genome.fa.s5.2.7.7.80.10.50.1000.92.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Dt_chr8
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  56894857

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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          129   130   131   132   133   134   135   136   137   138   139   140   141   142   143   144   
          145   146   147   148   149   150   151   152   153   154   155   156   157   158   159   160   
          161   162   163   164   165   166   167   168   169   170   171   172   173   174   175   176   
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This is table  92  of  185  ( 22150 repeats found )

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
29215390--29215423	17	1.9	18	88	5	52	41	2	0	55	1.15
29220531--29220556	11	2.4	11	100	0	52	19	0	0	80	0.71
29231127--29231311	40	4.7	40	81	5	178	27	28	20	24	1.99
29231094--29231311	40	5.5	39	77	7	165	25	27	20	25	1.99
29238999--29239261	40	6.6	40	88	3	325	26	27	20	24	1.99
29242489--29242522	16	2.1	16	88	5	50	50	2	20	26	1.63
29251934--29252022	45	2.0	45	95	0	160	31	13	15	39	1.86
29256108--29256147	10	4.0	10	86	0	62	40	0	2	57	1.12
29260356--29260401	24	1.9	24	82	8	58	47	15	21	15	1.81
29268517--29268698	44	4.1	44	64	13	104	32	20	23	22	1.98
29268464--29269318	132	6.5	132	93	1	1329	32	21	23	22	1.98
29268910--29269226	44	7.2	44	63	9	126	32	21	22	24	1.98
29269385--29269543	44	3.7	44	77	12	134	27	20	23	28	1.99
29269510--29269605	44	2.2	45	83	9	135	31	19	19	29	1.97
29271030--29271069	10	4.0	10	83	0	53	40	2	2	55	1.27
29272509--29272640	36	3.6	36	82	6	156	6	27	12	53	1.63
29273653--29273793	71	2.0	69	86	5	194	24	8	24	42	1.82
29274910--29274998	37	2.4	37	86	3	126	40	14	11	33	1.82
29275044--29275250	108	1.9	108	98	0	405	38	11	12	37	1.80
29278232--29278440	92	2.3	91	86	5	278	45	3	3	46	1.39
29278368--29278415	26	1.9	25	84	16	64	45	0	2	52	1.12
29278494--29278685	66	3.1	64	70	20	181	41	2	5	50	1.40
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
29278456--29278726	120	2.2	120	88	4	402	42	2	4	50	1.34
29278456--29278791	120	2.8	118	79	11	278	42	2	4	50	1.34
29280147--29280195	11	4.3	12	77	12	50	77	2	16	4	1.01
29289928--29290749	25	32.9	25	100	0	1644	19	27	20	31	1.97
29292040--29292143	47	2.1	50	82	10	135	22	14	29	33	1.93
29301479--29301543	27	2.4	27	92	0	103	36	9	27	26	1.87
29303644--29303684	19	2.2	19	90	0	64	17	19	7	56	1.64
29304494--29304522	14	2.0	15	93	6	51	51	0	0	48	1.00
29304532--29304590	32	1.9	31	82	6	75	57	3	1	37	1.25
29305345--29305389	13	3.4	14	79	17	51	31	2	0	66	1.04
29306107--29306158	23	2.2	24	83	13	63	61	0	3	34	1.14
29307185--29307350	47	3.4	49	75	10	162	55	0	8	35	1.35
29320340--29320382	21	2.1	20	86	4	59	32	6	9	51	1.61
29324974--29325147	28	6.2	28	75	6	129	25	23	17	33	1.96
29325007--29325147	55	2.5	56	80	4	142	25	23	15	35	1.94
29335019--29335077	31	1.9	31	93	6	102	35	8	11	44	1.72
29336563--29336646	42	2.0	42	97	0	159	38	21	10	29	1.87
29336785--29336842	27	2.1	27	90	6	91	27	17	15	39	1.90
29336825--29337053	28	8.2	29	72	11	131	27	24	15	31	1.96
29336825--29337053	56	4.1	56	77	2	178	27	24	15	31	1.96
29349133--29349158	13	2.0	13	100	0	52	30	30	15	23	1.95
29357532--29358783	626	2.0	626	98	0	2416	34	20	15	29	1.94
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
29359051--29359076	11	2.4	11	100	0	52	0	7	0	92	0.39
29359614--29359648	17	2.1	17	89	10	54	60	5	14	20	1.54
29370404--29370447	21	2.1	22	87	8	65	34	4	13	47	1.63
29371174--29371268	25	3.8	25	91	0	145	23	23	20	33	1.97
29371149--29371267	50	2.3	50	81	2	121	23	24	21	30	1.99
29377208--29377233	13	2.0	13	100	0	52	30	0	23	46	1.53
29380039--29380200	81	2.0	81	91	0	261	48	18	17	15	1.82
29380468--29381662	596	2.0	589	81	6	1375	36	11	18	33	1.86
29381059--29382946	671	2.8	664	84	4	2336	37	11	18	32	1.87
29382971--29384283	672	2.0	670	84	3	1712	37	11	20	30	1.88
