genome.fa.s5.2.7.7.80.10.50.1000.49.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Dt_chr8
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  56894857

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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          129   130   131   132   133   134   135   136   137   138   139   140   141   142   143   144   
          145   146   147   148   149   150   151   152   153   154   155   156   157   158   159   160   
          161   162   163   164   165   166   167   168   169   170   171   172   173   174   175   176   
          177   178   179   180   181   182   183   184   185   

This is table  49  of  185  ( 22150 repeats found )

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
14866353--14866387	17	2.1	17	94	0	61	77	5	14	2	1.07
14867408--14867508	45	2.2	45	91	0	157	22	18	17	40	1.91
14867488--14867521	6	5.7	6	85	0	50	17	23	14	44	1.86
14867488--14867533	12	3.8	12	91	0	56	19	26	13	41	1.88
14872090--14872132	13	3.2	13	74	6	50	32	30	9	27	1.88
14875387--14875610	74	3.0	75	87	5	303	47	8	14	29	1.72
14875586--14876145	138	4.1	138	89	2	831	40	9	6	43	1.63
14875832--14876048	71	3.1	71	61	19	166	37	10	6	44	1.66
14881849--14882088	50	4.8	50	90	1	356	21	30	20	27	1.98
14881849--14882087	99	2.4	100	90	0	363	21	30	20	27	1.98
14883359--14883399	18	2.3	19	79	12	50	9	31	12	46	1.74
14885619--14885856	119	2.0	117	90	1	368	42	9	6	41	1.63
14887561--14888378	19	42.7	21	87	1	293	39	13	7	39	1.73
14887561--14887618	22	2.6	22	81	7	64	41	17	5	36	1.72
14887597--14888384	38	20.7	38	99	0	1567	39	13	7	39	1.73
14889227--14890780	44	35.7	44	61	13	174	29	24	18	27	1.98
14889185--14890879	520	3.2	521	92	1	2781	29	24	18	27	1.98
14889185--14890879	132	13.0	132	93	2	2767	29	24	18	27	1.98
14896502--14896612	19	5.8	19	88	0	168	36	13	9	40	1.76
14896502--14896605	38	2.7	38	96	0	190	37	12	8	41	1.74
14896495--14896623	57	2.3	55	84	7	170	36	14	9	39	1.79
14899079--14899117	11	3.5	11	82	0	51	53	30	7	7	1.57
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
14899072--14899143	23	3.2	23	84	2	92	51	25	9	13	1.72
14920692--14920808	49	2.4	49	87	5	173	25	23	17	34	1.96
14921923--14921991	21	3.2	21	81	8	68	43	8	1	46	1.43
14932118--14932150	11	2.8	12	86	4	50	33	0	12	54	1.37
14937804--14937872	29	2.4	28	79	11	77	5	33	2	57	1.37
14939063--14939091	6	4.8	6	100	0	58	48	17	0	34	1.47
14940954--14941023	21	3.4	21	69	20	58	47	7	10	35	1.65
14942485--14942700	54	4.0	54	82	3	247	41	20	17	20	1.90
14942482--14942672	27	7.1	27	85	3	242	42	21	17	18	1.89
14942482--14942699	81	2.7	80	80	9	228	41	21	17	19	1.90
14943088--14943260	28	6.2	29	86	7	250	24	24	21	28	1.99
14945085--14945239	82	1.9	82	91	0	256	35	26	10	27	1.89
14947581--14947665	36	2.4	36	90	2	136	51	23	4	20	1.65
14947643--14947671	10	2.9	10	100	0	58	62	17	0	20	1.33
14947898--14947954	29	1.9	30	83	16	75	42	8	0	49	1.34
14947903--14947962	29	2.1	29	81	12	70	46	8	0	45	1.33
14947939--14947982	21	2.0	22	86	4	63	50	4	2	43	1.35
14948602--14948648	23	2.0	25	87	8	71	27	6	14	51	1.67
14948695--14948816	65	1.9	64	86	3	154	23	1	16	58	1.47
14948754--14948881	9	14.3	9	71	19	65	25	0	18	56	1.42
14948729--14948864	65	2.1	65	82	8	161	24	0	18	56	1.46
14948838--14948881	4	10.2	4	81	13	52	25	0	20	54	1.45
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
14948754--14948876	22	5.7	22	70	21	64	25	0	18	56	1.42
14949474--14949518	21	2.0	24	87	12	69	37	6	35	20	1.79
14955227--14955290	29	2.2	30	86	8	87	23	4	25	46	1.71
14956968--14957093	34	3.8	33	77	5	128	39	0	15	44	1.47
14957148--14957420	126	2.2	126	91	0	438	34	15	18	31	1.93
14961075--14961134	18	3.3	18	95	0	102	41	6	28	23	1.79
14962509--14962577	30	2.3	30	90	5	104	39	1	24	34	1.65
14969975--14970041	27	2.5	27	92	0	107	28	17	34	19	1.95
14985306--14985359	15	3.6	15	76	0	54	16	33	18	31	1.93
14985618--14985672	23	2.4	23	90	0	83	38	16	18	27	1.92
14996197--14996317	54	2.2	54	82	2	145	33	15	14	36	1.88
