genome.fa.s5.2.7.7.80.10.50.1000.83.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Dt_chr8
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  56894857

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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          113   114   115   116   117   118   119   120   121   122   123   124   125   126   127   128   
          129   130   131   132   133   134   135   136   137   138   139   140   141   142   143   144   
          145   146   147   148   149   150   151   152   153   154   155   156   157   158   159   160   
          161   162   163   164   165   166   167   168   169   170   171   172   173   174   175   176   
          177   178   179   180   181   182   183   184   185   

This is table  83  of  185  ( 22150 repeats found )

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
26047411--26047466	27	2.1	27	96	0	103	25	21	19	33	1.97
26063128--26063174	5	9.6	5	78	21	55	80	0	19	0	0.70
26063126--26063170	21	2.2	20	88	11	65	80	0	20	0	0.72
26066659--26066836	27	6.6	27	84	3	205	29	28	15	26	1.96
26066680--26066835	82	1.9	81	88	3	233	29	28	15	26	1.96
26074722--26074899	27	6.6	27	84	3	205	29	28	15	26	1.96
26074743--26074898	82	1.9	81	88	3	233	29	28	15	26	1.96
26081348--26081376	15	2.0	15	93	6	51	86	0	13	0	0.58
26081347--26081386	20	2.0	20	90	9	64	82	0	17	0	0.67
26081341--26081379	9	3.9	10	83	12	53	79	0	20	0	0.73
26092779--26092815	9	4.1	9	96	0	65	37	0	10	51	1.37
26095806--26095971	72	2.3	72	95	1	307	36	11	15	37	1.83
26100062--26100090	9	3.0	10	90	10	51	58	0	20	20	1.39
26103725--26103805	28	3.0	28	85	7	96	20	20	19	38	1.94
26127621--26128061	220	2.0	220	96	0	812	32	20	19	26	1.97
26134542--26134576	15	2.3	15	90	0	52	51	5	0	42	1.25
26141784--26141821	20	1.9	20	88	0	58	36	0	21	42	1.53
26145041--26145249	104	2.0	105	98	0	402	42	8	22	26	1.81
26146311--26146462	27	5.6	27	93	3	241	26	13	28	30	1.94
26146311--26146462	55	2.8	55	94	0	259	26	13	28	30	1.94
26149428--26149507	40	2.0	40	100	0	160	35	22	22	20	1.96
26152518--26152580	21	3.0	21	88	2	81	33	31	4	30	1.78
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
26152798--26152842	19	2.5	17	89	7	63	73	4	6	15	1.21
26152798--26152843	17	2.6	18	89	6	67	71	4	8	15	1.26
26155049--26155103	19	2.8	20	80	8	67	76	1	14	7	1.08
26171317--26171371	15	3.8	14	80	2	56	1	23	1	72	1.04
26180436--26180579	39	3.7	40	81	11	156	24	27	22	25	2.00
26185723--26185804	42	2.0	42	87	4	121	26	21	29	21	1.99
26188741--26188892	27	5.6	27	87	4	146	32	16	25	25	1.96
26188741--26188895	54	2.9	54	85	1	168	33	16	25	24	1.95
26188794--26188922	54	2.4	54	83	5	154	31	17	27	24	1.97
26188775--26188895	27	4.5	27	90	4	163	29	18	26	25	1.98
26191953--26192019	25	2.7	25	81	9	82	26	20	23	28	1.99
26192815--26192868	25	2.2	25	82	0	63	35	18	20	25	1.95
26209272--26209353	32	2.5	32	80	9	96	32	10	43	12	1.77
26210322--26210380	18	3.3	18	95	0	109	27	20	18	33	1.96
26214412--26214443	15	2.1	16	94	5	57	65	0	0	34	0.93
26220764--26220820	19	2.7	20	79	15	62	45	3	0	50	1.18
26221779--26221948	85	2.0	85	96	0	313	44	8	11	35	1.71
26222379--26222409	15	2.1	15	93	0	53	32	22	6	38	1.80
26224181--26224218	16	2.4	16	95	0	67	50	13	2	34	1.55
26228245--26228320	5	14.4	5	71	9	53	19	3	2	73	1.11
26228245--26228297	17	3.2	17	78	5	56	16	1	1	79	0.92
26229068--26229301	107	2.2	108	83	6	316	35	12	21	30	1.90
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
26233022--26233062	23	1.9	23	85	14	61	48	0	9	41	1.36
26233574--26233603	2	15.0	2	100	0	60	50	50	0	0	1.00
26233603--26233643	2	20.5	2	100	0	82	0	51	0	48	1.00
26233900--26233935	16	2.3	16	90	4	56	66	0	27	5	1.13
26233957--26233990	12	2.8	12	100	0	68	0	23	14	61	1.33
26234743--26235828	92	11.8	92	87	1	1414	35	1	17	45	1.57
26235792--26235859	23	3.0	22	74	18	66	38	0	16	45	1.47
26239368--26239396	13	2.1	14	93	6	51	58	13	0	27	1.36
26239445--26239486	20	2.0	21	90	4	68	30	16	28	23	1.96
