genome.fa.s5.2.7.7.80.10.50.1000.68.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Dt_chr8
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  56894857

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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          129   130   131   132   133   134   135   136   137   138   139   140   141   142   143   144   
          145   146   147   148   149   150   151   152   153   154   155   156   157   158   159   160   
          161   162   163   164   165   166   167   168   169   170   171   172   173   174   175   176   
          177   178   179   180   181   182   183   184   185   

This is table  68  of  185  ( 22150 repeats found )

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
21433464--21433527	20	3.2	20	68	0	56	12	35	20	31	1.90
21433328--21433578	40	6.3	40	86	0	331	15	29	17	37	1.91
21439659--21439723	20	3.2	20	61	8	51	13	32	13	40	1.85
21439625--21439834	79	2.6	79	79	0	213	17	30	14	38	1.89
21439620--21439834	40	5.4	40	79	1	225	16	31	13	38	1.88
21440229--21440253	13	1.9	13	100	0	50	32	32	16	20	1.94
21446777--21446888	28	4.0	28	80	3	127	26	19	13	40	1.89
21457273--21457340	29	2.3	29	89	0	109	16	10	26	47	1.78
21457415--21457622	29	7.2	29	78	1	177	25	15	24	34	1.95
21457415--21457638	58	3.9	58	81	1	227	26	15	23	34	1.94
21457499--21457638	29	4.9	29	83	0	156	25	15	23	35	1.94
21463985--21464015	12	2.6	12	100	0	62	35	0	41	22	1.54
21465802--21465828	13	2.1	13	100	0	54	51	0	11	37	1.37
21465881--21465971	43	2.1	43	100	0	182	49	16	0	34	1.46
21465938--21465998	27	2.3	27	97	0	113	47	14	1	36	1.55
21474711--21474860	43	3.5	43	80	5	162	25	16	28	30	1.97
21478313--21478350	6	6.0	6	88	11	58	18	0	2	78	0.86
21480475--21480515	17	2.4	18	84	12	59	14	26	0	58	1.37
21482955--21483028	29	2.6	29	86	4	96	27	16	31	25	1.96
21489846--21490180	47	7.1	47	92	2	521	32	8	29	29	1.86
21490299--21490377	37	2.1	37	90	0	122	24	18	31	25	1.98
21500627--21500662	16	2.2	17	90	5	56	11	52	0	36	1.37
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
21511796--21512164	185	2.0	185	98	0	711	33	8	15	42	1.77
21517136--21517182	21	2.2	22	92	3	78	21	19	38	21	1.94
21519699--21519810	61	1.9	58	85	5	152	41	6	3	49	1.45
21519808--21519870	32	2.0	32	100	0	126	41	3	12	42	1.59
21523070--21523105	18	1.9	19	94	5	65	52	0	2	44	1.15
21527382--21527477	48	2.0	49	93	2	167	56	5	23	14	1.59
21527943--21527981	20	1.9	21	84	5	53	58	7	5	28	1.47
21529246--21529317	26	2.8	26	87	6	76	15	6	38	38	1.74
21529258--21529317	26	2.3	26	91	5	95	16	5	36	41	1.70
21529665--21529786	44	2.8	44	80	7	140	30	24	17	27	1.97
21529666--21529873	44	4.7	44	71	10	131	25	25	20	28	1.99
21529945--21530368	129	3.3	129	87	2	609	25	23	19	32	1.98
21531673--21531703	13	2.3	13	94	5	53	12	12	0	74	1.08
21531673--21531703	7	4.6	7	92	8	55	12	12	0	74	1.08
21536710--21536758	23	2.1	23	100	0	98	34	14	24	26	1.94
21542154--21542207	21	2.6	21	90	0	90	24	9	37	29	1.86
21542803--21543017	112	1.9	112	100	0	430	36	16	14	32	1.89
21549426--21549488	17	3.5	17	79	14	56	19	1	6	73	1.13
21551584--21551725	50	2.8	50	84	0	185	27	23	27	21	1.99
21560979--21561103	50	2.5	49	79	3	133	22	28	22	26	1.99
21562754--21562864	56	2.0	56	90	0	177	25	26	21	27	2.00
21564629--21565267	318	2.0	320	97	0	1201	34	23	7	34	1.84
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
21566105--21566288	51	3.7	49	80	5	181	29	27	17	25	1.98
21566103--21566287	101	1.8	102	88	3	284	30	27	17	24	1.97
21566098--21566325	101	2.2	102	81	3	264	29	27	16	26	1.97
21566398--21566422	10	2.5	10	100	0	50	8	20	0	72	1.10
21568992--21569073	42	2.0	42	85	4	112	30	24	14	30	1.95
21571606--21571636	16	1.9	16	93	0	53	19	16	3	61	1.48
21571865--21572000	50	2.7	51	81	4	159	29	29	16	24	1.97
21577649--21577680	16	2.0	16	93	0	55	25	15	0	59	1.36
21577905--21578048	50	2.9	50	79	5	164	30	28	14	26	1.95
21586543--21586585	19	2.3	18	81	18	52	16	2	6	74	1.14
