genome.fa.s5.2.7.7.80.10.50.1000.10.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Dt_chr8
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  56894857

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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This is table  10  of  185  ( 22150 repeats found )

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2821419--2821489	22	3.3	21	81	11	74	53	1	0	45	1.09
2821447--2821516	33	2.1	33	84	5	88	55	1	0	42	1.08
2821447--2821517	22	3.2	22	79	15	67	54	1	0	43	1.08
2821472--2821517	11	4.2	11	78	10	58	52	0	0	47	1.00
2821497--2821561	23	2.8	23	69	2	58	47	4	0	47	1.22
2821571--2821596	9	2.9	9	100	0	52	80	0	0	19	0.71
2821572--2821600	14	2.1	14	93	6	51	79	0	0	20	0.74
2821569--2821652	8	9.8	8	75	12	51	78	0	2	19	0.86
2821570--2821654	10	9.0	9	71	13	55	77	0	2	20	0.88
2822020--2822067	20	2.3	20	82	3	60	27	12	8	52	1.67
2827869--2828002	70	1.9	70	87	3	198	54	10	5	29	1.56
2827880--2828003	35	3.5	34	66	20	85	54	10	4	29	1.55
2830171--2830225	22	2.5	21	82	8	74	43	12	0	43	1.42
2835689--2835818	41	3.2	39	67	16	102	43	14	21	20	1.87
2835704--2835833	39	3.2	37	67	17	98	42	14	20	23	1.88
2835692--2835871	82	2.2	82	95	1	326	42	15	21	21	1.89
2835934--2836015	21	3.9	21	70	9	58	32	1	17	48	1.55
2835941--2836000	22	2.8	22	79	2	68	30	1	18	50	1.57
2836005--2836065	22	2.9	21	74	13	54	18	1	27	52	1.54
2836264--2836321	30	1.9	30	85	0	80	31	3	24	41	1.71
2836921--2837135	107	2.0	108	91	0	351	29	18	21	30	1.97
2839129--2839173	23	2.0	23	90	0	72	31	2	0	66	1.04
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2839137--2839191	29	2.0	27	85	7	74	30	1	0	67	1.01
2839189--2839273	39	2.2	40	82	2	100	25	1	8	64	1.28
2839784--2840002	9	24.6	9	76	6	160	44	18	1	35	1.59
2839760--2839810	23	2.2	23	79	6	59	45	23	0	31	1.53
2839758--2840002	27	9.0	27	72	9	140	44	18	1	35	1.58
2839771--2839964	106	1.8	106	82	4	248	45	18	1	35	1.56
2841663--2841688	12	2.2	12	100	0	52	34	7	26	30	1.85
2843179--2843213	18	1.9	18	94	0	61	45	20	20	14	1.85
2843566--2843630	27	2.4	27	84	0	85	40	13	13	32	1.85
2847099--2847151	20	2.6	21	82	5	74	41	20	1	35	1.64
2847149--2847205	17	3.2	17	71	28	55	36	21	0	42	1.53
2850765--2850818	20	2.9	17	77	17	54	33	0	3	62	1.12
2850779--2850844	21	3.1	22	82	8	66	39	0	6	54	1.25
2850779--2850844	20	3.1	21	82	8	64	39	0	6	54	1.25
2854852--2854885	6	5.8	6	89	6	52	91	0	8	0	0.43
2854853--2854885	11	2.9	11	95	4	57	90	0	9	0	0.44
2854852--2854885	17	2.1	16	94	5	59	91	0	8	0	0.43
2858194--2858338	19	7.9	19	87	9	221	38	10	14	36	1.80
2858215--2858306	17	5.5	15	82	17	78	38	10	15	35	1.82
2858194--2858338	54	2.7	54	95	1	254	38	10	14	36	1.80
2858203--2858338	35	3.8	36	86	10	197	38	11	13	36	1.81
2858193--2858345	73	2.1	71	87	8	220	39	9	15	35	1.80
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2862312--2862349	18	2.1	19	85	14	53	31	10	23	34	1.89
2866303--2866892	220	2.7	220	92	0	993	32	19	21	26	1.97
2866639--2866800	89	1.8	87	82	5	209	29	19	23	27	1.98
2866833--2867127	78	3.8	78	87	3	441	32	19	23	24	1.97
2867325--2867362	19	2.1	19	95	5	69	36	10	15	36	1.82
2867325--2867385	23	2.9	22	83	11	67	36	8	16	39	1.78
2871264--2871620	93	3.8	93	97	0	660	28	27	20	23	1.99
2871259--2871617	46	7.7	46	76	12	367	29	27	20	23	1.99
2882628--2882798	93	1.8	93	92	0	288	28	28	21	22	1.99
2882623--2882795	46	3.7	46	78	10	199	29	27	20	22	1.99
2889045--2889128	5	16.8	5	73	24	63	76	0	5	17	0.99
2889045--2889129	12	7.3	12	75	16	58	76	0	5	17	0.98
2889045--2889129	14	5.8	13	72	23	62	76	0	5	17	0.98
2889071--2889120	24	2.1	24	88	7	75	80	0	4	16	0.87
