genome.fa.s5.2.7.7.80.10.50.1000.48.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Dt_chr8
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  56894857

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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          129   130   131   132   133   134   135   136   137   138   139   140   141   142   143   144   
          145   146   147   148   149   150   151   152   153   154   155   156   157   158   159   160   
          161   162   163   164   165   166   167   168   169   170   171   172   173   174   175   176   
          177   178   179   180   181   182   183   184   185   

This is table  48  of  185  ( 22150 repeats found )

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
14466511--14466588	39	2.0	38	85	2	102	25	3	21	48	1.67
14477144--14477177	14	2.4	14	90	0	50	29	11	29	29	1.92
14478133--14478231	47	2.1	47	98	0	189	27	28	6	38	1.80
14478141--14478213	22	3.2	22	64	17	58	30	28	5	35	1.80
14479243--14479587	177	2.0	176	88	4	525	30	18	23	27	1.98
14479237--14479587	44	8.0	44	89	1	506	30	18	23	27	1.98
14495829--14495961	50	2.7	50	83	4	178	21	28	21	27	1.99
14496248--14496297	25	2.0	25	96	0	91	8	38	8	46	1.63
14496251--14496304	25	2.2	25	86	0	72	12	35	7	44	1.71
14514333--14514379	23	1.9	23	83	12	58	38	21	0	40	1.53
14517260--14517334	18	4.2	18	71	10	55	45	22	2	29	1.66
14517905--14518014	46	2.4	46	100	0	220	42	24	4	28	1.74
14527952--14527986	16	2.1	17	89	5	54	48	0	8	42	1.33
14529106--14529343	71	3.4	71	93	0	413	33	12	21	31	1.91
14546207--14546232	12	2.2	12	100	0	52	50	7	0	42	1.31
14546718--14546895	27	6.6	27	83	3	205	26	15	28	29	1.96
14546719--14546874	82	1.9	81	88	3	233	26	15	28	29	1.96
14546715--14546895	82	2.2	81	83	2	229	27	15	27	29	1.96
14554908--14555085	27	6.6	27	83	3	205	26	15	28	29	1.96
14554909--14555064	82	1.9	81	88	3	233	26	15	28	29	1.96
14554905--14555085	82	2.2	81	83	2	229	27	15	27	29	1.96
14563481--14563510	4	7.5	4	100	0	60	23	0	0	76	0.78
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
14565918--14565969	19	2.7	19	82	5	61	53	1	11	32	1.48
14566680--14566904	41	5.5	41	90	3	321	18	23	28	29	1.98
14567609--14567658	24	2.0	25	84	3	66	38	4	0	58	1.17
14568117--14568188	30	2.4	29	77	11	74	45	1	2	50	1.25
14568164--14568213	24	2.0	25	84	3	66	38	4	0	58	1.17
14573093--14573401	43	7.2	43	85	0	350	21	18	32	28	1.96
14577079--14577127	14	3.5	14	97	0	89	55	0	10	34	1.34
14577079--14577133	28	2.0	28	88	0	83	56	0	9	34	1.31
14577075--14577139	28	2.3	28	79	10	78	56	0	9	33	1.31
14581217--14581245	2	14.5	2	100	0	58	0	48	0	51	1.00
14584397--14584460	27	2.4	27	75	0	74	20	20	31	28	1.97
14587186--14587254	28	2.5	28	95	0	120	55	8	0	36	1.31
14588197--14588236	20	2.0	21	90	5	64	55	2	0	42	1.13
14588742--14588780	20	2.0	20	84	0	51	35	2	2	58	1.25
14601883--14602185	40	7.6	40	89	2	405	27	27	20	24	1.99
14612962--14613252	48	6.1	48	76	0	276	28	20	28	21	1.99
14612981--14613250	96	2.8	96	91	0	405	28	21	28	20	1.98
14612959--14613255	144	2.1	144	79	0	315	29	20	27	21	1.98
14617793--14617909	45	2.6	46	94	4	211	44	15	4	35	1.66
14618283--14618355	17	4.5	17	66	22	57	53	2	2	41	1.29
14618270--14618365	48	2.0	48	89	4	149	54	5	4	36	1.42
14622609--14622671	29	2.2	29	94	2	110	22	14	20	42	1.88
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
14628829--14628884	21	2.7	21	72	5	60	41	17	30	10	1.84
14628802--14628940	42	3.3	42	77	7	131	43	15	23	17	1.87
14630659--14630735	40	1.9	40	84	10	104	24	19	28	27	1.99
14637874--14637921	12	4.0	12	83	0	51	41	14	29	14	1.85
14637876--14637933	24	2.4	24	97	0	107	39	12	31	17	1.86
14637879--14637933	12	4.6	12	83	0	65	40	12	29	18	1.87
14637876--14637942	24	2.8	24	84	13	93	40	11	32	14	1.83
14646245--14646284	17	2.2	19	83	16	50	30	5	25	40	1.77
14654093--14654225	59	2.2	59	83	9	155	51	3	3	41	1.38
14660418--14660484	29	2.2	30	89	5	100	50	14	5	28	1.66
