genome.fa.s21.2.7.7.80.10.50.1000.80.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Dt_chr13
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  55873576

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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          161   162   163   164   165   166   167   168   169   170   171   172   173   174   175   176   
          177   178   179   180   181   182   

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
24203467--24203666	48	4.1	47	85	8	231	23	14	28	34	1.94
24203467--24203666	95	2.0	95	84	9	251	23	14	28	34	1.94
24208850--24208905	13	4.4	13	70	4	51	26	1	1	69	1.08
24228928--24229027	28	3.6	28	93	0	164	30	27	12	31	1.92
24230927--24231016	11	8.6	11	75	17	61	32	2	0	65	1.05
24230913--24231005	39	2.4	39	98	1	179	27	2	0	69	0.99
24236423--24236535	47	2.4	47	92	2	183	35	13	16	34	1.88
24243840--24243882	22	2.0	22	85	0	59	55	6	13	23	1.62
24243847--24243895	22	2.2	22	82	7	55	57	4	18	20	1.57
24249682--24249743	28	2.2	28	85	5	81	27	11	16	45	1.81
24249996--24250227	125	1.9	124	87	2	340	29	15	22	32	1.94
24253256--24253315	27	2.2	27	96	0	111	43	11	6	38	1.68
24253494--24253643	23	6.3	23	76	13	124	28	1	25	45	1.62
24253509--24253571	18	3.2	18	82	11	54	26	0	28	44	1.55
24253531--24253971	59	7.7	51	78	16	201	29	0	22	47	1.55
24253572--24254863	28	48.5	26	77	18	1085	28	1	22	47	1.61
24253644--24254858	51	22.9	51	92	5	1836	28	1	22	47	1.61
24254793--24254844	23	2.3	21	100	0	68	25	3	25	46	1.70
24256996--24257029	15	2.3	15	90	5	52	67	5	0	26	1.13
24257227--24257268	22	1.9	22	90	0	66	33	0	33	33	1.58
24257240--24257298	30	2.0	30	93	0	100	33	0	35	30	1.58
24257270--24257346	22	3.5	22	87	1	111	38	1	27	32	1.65
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
24257218--24257320	52	2.0	51	84	5	136	34	0	32	33	1.58
24264166--24264195	5	6.0	5	100	0	60	60	20	0	20	1.37
24265390--24265438	9	5.4	9	87	0	71	42	24	8	24	1.81
24265541--24265584	18	2.4	18	92	0	70	15	2	40	40	1.60
24277463--24277497	18	1.9	18	88	11	54	40	17	25	17	1.90
24286938--24286972	18	2.0	18	88	5	54	11	28	48	11	1.74
24287884--24287931	18	2.7	18	78	9	62	41	2	16	39	1.60
24291193--24291259	33	2.0	33	97	0	125	43	2	17	35	1.65
24295610--24295690	26	3.1	26	86	10	112	19	25	19	34	1.96
24295621--24295690	26	2.7	26	95	0	122	18	25	21	34	1.96
24301110--24301347	50	4.8	50	84	5	243	24	28	20	26	1.99
24308689--24308923	50	4.7	49	78	6	161	23	28	20	27	1.99
24308683--24308923	100	2.4	99	75	4	227	23	28	20	27	1.99
24313145--24313228	42	2.0	42	92	0	141	28	10	23	36	1.89
24313271--24313339	25	2.8	24	72	12	68	14	24	23	37	1.92
24313548--24313609	25	2.5	25	84	2	81	24	22	19	33	1.97
24313600--24313656	26	2.2	25	78	12	62	22	21	22	33	1.97
24313983--24314028	23	2.0	23	95	0	83	23	21	10	43	1.84
24314827--24314921	42	2.3	41	90	3	147	17	31	31	18	1.95
24317049--24317210	42	3.9	41	77	9	166	32	27	16	22	1.96
24325338--24325380	5	8.2	5	84	5	50	27	0	0	72	0.85
24325826--24325852	12	2.2	12	100	0	54	33	14	14	37	1.88
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
24327221--24327282	29	2.1	29	85	5	81	19	20	27	32	1.97
24328650--24328718	31	2.2	31	79	5	77	55	4	5	34	1.44
24339248--24339310	16	4.2	16	71	19	64	41	4	26	26	1.76
24339251--24339310	27	2.2	27	93	0	102	40	5	28	26	1.77
24339525--24339573	10	5.1	10	73	16	50	51	2	0	46	1.12
24343656--24343705	3	16.7	3	83	8	66	38	0	2	60	1.09
24343790--24343996	104	2.0	104	95	0	369	38	16	14	29	1.89
24350835--24350912	22	3.5	22	84	5	95	32	20	28	19	1.97
24350836--24350946	22	5.0	22	80	9	77	33	20	26	19	1.97
24354424--24354614	51	3.8	51	79	11	230	31	27	17	24	1.97
24354422--24354606	101	1.8	102	88	5	286	31	26	17	23	1.97
24363791--24363865	31	2.4	31	75	4	80	34	6	5	53	1.50
24365233--24365294	29	2.1	29	85	5	81	32	27	20	19	1.97
