95
7871671--7871754	42	2.0	42	100	0	168	33	11	11	42	1.78
7877264--7877364	46	2.2	46	84	5	134	47	2	6	42	1.45
7888404--7888450	21	2.2	22	92	3	78	21	19	38	21	1.94
7889369--7889413	20	2.1	21	84	8	56	57	4	0	37	1.19
7893428--7893491	11	5.8	11	72	20	53	67	4	1	26	1.19
7894493--7894522	15	2.0	15	93	0	51	30	0	0	70	0.88
7895571--7895601	12	2.5	12	94	5	53	83	0	9	6	0.79
7899226--7899257	16	1.9	17	93	6	57	50	0	0	50	1.00
7899238--7899305	19	3.2	21	76	18	70	39	0	2	57	1.14
7902018--7902050	17	1.9	17	93	0	57	3	12	0	84	0.72
7903548--7903578	15	2.1	15	93	0	53	29	0	0	70	0.87
7903564--7903637	30	2.4	32	81	6	89	45	0	0	54	1.00
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
7903535--7903690	82	1.9	82	79	9	174	46	2	0	50	1.19
7910850--7911047	97	2.0	98	82	4	240	22	20	11	45	1.83
7915988--7916031	18	2.6	17	86	13	65	68	0	0	31	0.90
7916231--7916260	14	2.1	14	100	0	60	26	13	13	46	1.80
7917541--7917580	9	4.4	9	80	0	53	27	2	0	70	1.01
7920897--7921016	51	2.4	51	91	2	197	32	15	24	28	1.95
7920992--7921017	7	3.7	7	100	0	52	42	11	30	15	1.82
7927208--7927292	37	2.3	35	80	11	100	29	2	2	65	1.17
7927807--7927853	22	2.1	22	88	0	76	61	6	0	31	1.21
7937139--7937225	39	2.2	39	95	0	156	41	26	9	22	1.84
7939188--7939269	30	2.8	28	80	8	92	30	2	3	63	1.24
7940126--7940165	18	2.3	19	87	12	59	62	0	0	37	0.95
7940484--7940528	22	2.0	22	95	0	81	22	15	26	35	1.94
7945535--7945585	16	3.2	15	78	15	50	68	1	0	29	1.00
7945557--7945620	24	2.6	26	78	7	71	59	3	0	37	1.13
7949169--7949203	17	2.1	17	88	0	52	85	2	11	0	0.69
7953325--7953368	21	2.1	21	100	0	88	36	0	27	36	1.57
7955957--7955992	13	2.8	14	84	16	51	27	25	0	47	1.52
7955944--7955984	18	2.2	19	87	12	59	29	24	0	46	1.53
7956107--7956241	39	3.4	38	73	8	101	28	28	20	23	1.99
7956481--7956519	18	2.1	19	90	4	62	48	10	0	41	1.37
7957835--7957887	5	10.0	5	80	11	61	54	3	0	41	1.18
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
7957834--7957889	12	4.5	12	77	16	60	53	3	0	42	1.18
7962691--7962724	17	1.9	18	94	5	61	14	26	41	17	1.88
7965938--7965991	19	2.6	21	77	17	58	31	1	11	55	1.45
7973838--7973900	23	2.8	22	85	4	72	28	22	30	19	1.98
7994159--7994193	5	6.6	5	90	9	52	60	0	0	40	0.97
7996200--7996224	3	8.3	3	100	0	50	32	0	36	32	1.58
7997033--7997077	19	2.3	20	96	3	83	28	11	11	48	1.73
7997154--7997196	18	2.4	18	96	0	77	46	2	0	51	1.13
8004445--8004495	24	2.1	24	92	0	84	39	37	3	19	1.70
8004502--8004555	26	2.1	26	96	0	99	35	9	12	42	1.75
8007039--8007089	25	2.1	24	85	7	68	45	0	11	43	1.40
8007078--8007141	33	2.0	32	90	3	101	26	9	25	39	1.86
8007085--8007158	33	2.3	33	80	2	87	28	8	25	37	1.84
8009081--8009134	26	2.1	26	96	0	99	35	12	12	38	1.82
8009571--8009596	6	4.3	6	100	0	52	15	15	69	0	1.20
8025549--8025577	4	7.2	4	100	0	58	51	0	0	48	1.00
8030097--8030140	21	2.1	21	82	0	52	34	25	2	38	1.68
8030295--8030381	18	4.8	18	68	22	58	32	1	3	63	1.19
8030315--8030395	19	4.5	19	70	14	55	32	2	2	62	1.21
8030332--8030407	19	4.2	19	66	24	56	34	1	2	61	1.18
8030298--8030407	53	2.1	53	96	0	202	33	1	2	61	1.20
8032172--8032223	21	2.5	21	78	12	70	38	46	13	1	1.54
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
8035403--8035899	126	4.0	126	82	2	558	29	16	15	38	1.90
8035961--8036033	30	2.5	30	80	10	89	39	20	1	38	1.61
8035956--8036033	28	2.7	28	78	9	86	39	20	2	37	1.66
8036043--8036075	7	4.7	7	96	0	57	54	33	0	12	1.37
8036071--8036115	18	2.6	18	92	3	74	46	17	0	35	1.49
8036077--8036151	27	2.8	28	71	17	77	46	14	0	38	1.45
8036968--8036993	12	2.2	12	100	0	52	61	7	15	15	1.55
8037445--8037502	13	4.7	12	83	12	73	72	10	1	15	1.19
8038808--8038863	22	2.6	21	72	8	58	17	3	33	44	1.66
8039859--8039903	23	1.9	24	90	4	74	37	0	2	60	1.09

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   21   22   23   24   25   26   27   28   29   30   31   32   
          33   34   35   36   37   38   39   40   41   42   43   44   45   46   47   48   
          49   50   51   52   53   54   55   56   57   58   59   60   61   62   63   64   
          65   66   67   68   69   70   71   72   73   74   75   76   77   78   79   80   
          81   82   83   84   85   86   87   88   89   90   91   92   93   94   95   96   
          97   98   99   100   101   102   103   104   105   106   107   108   109   110   111   112   
          113   114   115   116   117   118   119   120   121   122   123   124   125   126   127   128   
          129   130   131   132   133   134   135   136   137   138   139   140   141   142   143   144   
          145   146   147   148   149   150   151   152   153   154   155   156   157   158   159   160   
          161   162   163   164   165   166   167   168   169   170   171   172   173   174   175   176   
          177   178   179   180   181   182