genome.fa.s5.2.7.7.80.10.50.1000.67.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Dt_chr8
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  56894857

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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          129   130   131   132   133   134   135   136   137   138   139   140   141   142   143   144   
          145   146   147   148   149   150   151   152   153   154   155   156   157   158   159   160   
          161   162   163   164   165   166   167   168   169   170   171   172   173   174   175   176   
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This is table  67  of  185  ( 22150 repeats found )

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
21086258--21086361	53	2.0	53	82	3	129	31	32	9	25	1.88
21090362--21090423	30	2.1	30	100	0	124	30	0	37	32	1.58
21096053--21096088	18	2.0	18	94	0	63	47	13	11	27	1.77
21103119--21103183	16	4.1	16	91	0	112	38	7	35	18	1.80
21103165--21103259	44	2.1	44	86	9	131	31	5	28	34	1.79
21103445--21103632	61	3.1	61	69	14	199	49	6	2	41	1.41
21103655--21103691	16	2.2	17	86	13	51	54	0	2	43	1.14
21103403--21103691	59	4.8	60	67	11	198	50	4	2	43	1.34
21103397--21103692	120	2.5	120	97	1	558	49	4	2	43	1.35
21107321--21107376	16	3.4	16	76	18	53	23	17	0	58	1.38
21107308--21107391	43	2.0	43	90	4	134	25	20	0	54	1.44
21116510--21116700	51	3.8	51	77	10	194	25	15	26	32	1.96
21116615--21116725	51	2.2	51	82	6	127	30	12	23	33	1.92
21119322--21119394	30	2.4	30	83	0	92	26	21	12	39	1.89
21119379--21119544	30	5.5	30	74	11	117	24	25	10	39	1.87
21119349--21119569	90	2.5	91	76	5	218	24	23	11	39	1.89
21119319--21119536	120	1.8	120	83	2	294	24	24	11	38	1.89
21126261--21126406	42	3.5	42	80	6	161	21	16	26	36	1.94
21130330--21130369	21	1.9	21	85	10	55	67	7	15	10	1.41
21132637--21132703	21	3.0	21	73	16	55	29	2	4	62	1.29
21132693--21132770	29	2.8	27	81	7	77	43	3	2	50	1.34
21133203--21133234	15	2.1	16	94	5	57	40	6	6	46	1.54
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
21133741--21133775	17	2.0	18	88	5	54	31	0	0	68	0.90
21136948--21137247	44	6.8	44	66	12	141	26	26	19	28	1.98
21136580--21137552	219	4.5	219	91	1	1519	26	25	20	27	1.99
21137878--21137935	24	2.4	24	85	5	82	29	24	13	32	1.94
21138403--21138604	108	1.9	108	89	0	314	46	7	16	29	1.74
21138880--21138920	5	8.8	5	86	7	52	2	12	0	85	0.70
21138879--21138921	23	1.9	22	95	4	77	2	11	0	86	0.67
21138879--21138921	18	2.5	17	88	7	68	2	11	0	86	0.67
21141161--21141194	12	2.8	12	81	0	50	8	23	23	44	1.81
21141335--21141372	19	2.0	19	85	10	51	44	7	18	28	1.78
21149458--21149530	27	2.7	28	80	6	87	31	19	21	27	1.97
21151957--21151995	20	2.0	20	90	10	62	15	23	5	56	1.59
21152251--21152436	50	3.6	51	79	8	164	26	29	18	25	1.98
21155324--21155361	18	2.2	18	85	4	51	50	0	13	36	1.42
21158644--21158699	25	2.2	26	83	6	69	32	0	3	64	1.11
21161618--21161766	48	3.1	48	84	3	167	28	22	25	23	1.99
21162072--21162120	20	2.5	20	83	6	55	63	2	18	16	1.41
21165513--21165575	27	2.3	27	86	0	90	23	39	17	19	1.92
21165528--21165648	54	2.2	54	80	0	143	25	34	15	23	1.95
21165558--21165646	27	3.3	27	68	6	72	25	35	13	24	1.92
21167812--21167944	13	9.9	13	66	15	65	41	3	22	32	1.72
21167811--21167944	40	3.3	40	88	1	178	41	3	22	32	1.71
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
21173551--21173693	39	3.7	39	88	0	207	31	4	19	44	1.70
21180546--21180594	9	6.0	9	86	11	54	51	0	0	48	1.00
21180778--21180844	22	3.0	21	79	14	73	50	4	0	44	1.22
21180778--21180842	23	2.9	23	80	13	73	50	4	0	44	1.22
21182606--21182745	70	2.0	70	100	0	280	51	5	18	24	1.68
21185942--21186132	41	4.7	41	84	0	265	19	27	17	35	1.94
21185942--21186132	82	2.3	82	92	0	310	19	27	17	35	1.94
21193590--21193763	51	3.4	49	74	10	172	31	27	17	24	1.97
21198089--21198122	14	2.3	15	85	5	52	14	17	0	67	1.23
21205959--21206094	67	2.0	67	92	0	227	32	16	25	26	1.96
21208019--21208058	21	1.9	21	85	10	55	40	12	25	22	1.89