14996239--14996315	27	2.9	27	92	0	127	35	15	10	38	1.82
14996592--14996658	34	2.0	34	87	0	98	26	25	22	25	2.00
15003147--15003432	87	3.3	87	83	3	342	37	13	26	21	1.91
15003162--15003432	29	9.3	29	77	5	269	37	14	26	20	1.92
15009504--15009553	19	2.5	20	87	9	68	56	10	0	34	1.33
15012665--15012826	77	2.1	77	96	0	297	40	7	10	41	1.67
15015272--15015330	32	1.9	31	83	10	77	33	10	1	54	1.44
15016669--15016987	41	7.8	41	78	8	294	21	20	27	31	1.98
15017523--15017652	20	6.3	20	80	8	145	25	33	17	23	1.97
15017521--15017652	43	3.2	42	84	5	155	25	32	18	23	1.97
15018993--15019067	7	10.6	7	78	13	55	29	1	38	30	1.66
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
15018996--15019049	21	2.5	21	87	3	72	33	1	33	31	1.69
15019047--15019075	8	3.8	8	90	9	51	20	0	41	37	1.53
15019047--15019075	15	1.9	15	100	0	58	20	0	41	37	1.53
15019265--15019374	7	15.7	7	74	11	73	20	2	34	41	1.67
15019249--15019304	14	3.9	14	76	4	58	21	1	26	50	1.59
15019249--15019304	21	2.6	22	82	2	69	21	1	26	50	1.59
15023145--15023197	25	2.1	25	92	0	88	24	22	22	30	1.99
15023145--15023207	25	2.5	25	87	5	74	26	20	23	28	1.99
15023170--15023362	43	4.7	38	86	6	156	27	19	26	25	1.99
15023203--15023454	43	5.9	43	90	0	344	28	19	26	25	1.99
15023198--15023454	85	3.0	85	86	1	370	28	19	26	26	1.99
15026864--15027019	85	1.8	85	91	0	258	28	17	18	35	1.93
15029132--15029288	57	2.7	58	85	2	235	19	12	24	43	1.86
15029132--15029288	29	5.4	29	86	1	217	19	12	24	43	1.86
15029124--15029301	29	6.2	29	81	4	182	22	11	23	42	1.86
15029383--15029480	28	3.5	28	76	6	99	15	20	23	40	1.90
15029470--15029595	60	2.1	60	89	2	191	31	22	19	26	1.97
15031515--15031657	30	4.7	30	83	5	164	37	8	13	40	1.76
15031515--15031657	60	2.4	61	85	1	189	37	8	13	40	1.76
15036258--15036292	6	5.8	6	93	0	61	37	0	31	31	1.58
15036728--15036765	14	2.6	15	84	16	53	57	2	39	0	1.12
15045427--15045499	25	2.9	25	81	0	83	32	20	20	26	1.97
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
15045440--15045530	25	3.8	25	77	14	93	31	20	23	23	1.97
15049077--15049114	14	2.6	15	84	16	53	57	0	39	2	1.12
15051358--15052475	506	2.2	508	93	1	1893	38	10	18	32	1.85
15053826--15054030	41	5.0	41	79	4	202	20	30	14	34	1.92
15053826--15054029	83	2.5	82	84	4	250	20	30	14	34	1.92
15053965--15054031	20	3.3	20	66	12	55	17	35	14	31	1.91
15064583--15064624	12	3.5	12	90	6	59	4	42	21	30	1.73
15067932--15068129	102	1.9	102	90	2	317	21	19	25	33	1.97
15068034--15068242	77	2.7	76	84	4	278	22	17	25	34	1.96
15073842--15074069	42	5.4	41	74	13	203	22	17	26	33	1.96
15073842--15074043	43	4.8	41	76	15	189	22	18	25	33	1.97
15073842--15074081	85	2.8	84	87	3	329	22	17	25	33	1.96
15076164--15076229	33	2.0	33	96	0	123	30	19	12	37	1.88
15087578--15087611	17	2.0	17	94	0	59	20	11	8	58	1.59
15089178--15089252	27	2.8	27	87	0	114	29	14	26	29	1.95
15090813--15090920	40	2.7	40	97	0	198	21	27	20	30	1.98
15102383--15102436	25	2.2	26	87	12	78	46	24	1	27	1.63
15109017--15109081	3	21.3	3	81	9	78	32	4	1	61	1.26
15108995--15109072	15	5.1	15	80	7	86	30	7	2	58	1.39
15114420--15114644	40	5.7	40	86	4	273	28	20	25	24	1.99
15114423--15114644	79	2.8	79	86	6	272	28	20	26	24	1.99
15114381--15114644	119	2.2	120	79	11	294	27	21	26	25	1.99
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
15114382--15114644	40	6.6	39	83	7	241	27	21	26	24	1.99
15114434--15114669	79	3.0	79	80	8	207	29	19	25	25	1.99
15126336--15126520	79	2.3	82	83	7	229	24	22	27	25	2.00
15126336--15126520	40	4.7	40	83	6	225	24	22	27	25	2.00
15126389--15126553	79	2.1	79	83	6	201	26	20	27	25	1.99
15129661--15129898	43	5.6	42	75	10	196	34	24	18	22	1.96
15129651--15129946	43	7.0	41	72	11	184	34	23	16	25	1.96
15129623--15129946	85	3.8	85	85	0	398	33	24	16	25	1.96
15129919--15129969	26	2.0	26	92	0	84	29	27	21	21	1.99
15130305--15130362	30	1.9	30	89	0	89	31	18	6	43	1.77

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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