24369336--24369444	50	2.2	50	83	3	130	26	24	20	28	1.99
24369557--24371281	45	38.3	46	91	3	2433	29	24	17	28	1.97
24373041--24373092	16	3.3	15	78	7	59	3	9	5	80	0.99
24373040--24373105	22	3.2	22	85	10	88	3	10	7	78	1.05
24376252--24376376	37	3.4	36	72	16	96	52	1	9	36	1.44
24383877--24383943	29	2.2	30	84	5	82	53	10	13	22	1.69
24391629--24391678	25	2.0	25	100	0	100	24	24	20	32	1.98
24392630--24392663	16	2.2	16	89	5	52	32	0	11	55	1.36
24393249--24393402	56	2.8	55	84	3	202	44	14	9	31	1.77
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
24396713--24396869	56	2.8	56	91	0	251	45	16	8	29	1.77
24397873--24397996	42	3.0	42	83	2	142	41	16	25	16	1.89
24397902--24397964	21	3.0	21	68	9	56	38	14	26	20	1.91
24398404--24398446	22	2.0	22	100	0	86	30	32	0	37	1.58
24410139--24410171	4	8.2	4	100	0	66	51	24	0	24	1.48
24411559--24411608	22	2.3	22	80	13	59	58	0	0	42	0.98
24412107--24412153	19	2.5	19	77	12	53	61	0	2	36	1.08
24412171--24412242	30	2.4	31	83	6	85	66	1	2	29	1.14
24412448--24412586	9	14.7	9	69	18	70	33	2	1	62	1.19
24412447--24412487	10	4.6	9	82	17	50	31	2	0	65	1.05
24412474--24412539	20	3.3	20	81	10	82	31	4	1	62	1.25
24412448--24412557	19	5.9	18	73	10	87	30	3	0	64	1.17
24412625--24412810	87	2.2	87	81	10	231	34	6	14	44	1.71
24413377--24413422	23	2.0	23	91	0	74	10	23	10	54	1.67
24418203--24418288	43	2.0	43	88	4	129	50	2	23	24	1.61
24418244--24418273	16	1.9	16	93	6	53	53	3	16	26	1.59
24422279--24422377	49	2.0	49	92	0	162	42	7	24	26	1.80
24429442--24429474	17	2.0	17	88	5	50	27	0	3	69	1.03
24433204--24433307	52	2.0	52	92	0	172	39	18	12	29	1.87
24443140--24443194	28	1.9	29	92	3	94	36	10	29	23	1.89
24450248--24450320	37	2.0	37	91	0	119	27	8	21	42	1.81
24450659--24450748	44	2.0	45	89	6	139	30	8	15	45	1.77
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
24450055--24451034	492	2.0	483	89	5	1519	29	12	16	40	1.86
24454805--24454846	6	7.0	6	78	10	50	16	35	2	45	1.61
24463240--24463335	30	3.2	30	90	0	156	16	44	16	21	1.86
24473346--24473391	23	1.9	23	82	8	56	2	17	8	71	1.21
24479406--24479441	18	1.9	19	88	5	56	63	5	2	27	1.30
24479590--24479621	16	2.0	16	93	0	55	43	0	3	53	1.16
24480836--24480875	11	3.7	10	84	15	53	85	2	0	12	0.71
24482685--24482724	14	3.0	13	89	7	62	50	0	0	50	1.00
24486076--24486150	19	3.8	19	89	6	123	36	17	10	36	1.84
24486496--24486940	44	10.1	43	81	5	421	30	24	15	29	1.95
24486493--24486940	89	5.1	88	83	4	528	30	24	14	30	1.95
24486977--24487116	44	3.2	45	71	8	160	19	27	25	28	1.98
24486924--24488446	88	17.3	88	85	2	1375	23	26	24	25	2.00
24486919--24488300	131	10.5	131	75	4	931	23	26	24	25	2.00
24487022--24488124	219	5.0	219	96	0	1891	23	26	24	25	2.00
24495353--24495407	21	2.7	21	88	5	78	36	16	10	36	1.84
24499811--24499879	31	2.2	31	82	5	86	33	4	10	52	1.55
24500302--24500353	19	2.7	20	73	8	54	61	3	0	34	1.14
24500324--24500360	16	2.3	16	90	9	58	62	0	0	37	0.96
24513279--24513338	28	2.1	28	81	6	68	5	21	5	68	1.29
24514086--24515000	463	2.0	463	98	0	1776	30	12	20	36	1.89
24516629--24516694	23	2.9	22	80	8	78	21	27	18	33	1.96
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
24523429--24523626	107	1.9	107	86	0	288	27	14	23	33	1.94
24526728--24526800	22	3.2	22	67	18	60	52	9	0	38	1.34
24527188--24527289	11	9.8	11	65	19	58	55	1	13	28	1.49
24527188--24527267	29	2.7	30	84	1	108	56	2	15	26	1.52
24527241--24527290	23	2.1	24	88	3	75	58	0	12	30	1.34
24527190--24527314	29	4.6	27	72	17	89	57	1	12	28	1.45
24527402--24527483	12	6.8	12	74	12	53	52	0	19	28	1.46
24527641--24527703	28	2.3	27	83	8	74	58	0	15	25	1.37
24527668--24527734	21	3.3	21	80	14	70	62	0	14	22	1.32
24527809--24527911	5	18.6	5	70	18	62	51	0	16	32	1.45

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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