26244080--26244108	13	2.1	14	93	6	51	58	13	0	27	1.36
26244157--26244198	20	2.0	21	90	4	68	30	16	28	23	1.96
26248871--26248960	44	2.0	44	97	0	171	26	13	25	34	1.93
26258644--26258742	20	4.9	20	82	4	110	10	30	20	39	1.85
26274004--26274030	14	1.9	14	100	0	54	59	33	0	7	1.25
26279614--26279698	25	3.4	25	88	0	125	18	25	21	34	1.96
26279615--26279730	25	4.7	25	82	5	119	21	24	21	32	1.98
26280877--26281054	88	2.0	88	94	0	311	47	5	21	24	1.72
26283839--26284012	50	3.5	50	90	0	267	27	22	29	20	1.98
26320123--26320369	50	4.8	50	79	6	230	27	22	27	21	1.99
26326166--26326205	18	2.2	18	86	8	55	62	0	5	32	1.17
26326221--26326263	22	1.9	23	85	4	61	32	0	9	58	1.30
26332226--26332517	50	5.7	50	80	5	266	23	26	21	28	1.99
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
26332275--26332517	100	2.4	102	83	5	294	23	27	22	27	1.99
26334526--26334556	14	2.2	14	94	0	53	38	0	12	48	1.42
26342575--26342603	12	2.4	12	100	0	58	31	6	34	27	1.83
26349200--26349227	12	2.3	12	100	0	56	17	17	7	57	1.62
26349429--26349558	49	2.6	50	81	3	147	23	26	20	29	1.99
26349429--26349667	50	4.7	50	77	5	187	23	27	21	27	1.99
26352716--26352782	4	17.5	4	73	11	52	20	4	1	73	1.09
26352729--26352784	7	7.6	7	75	25	53	23	1	1	73	1.03
26352732--26352794	31	2.1	30	82	8	74	23	4	1	69	1.16
26354465--26354503	6	6.5	6	87	0	60	17	0	2	79	0.84
26355471--26355508	17	2.2	17	90	4	58	84	2	13	0	0.73
26356433--26356489	30	1.9	30	92	0	96	17	38	29	14	1.89
26357312--26357342	14	2.2	14	94	0	53	38	0	12	48	1.42
26359560--26359613	23	2.4	24	81	9	62	46	24	5	24	1.74
26359567--26359613	23	2.1	22	88	4	67	46	23	4	25	1.70
26360365--26360394	4	7.5	4	92	0	51	26	0	0	73	0.84
26368363--26368429	27	2.5	27	90	4	100	29	19	14	35	1.92
26379605--26379673	35	2.0	35	97	0	129	42	14	10	33	1.79
26379536--26379655	54	2.2	54	93	0	204	43	14	10	31	1.79
26385650--26385683	11	3.0	11	91	8	59	73	8	0	17	1.08
26385653--26385684	12	2.7	12	100	0	64	81	6	0	12	0.87
26385724--26385766	16	2.7	16	96	0	77	65	4	11	18	1.42
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
26388750--26388887	67	2.1	67	98	0	267	42	18	23	14	1.88
26389063--26389251	95	2.0	95	98	0	369	28	13	28	30	1.94
26389425--26389632	104	2.0	104	98	0	398	34	14	22	28	1.93
26393150--26393347	51	3.9	50	79	6	204	25	16	25	32	1.96
26393344--26393436	45	2.1	45	85	4	125	29	19	19	32	1.96
26406974--26407013	18	2.2	19	86	4	55	52	5	7	35	1.51
26408868--26408902	18	1.9	18	88	11	54	22	20	0	57	1.41
26408890--26408974	6	14.0	6	70	7	55	9	17	2	70	1.24
26408926--26408974	18	2.7	18	90	0	71	10	16	2	71	1.22
26408927--26408986	21	2.6	24	85	12	74	8	16	1	73	1.16
26409834--26409874	20	2.1	19	86	9	55	31	9	0	58	1.31
26411243--26411281	19	2.2	17	86	9	51	43	7	2	46	1.46
26415130--26415230	27	3.6	27	86	4	139	36	10	22	29	1.89
26416311--26416406	48	2.0	48	91	0	156	35	17	21	25	1.95
26421644--26421683	21	2.0	21	85	5	55	5	47	7	40	1.54
26426634--26426766	67	2.0	68	83	7	173	44	3	4	47	1.41
26431352--26431395	21	2.1	21	91	0	70	52	18	25	4	1.64
26434523--26434765	50	4.7	50	84	3	288	23	27	21	27	1.99
26437400--26437448	24	2.0	24	100	0	98	32	20	4	42	1.71
26451077--26451164	43	2.0	43	95	0	158	19	19	26	35	1.95
26455691--26455719	15	1.9	15	100	0	58	37	13	13	34	1.85
26458073--26458111	15	2.6	15	83	0	51	12	15	43	28	1.83
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
26471066--26471194	56	2.4	53	83	7	156	25	22	28	23	1.99
26473142--26473194	23	2.4	22	83	3	61	77	5	3	13	1.09
26473164--26473195	12	2.7	12	100	0	64	81	6	0	12	0.87
26474162--26474193	15	2.1	16	94	5	57	71	0	21	6	1.07
26474184--26474266	41	2.0	41	100	0	166	54	0	28	16	1.43
26474182--26474252	23	3.3	23	67	25	73	54	0	29	15	1.41
26477368--26477407	21	1.9	21	100	0	80	22	22	10	45	1.82
26477824--26477862	20	2.0	20	85	10	53	56	5	20	17	1.60
26483652--26483750	46	2.2	43	82	12	119	23	19	25	32	1.97
26490305--26490365	26	2.3	26	86	5	79	22	13	4	59	1.53

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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