genome.fa.s5.2.7.7.80.10.50.1000.38.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Dt_chr8
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  56894857

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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          129   130   131   132   133   134   135   136   137   138   139   140   141   142   143   144   
          145   146   147   148   149   150   151   152   153   154   155   156   157   158   159   160   
          161   162   163   164   165   166   167   168   169   170   171   172   173   174   175   176   
          177   178   179   180   181   182   183   184   185   

This is table  38  of  185  ( 22150 repeats found )

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
11220153--11220194	22	2.1	19	86	13	57	52	0	2	45	1.13
11220255--11220313	30	2.0	30	90	3	93	47	10	8	33	1.68
11223168--11223195	14	2.0	14	100	0	56	35	28	28	7	1.84
11223541--11223586	21	2.1	22	84	4	58	67	2	23	6	1.25
11224282--11224312	16	1.9	16	100	0	62	32	25	12	29	1.93
11228450--11228505	29	1.9	29	96	0	103	16	14	25	44	1.84
11242307--11242597	50	5.7	50	80	2	287	20	28	23	27	1.99
11246465--11246513	10	4.8	10	79	20	57	61	6	2	30	1.32
11247521--11247573	26	2.0	26	85	0	70	32	20	7	39	1.81
11253369--11253399	14	2.2	14	94	0	53	45	6	3	45	1.45
11254492--11254531	18	2.2	18	90	0	62	42	5	15	37	1.68
11256475--11256529	28	2.0	28	88	0	83	29	23	25	21	1.99
11256933--11257101	27	6.2	28	78	6	138	20	17	18	43	1.88
11256951--11257101	81	1.9	81	88	2	232	19	16	19	44	1.87
11256933--11257101	54	3.1	53	83	5	205	20	17	18	43	1.88
11257779--11257820	20	2.2	18	87	8	57	54	0	42	2	1.13
11268996--11269031	9	4.0	9	88	0	54	47	19	8	25	1.77
11268993--11269030	18	2.1	18	95	0	67	50	15	7	26	1.72
11279615--11279735	30	4.1	28	77	9	116	28	24	24	22	2.00
11279844--11279944	26	3.9	26	81	0	130	39	22	20	16	1.92
11279836--11279941	52	2.0	52	87	3	151	39	23	19	16	1.92
11280126--11280373	27	9.3	27	81	5	256	22	16	17	43	1.87
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
11280126--11280334	80	2.6	81	84	5	273	22	15	17	44	1.86
11280128--11280373	107	2.3	106	83	6	302	21	16	17	43	1.87
11284531--11284570	20	2.0	21	85	5	55	55	5	0	40	1.22
11284834--11284873	20	2.0	21	85	5	55	55	5	0	40	1.22
11287191--11287282	45	2.0	45	100	0	184	38	17	8	35	1.81
11287754--11287782	6	4.8	6	100	0	58	0	13	0	86	0.58
11295319--11295408	20	4.5	20	79	9	94	48	11	6	33	1.65
11295319--11295406	40	2.2	40	84	8	108	48	10	6	34	1.63
11302179--11302260	30	2.7	30	90	0	119	42	12	25	19	1.86
11319016--11319078	31	2.0	31	82	11	76	42	9	12	34	1.76
11321493--11321582	41	2.2	40	78	9	94	16	33	27	22	1.95
11321592--11321653	29	2.1	29	85	5	81	37	22	17	22	1.94
11322360--11322416	29	2.0	29	86	6	80	28	17	15	38	1.91
11322624--11322677	22	2.5	22	90	0	90	27	25	0	46	1.53
11322679--11322731	22	2.4	22	84	6	72	33	32	0	33	1.58
11322763--11322820	29	2.0	28	87	9	82	39	1	1	56	1.19
11322766--11322827	29	2.1	29	82	11	74	38	1	1	58	1.18
11322918--11322951	15	2.3	15	90	5	52	26	0	5	67	1.13
11323909--11323933	7	3.6	7	100	0	50	28	0	12	60	1.32
11324866--11325147	125	2.3	126	87	5	405	32	20	15	30	1.94
11326152--11326181	15	2.0	15	100	0	60	26	0	6	66	1.16
11326311--11326345	17	2.1	17	88	0	52	37	8	0	54	1.31
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
11328059--11328093	16	2.2	16	89	0	52	17	17	22	42	1.88
11328519--11328565	19	2.5	19	86	6	60	27	19	8	44	1.79
11328618--11328643	4	6.5	4	100	0	52	53	46	0	0	1.00
11330706--11331038	102	3.3	102	93	0	567	32	28	18	20	1.96
11338210--11338436	33	6.5	33	70	22	153	22	18	26	32	1.97
11338280--11338333	27	2.0	28	92	3	92	22	24	27	25	2.00
11338208--11338408	102	2.0	102	95	2	359	22	18	27	31	1.97
11338308--11338510	75	2.7	75	88	1	291	23	17	28	31	1.97
11342913--11343469	45	12.4	45	84	0	727	28	18	24	29	1.98
11344214--11344249	3	12.0	3	87	0	54	27	0	5	66	1.13
