genome.fa.s5.2.7.7.80.10.50.1000.46.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Dt_chr8
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  56894857

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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          129   130   131   132   133   134   135   136   137   138   139   140   141   142   143   144   
          145   146   147   148   149   150   151   152   153   154   155   156   157   158   159   160   
          161   162   163   164   165   166   167   168   169   170   171   172   173   174   175   176   
          177   178   179   180   181   182   183   184   185   

This is table  46  of  185  ( 22150 repeats found )

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
13739478--13739910	89	4.9	88	90	1	679	22	28	21	27	1.99
13742077--13742200	60	2.1	60	81	6	144	9	12	6	71	1.29
13742161--13742206	6	7.7	6	95	0	74	13	0	15	71	1.14
13742154--13742200	18	2.5	19	86	6	69	14	0	10	74	1.07
13742105--13742210	54	2.0	55	83	3	135	11	6	9	72	1.27
13746557--13746980	213	2.0	213	99	0	839	37	12	14	35	1.84
13747429--13747464	18	2.1	16	90	10	54	61	0	5	33	1.19
13754684--13754728	24	1.9	23	90	4	72	42	4	4	48	1.43
13756817--13756860	19	2.3	20	84	7	56	29	20	9	40	1.83
13764059--13765138	45	24.4	45	74	6	810	30	16	23	30	1.96
13764059--13765159	89	12.4	89	81	5	951	30	15	23	29	1.96
13764059--13765144	134	8.2	134	85	3	1352	30	15	23	30	1.96
13766324--13766387	22	2.7	24	83	9	69	40	7	4	46	1.53
13777623--13777711	44	2.0	45	91	2	144	34	15	12	37	1.85
13778531--13778607	34	2.2	34	81	6	84	33	5	14	46	1.66
13781337--13781375	18	2.2	18	90	0	60	48	2	25	23	1.63
13782404--13782509	43	2.5	43	77	0	131	32	14	22	31	1.93
13787117--13787152	15	2.4	15	85	0	54	33	16	13	36	1.89
13790005--13790032	6	4.7	6	100	0	56	71	0	14	14	1.15
13792813--13793005	98	2.0	98	92	0	323	37	23	10	27	1.88
13794000--13794029	11	2.7	11	89	0	51	13	36	33	16	1.88
13794932--13795060	45	2.9	44	78	11	127	24	27	19	29	1.98
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
13795024--13795137	59	1.9	59	87	0	165	23	25	21	29	1.99
13795127--13795247	44	2.8	43	79	3	127	26	19	21	32	1.97
13795174--13795337	45	3.7	45	74	11	149	23	23	22	29	1.99
13795900--13795957	29	2.0	29	100	0	116	31	20	10	37	1.86
13811451--13811645	98	2.0	98	95	0	354	36	25	10	27	1.89
13811726--13812216	246	2.0	246	99	0	973	48	8	12	31	1.69
13817944--13817968	4	6.2	4	100	0	50	76	0	0	24	0.80
13819058--13819103	23	2.0	23	87	8	67	21	2	4	71	1.14
13820385--13820467	41	2.0	41	95	0	148	19	43	9	27	1.82
13822846--13822880	18	2.0	17	88	5	52	45	0	0	54	0.99
13823027--13823136	45	2.6	44	81	8	131	31	29	5	33	1.80
13823115--13823168	16	3.4	16	94	0	90	31	35	0	33	1.58
13828311--13828360	4	12.5	4	95	0	91	48	26	2	24	1.62
13839797--13839985	41	4.5	41	88	3	252	19	22	22	35	1.96
13839797--13839985	84	2.3	83	89	0	288	19	22	22	35	1.96
13844174--13844219	7	6.0	7	90	9	56	30	0	17	52	1.45
13844181--13845286	27	41.5	27	91	3	1377	33	0	16	49	1.47
13853635--13853872	115	2.1	114	91	2	379	32	20	19	28	1.97
13854345--13854405	21	2.9	21	73	9	61	45	32	3	18	1.65
13854375--13854407	14	2.4	14	95	5	59	45	33	6	15	1.70
13854537--13854586	20	2.5	21	83	6	68	48	38	0	14	1.44
13857368--13857475	37	3.0	33	74	16	90	50	3	2	42	1.34
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
13857374--13857428	25	2.2	25	81	12	60	49	5	1	43	1.36
13864584--13864793	27	8.0	27	79	8	175	35	18	20	26	1.95
13864584--13864793	54	4.0	55	76	10	197	35	18	20	26	1.95
13864567--13864758	77	2.5	77	81	7	219	37	18	18	26	1.93
13864793--13864853	27	2.3	27	83	11	72	19	22	22	34	1.97
13864900--13864984	32	2.7	32	78	10	93	21	17	24	36	1.94
13864960--13865065	32	3.3	31	79	7	106	20	21	20	36	1.95
13864965--13865111	64	2.3	64	85	2	188	20	21	21	36	1.96
13864978--13865103	32	3.9	32	78	4	119	19	22	20	37	1.95
13865122--13865187	22	3.0	21	75	4	60	16	24	18	40	1.90
13865181--13865233	26	2.0	26	88	0	79	22	28	16	32	1.96
