genome.fa.s5.2.7.7.80.10.50.1000.7.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Dt_chr8
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  56894857

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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          161   162   163   164   165   166   167   168   169   170   171   172   173   174   175   176   
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This is table  7  of  185  ( 22150 repeats found )

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
1873526--1873579	3	18.0	3	100	0	108	66	0	0	33	0.92
1877065--1877092	9	3.1	9	100	0	56	89	0	0	10	0.49
1878663--1878828	89	1.9	89	88	2	253	25	22	19	31	1.98
1878669--1878901	45	5.2	45	71	4	159	25	24	21	29	1.99
1891190--1891217	9	3.1	9	100	0	56	89	0	0	10	0.49
1894935--1895172	49	4.8	49	81	8	266	53	13	8	23	1.67
1894935--1895172	99	2.4	99	84	6	293	53	13	8	23	1.67
1895065--1895200	55	2.6	50	79	12	148	52	11	8	27	1.64
1896738--1896809	33	2.3	32	77	13	78	9	15	8	66	1.43
1900927--1902554	814	2.0	814	100	0	3256	37	10	27	24	1.89
1932927--1932987	27	2.2	28	77	13	74	52	3	1	42	1.27
1932934--1932999	27	2.4	27	83	14	75	56	3	3	37	1.30
1947533--1947561	15	1.9	15	100	0	58	31	13	27	27	1.94
1949865--1949922	23	2.8	21	80	19	68	18	10	0	70	1.15
1950478--1950503	13	2.0	13	100	0	52	53	0	0	46	1.00
1952029--1952163	69	2.0	69	90	0	216	16	15	20	48	1.82
1954127--1954195	29	2.6	25	78	13	66	33	5	1	59	1.30
1954911--1955136	123	1.8	123	89	1	355	36	13	26	24	1.92
1974023--1974081	30	2.0	30	89	0	91	32	25	3	38	1.72
1975911--1975945	18	1.9	18	100	0	70	28	22	11	37	1.89
1975826--1975981	86	1.8	83	85	6	215	28	26	14	30	1.95
1976963--1977018	27	2.1	27	93	0	94	25	35	12	26	1.91
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
1976990--1978735	636	2.7	636	98	0	3375	29	19	18	32	1.96
1980740--1980995	125	2.0	126	87	2	363	26	16	17	38	1.92
1981242--1981280	15	2.6	15	87	0	51	53	33	0	12	1.39
1984787--1984873	39	2.3	38	84	4	104	45	1	12	40	1.50
1984832--1984894	33	1.9	33	93	3	110	38	1	12	47	1.51
1984956--1985350	127	3.1	126	88	2	614	36	16	17	28	1.93
1985770--1985826	25	2.3	23	78	18	62	52	5	0	42	1.24
1988329--1988385	29	2.0	29	82	6	71	35	19	15	29	1.93
1999453--1999481	13	2.3	13	94	5	51	89	0	10	0	0.48
2002026--2002114	44	2.0	46	91	4	146	25	4	31	38	1.76
2002024--2002129	46	2.5	42	78	16	128	29	3	31	35	1.75
2002308--2002397	26	3.5	26	78	12	89	48	5	1	44	1.33
2003831--2003934	49	2.1	49	89	0	154	50	10	7	31	1.65
2004042--2004156	56	2.1	56	96	0	212	36	12	6	44	1.69
2004330--2004379	26	1.9	26	88	8	75	44	0	0	56	0.99
2004373--2004435	32	2.0	32	100	0	126	36	9	12	41	1.76
2004639--2004700	25	2.5	25	97	0	115	41	19	9	29	1.83
2025845--2025937	40	2.3	39	83	7	114	31	21	24	22	1.98
2025872--2025968	40	2.5	40	83	5	117	34	21	22	21	1.97
2025980--2026191	41	5.2	41	93	0	343	25	21	23	30	1.99
2026458--2026503	18	2.5	19	72	13	51	34	0	13	52	1.40
2026547--2026578	14	2.2	15	94	5	57	31	0	31	37	1.58
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2026598--2026662	14	4.6	14	80	0	58	24	0	40	35	1.56
2026618--2026680	29	2.2	28	82	2	72	26	0	36	36	1.57
2026646--2026710	34	1.9	34	84	6	87	23	0	32	44	1.53
2026654--2026827	82	2.1	82	84	1	231	26	1	25	47	1.59
2026679--2026840	82	2.0	82	90	2	254	25	1	27	45	1.61
2027216--2027249	16	2.1	16	88	5	50	70	2	2	23	1.15
2027503--2027562	26	2.3	26	82	2	66	65	11	3	20	1.39
2031622--2031787	43	3.9	42	82	2	161	21	17	28	32	1.96
2032263--2032351	28	3.2	28	80	3	108	21	16	6	55	1.64
2032263--2032370	56	1.9	56	86	3	155	21	16	7	54	1.66
2032281--2032396	28	4.1	28	79	3	126	21	18	5	54	1.63
2032663--2032732	34	2.1	34	91	0	113	34	12	11	41	1.79