21209804--21209898	45	2.1	45	84	3	120	34	22	14	28	1.93
21212205--21212261	25	2.2	26	90	3	89	29	14	8	47	1.74
21212205--21212261	26	2.2	25	87	9	80	29	14	8	47	1.74
21221918--21221987	25	2.8	24	74	8	68	37	12	15	34	1.86
21223048--21223141	41	2.3	41	87	5	129	42	22	3	31	1.69
21223109--21223219	35	3.1	35	78	10	123	43	21	2	32	1.67
21223114--21223210	17	5.4	17	71	18	70	43	21	2	32	1.64
21223067--21223233	39	4.3	39	79	10	148	43	20	3	31	1.69
21225371--21225408	17	2.3	17	86	4	51	50	7	18	23	1.73
21235572--21235703	28	4.8	28	83	1	167	33	25	13	28	1.93
21235573--21235710	55	2.5	55	84	3	170	33	24	14	27	1.94
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
21235828--21235927	52	1.9	53	81	6	123	31	21	10	38	1.86
21235814--21236018	53	3.9	51	74	5	160	29	21	12	35	1.91
21240999--21241183	50	3.7	50	78	9	155	23	18	25	31	1.97
21240999--21241182	101	1.8	101	84	4	255	23	18	26	31	1.97
21244048--21244151	49	2.1	51	84	10	135	27	16	5	50	1.68
21258475--21258645	27	6.3	26	85	4	189	42	19	16	20	1.89
21258475--21258644	81	2.1	81	86	4	236	42	20	16	20	1.89
21258806--21258886	26	3.1	26	85	0	117	23	17	19	39	1.92
21269345--21269389	6	7.2	6	80	9	54	28	0	0	71	0.87
21281919--21282035	45	2.6	45	79	0	117	36	17	20	25	1.94
21287739--21287812	25	3.0	25	79	0	76	27	21	20	31	1.98
21289399--21289676	50	5.5	50	77	14	320	25	17	26	30	1.98
21289449--21289726	51	5.5	51	77	14	324	25	19	25	30	1.98
21289395--21289779	101	3.8	101	96	1	682	25	18	25	29	1.98
21290005--21290036	16	2.0	16	93	0	55	59	0	15	25	1.36
21292042--21292071	15	2.0	15	93	0	51	50	0	20	30	1.49
21307614--21307733	53	2.3	53	98	0	231	20	28	22	28	1.99
21307640--21307817	53	3.3	53	81	9	175	21	26	24	27	1.99
21309944--21309998	10	5.3	10	80	8	56	30	1	9	58	1.40
21344700--21344732	15	2.2	15	100	0	66	24	27	12	36	1.91
21346668--21346798	65	2.0	65	89	0	199	25	15	29	30	1.96
21350582--21350670	45	2.0	44	82	2	106	23	26	23	25	2.00
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
21350564--21351666	44	25.2	44	67	10	268	26	23	21	29	1.99
21350812--21351108	129	2.3	129	82	6	327	26	20	22	30	1.98
21350856--21351134	129	2.2	129	81	3	330	27	21	21	29	1.99
21350650--21351363	348	2.1	347	86	2	986	27	22	20	29	1.98
21350650--21351577	348	2.7	345	80	5	791	26	23	20	29	1.99
21350998--21351821	437	1.9	437	81	4	1000	26	24	20	29	1.99
21350981--21351840	218	3.9	218	84	2	962	26	23	20	29	1.99
21354170--21354204	13	2.8	12	87	8	52	0	20	0	80	0.72
21354229--21354276	19	2.5	19	83	10	62	6	10	0	83	0.81
21354210--21354305	25	3.7	25	79	10	86	10	5	6	78	1.09
21354228--21354297	33	2.1	34	84	7	90	8	7	2	81	0.96
21354229--21354277	20	2.5	19	86	3	71	6	10	0	83	0.80
21354248--21354308	13	4.7	13	78	11	54	11	3	4	80	0.99
21354267--21354301	18	1.9	18	88	11	54	14	2	8	74	1.17
21354249--21354312	26	2.5	25	85	5	83	12	3	6	78	1.06
21362718--21362766	3	16.3	3	100	0	98	67	0	0	32	0.91
21367423--21367481	29	2.0	29	90	0	91	28	18	25	27	1.98
21373238--21373280	17	2.7	15	83	16	52	34	0	4	60	1.17
21377604--21377826	40	5.6	39	81	8	218	26	21	27	24	2.00
21377684--21377861	79	2.2	80	82	3	200	25	22	28	23	1.99
21385568--21385777	40	5.3	39	89	4	242	25	21	27	25	1.99
21385515--21385777	120	2.2	120	82	4	309	25	21	27	25	1.99
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
21385516--21385812	80	3.7	80	81	6	230	26	21	27	24	1.99
21387907--21387973	27	2.5	26	72	11	64	43	4	0	52	1.21
21387914--21387975	27	2.3	27	75	8	65	40	4	0	54	1.22
21395671--21395704	16	2.2	15	94	5	59	47	0	0	52	1.00
21400433--21401182	383	2.0	378	84	4	995	35	17	11	35	1.86
21407276--21407336	27	2.3	27	79	0	68	26	13	31	29	1.93
21408519--21408579	27	2.3	27	79	0	68	26	13	31	29	1.93
21415029--21415081	17	3.2	17	79	15	74	28	15	9	47	1.76
21427776--21427824	21	2.5	20	83	6	55	40	10	12	36	1.77
21433364--21433426	20	3.2	20	71	8	65	11	33	17	38	1.85

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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