21588406--21588461	20	2.8	20	86	0	76	10	25	23	41	1.86
21591031--21591061	16	1.9	16	93	0	53	35	0	9	54	1.33
21591030--21591068	16	2.4	16	82	4	51	33	0	7	58	1.26
21601639--21601676	19	2.0	19	94	0	67	28	26	5	39	1.78
21607543--21607602	26	2.3	26	82	5	68	31	21	21	25	1.98
21607556--21607608	26	2.0	27	89	10	83	26	20	22	30	1.98
21608881--21608920	6	7.2	6	91	2	50	62	0	2	35	1.09
21609160--21609205	21	2.2	21	84	3	58	39	8	19	32	1.82
21619364--21619399	6	6.2	6	93	6	65	16	0	0	83	0.65
21619904--21620979	215	5.0	215	99	0	2143	38	7	17	35	1.79
21648117--21648187	20	3.5	20	75	3	70	23	21	21	33	1.97
21648120--21648224	41	2.6	40	80	4	120	23	20	20	35	1.96
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
21649113--21649155	22	2.0	22	81	9	52	13	11	11	62	1.54
21650163--21650188	5	5.2	5	100	0	52	42	0	0	57	0.98
21651599--21651657	26	2.3	25	91	5	100	16	27	6	49	1.71
21656758--21656859	53	1.9	53	81	0	123	26	25	25	22	2.00
21662219--21662264	19	2.3	21	82	17	62	15	0	13	71	1.14
21664023--21664097	25	3.0	25	83	9	82	32	18	21	28	1.97
21664050--21664127	24	3.2	24	79	15	97	34	12	21	30	1.91
21665252--21665316	27	2.5	26	73	12	69	43	6	1	49	1.37
21670098--21670271	89	2.0	89	92	0	294	35	20	15	28	1.93
21672931--21672964	16	2.2	15	89	5	50	44	0	0	55	0.99
21677541--21677625	42	2.0	42	93	0	143	34	5	16	43	1.72
21678027--21678085	30	2.0	30	96	0	109	20	15	25	38	1.91
21683621--21683659	20	2.0	20	85	10	53	2	7	15	74	1.15
21684921--21684950	14	2.1	14	93	0	51	6	10	6	76	1.15
21687122--21687168	25	2.0	23	83	8	58	10	31	4	53	1.55
21689513--21689797	50	5.7	50	91	0	417	26	21	31	20	1.98
21699801--21699845	22	2.0	23	82	8	56	40	24	4	31	1.75
21705165--21705207	20	2.1	21	82	4	52	0	39	0	60	0.97
21705314--21705355	15	2.7	15	80	16	50	7	16	0	76	1.00
21707858--21707995	50	2.8	50	81	0	159	23	31	20	25	1.98
21710076--21710118	6	7.2	6	100	0	86	16	16	0	67	1.24
21713636--21713710	37	2.0	37	89	0	114	36	4	14	45	1.64
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
21722846--21722876	3	10.3	3	92	0	53	64	0	32	3	1.09
21729023--21729082	31	1.9	31	83	6	77	46	13	6	33	1.69
21734662--21734839	27	6.6	27	83	3	205	26	15	28	29	1.96
21734663--21734818	82	1.9	81	88	3	233	26	15	28	29	1.96
21734659--21734839	82	2.2	81	83	2	229	27	15	27	29	1.96
21742725--21742902	27	6.6	27	83	3	205	26	15	28	29	1.96
21742726--21742881	82	1.9	81	88	3	233	26	15	28	29	1.96
21742722--21742902	82	2.2	81	83	2	229	27	15	27	29	1.96
21746090--21746118	15	1.9	15	100	0	58	62	10	6	20	1.50
21755372--21755461	9	9.8	9	81	4	99	36	1	37	24	1.63
21755376--21755461	19	4.7	18	77	8	75	37	1	37	24	1.63
21755402--21755461	28	2.1	28	87	0	84	35	1	40	23	1.65
21755376--21755461	37	2.3	37	82	5	111	37	1	37	24	1.63
21755842--21755893	26	2.0	26	85	7	70	44	0	3	51	1.19
21755877--21755922	21	2.1	22	84	11	60	41	0	2	56	1.11
21755857--21755916	20	3.0	21	80	9	63	45	0	1	53	1.10
21762948--21763027	40	2.0	40	85	4	108	30	22	22	25	1.99
21763145--21763271	40	3.2	39	81	6	130	29	19	25	25	1.99
21763458--21763494	14	2.5	15	95	4	67	18	0	45	35	1.50
21763561--21763719	64	2.5	64	79	11	155	21	0	35	42	1.58
21763617--21763696	21	3.7	22	74	17	78	20	0	40	40	1.52
21763738--21763806	28	2.4	28	83	13	88	18	2	39	39	1.66
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
21763760--21763857	7	13.9	7	73	14	76	25	1	33	39	1.63
21763954--21764220	125	2.1	125	83	6	326	34	14	21	29	1.93
21765929--21766190	123	2.1	122	90	4	413	42	9	3	44	1.54
21766146--21766198	20	2.6	21	78	3	63	41	11	0	47	1.39
21766077--21766311	97	2.4	100	92	2	395	42	8	1	46	1.45
21766318--21766392	12	6.2	12	83	14	100	42	6	0	50	1.28
21766318--21766392	27	3.1	24	83	14	100	42	6	0	50	1.28
21766384--21766675	100	2.9	100	98	0	566	44	8	1	46	1.40
21766832--21766910	9	8.8	9	73	5	52	45	15	1	37	1.54
21778093--21778229	50	2.7	50	83	0	175	25	22	29	22	1.99

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