genome.fa.s5.2.7.7.80.10.50.1000.70.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Dt_chr8
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  56894857

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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          129   130   131   132   133   134   135   136   137   138   139   140   141   142   143   144   
          145   146   147   148   149   150   151   152   153   154   155   156   157   158   159   160   
          161   162   163   164   165   166   167   168   169   170   171   172   173   174   175   176   
          177   178   179   180   181   182   183   184   185   

This is table  70  of  185  ( 22150 repeats found )

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
22208243--22208389	75	2.0	75	83	0	186	36	10	8	45	1.68
22208771--22208808	18	2.2	17	86	13	51	65	0	2	31	1.06
22215485--22215528	18	2.3	18	84	11	52	45	4	2	47	1.35
22216860--22216890	16	1.9	16	100	0	62	32	6	29	32	1.83
22222326--22222503	27	6.6	27	84	3	205	29	28	15	26	1.96
22222347--22222502	82	1.9	81	88	3	233	29	28	15	26	1.96
22230516--22230747	27	8.6	27	87	2	304	29	28	15	26	1.96
22230516--22230747	109	2.1	108	86	2	313	29	28	15	26	1.96
22234691--22234770	32	2.6	29	84	11	90	30	3	1	65	1.18
22234669--22234743	11	7.1	11	78	19	88	38	1	1	58	1.15
22234664--22234768	41	2.5	41	77	13	133	32	2	0	63	1.15
22234671--22234770	11	9.5	11	70	25	56	33	3	1	63	1.17
22235484--22235545	11	5.6	11	73	7	54	29	53	6	11	1.61
22235473--22235545	22	3.3	22	82	0	83	28	53	5	12	1.60
22238126--22238173	25	2.0	24	84	12	62	41	22	20	14	1.89
22238136--22238204	24	2.8	24	84	6	77	39	21	21	17	1.93
22238153--22238230	24	3.2	24	85	1	84	38	17	25	17	1.92
22245615--22245708	24	3.9	24	87	1	107	40	20	24	14	1.90
22245745--22245800	26	2.2	26	87	6	78	35	17	28	17	1.93
22250211--22250256	21	2.3	20	78	14	51	45	17	6	30	1.73
22251167--22251203	18	1.9	19	89	10	58	40	0	2	56	1.13
22254725--22254785	27	2.3	27	91	5	97	40	16	19	22	1.90
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
22254854--22254899	24	1.9	24	86	0	65	32	6	19	41	1.77
22254866--22254929	24	2.6	25	90	4	96	25	7	23	43	1.80
22255016--22255070	27	2.0	27	83	13	69	20	27	23	29	1.99
22255058--22255111	26	2.1	26	89	0	81	14	18	29	37	1.91
22255126--22255300	32	5.5	32	83	5	212	24	20	18	36	1.95
22255119--22255300	64	2.9	62	87	4	256	24	20	19	36	1.95
22255119--22255314	63	3.1	63	82	6	236	23	19	19	37	1.94
22265258--22265424	54	3.1	54	86	4	214	25	25	11	37	1.90
22268369--22268511	43	3.4	42	86	4	180	28	14	26	30	1.95
22275570--22275602	17	1.9	17	88	11	50	24	33	6	36	1.80
22277947--22278272	161	2.0	162	96	0	600	32	19	18	29	1.96
22283823--22283918	35	2.7	35	76	6	104	27	16	16	39	1.90
22286881--22286914	10	3.4	10	100	0	68	17	0	26	55	1.42
22286878--22286925	20	2.4	21	79	10	64	20	0	22	56	1.43
22288939--22289004	32	2.1	32	100	0	132	30	18	16	34	1.93
22292609--22292645	18	2.0	19	85	15	51	43	16	5	35	1.71
22293314--22293360	18	2.6	19	75	18	55	40	19	4	36	1.71
22295437--22295610	37	4.7	37	87	5	244	17	12	27	42	1.85
22297262--22297384	26	4.9	25	78	4	88	17	26	22	34	1.96
22305008--22305080	26	2.8	26	73	17	71	17	19	21	41	1.91
22307774--22307910	36	3.8	36	88	0	193	25	16	15	43	1.86
22307973--22308072	49	2.0	49	82	0	119	23	19	18	40	1.92
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
22309186--22309513	107	3.1	106	91	0	523	32	17	17	32	1.93
22311630--22311730	44	2.3	44	82	0	121	28	20	23	26	1.99
22311706--22311996	85	3.4	85	84	6	356	27	22	20	29	1.98
22311747--22312088	44	7.9	44	70	10	211	27	21	19	30	1.98
22311746--22312035	88	3.3	88	87	2	372	27	22	19	30	1.98
22323350--22323737	106	3.9	94	78	11	305	33	18	17	31	1.94
22323444--22323742	106	2.8	106	91	0	472	32	18	17	31	1.95
22325790--22325853	16	4.2	16	71	18	64	45	12	14	28	1.81
22326698--22326746	25	2.0	25	96	4	91	44	8	28	18	1.78
22330783--22330849	33	2.0	33	100	0	134	17	14	40	26	1.89
