genome.fa.s5.2.7.7.80.10.50.1000.1.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Dt_chr8
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  56894857

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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          145   146   147   148   149   150   151   152   153   154   155   156   157   158   159   160   
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This is table  1  of  185  ( 22150 repeats found )

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
874--1125	46	5.5	46	92	1	393	28	23	14	33	1.94
3383--3491	23	4.7	23	84	0	146	32	27	20	20	1.97
3383--3490	46	2.3	46	95	0	198	31	27	20	20	1.97
4247--4679	216	2.0	216	100	0	866	37	10	15	36	1.82
13728--13771	21	2.0	22	91	4	72	45	0	9	45	1.35
13767--13916	69	2.2	69	85	2	203	40	5	18	36	1.74
17046--17223	69	2.6	68	82	6	216	42	4	16	36	1.68
19727--19853	68	1.9	67	83	4	166	40	4	18	36	1.72
19998--20039	22	2.0	22	85	4	59	38	2	14	45	1.58
26659--26698	17	2.2	19	91	8	66	50	7	0	42	1.30
32729--32761	3	11.0	3	100	0	66	66	0	33	0	0.92
35905--35953	24	2.0	25	92	4	82	32	0	0	67	0.91
36249--36399	54	2.9	51	72	13	137	30	1	9	58	1.39
40712--40767	21	2.7	21	94	0	94	28	8	33	28	1.87
41301--41480	91	2.0	89	88	4	265	57	14	0	27	1.41
41387--41614	112	2.0	111	89	2	350	58	12	0	27	1.40
41523--41857	90	3.5	95	82	10	394	58	16	0	24	1.43
41302--41840	299	1.8	293	82	8	677	58	14	0	26	1.42
44891--44928	14	2.4	17	87	12	55	47	0	0	52	1.00
45004--45044	21	1.9	22	85	5	57	43	2	0	53	1.13
48482--48545	21	3.0	22	72	9	69	20	18	25	35	1.95
50778--50826	21	2.4	20	86	6	71	22	28	8	40	1.82
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
54110--54185	40	1.9	40	91	0	125	42	14	22	21	1.89
54110--54177	19	3.5	19	82	7	91	42	14	22	20	1.88
54129--54235	21	5.2	21	80	4	110	44	15	21	17	1.86
58267--58322	25	2.2	25	90	0	85	48	17	5	28	1.69
61001--61032	16	2.0	16	100	0	64	31	0	18	50	1.48
63716--63741	2	13.0	2	100	0	52	0	50	0	50	1.00
65422--65458	18	1.9	18	89	10	56	70	2	0	27	1.01
65890--65919	15	1.9	16	93	6	53	26	0	0	73	0.84
65915--65949	18	1.9	18	94	0	61	22	0	5	71	1.07
81448--81570	46	2.7	46	79	9	135	26	16	24	33	1.96
91951--91981	3	10.3	3	100	0	62	67	0	0	32	0.91
92955--92985	3	10.3	3	100	0	62	67	0	0	32	0.91
95073--95111	21	1.9	20	89	5	60	20	2	7	69	1.26
95064--95111	20	2.4	20	82	6	62	20	2	8	68	1.26
108758--108882	41	3.0	41	97	0	241	40	9	16	33	1.80
112656--112742	20	4.4	19	81	10	63	68	6	3	20	1.27
112669--112759	20	4.7	19	80	10	94	68	6	2	23	1.25
112850--112898	21	2.3	21	89	0	71	53	4	2	40	1.32
113521--113565	7	6.3	7	82	5	54	24	0	0	75	0.80
123640--123694	23	2.2	26	90	9	89	45	1	5	47	1.36
124852--124886	3	11.7	3	100	0	70	68	0	0	31	0.90
127903--127988	40	2.2	40	85	4	111	52	6	3	37	1.46
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
129170--129210	19	2.2	19	91	4	66	36	0	4	58	1.20
135620--135903	99	2.9	100	86	4	353	29	21	24	24	1.99
135758--135903	49	2.9	49	65	9	116	26	21	27	23	1.99
135761--135929	50	3.4	50	69	8	137	28	20	26	24	1.99
136060--136193	44	3.0	43	94	2	223	33	15	24	26	1.95
136060--136232	88	2.0	88	80	6	199	32	18	22	26	1.97
136363--136456	44	2.1	44	84	9	120	30	15	25	27	1.96
137502--137533	16	2.0	16	100	0	64	18	18	56	6	1.62
137984--138031	7	7.2	6	86	9	51	20	2	2	75	1.02
137992--138034	15	3.1	14	87	12	63	23	2	0	74	0.93
144351--144408	25	2.3	24	82	8	71	25	27	17	29	1.97
144361--144443	25	3.3	25	81	5	96	26	25	18	30	1.98
144351--144446	50	1.9	50	81	8	115	25	26	18	30	1.98
147995--148053	30	2.0	30	89	0	91	22	13	15	49	1.79
149296--149335	20	2.0	20	95	0	71	15	22	25	37	1.93