11344380--11344414	17	2.1	17	88	0	52	37	8	0	54	1.31
11351648--11351710	29	2.2	29	97	0	117	42	3	0	53	1.16
11352112--11352148	17	2.2	17	90	4	58	45	0	0	54	1.00
11352427--11352456	15	1.9	16	93	6	53	73	0	0	26	0.84
11358193--11358243	15	3.3	15	73	10	50	37	1	3	56	1.29
11361801--11361833	15	2.1	16	94	5	59	42	21	0	36	1.53
11361966--11362089	43	2.9	43	81	9	153	31	26	18	23	1.97
11362246--11362287	20	2.1	20	100	0	84	45	14	0	40	1.45
11364557--11364594	18	2.1	19	85	5	51	39	13	10	36	1.79
11376510--11376561	22	2.4	22	83	3	61	30	42	0	26	1.56
11376642--11376691	22	2.3	22	92	0	82	28	42	2	28	1.67
11382576--11382736	69	2.3	69	84	2	216	36	16	24	22	1.94
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
11383758--11383822	33	2.0	33	96	0	121	24	4	12	58	1.53
11385469--11385523	25	2.2	26	87	9	78	50	1	10	36	1.48
11385469--11385532	25	2.5	24	85	12	76	50	1	10	37	1.47
11385970--11386036	25	2.6	25	81	13	82	74	1	7	16	1.11
11389742--11389934	50	3.8	50	90	0	287	21	31	22	24	1.98
11392353--11392385	9	3.7	9	88	11	50	24	0	0	75	0.80
11392351--11392591	28	9.6	24	68	21	113	29	3	2	64	1.24
11392356--11392441	14	6.3	14	66	20	56	26	4	1	67	1.17
11392372--11392611	26	9.4	26	72	15	169	29	3	3	63	1.28
11392350--11392611	54	5.2	50	74	17	220	29	3	3	64	1.25
11392494--11392573	24	3.4	22	70	21	56	25	2	6	66	1.28
11392552--11392611	27	2.3	26	85	8	77	28	0	6	65	1.18
11395554--11396408	44	18.9	44	72	8	216	31	19	20	28	1.97
11395556--11396405	88	9.4	89	71	10	292	31	19	20	28	1.97
11395917--11396406	44	10.9	45	72	8	248	32	20	19	27	1.97
11396190--11396437	44	5.6	43	80	8	223	31	20	19	27	1.97
11396193--11396433	132	1.8	132	82	7	310	31	20	19	28	1.97
11398001--11398188	54	3.6	51	76	13	172	30	5	2	61	1.32
11398001--11398188	26	7.2	26	75	14	140	30	5	2	61	1.32
11398185--11398246	25	2.4	25	83	2	79	25	1	4	67	1.19
11398195--11398320	45	2.9	42	80	8	128	28	2	3	65	1.23
11399332--11399374	6	7.2	6	94	0	50	58	0	25	16	1.38
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
11399333--11399374	18	2.3	18	87	0	66	57	0	26	16	1.40
11399510--11399572	27	2.4	27	86	2	83	46	12	9	31	1.74
11400944--11400968	7	3.6	7	100	0	50	76	12	0	12	1.04
11403793--11403862	20	3.5	20	74	16	63	25	25	11	37	1.90
11403954--11404011	28	2.1	28	83	0	71	34	5	10	50	1.59
11405243--11405273	12	2.6	12	100	0	62	74	0	6	19	1.03
11410533--11410575	11	4.2	10	80	14	52	23	23	11	41	1.87
11410503--11410571	20	3.4	19	79	16	68	24	27	11	36	1.90
11410663--11410720	28	2.1	28	83	0	71	34	5	10	50	1.59
11412974--11413005	14	2.3	15	89	10	50	37	9	12	40	1.75
11416387--11416431	22	2.1	21	84	12	56	37	2	2	57	1.23
11417687--11417745	3	20.0	3	96	3	111	0	33	0	66	0.92
11418116--11418176	30	2.0	30	100	0	122	37	9	13	39	1.77
11421725--11422194	235	2.0	235	99	0	922	33	18	17	31	1.94
11424069--11424102	18	1.9	17	88	5	50	58	2	26	11	1.47
11428709--11428751	18	2.5	17	85	7	59	30	0	23	46	1.52
11428720--11428755	18	2.0	18	100	0	72	22	0	22	55	1.44
11436573--11436734	75	2.2	75	79	8	177	25	12	12	49	1.76
11436852--11436997	75	1.9	75	81	2	177	26	13	13	46	1.80
11436584--11437104	268	1.9	268	99	0	1024	27	12	13	46	1.79
11437599--11437637	19	2.1	19	95	0	69	25	0	25	48	1.51
11438669--11438737	27	2.7	25	80	8	84	20	28	18	31	1.96
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
11438951--11440682	736	2.4	734	91	1	2736	28	19	16	35	1.93
11447900--11448139	42	5.7	43	79	11	230	35	26	16	22	1.95
11447900--11448139	85	2.8	85	91	0	374	35	26	16	22	1.95
11449329--11451144	736	2.5	736	90	2	2854	28	19	15	36	1.93
11452270--11452449	27	6.7	27	77	11	111	26	16	17	40	1.90
11452268--11452441	54	3.2	53	83	3	213	25	17	15	41	1.89
11452284--11452440	81	1.9	81	84	2	208	26	17	16	40	1.90
11455921--11455975	19	2.9	19	78	2	67	70	7	3	18	1.25
11464471--11466736	735	3.1	734	88	1	3263	28	19	16	36	1.93
11473744--11474046	40	7.6	40	90	2	414	27	27	20	25	1.99

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