genome.fa.s5.2.7.7.80.10.50.1000.79.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Dt_chr8
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  56894857

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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          129   130   131   132   133   134   135   136   137   138   139   140   141   142   143   144   
          145   146   147   148   149   150   151   152   153   154   155   156   157   158   159   160   
          161   162   163   164   165   166   167   168   169   170   171   172   173   174   175   176   
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This is table  79  of  185  ( 22150 repeats found )

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
24778011--24778073	29	2.2	29	91	5	101	20	1	6	71	1.16
24779997--24780027	16	1.9	16	93	0	53	41	22	12	22	1.88
24781919--24781965	3	15.3	3	78	12	51	63	2	4	29	1.25
24781919--24781965	15	3.3	13	85	11	58	63	2	4	29	1.25
24783144--24783195	22	2.5	21	90	9	81	71	0	5	23	1.07
24783281--24783339	11	5.5	11	74	11	50	69	0	6	23	1.12
24783355--24783401	15	3.0	16	81	6	51	51	8	0	40	1.33
24783376--24783401	8	3.2	8	100	0	52	53	11	0	34	1.37
24785004--24785058	29	1.9	27	85	10	74	27	27	20	25	1.99
24786678--24786747	25	2.8	25	77	10	72	14	24	21	40	1.90
24786742--24786808	25	2.7	25	83	4	82	17	20	22	38	1.93
24786801--24786962	24	6.6	25	76	9	104	18	22	21	37	1.95
24786790--24786931	48	2.9	50	74	12	127	16	22	21	38	1.93
24799807--24799940	27	5.0	27	80	6	119	23	23	35	17	1.96
24799806--24799973	54	3.1	54	77	2	149	25	22	33	19	1.97
24802806--24802856	26	2.0	26	88	0	75	23	25	13	37	1.92
24803089--24803127	20	2.0	19	100	0	69	30	20	15	30	1.93
24809327--24809359	17	1.9	17	88	11	50	66	30	3	0	1.06
24817997--24818023	2	13.5	2	100	0	54	0	0	48	51	1.00
24822576--24822641	33	2.0	33	100	0	132	42	15	15	27	1.86
24828173--24828197	13	1.9	13	100	0	50	48	16	28	8	1.74
24829293--24829349	13	4.3	14	77	18	59	50	0	0	49	1.00
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
24829294--24829345	26	2.0	26	88	7	79	50	0	0	50	1.00
24829430--24829535	44	2.5	41	79	18	135	33	32	4	29	1.78
24829443--24829535	44	2.1	46	93	4	163	35	31	5	27	1.80
24829517--24829586	16	4.4	16	94	0	122	27	34	1	37	1.66
24832274--24832335	27	2.3	27	80	5	72	35	16	11	37	1.84
24833902--24833935	14	2.3	15	90	5	52	61	17	0	20	1.34
24848496--24848533	20	2.0	20	85	15	53	36	7	13	42	1.73
24860196--24860332	27	5.1	26	70	11	98	40	18	16	23	1.90
24860256--24860386	27	4.9	27	77	9	108	36	18	18	26	1.94
24860217--24860386	54	3.2	53	77	7	148	38	17	17	26	1.92
24860286--24860394	27	4.0	27	81	1	119	34	20	18	26	1.95
24860632--24860814	32	5.7	33	75	10	146	19	19	24	36	1.95
24860632--24860814	64	2.9	64	84	9	189	19	19	24	36	1.95
24861065--24861131	28	2.4	28	97	0	125	23	28	19	28	1.98
24863986--24864034	17	2.8	17	81	9	55	55	12	0	32	1.37
24867454--24867502	21	2.3	21	83	13	57	22	0	12	65	1.26
24868454--24868499	23	2.0	23	83	8	58	28	2	19	50	1.60
24869602--24869635	14	2.4	14	95	0	59	23	35	14	26	1.94
24869793--24869830	18	2.1	19	85	5	51	57	5	7	28	1.49
24873292--24873320	3	9.7	3	100	0	58	68	0	0	31	0.89
24877174--24877434	43	6.1	43	75	3	177	39	16	18	26	1.91
24877200--24877311	42	2.7	42	81	0	134	38	16	19	25	1.92
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
24882031--24882120	46	1.9	47	82	6	112	42	27	5	24	1.77
24883996--24884022	14	1.9	14	100	0	54	59	0	7	33	1.25
24883996--24884029	14	2.4	14	90	0	50	58	5	5	29	1.45
24884975--24885019	7	6.4	7	97	0	72	35	13	13	37	1.84
24886332--24886394	31	2.1	30	82	8	74	50	3	1	44	1.27
24888501--24888530	14	2.2	14	94	5	53	33	6	20	40	1.78
24888651--24888689	20	2.0	20	94	0	69	48	2	0	48	1.15
24888896--24888982	38	2.3	38	100	0	174	50	10	4	34	1.57
24888915--24888979	22	3.2	22	67	24	70	49	10	4	35	1.58
24888896--24888995	38	2.6	38	92	3	139	52	11	4	33	1.55