22332293--22332464	86	2.0	86	97	0	326	27	11	28	33	1.91
22334609--22334672	26	2.5	26	78	0	83	35	10	17	35	1.85
22336961--22337766	403	2.0	403	100	0	1612	41	11	16	30	1.83
22340291--22340475	101	1.8	101	86	8	268	23	16	28	31	1.96
22340287--22340482	51	3.9	51	78	5	202	23	16	29	30	1.96
22348403--22348461	25	2.4	25	85	0	82	30	16	20	32	1.95
22348454--22348534	25	3.3	25	78	3	92	32	20	24	22	1.98
22348473--22348534	24	2.5	24	84	7	81	30	22	22	24	1.99
22348453--22348548	49	2.0	49	85	0	129	31	21	25	21	1.98
22354826--22354881	26	2.1	26	83	9	69	51	0	1	46	1.11
22356424--22356911	44	10.9	44	72	14	284	31	18	21	28	1.97
22356563--22356859	41	6.8	41	74	13	177	30	19	21	28	1.97
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
22356422--22356919	180	2.8	179	90	4	777	31	18	21	28	1.96
22358186--22358375	51	3.8	50	83	6	222	31	27	15	25	1.96
22359749--22360042	44	6.6	42	74	10	198	30	20	20	28	1.98
22359787--22359965	93	1.9	93	80	4	209	30	20	21	27	1.98
22359749--22360007	137	1.9	134	81	5	315	30	19	20	29	1.97
22360580--22360604	13	1.9	13	100	0	50	16	48	16	20	1.82
22361713--22361765	15	3.3	15	73	14	52	32	7	3	56	1.45
22365297--22365379	42	2.0	42	97	0	157	32	8	26	32	1.86
22367459--22367573	41	2.7	44	80	6	130	32	20	20	27	1.97
22367457--22368344	44	19.8	43	71	12	425	30	18	21	28	1.97
22367447--22368296	181	4.7	181	87	3	1086	31	18	21	28	1.97
22367820--22368296	89	5.3	89	73	11	339	30	19	22	27	1.98
22368046--22368347	138	2.2	137	80	4	319	29	20	22	27	1.98
22368631--22368663	15	2.1	16	88	5	50	72	18	3	6	1.18
22369167--22369206	20	2.0	20	90	9	64	60	5	2	32	1.32
22373932--22373956	7	3.6	7	100	0	50	24	0	12	64	1.27
22375827--22375881	20	2.8	20	84	13	78	52	1	3	41	1.29
22376661--22376745	42	2.0	42	100	0	170	40	18	18	22	1.92
22377572--22377602	16	1.9	16	93	0	53	70	9	9	9	1.33
22382397--22382428	16	2.0	16	100	0	64	31	18	0	50	1.48
22383595--22383631	17	2.2	17	100	0	74	21	27	0	51	1.48
22385137--22385175	18	2.1	18	85	4	51	48	7	0	43	1.31
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
22385816--22385847	3	10.7	3	100	0	64	68	0	0	31	0.90
22391741--22391794	3	18.0	3	88	0	81	31	3	35	29	1.75
22396816--22396902	41	2.1	42	83	14	110	72	4	3	19	1.17
22397234--22398430	615	1.9	614	84	5	1569	30	21	16	32	1.95
22398719--22398768	24	2.0	27	84	11	70	8	2	16	74	1.15
22403372--22404605	617	2.0	617	100	0	2468	40	20	10	28	1.85
22404103--22405780	838	2.0	838	100	0	3356	37	19	8	33	1.83
22405997--22406082	21	4.1	21	82	5	93	44	18	23	13	1.86
22416938--22416971	16	2.1	16	89	10	52	32	2	0	64	1.08
22417808--22417869	31	2.0	31	87	0	88	33	14	11	40	1.82
22418933--22418968	18	1.9	19	88	5	56	33	0	5	61	1.19
22419386--22419420	16	2.2	16	89	0	52	25	5	8	60	1.49
22432272--22432304	2	16.5	2	100	0	66	0	48	0	51	1.00
22436263--22436309	18	2.5	19	79	10	51	57	0	6	36	1.24
22436332--22436371	18	2.2	18	100	0	80	40	0	15	45	1.46
22436428--22436495	3	23.3	3	82	8	70	63	2	0	33	1.10
22437612--22437659	19	2.5	19	83	10	53	12	16	27	43	1.84
22442919--22442958	20	2.0	20	90	0	62	70	0	0	30	0.88
22449804--22449856	25	2.1	26	82	3	63	60	9	3	26	1.45
22451378--22451804	44	9.9	44	70	14	271	25	20	22	31	1.98
22451298--22451708	85	4.8	85	73	13	313	26	20	22	30	1.98
22451345--22451804	129	3.6	129	95	0	785	26	20	23	30	1.98
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
22451422--22451797	85	4.4	85	72	12	318	25	21	22	30	1.98
22451813--22451985	44	3.9	44	71	3	123	28	22	18	30	1.97
22453272--22453358	44	2.0	43	88	2	129	13	17	19	49	1.79
22456403--22456444	3	14.0	3	100	0	84	66	33	0	0	0.92
22456443--22456489	3	15.7	3	90	0	76	65	4	0	29	1.11
22460041--22460161	4	30.2	4	88	0	179	23	3	22	50	1.64
22461432--22461628	102	1.9	103	88	1	297	34	24	19	21	1.97
22461582--22461707	33	3.5	33	74	19	126	36	28	16	18	1.93
22461535--22461709	76	2.3	75	91	1	269	34	28	18	18	1.95
22461407--22461739	178	1.9	178	87	1	497	33	27	18	20	1.96

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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