2889045--2889129	44	1.9	45	83	11	113	76	0	5	17	0.98
2913025--2913146	46	2.7	47	84	2	151	22	23	12	41	1.87
2913222--2913399	46	3.9	46	91	2	286	23	23	14	38	1.91
2922283--2922307	5	5.0	5	100	0	50	80	0	0	20	0.72
2922758--2922789	11	2.9	11	95	0	55	28	9	3	59	1.44
2922745--2922779	18	1.9	18	100	0	70	28	11	0	60	1.32
2924709--2924755	13	3.2	15	77	14	53	70	19	0	10	1.16
2927148--2927184	19	1.9	19	88	0	56	43	2	16	37	1.62
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2927360--2927389	15	1.9	16	93	6	53	40	0	3	56	1.16
2927637--2927700	31	2.0	32	85	8	87	45	0	7	46	1.32
2927495--2927809	141	2.2	141	79	7	309	46	2	9	41	1.51
2928600--2928641	15	2.9	15	96	3	77	35	0	11	52	1.38
2929126--2929170	23	1.9	24	90	4	74	8	4	37	48	1.55
2930711--2930918	52	4.2	49	75	12	190	24	15	29	29	1.96
2930730--2930911	46	3.6	48	76	12	120	25	15	29	29	1.96
2938119--2938251	52	2.5	53	84	3	162	24	16	28	30	1.97
2940810--2941079	60	4.4	59	87	8	344	62	2	7	27	1.34
2940989--2941091	4	24.5	4	70	20	59	67	1	4	25	1.20
2946267--2946805	44	11.6	44	72	11	198	28	18	18	33	1.95
2946380--2946805	51	8.9	49	71	14	200	28	18	18	34	1.95
2946310--2946805	189	2.6	191	81	3	570	28	18	18	33	1.95
2950910--2950940	16	1.9	16	93	0	53	38	0	3	58	1.15
2951137--2951164	14	2.0	14	100	0	56	57	0	0	42	0.99
2954155--2954262	26	4.2	26	89	0	171	33	8	23	35	1.85
2958429--2958457	14	2.1	14	100	0	58	20	13	31	34	1.92
2962025--2962068	22	2.0	22	86	0	61	40	2	4	52	1.34
2965806--2965851	20	2.3	20	88	0	65	32	21	10	34	1.88
2965814--2965855	20	2.1	20	90	0	66	35	19	14	30	1.91
2966068--2966139	23	3.1	23	91	0	99	38	18	22	20	1.93
2972104--2972128	12	2.1	12	100	0	50	76	16	8	0	1.02
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2977086--2977125	22	1.9	21	90	10	64	40	2	0	57	1.12
2977569--2977611	14	3.0	14	86	3	50	6	13	0	79	0.93
2978477--2978529	24	2.3	23	84	12	72	26	13	5	54	1.60
2979615--2979645	16	2.0	15	93	6	53	12	3	0	83	0.75
2981509--2981574	34	2.0	32	82	8	80	36	0	4	59	1.18
2983691--2984102	46	9.0	46	91	0	628	38	14	24	22	1.92
2988298--2988330	6	5.5	6	96	0	57	81	0	3	15	0.80
2989845--2989887	21	2.2	19	88	12	61	6	18	55	18	1.64
2992594--2992654	5	12.0	5	96	3	113	39	0	0	60	0.97
2993773--2993797	6	4.2	6	100	0	50	16	16	16	52	1.76
2994526--2994584	3	20.3	3	86	13	88	71	0	0	28	0.87
2996083--2996112	15	2.0	15	93	0	51	13	36	10	40	1.78
3021492--3021534	21	2.0	22	82	13	54	37	4	11	46	1.61
3024885--3024909	10	2.5	10	100	0	50	20	8	28	44	1.79
3025404--3025465	25	2.5	25	91	0	97	29	9	19	41	1.83
3025668--3025730	32	2.0	32	100	0	126	41	12	9	36	1.76
3025724--3025773	26	1.9	26	91	4	75	56	0	0	44	0.99
3025947--3026061	56	2.1	56	96	0	212	44	6	12	36	1.69
3026169--3026272	49	2.1	49	89	0	154	31	7	10	50	1.65
3027739--3027790	26	2.0	26	92	7	88	46	0	3	50	1.20
3029031--3029134	24	4.4	24	68	14	65	35	4	2	56	1.35
3029073--3029219	46	3.1	46	79	6	152	33	4	4	57	1.38
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
3029068--3029160	22	4.0	23	78	8	100	37	6	1	54	1.33
3029068--3029199	70	1.9	69	81	6	158	35	6	3	55	1.40
3029073--3029278	24	8.4	24	74	12	143	33	5	3	57	1.39
3029653--3029704	25	2.1	25	82	7	61	36	1	3	57	1.28
3031202--3031247	23	2.0	22	84	12	58	60	6	2	30	1.34
3031502--3031554	26	2.0	26	100	0	106	41	3	22	32	1.72
3034771--3035456	343	2.0	343	100	0	1372	34	13	15	36	1.87
3040903--3040940	18	2.1	19	90	9	62	10	5	39	44	1.61
3040908--3040947	18	2.3	17	82	4	53	12	5	37	45	1.64
3043950--3043983	17	2.0	17	100	0	68	35	5	29	29	1.81

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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