24889987--24890051	32	2.0	32	96	0	121	52	16	3	27	1.59
24889990--24890059	32	2.4	29	86	11	90	54	17	2	25	1.57
24891630--24891675	21	2.1	21	84	11	58	60	4	8	26	1.44
24893289--24893435	57	2.6	57	100	0	294	38	27	6	28	1.80
24895991--24896042	24	2.2	24	85	0	68	38	3	7	50	1.50
24899470--24899566	50	1.9	50	97	0	185	24	18	4	52	1.63
24899636--24899671	19	1.9	18	94	5	63	30	19	0	50	1.48
24900443--24900499	29	2.0	29	89	6	89	52	3	0	43	1.18
24900453--24900523	37	1.9	37	82	5	90	56	2	0	40	1.14
24903879--24903953	38	2.0	38	100	0	150	37	32	9	21	1.85
24906391--24906430	19	2.2	18	95	4	71	25	20	0	55	1.44
24907243--24907283	22	1.9	21	95	5	73	12	4	7	75	1.16
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
24912266--24912317	24	2.2	24	85	0	68	38	3	7	50	1.50
24912283--24912328	24	1.9	24	86	8	67	41	4	6	47	1.49
24914575--24914797	51	4.4	52	77	5	217	29	27	17	25	1.97
24922553--24923476	113	8.2	113	99	0	1821	31	23	17	27	1.97
24933583--24933770	51	3.7	50	82	3	216	31	26	18	23	1.98
24936366--24936453	46	1.9	46	84	9	117	38	17	21	22	1.93
24936669--24936807	32	4.4	31	83	6	163	39	19	20	20	1.93
24936988--24937030	11	3.7	11	76	11	50	55	27	2	13	1.51
24936978--24937035	24	2.4	24	97	0	107	50	25	5	18	1.68
24936978--24937064	24	3.6	24	80	11	88	47	26	4	21	1.70
24937101--24937172	27	2.6	28	82	6	94	27	18	16	37	1.92
24937095--24937207	27	4.1	27	75	12	79	26	18	22	32	1.97
24937123--24937490	27	13.7	27	81	6	385	23	18	19	38	1.93
24939202--24939293	44	2.2	41	90	7	132	14	18	17	50	1.79
24940448--24940480	12	2.8	12	86	13	50	0	0	9	90	0.44
24941054--24941078	5	5.0	5	100	0	50	40	0	0	60	0.97
24943192--24943246	22	2.5	23	79	8	69	20	29	16	34	1.94
24943870--24943900	16	1.9	16	93	0	53	9	9	9	70	1.33
24945465--24945496	14	2.3	14	94	0	55	28	50	15	6	1.68
24950588--24950619	14	2.3	14	100	0	64	31	46	15	6	1.71
24958967--24959095	68	1.9	70	82	6	165	42	4	3	49	1.39
24959097--24959157	17	3.8	17	82	6	74	39	6	1	52	1.37
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
24965575--24965685	56	2.0	55	98	0	204	27	27	10	33	1.90
24997110--24997294	36	5.0	37	84	4	239	34	19	15	30	1.93
24997110--24997307	73	2.7	73	82	3	245	33	19	15	31	1.92
24998766--24998814	24	2.0	24	96	0	89	12	46	4	36	1.60
25005920--25005980	23	2.7	22	85	7	70	36	21	24	18	1.95
25005928--25005980	23	2.3	23	87	3	72	35	20	24	18	1.95
25009963--25009995	11	3.1	11	82	8	50	60	9	18	12	1.57
25014832--25015218	194	2.0	193	96	0	720	27	8	23	41	1.83
25016169--25016238	22	3.2	22	81	0	86	27	15	30	27	1.96
25016878--25016964	23	3.8	23	80	1	86	36	19	21	21	1.95
25019739--25019799	30	2.0	30	100	0	122	29	9	9	50	1.67
25028772--25028838	35	1.9	35	93	0	116	32	20	10	35	1.87
25029193--25029248	28	2.0	28	100	0	112	17	10	10	60	1.57
25034972--25035011	13	2.9	14	88	3	55	70	7	5	17	1.30
25035657--25035696	5	8.0	5	83	10	55	15	0	2	82	0.77
25035645--25035697	9	5.8	9	76	10	54	15	1	1	81	0.87
25035647--25035696	21	2.5	19	84	9	64	14	2	2	82	0.86
25035645--25035700	16	3.6	16	85	7	71	16	1	1	80	0.88
25044819--25044878	29	2.0	31	90	6	97	45	3	10	41	1.54
25048259--25048303	23	1.9	23	81	4	54	26	4	6	62	1.39
25052378--25052474	39	2.5	38	85	8	117	56	7	6	29	1.51
25052383--25052474	13	7.2	13	71	11	82	56	7	5	30	1.50
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
25053707--25053756	23	2.1	24	88	3	75	8	0	14	78	0.97
25053722--25053760	19	2.1	18	86	13	53	10	0	10	79	0.94
25055310--25055352	18	2.4	17	81	14	50	20	0	30	48	1.50
25057647--25057694	18	2.8	17	73	17	53	35	8	29	27	1.86
25060837--25060892	15	4.1	15	71	21	50	55	0	0	44	0.99
25060839--25060911	25	2.9	25	83	2	92	58	1	0	39	1.06
25063854--25064191	44	7.8	44	69	6	134	28	24	18	28	1.98
25065493--25065544	14	3.6	14	80	14	61	15	13	0	71	1.15
25083168--25083212	3	15.0	3	90	0	72	66	0	2	31	1.04
25088710--25088755	24	2.0	24	86	4	67	6	17	30	45	1.73

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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