genome.fa.s5.2.7.7.80.10.50.1000.3.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Dt_chr8
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  56894857

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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          129   130   131   132   133   134   135   136   137   138   139   140   141   142   143   144   
          145   146   147   148   149   150   151   152   153   154   155   156   157   158   159   160   
          161   162   163   164   165   166   167   168   169   170   171   172   173   174   175   176   
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This is table  3  of  185  ( 22150 repeats found )

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
648568--648934	125	2.9	124	84	2	502	33	20	14	30	1.93
651294--651494	42	4.5	42	76	15	199	23	7	26	42	1.81
651171--651473	96	3.2	96	87	3	438	26	6	24	42	1.79
651396--651506	42	2.6	42	88	2	152	19	10	24	45	1.82
653446--653540	24	4.0	24	90	2	138	38	5	7	48	1.54
655126--655182	25	2.3	25	84	0	69	40	12	5	42	1.65
655429--655520	23	3.9	23	88	4	121	29	20	25	25	1.99
663204--663231	13	2.2	13	100	0	56	71	0	14	14	1.15
663768--663807	20	2.0	20	85	5	53	42	0	10	47	1.37
664355--664417	24	2.6	25	75	10	67	25	22	14	38	1.92
666274--666418	70	2.1	70	86	2	202	20	13	15	50	1.78
670692--670727	19	2.0	17	89	10	54	0	11	5	83	0.80
674861--674899	15	2.5	16	80	20	55	23	0	5	71	1.05
675053--675082	14	2.1	14	93	0	51	43	13	6	36	1.70
681762--681830	34	2.0	34	85	0	93	23	15	8	52	1.71
686597--686655	25	2.4	25	94	2	102	8	44	23	23	1.81
687738--687794	17	3.4	17	76	16	57	28	5	0	66	1.13
687852--687887	16	2.1	19	85	15	51	8	2	8	80	0.99
690739--690771	3	11.0	3	100	0	66	33	0	0	66	0.92
712752--712787	19	1.9	18	88	5	54	11	33	5	50	1.61
729948--729980	2	16.5	2	100	0	66	0	48	0	51	1.00
738427--738502	21	3.7	21	87	7	120	36	11	10	40	1.76
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
738440--738503	19	3.3	19	93	4	101	37	14	9	39	1.78
740451--740485	6	5.8	6	100	0	70	0	17	0	82	0.66
744703--745278	287	2.0	287	91	1	922	25	14	28	32	1.94
748901--748949	25	2.0	24	84	8	62	20	2	2	75	1.00
749522--749585	29	2.1	29	85	5	83	42	14	10	32	1.80
750059--750214	83	1.9	82	85	5	208	48	8	7	35	1.62
750620--750658	18	2.2	18	85	0	51	38	0	5	56	1.22
750638--750692	27	2.1	26	86	3	74	40	0	5	54	1.23
755922--755964	21	2.0	21	86	8	61	44	0	34	20	1.52
756000--756036	9	4.1	9	92	0	65	29	10	13	45	1.77
762764--762809	21	2.2	21	84	7	58	17	28	17	36	1.92
784808--784850	21	2.0	23	86	9	63	30	18	11	39	1.86
786186--786270	28	3.2	26	75	17	84	20	8	3	68	1.31
786218--786266	22	2.2	23	78	7	57	22	6	2	69	1.21
786825--786858	18	1.9	18	88	5	52	8	8	2	79	1.03
793919--793948	2	15.0	2	92	0	51	46	0	0	53	1.00
794395--794436	15	2.6	17	77	14	52	38	0	2	59	1.10
794558--794618	32	1.9	32	83	12	81	49	1	4	44	1.33
794577--794618	20	2.1	20	86	0	57	47	0	7	45	1.30
796188--796220	15	2.2	15	100	0	66	45	0	21	33	1.52
796259--796362	52	2.0	52	90	0	163	27	3	27	40	1.74
796620--796703	42	2.0	42	97	0	159	29	16	14	39	1.88
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
796791--796824	15	2.2	16	89	5	52	41	2	11	44	1.56
800570--800640	26	2.8	26	76	2	81	36	21	22	19	1.95
802824--802865	20	2.1	20	86	0	57	47	0	7	45	1.30
805765--805826	21	3.0	21	70	13	56	46	19	20	12	1.83
805769--805923	42	3.7	41	80	6	168	43	17	20	18	1.88
805849--805920	21	3.4	21	69	7	65	41	18	20	19	1.90
805891--805960	21	3.4	21	78	7	63	42	15	17	24	1.88
816068--816118	26	1.9	26	88	4	75	62	3	0	33	1.13
821467--821501	3	11.7	3	93	0	61	62	0	2	34	1.10
821467--821506	12	3.4	12	93	3	64	62	0	5	32	1.17
823047--823096	22	2.3	22	86	6	66	34	28	0	38	1.57
823912--823953	20	2.1	20	90	0	66	50	23	21	4	1.68