158368--158412	20	2.2	20	88	4	63	35	6	6	51	1.55
158373--158467	36	2.6	36	83	12	122	42	9	9	38	1.70
158368--158443	21	4.0	20	68	18	63	42	9	7	40	1.66
158728--158785	28	2.1	29	87	6	84	58	0	3	37	1.15
158951--158998	9	5.2	9	77	5	51	0	18	2	79	0.84
159226--159270	9	5.1	9	86	5	65	0	26	0	73	0.84
159779--159911	30	4.5	30	79	7	146	42	4	23	29	1.73
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
159760--159911	59	2.5	60	79	8	175	43	4	21	30	1.73
165859--165930	30	2.4	30	86	4	92	20	19	33	26	1.97
167624--167676	27	2.0	27	85	7	72	62	1	3	32	1.24
167643--167696	9	6.1	9	75	16	51	62	1	1	33	1.16
168127--168184	10	5.8	9	78	13	53	31	1	1	65	1.13
168135--168184	20	2.4	21	84	12	68	32	2	0	66	1.03
168192--168230	19	2.0	20	90	5	62	35	0	5	58	1.20
168226--168287	9	6.3	9	74	22	54	22	1	4	70	1.14
168217--168291	20	3.8	20	81	16	79	25	1	5	68	1.19
168217--168289	29	2.5	29	76	6	76	24	1	4	69	1.13
168755--168790	15	2.6	14	91	8	56	47	0	2	50	1.15
169540--169594	28	2.0	29	85	7	78	63	5	7	23	1.41
170452--170538	43	2.0	43	95	0	156	49	21	3	25	1.65
176749--176913	83	2.0	83	98	0	321	44	11	15	28	1.82
180512--180710	89	2.2	89	84	3	265	37	21	8	32	1.84
180756--180854	27	3.6	27	78	6	83	63	3	2	31	1.21
180824--180895	19	3.6	19	74	9	72	66	2	2	27	1.19
180842--180936	30	3.1	30	80	8	86	65	3	4	27	1.26
181158--181205	10	4.9	10	76	5	53	45	0	0	54	0.99
181160--181215	19	2.9	19	84	5	60	46	1	0	51	1.11
182920--182951	16	2.0	16	100	0	64	56	18	12	12	1.67
192133--193071	469	2.0	469	98	0	1824	26	24	16	33	1.96
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
195488--195804	156	2.0	156	96	0	589	29	18	19	32	1.96
198049--198113	31	2.1	30	85	2	85	43	9	16	30	1.80
199603--199641	18	2.2	18	100	0	78	28	28	15	28	1.96
216135--216289	63	2.5	63	97	0	301	20	20	16	42	1.89
221936--221986	26	1.9	27	92	4	86	68	1	0	29	1.00
221949--221987	18	2.3	16	86	8	51	69	0	0	30	0.89
222225--222350	64	2.0	65	87	4	184	37	10	3	49	1.53
228125--228177	27	2.0	27	92	0	88	33	16	20	28	1.95
237895--237984	31	2.9	30	75	8	81	40	8	5	45	1.59
247436--247511	40	1.9	40	86	5	109	21	28	27	22	1.99
250972--251258	51	5.6	51	77	3	231	25	16	26	30	1.97
250972--251258	102	2.8	102	88	1	425	25	16	26	30	1.97
261424--261474	25	2.0	26	96	3	95	31	11	3	52	1.56
261428--261488	25	2.4	25	86	8	79	34	9	4	50	1.57
262828--262899	16	4.5	16	76	0	72	27	27	2	41	1.70
262950--262997	25	2.0	25	88	8	73	31	16	16	35	1.92
263212--263252	21	1.9	22	90	5	66	26	4	7	60	1.43
263742--263776	18	2.0	17	88	5	52	11	17	8	62	1.52
268476--268560	4	20.5	4	71	7	62	50	3	2	43	1.32
268482--268560	21	3.6	21	74	14	70	51	2	2	43	1.28
268485--268550	25	2.6	25	97	0	123	51	3	3	42	1.32
270495--270530	18	2.0	18	88	0	54	58	19	5	16	1.58
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
274027--274073	21	2.2	22	92	3	78	21	19	38	21	1.94
286815--286880	29	2.2	30	86	5	98	36	25	12	25	1.91
294263--294810	282	1.9	285	83	5	700	36	13	9	40	1.78
301565--301649	42	2.0	42	100	0	170	21	11	21	45	1.83
302757--302825	22	3.2	22	67	29	67	21	11	21	44	1.84
302776--302843	21	3.2	21	68	15	68	23	13	22	41	1.89
302760--302845	42	2.0	42	100	0	172	23	11	22	43	1.86
307788--307817	11	2.6	11	94	5	51	60	0	3	36	1.14
310222--310263	14	3.0	14	83	16	52	64	0	2	33	1.07
310235--310271	19	1.9	19	88	0	56	64	0	2	32	1.07

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   21   22   23   24   25   26   27   28   29   30   31   32   
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          49   50   51   52   53   54   55   56   57   58   59   60   61   62   63   64   
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