2039718--2039941	9	23.6	9	68	15	78	61	2	4	31	1.30
2039837--2039885	21	2.5	20	83	12	66	63	0	2	34	1.06
2039895--2039946	19	2.7	19	85	8	70	67	3	1	26	1.18
2040220--2040278	31	1.9	31	82	6	75	28	3	0	67	1.06
2040238--2040294	16	3.5	17	71	17	50	31	3	0	64	1.10
2040324--2040386	9	6.6	9	74	18	56	23	4	3	68	1.24
2042716--2043362	263	2.5	261	83	5	785	36	12	11	39	1.80
2051377--2051431	3	18.3	3	100	0	110	67	0	32	0	0.91
2052775--2052815	22	1.9	21	90	5	64	17	4	2	75	1.08
2054634--2054703	27	2.4	29	76	6	72	24	4	25	45	1.71
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2056458--2056497	21	1.9	21	94	0	71	22	10	15	52	1.71
2058283--2058362	3	26.7	3	96	0	142	67	0	31	1	0.99
2059883--2059908	13	2.0	13	100	0	52	69	7	0	23	1.14
2060156--2060226	10	6.7	10	75	12	70	71	0	28	0	0.86
2060146--2060262	20	5.6	20	76	14	103	68	0	30	0	0.96
2060162--2060262	24	4.5	24	80	14	117	68	0	30	0	0.96
2060144--2060235	10	10.1	9	74	22	68	69	0	29	1	0.95
2061779--2061959	40	4.5	40	95	0	326	29	19	23	27	1.98
2067728--2067783	24	2.2	26	78	15	71	30	8	17	42	1.80
2067737--2067786	24	2.1	24	96	0	91	26	8	22	44	1.80
2068051--2068271	40	5.5	40	91	0	343	30	19	21	28	1.97
2073936--2074097	40	4.1	40	94	0	279	30	19	21	27	1.98
2075929--2076011	41	2.0	41	95	0	148	25	36	21	16	1.94
2083496--2083576	3	26.0	3	73	12	65	29	4	2	62	1.29
2083533--2083576	16	2.9	16	83	9	58	31	4	2	61	1.28
2090078--2090633	89	6.2	89	99	0	1085	26	24	25	23	2.00
2090648--2091035	95	4.1	95	90	2	582	30	16	22	30	1.96
2091023--2091291	132	2.0	132	87	2	380	35	17	21	25	1.95
2092614--2092711	3	32.0	3	73	11	74	30	4	3	62	1.29
2092773--2092841	31	2.2	31	92	0	111	33	8	10	47	1.68
2096713--2096756	23	1.9	23	86	9	63	38	4	2	54	1.33
2103342--2103375	17	2.0	17	100	0	68	35	5	29	29	1.81
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2103864--2103971	29	3.7	28	79	7	117	37	20	3	38	1.70
2103864--2103979	58	2.0	58	81	9	139	36	18	5	39	1.74
2104183--2104216	12	2.9	12	91	4	52	88	2	5	2	0.70
2104310--2104346	11	3.4	11	85	14	58	70	0	29	0	0.88
2104452--2104499	4	12.2	4	78	12	55	75	0	25	0	0.81
2104958--2105000	15	2.8	15	82	3	50	74	0	20	4	1.00
2104950--2105000	16	3.1	16	78	10	59	74	0	21	3	0.98
2112124--2112312	3	63.0	3	100	0	378	33	0	0	66	0.92
2116523--2116714	50	3.8	51	80	4	203	29	28	17	25	1.97
2119634--2119811	28	6.4	28	90	2	252	33	28	12	25	1.92
2119633--2119811	83	2.1	84	86	3	254	32	29	12	25	1.92
2127078--2127120	19	2.3	19	100	0	86	32	0	23	44	1.54
2127161--2127361	50	4.0	50	69	10	140	31	25	17	25	1.97
2132245--2132286	21	2.0	21	100	0	84	38	14	14	33	1.86
2133067--2134355	76	17.1	75	86	3	1372	29	17	20	33	1.95
2133067--2134355	227	5.7	225	83	4	1392	29	17	20	33	1.95
2133067--2134355	151	8.5	150	83	3	1379	29	17	20	33	1.95
2134651--2134774	29	4.3	30	88	4	157	35	20	4	39	1.72
2134979--2135021	20	2.2	20	83	8	52	79	4	11	4	1.04
2135117--2135152	11	3.3	11	85	14	56	72	0	27	0	0.85
2135118--2135159	22	2.0	20	90	9	66	69	0	30	0	0.89
2135261--2135360	10	9.5	10	81	12	112	76	1	23	0	0.86
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2135266--2135363	4	25.5	4	73	20	77	75	1	23	0	0.86
2135278--2135363	37	2.4	35	80	17	106	76	0	23	0	0.78
2135260--2135363	49	2.1	49	84	10	142	75	0	23	0	0.85
2135700--2135739	11	3.5	12	80	13	57	82	0	17	0	0.67
2136911--2136956	23	1.9	25	91	8	78	28	21	4	45	1.71
2137588--2137726	46	3.0	46	88	0	206	30	23	10	35	1.89
2143521--2143737	74	2.8	78	87	3	289	29	16	22	31	1.96
2143515--2143742	79	2.9	79	83	7	279	28	17	21	33	1.96
2143729--2143757	15	1.9	15	100	0	58	13	17	6	62	1.52
2143768--2143920	79	1.9	79	90	0	243	30	16	18	33	1.94

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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