genome.fa.s5.2.7.7.80.10.50.1000.8.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Dt_chr8
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  56894857

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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This is table  8  of  185  ( 22150 repeats found )

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2143595--2143983	178	2.2	178	94	0	670	28	15	18	36	1.92
2143934--2144037	54	1.9	53	92	5	174	30	10	17	41	1.83
2144061--2144109	14	3.6	14	77	5	55	26	10	4	59	1.48
2144161--2144190	13	2.3	13	94	0	51	13	10	6	70	1.34
2145980--2146170	47	3.9	47	84	5	204	24	17	28	29	1.97
2145982--2146188	93	2.1	97	81	8	235	26	16	28	28	1.97
2149378--2149446	15	4.6	15	83	0	84	11	17	13	57	1.64
2149369--2149448	30	2.7	30	82	7	99	11	17	15	56	1.67
2154755--2154811	28	2.0	28	86	6	80	28	7	3	61	1.39
2156698--2156763	30	2.2	30	94	0	114	27	3	13	56	1.52
2156861--2156887	12	2.2	12	100	0	54	70	0	0	29	0.88
2161001--2161124	46	2.8	46	91	3	200	27	22	16	33	1.96
2161001--2161235	37	5.8	45	87	8	207	26	21	15	36	1.93
2161086--2161262	37	4.8	37	95	0	300	26	20	13	38	1.90
2168699--2168822	46	2.8	46	91	3	200	27	22	16	33	1.96
2168699--2168933	37	5.8	45	87	8	207	26	21	15	36	1.93
2168784--2168960	37	4.8	37	95	0	300	26	20	13	38	1.90
2174767--2174813	18	2.6	17	80	9	58	53	2	0	44	1.12
2183770--2183804	12	2.8	12	91	4	52	31	8	0	60	1.27
2189411--2189435	6	4.2	6	100	0	50	52	0	0	48	1.00
2190289--2190321	12	2.8	12	90	4	50	45	0	0	54	0.99
2198643--2199009	186	2.0	186	86	3	524	31	15	9	43	1.78
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2202515--2202558	16	2.8	17	86	10	58	25	11	15	47	1.79
2203335--2203386	26	2.0	26	82	14	63	61	7	3	26	1.41
2206711--2206744	17	2.0	17	94	0	59	38	0	2	58	1.13
2206712--2206744	9	3.8	9	88	8	50	39	0	3	57	1.14
2207633--2207664	15	2.1	15	94	0	55	46	34	6	12	1.67
2207783--2207827	22	2.2	19	84	11	54	62	8	0	28	1.25
2213387--2213428	18	2.2	20	83	12	52	50	2	4	42	1.36
2218617--2218643	12	2.2	12	100	0	54	40	0	7	51	1.30
2226267--2226303	15	2.4	15	86	4	56	40	0	0	59	0.97
2226267--2226311	15	2.9	15	80	3	54	42	0	0	57	0.98
2226483--2226532	21	2.3	22	82	3	57	58	0	0	42	0.98
2226497--2226545	15	3.3	15	77	5	55	59	2	0	38	1.09
2226497--2226538	14	2.9	15	82	7	50	61	0	0	38	0.96
2231145--2231180	4	9.0	4	100	0	72	25	0	25	50	1.50
2239997--2240047	25	2.0	25	100	0	102	37	11	23	27	1.90
2244994--2245076	41	2.0	41	88	4	123	50	15	2	31	1.57
2256889--2256942	21	2.7	20	76	18	58	48	3	1	46	1.30
2258960--2258998	20	1.9	21	85	15	55	41	20	17	20	1.91
2259819--2259857	19	2.1	19	90	0	60	64	2	0	33	1.08
2259808--2259873	32	2.1	32	85	5	89	66	1	1	30	1.10
2259818--2259935	41	2.9	39	76	9	112	63	4	2	29	1.26
2259910--2259952	20	2.0	21	86	8	61	67	6	4	20	1.33
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2263917--2263997	40	2.0	40	97	0	153	43	3	9	43	1.55
2265086--2265126	3	13.7	3	100	0	82	34	0	0	65	0.93
2269073--2269111	16	2.4	17	83	8	55	35	2	0	61	1.10
2269174--2269247	21	3.3	21	66	14	58	44	4	4	47	1.41
2269175--2269253	24	3.4	24	71	13	83	45	3	3	46	1.39
2269160--2269252	46	2.0	46	97	0	177	44	4	3	48	1.38
2269170--2269235	16	4.3	15	70	18	55	43	3	1	51	1.26
2272314--2272832	120	4.3	120	98	0	984	44	2	4	47	1.37
2272781--2272815	18	2.0	17	88	5	52	45	0	0	54	0.99
2274716--2274761	21	2.2	21	88	3	67	6	10	2	80	0.98
2274832--2274888	22	2.6	23	83	10	75	35	1	1	61	1.17
2274946--2274974	14	2.0	15	93	6	51	44	0	0	55	0.99
2275442--2275496	12	4.0	13	75	25	51	50	1	0	47	1.11
2275492--2275528	13	3.0	13	84	7	51	62	0	0	37	0.96
2275442--2275692	115	2.2	115	80	13	293	55	3	1	39	1.29
