genome.fa.s5.2.7.7.80.10.50.1000.27.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Dt_chr8
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  56894857

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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This is table  27  of  185  ( 22150 repeats found )

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
8053401--8053454	18	2.9	18	72	5	54	31	0	3	64	1.11
8053985--8054010	7	3.7	7	100	0	52	15	15	15	53	1.73
8054523--8054582	19	3.1	19	76	11	68	18	16	15	50	1.79
8054912--8054953	17	2.5	17	92	0	66	45	2	11	40	1.54
8055042--8055100	14	4.3	14	81	12	52	59	0	1	38	1.08
8055258--8055655	90	4.4	90	90	5	602	30	9	10	50	1.68
8055271--8055660	185	2.1	186	90	3	619	30	9	10	50	1.68
8063340--8063422	39	2.1	39	80	10	98	50	1	8	39	1.40
8066965--8066998	16	2.1	16	88	0	50	20	14	20	44	1.87
8077812--8078271	51	9.4	50	78	10	425	28	16	23	31	1.96
8077806--8078283	198	2.5	193	83	6	581	29	16	23	31	1.96
8077813--8078271	147	3.1	145	79	9	500	28	16	23	31	1.96
8091784--8091812	15	2.0	15	93	6	51	75	0	24	0	0.80
8096686--8096715	15	2.0	15	93	0	51	33	23	0	43	1.54
8108193--8108226	15	2.2	16	94	5	61	64	5	11	17	1.45
8114890--8114955	27	2.4	27	89	0	96	34	25	9	30	1.87
8123148--8123921	385	2.0	385	96	0	1424	30	19	19	30	1.96
8128667--8128873	104	2.0	103	96	0	378	31	25	14	29	1.94
8137620--8137663	17	2.6	17	78	7	54	43	4	9	43	1.56
8138898--8138947	16	3.1	15	80	11	55	10	12	0	78	0.98
8139609--8139658	3	17.0	3	76	12	50	28	4	2	66	1.21
8139609--8139640	12	2.7	12	100	0	64	34	6	0	59	1.23
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
8141518--8141555	14	2.7	14	88	8	51	42	7	15	34	1.76
8144984--8145013	2	15.0	2	92	0	51	50	3	0	46	1.18
8153410--8153495	39	2.2	39	91	0	145	17	31	17	33	1.93
8153439--8153502	20	3.2	20	68	12	51	17	32	17	32	1.93
8155320--8155353	5	6.8	5	100	0	68	0	0	41	58	0.98
8155320--8155364	15	3.0	15	90	6	56	0	2	40	57	1.11
8156510--8156534	13	1.9	13	100	0	50	56	8	16	20	1.65
8156556--8156624	23	3.2	23	66	26	69	37	10	5	46	1.62
8156562--8156628	21	3.2	21	66	26	61	38	11	4	44	1.62
8156547--8156657	41	2.7	41	98	1	213	40	9	4	45	1.58
8156571--8156636	21	3.2	21	65	26	59	43	7	4	43	1.53
8160349--8160556	91	2.3	91	90	0	317	45	4	4	46	1.42
8160561--8160771	54	3.6	57	69	20	150	41	2	4	51	1.36
8160610--8160808	66	3.2	64	68	19	195	41	3	6	49	1.43
8160572--8160855	120	2.4	120	95	1	498	42	2	4	50	1.37
8160645--8160832	61	3.1	61	69	17	201	43	1	6	48	1.38
8160697--8160748	15	3.6	15	80	12	56	44	0	1	53	1.11
8160992--8161099	45	2.5	45	81	11	122	34	28	3	33	1.75
8161078--8161131	16	3.4	16	92	0	90	27	35	1	35	1.68
8174483--8174533	22	2.4	22	80	3	59	82	9	3	3	0.93
8174483--8174592	12	8.4	12	70	18	51	78	4	15	1	1.00
8174532--8174582	26	2.1	26	85	10	72	74	0	25	0	0.82
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
8174530--8174582	15	3.7	15	81	16	60	75	0	24	0	0.80
8174532--8174579	20	2.4	21	86	6	73	75	0	25	0	0.81
8174529--8174593	23	2.8	24	80	15	75	75	0	24	0	0.81
8174698--8174780	44	1.9	43	85	7	114	28	14	28	27	1.95
8175934--8176868	100	9.4	100	87	2	1168	33	23	20	22	1.97
8176093--8176754	50	13.2	50	65	13	209	32	24	20	22	1.98
8176443--8176805	50	7.3	50	69	7	182	33	24	20	21	1.97
8178252--8178345	35	2.6	35	72	5	80	36	10	1	52	1.43
8194243--8194272	15	2.0	15	100	0	60	60	20	13	6	1.55
8194801--8194835	18	1.9	18	88	0	52	28	17	11	42	1.83
8197078--8197327	27	9.3	27	77	3	200	28	26	12	33	1.92
8197042--8197327	54	5.3	54	78	0	266	26	26	11	34	1.91
8197069--8197327	81	3.2	81	79	1	295	28	25	11	33	1.92
8199839--8199872	12	2.8	12	90	0	59	70	0	0	29	0.87