13868746--13868783	14	2.7	14	87	0	58	78	5	13	2	1.02
13871289--13871346	28	2.1	28	100	0	116	32	17	13	36	1.89
13873458--13873519	9	6.9	9	74	5	54	72	0	3	24	0.99
13873458--13873517	27	2.2	27	84	0	75	71	0	3	25	1.01
13875848--13876097	113	2.2	113	100	0	500	41	24	10	24	1.86
13878051--13878435	45	8.8	43	73	16	256	25	22	21	30	1.99
13878066--13878464	218	1.8	218	94	0	708	25	22	21	30	1.99
13878880--13879002	45	2.7	46	78	16	134	26	24	19	30	1.98
13895166--13895360	98	2.0	98	94	0	345	36	24	10	28	1.89
13901761--13901801	21	2.0	21	85	0	55	26	26	14	31	1.95
13904579--13904611	16	2.1	16	94	0	57	39	6	33	21	1.78
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
13904593--13904685	44	2.1	46	93	4	163	27	4	31	36	1.76
13904593--13904698	39	2.5	44	85	11	141	29	3	32	34	1.75
13904845--13904978	18	6.9	18	70	21	83	57	2	1	38	1.23
13904858--13905058	61	3.4	58	71	13	187	54	3	1	39	1.31
13905378--13905437	30	2.0	30	96	0	111	45	10	18	26	1.81
13916649--13916872	40	5.6	40	91	1	308	24	20	28	26	1.99
13916610--13916872	80	3.3	80	85	3	318	23	20	28	26	1.99
13916610--13916872	120	2.2	120	82	4	318	23	20	28	26	1.99
13926231--13926275	20	2.2	20	100	0	90	35	28	15	20	1.93
13926432--13926474	18	2.3	19	84	15	54	30	6	2	60	1.35
13931787--13932012	90	2.4	93	83	8	255	46	11	6	34	1.67
13933183--13933269	44	2.0	44	93	0	147	49	19	11	19	1.78
13944049--13944124	34	2.2	34	92	0	125	35	7	11	44	1.70
13960933--13960970	19	2.0	19	89	0	58	21	26	15	36	1.93
13975545--13975650	25	4.3	25	75	3	90	35	22	21	19	1.96
13975605--13975688	25	3.4	25	74	11	75	39	20	25	15	1.91
13977852--13977961	41	2.7	41	88	0	166	22	23	20	33	1.97
13983163--13983318	78	2.0	78	98	0	303	35	17	10	35	1.85
13983804--13983834	16	1.9	16	93	0	53	51	9	0	38	1.35
13985431--13985966	50	10.7	50	69	1	302	21	25	23	30	1.99
13985401--13985965	100	5.7	100	90	0	853	22	24	23	29	1.99
13987402--13987445	22	2.0	22	86	8	63	15	11	0	72	1.11
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
13992265--13992295	16	1.9	16	93	0	53	51	9	0	38	1.35
13999868--13999990	61	2.0	61	88	3	185	35	21	14	27	1.93
14000496--14000590	50	2.0	48	87	8	140	29	4	13	52	1.59
14000734--14000775	20	2.1	20	100	0	84	47	14	19	19	1.82
14003770--14003843	37	2.0	37	100	0	148	37	13	18	29	1.90
14008831--14008876	15	3.1	14	81	9	56	10	23	0	65	1.24
14013269--14029917	561	29.7	560	87	3	23338	30	17	16	35	1.92
14019883--14019978	48	2.0	48	97	0	183	36	14	12	36	1.84
14054691--14060460	561	10.3	561	92	0	9083	29	17	17	36	1.92
14064850--14064904	15	3.8	15	85	2	69	1	21	1	74	1.01
14068993--14069130	11	12.7	10	67	14	60	43	21	7	27	1.80
14068993--14069172	44	4.1	44	91	1	272	42	21	9	26	1.83
14069003--14069175	22	7.9	22	84	1	213	42	20	9	27	1.82
14069961--14070062	42	2.4	43	83	1	125	30	23	18	27	1.98
14071718--14071885	43	3.9	43	88	1	158	25	19	25	30	1.98
14071740--14071925	86	2.2	85	86	4	257	24	17	25	32	1.97
14071741--14071925	43	4.3	42	87	6	212	24	17	25	32	1.97
14076614--14076640	14	1.9	14	100	0	54	37	25	0	37	1.57
14085572--14085608	18	2.1	18	100	0	74	24	16	32	27	1.96
14089816--14090038	93	2.4	95	77	9	244	39	8	16	35	1.78
14090154--14090352	70	3.0	64	81	12	222	42	6	16	35	1.72
14095215--14095437	26	8.6	26	81	2	225	36	28	15	19	1.92
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
14097546--14097700	42	3.5	43	79	13	172	34	23	18	23	1.96
14098109--14098160	21	2.5	21	93	0	86	5	46	15	32	1.70
14098109--14098173	21	3.1	21	86	4	69	7	46	13	32	1.72
14103677--14103711	17	2.1	17	89	5	54	60	8	0	31	1.27
14103723--14104509	114	6.9	114	85	1	857	26	22	18	32	1.97
14103747--14104512	227	3.4	226	82	3	853	26	22	18	32	1.97
14106486--14107018	109	4.9	109	89	1	739	32	19	17	30	1.95
14110702--14110753	21	2.4	22	75	12	54	28	21	21	28	1.98
14114315--14114450	71	1.9	72	92	1	229	36	6	23	33	1.81
14118275--14118518	27	9.1	27	79	3	181	26	22	16	34	1.95

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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