14668782--14669012	116	2.0	117	90	4	367	30	29	11	28	1.92
14672429--14672511	42	2.0	42	92	0	139	22	33	24	19	1.97
14677728--14677782	27	2.0	27	82	10	67	47	1	9	41	1.46
14678779--14678827	19	2.7	18	81	12	55	40	4	10	44	1.57
14680460--14680486	7	3.9	7	100	0	54	14	11	0	74	1.08
14681302--14681383	41	2.0	41	100	0	164	41	19	9	29	1.83
14684322--14684506	79	2.3	82	84	7	238	25	27	22	24	2.00
14684303--14684506	40	5.1	40	82	8	238	25	27	22	25	2.00
14691512--14691544	16	2.1	16	100	0	66	30	18	24	27	1.98
14698347--14698372	12	2.2	12	100	0	52	30	26	0	42	1.56
14698729--14698834	41	2.6	41	77	14	101	30	22	28	18	1.98
14698742--14698842	21	4.8	21	83	4	114	27	23	29	18	1.98
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
14698729--14698884	21	7.4	21	82	5	102	32	23	25	19	1.97
14700073--14700117	16	2.8	16	83	6	56	62	2	0	35	1.08
14700405--14700453	5	9.8	5	97	0	89	61	2	0	36	1.08
14703698--14703734	9	4.4	9	80	19	53	18	54	13	13	1.71
14708268--14708300	8	4.1	8	92	0	57	48	3	0	48	1.17
14708411--14708451	18	2.3	18	95	0	73	12	9	17	60	1.57
14711959--14711997	12	3.2	12	85	0	51	51	5	23	20	1.67
14713974--14714042	16	4.2	16	96	3	129	26	0	36	37	1.57
14713974--14714042	33	2.1	32	97	2	129	26	0	36	37	1.57
14714023--14714113	45	2.0	45	85	2	121	27	6	28	37	1.82
14714258--14714312	15	3.4	16	80	16	53	54	1	0	43	1.10
14714264--14714312	16	2.9	18	80	20	61	55	0	0	44	0.99
14714377--14714428	15	3.6	15	80	12	56	53	1	0	44	1.11
14714261--14714483	120	1.9	119	95	2	403	49	6	1	41	1.39
14714296--14714479	59	3.1	59	68	21	175	48	7	1	41	1.41
14714856--14714880	13	1.9	13	100	0	50	32	32	24	12	1.91
14736229--14736272	21	2.1	21	86	0	61	20	9	36	34	1.84
14744148--14744260	35	3.1	35	75	9	93	24	24	22	28	1.99
14750688--14750741	25	2.2	25	83	3	65	53	9	3	33	1.50
14754302--14754350	22	2.2	21	79	10	53	22	26	0	51	1.49
14756466--14756520	21	2.6	21	86	11	69	32	43	14	9	1.77
14756645--14756914	49	5.5	49	98	0	513	43	2	10	44	1.51
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
14757598--14758126	265	2.0	265	99	0	1040	29	21	17	31	1.97
14760035--14760444	124	3.3	124	91	1	669	29	19	18	32	1.96
14773299--14773366	34	2.0	34	97	0	127	35	25	5	33	1.80
14774773--14774814	20	2.0	21	82	13	52	23	33	14	28	1.94
14781035--14781076	20	2.0	21	82	13	52	23	33	14	28	1.94
14786743--14786790	23	2.0	24	88	4	71	27	18	25	29	1.98
14790385--14790664	39	7.3	39	86	5	365	33	15	18	31	1.93
14802621--14802662	4	10.5	4	94	0	75	23	0	26	50	1.50
14804457--14804556	44	2.3	44	83	0	119	28	27	16	29	1.97
14804490--14804616	43	2.9	44	82	6	152	25	24	20	29	1.99
14804774--14804927	44	3.5	44	81	2	157	24	16	22	35	1.95
14805051--14805159	41	2.6	41	82	4	110	31	19	20	29	1.97
14805188--14805524	44	7.5	44	71	12	168	30	22	18	28	1.97
14805053--14805480	181	2.4	181	88	1	617	31	21	18	29	1.97
14805534--14806105	100	5.8	100	84	4	698	26	20	21	31	1.98
14805536--14806087	195	2.8	198	85	2	740	26	20	21	31	1.98
14805534--14806083	50	11.2	50	73	5	422	26	20	21	31	1.98
14811683--14811740	4	14.5	4	100	0	116	25	0	24	50	1.50
14815401--14815502	41	2.5	40	87	6	141	27	25	19	27	1.99
14815401--14815517	41	2.9	41	82	5	112	28	25	20	25	1.99
14816536--14816560	13	1.9	13	100	0	50	68	24	0	8	1.16
14821405--14821452	20	2.5	20	89	3	71	54	10	2	33	1.46
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
14821442--14821478	19	2.0	19	89	5	58	56	10	0	32	1.34
14821479--14821516	20	1.9	20	94	0	67	42	7	0	50	1.31
14837244--14838212	324	3.0	324	94	0	1704	36	17	14	30	1.91
14845648--14845692	22	2.0	22	95	0	81	33	2	22	42	1.66
14847261--14847400	52	2.7	52	86	0	190	27	7	22	41	1.82
14847261--14847422	52	3.1	52	79	5	132	27	6	23	41	1.79
14847629--14847844	40	5.4	41	73	13	164	28	18	24	28	1.98
14852448--14852482	17	2.1	17	94	0	61	34	34	17	14	1.90
14860009--14860102	46	2.0	46	89	0	143	22	17	22	38	1.93
14866288--14866327	19	2.1	19	86	9	55	40	0	2	57	1.12

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