825242--825295	21	2.4	23	79	17	60	51	7	1	38	1.41
826290--826390	43	2.4	42	76	1	103	18	18	20	41	1.90
831929--831971	18	2.5	17	82	10	52	13	6	6	72	1.27
832079--832608	110	4.9	109	90	2	807	30	15	19	35	1.92
832086--832608	219	2.4	217	90	4	822	30	15	19	35	1.92
835981--836052	7	9.9	7	81	14	67	84	8	0	6	0.77
835981--836053	16	4.9	16	73	20	68	84	8	0	6	0.76
835973--836055	1	83.0	1	75	0	58	85	7	0	7	0.74
836073--836111	21	1.9	20	84	5	51	71	0	28	0	0.86
838211--838668	46	9.4	46	74	21	334	34	15	22	28	1.94
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
838211--838664	98	4.6	98	96	0	818	34	15	22	28	1.94
838571--838786	37	5.3	44	87	9	199	37	14	21	26	1.92
838639--838784	37	4.0	37	93	1	242	36	16	21	24	1.94
840409--840514	43	2.5	43	78	9	117	33	15	26	25	1.95
841648--843088	100	14.4	100	87	1	1664	32	24	20	22	1.98
841648--843088	50	28.9	50	69	6	837	32	24	20	22	1.98
844773--844842	27	2.6	27	78	19	74	22	5	5	65	1.36
844831--844873	18	2.5	17	85	10	61	13	4	6	74	1.19
844981--845510	110	4.9	109	90	3	798	30	15	19	34	1.93
844981--845510	219	2.4	219	89	3	802	30	15	19	34	1.93
846813--847088	137	2.0	138	90	0	437	45	6	7	40	1.57
847064--847216	75	2.0	77	88	3	229	30	13	7	48	1.71
857809--857948	26	5.5	25	68	20	85	42	0	1	55	1.14
857822--857877	15	4.0	15	73	17	57	44	0	0	55	0.99
857870--857928	18	3.4	17	88	9	84	40	1	1	55	1.20
858086--858182	45	2.2	45	85	5	126	32	28	4	34	1.76
858162--858226	16	4.1	16	93	0	103	21	33	4	40	1.74
859455--859567	10	11.7	9	71	17	68	61	4	2	30	1.29
859524--859566	18	2.4	18	84	7	52	62	4	0	32	1.15
859456--859567	19	5.7	19	72	17	63	62	4	2	30	1.29
869845--869887	16	2.8	16	92	3	70	41	0	16	41	1.48
870684--870725	12	3.6	12	77	6	50	23	14	21	40	1.90
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
870667--870746	23	3.4	23	84	5	99	31	11	17	40	1.85
877857--877894	18	2.1	18	85	9	51	36	2	2	57	1.26
882656--882696	21	2.0	21	90	0	64	29	21	29	19	1.98
887438--887478	21	2.0	21	90	0	64	29	21	29	19	1.98
894906--894962	26	2.3	25	85	11	73	36	5	5	52	1.47
896171--896201	16	1.9	16	93	0	53	58	0	0	41	0.98
896178--896217	20	2.0	20	85	0	53	52	0	0	47	1.00
897298--897344	6	7.8	6	97	0	85	65	34	0	0	0.93
902337--902368	7	4.9	7	85	14	50	0	9	0	90	0.45
902338--902368	12	2.5	12	94	5	53	0	9	0	90	0.46
916562--916586	10	2.5	10	100	0	50	32	0	0	68	0.90
916690--916719	14	2.1	15	93	6	53	16	0	6	76	0.99
918510--918557	24	2.0	25	83	4	62	68	6	6	18	1.32
921223--921266	20	2.2	20	88	12	63	31	0	2	65	1.05
921223--921265	18	2.3	19	88	8	61	30	0	2	67	1.03
922444--922490	19	2.4	19	82	3	58	40	4	14	40	1.66
922537--922574	20	1.9	20	88	0	58	34	5	13	47	1.65
925856--925919	26	2.4	27	89	5	94	25	0	1	73	0.92
925856--925900	12	3.6	12	88	11	72	24	0	0	75	0.80
925860--925913	12	3.9	15	81	16	62	22	0	1	75	0.89
925860--925919	20	3.0	20	78	9	59	23	0	1	75	0.90
925856--925929	27	2.8	26	85	6	76	22	0	4	72	1.01
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
926449--926513	31	2.1	31	85	0	85	46	4	3	46	1.39
926526--926589	26	2.6	25	76	11	71	37	4	4	53	1.43
932208--932267	26	2.3	26	81	18	72	28	0	3	68	1.05
934643--934692	25	2.0	25	92	7	84	48	16	18	18	1.82
942209--942267	29	2.0	30	83	3	75	30	5	11	52	1.59
952732--952827	40	2.4	39	79	6	104	26	27	25	21	2.00
957714--958001	126	2.3	126	86	2	400	29	20	15	34	1.94
958040--958467	98	4.4	97	89	5	609	40	17	1	40	1.60
989318--989352	18	2.0	17	88	5	52	45	0	0	54	0.99
989291--989612	120	2.7	120	99	0	635	43	0	6	49	1.33

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   21   22   23   24   25   26   27   28   29   30   31   32   
          33   34   35   36   37   38   39   40   41   42   43   44   45   46   47   48   
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