8199839--8199876	12	3.1	12	92	3	58	68	0	0	31	0.90
8200970--8201006	10	3.7	10	89	10	58	40	8	21	29	1.82
8218390--8218457	24	2.8	24	88	0	100	44	19	17	19	1.88
8220897--8220926	6	5.0	6	95	0	51	33	13	16	36	1.88
8237501--8237545	18	2.5	18	85	7	65	44	17	0	37	1.49
8241525--8241589	20	3.0	20	68	23	60	36	18	12	32	1.88
8250616--8250656	15	2.7	15	84	0	55	43	26	0	29	1.55
8251516--8251547	16	1.9	17	93	6	57	40	0	31	28	1.57
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
8252742--8252857	26	4.3	26	79	5	99	25	17	21	35	1.95
8252817--8252933	29	4.0	29	83	6	139	25	12	25	35	1.92
8252842--8252944	29	3.6	29	80	5	100	24	11	28	35	1.90
8252839--8252968	58	2.2	58	80	8	131	25	13	25	35	1.93
8266588--8266832	31	7.7	31	72	10	181	18	22	16	42	1.88
8266657--8266841	64	2.9	64	79	4	221	18	23	16	42	1.89
8282388--8282566	71	2.5	71	100	0	358	35	6	21	37	1.78
8282645--8282679	18	2.0	17	88	5	52	45	0	0	54	0.99
8282633--8282907	147	1.9	149	96	1	509	47	2	3	46	1.33
8282792--8282826	18	2.0	17	88	5	52	45	0	0	54	0.99
8282988--8283082	45	2.1	45	88	1	138	32	27	5	34	1.79
8283063--8283114	16	3.2	16	94	0	86	34	36	0	28	1.58
8285810--8285849	18	2.2	19	86	4	55	42	22	7	27	1.80
8290412--8290468	10	5.8	9	80	13	51	3	17	1	77	1.00
8290918--8290956	3	13.0	3	83	0	51	30	2	5	61	1.31
8290903--8290956	12	4.5	12	80	0	54	31	9	3	55	1.49
8290973--8291019	16	2.8	16	78	12	51	31	4	4	59	1.36
8291213--8291254	16	2.7	16	85	3	59	35	0	4	59	1.19
8291213--8291254	14	3.1	13	78	21	50	35	0	4	59	1.19
8295704--8295753	20	2.5	20	84	12	68	80	8	0	12	0.92
8295697--8295783	15	6.0	14	71	15	61	75	8	2	13	1.11
8295722--8295783	14	4.2	14	82	13	72	74	8	3	14	1.18
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
8296682--8296710	8	3.8	8	90	9	51	79	0	10	10	0.94
8296682--8296718	15	2.5	15	90	0	56	75	0	10	13	1.04
8297997--8298946	129	7.4	129	89	1	1424	33	17	23	25	1.96
8298939--8299468	44	12.2	44	70	11	223	29	20	23	26	1.99
8300807--8300853	16	2.8	16	78	12	51	31	4	4	59	1.36
8301139--8301191	21	2.5	21	81	6	54	32	1	9	56	1.42
8306875--8306968	32	2.9	32	100	0	188	30	19	12	37	1.89
8307367--8307439	20	3.9	18	75	15	60	45	0	5	49	1.25
8307380--8307439	20	3.1	19	81	13	70	40	0	5	55	1.22
8314698--8314743	24	1.9	24	90	0	74	32	28	0	39	1.57
8314845--8314908	22	2.6	25	78	21	80	39	10	0	50	1.38
8314866--8314910	22	2.0	22	100	0	90	35	8	0	55	1.31
8314979--8315045	27	2.5	27	95	0	116	28	29	26	14	1.96
8315089--8315229	4	34.2	4	76	17	78	67	0	32	0	0.91
8315080--8315140	31	2.0	31	90	6	97	60	0	39	0	0.97
8315125--8315266	45	3.3	44	77	18	172	70	0	28	0	0.92
8315091--8315298	79	2.6	81	82	10	225	68	0	31	0	0.94
8315123--8315301	39	4.9	35	76	18	129	69	0	30	0	0.93
8315092--8315271	45	4.2	44	77	16	166	67	0	31	0	0.95
8315121--8315300	5	35.8	5	70	15	70	70	0	29	0	0.92
8315920--8316061	74	1.9	74	82	8	178	50	7	4	37	1.53
8316047--8316091	22	2.0	22	95	0	81	35	11	0	53	1.37
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
8321444--8321468	12	2.1	12	100	0	50	68	16	0	16	1.22
8321450--8321560	26	3.4	36	70	25	111	53	11	0	35	1.38
8321716--8321769	3	17.7	3	96	3	99	68	31	0	0	0.90
8321833--8321871	20	2.0	21	85	10	55	66	10	0	23	1.22
8321896--8321935	11	3.7	11	90	6	64	0	30	0	70	0.88
8322121--8322154	11	2.8	12	86	13	52	14	2	11	70	1.27
8322156--8322196	20	2.0	20	100	0	82	56	0	9	34	1.32
8322387--8322419	6	5.7	6	96	3	59	0	12	0	87	0.53
8324385--8324430	17	2.6	17	83	12	58	30	13	8	47	1.72
8324488--8324553	35	1.9	35	93	3	116	36	13	12	37	1.82

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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