2275707--2275745	20	2.0	21	90	10	64	53	2	0	43	1.14
2275707--2275752	21	2.2	21	85	11	60	56	2	0	41	1.11
2275705--2275762	20	2.8	19	77	12	62	53	1	1	43	1.21
2275722--2275832	33	3.2	32	80	13	116	55	1	1	40	1.21
2276754--2276782	14	2.0	15	93	6	51	55	0	0	44	0.99
2276759--2276849	31	2.7	34	81	11	109	59	2	1	37	1.17
2276826--2276879	17	3.4	17	73	21	55	55	0	1	42	1.10
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2276840--2276893	21	2.6	21	91	5	83	59	0	0	40	0.98
2276857--2276929	11	6.5	11	72	15	60	57	2	0	39	1.13
2276981--2277012	11	3.0	11	95	4	57	84	0	9	6	0.78
2276971--2277016	6	7.8	6	76	13	51	80	2	13	4	0.95
2279370--2279421	24	2.2	24	89	0	77	55	9	1	32	1.43
2281340--2281391	24	2.2	24	89	0	77	55	9	1	32	1.43
2290740--2290784	3	16.0	3	77	13	51	64	2	2	31	1.18
2290740--2290784	20	2.3	19	84	3	63	64	2	2	31	1.18
2290937--2290980	17	2.6	17	82	17	56	65	0	6	27	1.17
2291142--2291356	3	70.3	3	68	14	77	58	2	8	31	1.40
2298730--2298773	22	1.9	23	86	9	63	38	6	13	40	1.71
2300201--2300236	17	2.1	17	94	0	63	50	5	0	44	1.25
2301210--2301262	16	3.3	16	81	5	63	32	7	15	45	1.74
2302039--2302080	6	6.8	6	79	15	50	64	19	11	4	1.44
2314010--2314065	29	1.9	29	85	0	76	37	17	8	35	1.82
2317194--2317239	14	3.2	14	80	17	58	60	0	2	36	1.09
2321323--2321364	16	2.7	15	85	10	57	47	2	2	47	1.28
2321439--2321477	17	2.2	18	90	4	62	12	5	2	79	1.00
2321814--2321896	43	1.9	43	90	0	130	39	10	12	37	1.78
2322283--2322327	22	2.0	22	83	8	56	22	0	8	68	1.16
2326834--2326890	20	2.8	20	78	2	60	40	21	8	29	1.83
2330104--2330166	33	1.9	33	90	0	99	20	7	38	33	1.82
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2330209--2330353	51	2.8	50	86	2	182	13	26	20	39	1.90
2332384--2332762	27	14.0	27	96	0	677	21	22	21	34	1.97
2338666--2339284	308	2.0	303	84	6	802	35	10	14	39	1.81
2340178--2340213	17	2.1	17	89	0	54	47	8	16	27	1.75
2342680--2342727	22	2.2	22	85	7	62	62	4	2	31	1.26
2344467--2344497	15	2.1	15	93	0	53	32	3	3	61	1.28
2344767--2344801	17	2.1	17	100	0	70	40	0	5	54	1.24
2344813--2344850	20	1.9	20	88	0	58	39	23	5	31	1.77
2357550--2357587	11	3.3	12	89	10	62	47	0	52	0	1.00
2357552--2357595	22	2.0	22	86	8	63	43	0	56	0	0.99
2357680--2357732	12	4.2	12	76	11	52	13	1	3	81	0.92
2357678--2357709	10	3.0	11	90	9	57	15	0	0	84	0.63
2358110--2358176	35	1.9	35	100	0	134	22	11	49	16	1.78
2363399--2363453	24	2.2	24	81	9	58	58	5	1	34	1.32
2363646--2363685	20	2.0	20	85	9	55	47	0	32	20	1.50
2364295--2364356	30	2.1	30	81	6	72	48	11	3	37	1.55
2369439--2369483	22	2.1	22	84	8	58	42	0	2	55	1.12
2369589--2369622	15	2.2	16	89	5	52	70	0	0	29	0.87
2372675--2372822	73	2.0	73	96	0	269	28	25	25	20	1.99
2384003--2384038	18	2.0	18	100	0	72	38	5	33	22	1.77
2385354--2385415	29	2.1	29	100	0	124	37	11	19	32	1.87
2387627--2387675	24	2.0	24	96	0	89	59	4	6	30	1.41
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2388384--2388418	16	2.2	17	90	10	56	20	5	14	60	1.54
2395525--2395599	32	2.3	32	90	4	114	32	5	5	57	1.44
2400997--2401246	131	1.9	131	88	0	374	31	18	19	30	1.96
2424958--2425005	19	2.5	19	86	3	69	45	0	4	50	1.21
2433625--2433666	18	2.3	19	87	4	59	19	14	19	47	1.82
2439078--2439252	46	3.8	46	96	0	314	20	21	29	29	1.98
2441522--2441589	21	3.3	21	81	8	77	29	13	23	33	1.93
2441532--2441597	21	3.2	21	74	20	59	30	12	24	33	1.91
2449830--2449937	43	2.5	43	83	3	137	35	21	15	27	1.94
2452565--2452600	18	1.9	19	88	5	56	44	2	5	47	1.41

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   21   22   23   24   25   26   27   28   29   30   31   32   
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