29384265--29385555	663	1.9	665	83	4	1685	37	11	19	32	1.87
29386500--29388595	612	3.4	612	93	1	3388	37	10	18	33	1.86
29388535--29388658	62	2.0	62	100	0	248	29	4	12	53	1.59
29387897--29389588	675	2.5	671	85	3	2276	36	10	18	35	1.84
29390114--29390151	16	2.3	17	90	4	60	31	10	21	36	1.87
29392096--29392150	26	2.2	24	84	9	74	27	1	3	67	1.17
29392118--29392163	21	2.2	21	92	3	76	26	0	6	67	1.15
29395619--29395907	156	1.9	156	100	0	578	29	22	11	37	1.89
29415431--29415476	24	1.9	24	86	0	65	41	19	8	30	1.82
29417618--29417646	12	2.3	13	94	5	51	65	0	6	27	1.18
29420913--29420994	43	1.9	43	94	0	146	34	28	14	23	1.94
29420946--29421284	169	2.0	169	98	0	660	37	25	10	26	1.89
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
29421313--29421517	31	6.6	31	86	1	259	42	16	8	31	1.79
29421303--29421517	93	2.3	92	86	0	295	42	17	9	31	1.80
29433626--29433686	25	2.4	25	97	0	113	59	0	3	37	1.14
29441758--29443032	487	2.6	485	89	2	1930	30	21	14	32	1.93
29449920--29450154	129	1.8	129	93	0	407	30	16	16	37	1.90
29450622--29450666	24	1.9	23	90	4	72	55	22	2	20	1.54
29452308--29452338	16	1.9	16	93	0	53	48	0	0	51	1.00
29470352--29470705	62	5.7	62	97	0	618	37	7	7	48	1.58
29471900--29471927	14	2.0	14	100	0	56	35	7	21	35	1.81
29475368--29475405	19	2.1	18	85	14	51	55	0	0	44	0.99
29475368--29475405	18	2.1	19	85	14	53	55	0	0	44	0.99
29475681--29475732	24	2.2	24	89	0	77	34	3	7	53	1.48
29477968--29478001	14	2.4	14	85	0	50	73	2	5	17	1.16
29480140--29480243	54	1.9	54	82	2	127	25	22	31	21	1.98
29481514--29481607	18	5.3	18	70	7	66	34	3	2	60	1.24
29481524--29481600	27	2.8	28	82	7	95	35	3	2	58	1.30
29484300--29484437	40	3.5	40	74	9	122	31	21	17	28	1.96
29485321--29485436	52	2.2	52	92	3	189	6	26	5	62	1.40
29485503--29485541	20	2.0	20	95	5	71	41	5	2	51	1.38
29485817--29485888	34	2.1	34	82	10	85	29	11	15	44	1.80
29486044--29486123	39	2.1	39	85	0	106	31	22	20	26	1.98
29486080--29486124	21	2.1	21	91	0	72	35	24	17	22	1.95
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
29487733--29488926	43	27.8	43	96	0	2090	25	29	19	25	1.98
29489381--29489431	21	2.4	21	80	0	57	5	45	13	35	1.68
29489295--29489471	87	2.0	87	88	0	264	12	30	16	40	1.86
29491700--29492417	25	28.8	25	85	3	921	31	1	20	46	1.62
29492466--29492505	12	3.3	12	82	0	53	32	2	15	50	1.57
29492398--29492856	96	4.8	96	99	0	902	27	1	16	54	1.52
29492562--29492601	12	3.3	12	82	0	53	32	2	15	50	1.57
29492658--29492697	12	3.3	12	82	0	53	32	2	15	50	1.57
29492754--29492793	12	3.3	12	82	0	53	32	2	15	50	1.57
29492941--29492994	17	3.1	17	78	10	65	55	3	0	40	1.17
29493028--29493075	9	5.6	9	75	9	55	33	2	20	43	1.64
29493024--29493080	18	3.3	18	85	7	75	38	1	17	42	1.60
29496117--29496173	14	4.3	14	70	20	59	50	22	1	24	1.58
29496116--29496200	39	2.2	40	85	6	120	50	22	1	25	1.56
29496590--29497249	208	3.2	205	89	1	953	30	23	17	28	1.97
29500850--29501059	35	5.9	35	82	5	231	38	15	20	26	1.92
29500850--29501059	73	2.9	71	84	4	278	38	15	20	26	1.92
29502334--29502464	40	3.3	40	86	0	181	28	21	23	26	1.99
29502348--29502668	40	8.2	39	70	11	183	28	18	23	29	1.98
29502669--29502764	21	4.5	21	79	6	86	21	1	34	42	1.60
29502719--29502755	14	2.6	14	91	0	56	21	0	43	35	1.53
29502907--29503055	7	20.9	7	69	13	72	20	0	36	42	1.57
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
29502970--29503004	15	2.4	14	90	4	52	17	0	34	48	1.47
29502965--29503010	22	2.1	22	83	0	56	19	0	32	47	1.50
29513810--29513892	40	2.1	40	100	0	166	50	8	19	21	1.73
29514818--29514883	24	2.8	24	97	0	123	31	15	10	42	1.81
29519363--29519579	51	4.3	51	76	9	165	28	15	25	30	1.95
29519405--29519540	51	2.7	51	88	3	186	25	16	27	30	1.97
29523446--29523489	22	2.0	22	86	8	63	45	15	9	29	1.77
29525322--29525366	20	2.2	20	88	0	63	17	11	4	66	1.38
29525399--29525441	20	2.2	20	87	4	61	18	16	13	51	1.77
29528027--29528093	9	7.9	9	79	12	70	35	1	17	44	1.58

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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