genome.fa.s5.2.7.7.80.10.50.1000.89.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Dt_chr8
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  56894857

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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          129   130   131   132   133   134   135   136   137   138   139   140   141   142   143   144   
          145   146   147   148   149   150   151   152   153   154   155   156   157   158   159   160   
          161   162   163   164   165   166   167   168   169   170   171   172   173   174   175   176   
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This is table  89  of  185  ( 22150 repeats found )

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
28236077--28236120	22	2.0	22	81	0	52	59	0	9	31	1.29
28241547--28241592	22	2.1	22	91	0	74	28	15	17	39	1.90
28241785--28242092	138	2.2	137	79	3	323	28	18	24	28	1.98
28241862--28242263	207	1.9	207	81	3	477	28	17	24	29	1.97
28241984--28242263	69	4.1	69	78	8	273	26	17	26	29	1.97
28242031--28242437	138	2.9	137	78	6	403	26	17	26	28	1.98
28241905--28242356	207	2.2	207	78	4	448	27	17	25	29	1.98
28244742--28244777	10	3.6	10	84	0	54	33	16	25	25	1.96
28244734--28244779	20	2.3	20	96	0	83	36	15	23	23	1.93
28246909--28246943	18	1.9	18	88	11	54	25	17	0	57	1.40
28246973--28247016	18	2.4	18	84	0	61	9	20	4	65	1.38
28249366--28249411	20	2.3	20	84	0	56	36	17	23	21	1.94
28251369--28251402	8	4.2	8	96	0	59	52	0	38	8	1.33
28265844--28266080	42	5.6	41	76	10	210	24	16	24	33	1.96
28265853--28266080	85	2.7	84	88	2	312	23	17	25	33	1.96
28273286--28273333	24	2.0	24	84	8	62	31	16	12	39	1.86
28274675--28274708	17	1.9	17	88	5	50	14	35	29	20	1.93
28275849--28276031	51	3.6	49	81	3	206	22	18	27	31	1.97
28275849--28276033	101	1.8	102	89	3	293	22	18	28	31	1.97
28275955--28276035	26	3.2	26	64	22	71	22	16	28	33	1.95
28282276--28282383	35	3.1	35	73	7	110	25	19	24	30	1.98
28282275--28282462	71	2.6	71	80	4	182	26	22	23	27	2.00
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
28287029--28287058	16	1.9	16	93	6	53	53	0	13	33	1.40
28291899--28292231	164	2.0	164	94	0	576	47	13	12	26	1.79
28309441--28309525	42	2.0	42	81	4	100	32	7	20	40	1.79
28311781--28311806	13	2.0	13	100	0	52	61	15	0	23	1.33
28321485--28321519	18	2.1	17	89	10	54	34	31	0	34	1.58
28334220--28334287	27	2.5	27	85	4	84	30	16	23	29	1.96
28334247--28334299	27	2.0	27	88	0	79	37	13	22	26	1.91
28334250--28334311	27	2.3	27	82	0	70	33	11	25	29	1.91
28335132--28335240	34	3.1	35	77	9	105	41	17	8	33	1.79
28335175--28335248	34	2.1	35	82	5	87	40	20	8	31	1.81
28335420--28335524	41	2.6	41	89	3	149	24	29	20	25	1.99
28336171--28336471	153	1.9	156	81	9	366	42	15	3	37	1.66
28336272--28336471	78	2.6	78	92	1	339	43	14	4	39	1.64
28342091--28342368	78	3.6	78	96	0	495	43	14	3	39	1.61
28343491--28343565	37	2.0	37	100	0	150	46	16	5	32	1.69
28344722--28344746	7	3.6	7	100	0	50	28	12	0	60	1.32
28356972--28357014	12	3.8	12	87	12	72	37	0	9	53	1.33
28356972--28357017	22	2.1	22	100	0	92	36	0	8	54	1.32
28357038--28357118	41	2.0	41	85	9	112	50	2	8	38	1.46
28362190--28362241	24	2.2	24	86	3	70	53	5	13	26	1.62
28362681--28362710	14	2.1	14	93	0	51	56	13	0	30	1.37
28363533--28363596	30	2.1	32	82	5	78	15	26	31	26	1.96
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
28366519--28366562	21	2.1	21	82	0	52	29	27	0	43	1.55
28366522--28366587	14	4.6	14	75	9	53	31	19	0	48	1.49
28368620--28368648	6	4.8	6	100	0	58	51	0	31	17	1.45
28369023--28369066	23	1.9	23	90	0	70	43	4	9	43	1.56
28369023--28369072	23	2.3	22	86	6	66	44	6	8	42	1.58
28369125--28369163	19	2.2	18	86	9	53	74	2	12	10	1.17
28369932--28369970	19	2.2	18	86	9	53	74	2	12	10	1.17
28371157--28371216	21	2.8	20	80	9	75	18	23	21	36	1.95
28374032--28374098	34	1.9	35	87	3	100	31	8	14	44	1.76
28379291--28379328	17	2.2	17	86	9	51	44	5	0	50	1.24
28391527--28391595	36	1.9	36	87	0	102	27	31	7	33	1.84
28394157--28394232	11	6.8	11	68	24	52	55	1	1	42	1.16
28394125--28394218	17	5.5	17	68	22	63	52	4	2	41	1.33
28394783--28395134	172	2.0	172	99	0	695	31	17	17	32	1.94
28399389--28399418	10	3.0	10	100	0	60	70	0	0	30	0.88
28399355--28399428	38	1.9	38	83	5	96	63	0	4	32	1.13
28404722--28404990	124	2.2	124	89	0	421	28	21	16	33	1.95
28405092--28405117	6	4.3	6	100	0	52	38	0	0	61	0.96
28405889--28406016	14	8.8	14	71	17	55	48	28	1	21	1.59
28405982--28406022	20	2.0	20	85	0	55	48	31	0	19	1.49
28406064--28406130	7	9.6	7	78	12	50	47	32	0	19	1.50
28406058--28406103	21	2.2	21	84	0	56	47	30	0	21	1.51
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
28406066--28406130	28	2.3	28	82	10	71	49	32	0	18	1.48
28406308--28406398	40	2.3	40	81	7	105	30	24	20	24	1.99
28406467--28406556	40	2.2	41	84	9	114	26	21	20	32	1.97
28406486--28406578	40	2.3	40	81	3	98	22	21	22	33	1.97
28406663--28406787	40	3.1	40	78	0	133	27	20	21	30	1.98
28406433--28406810	195	1.9	195	83	4	494	25	19	21	33	1.97
28406847--28406960	39	2.9	39	76	6	97	19	22	21	36	1.95
28417737--28417823	27	3.3	26	72	23	74	60	12	3	22	1.47
28418876--28418914	19	2.1	18	85	4	51	69	0	5	25	1.09
28425568--28426042	235	2.0	235	92	0	797	32	24	15	27	1.96
28427959--28428083	50	2.5	50	81	0	142	20	27	24	28	1.99
28433346--28433387	21	2.0	21	81	9	50	40	7	7	45	1.59
28437763--28437822	25	2.6	22	76	16	59	20	6	6	66	1.38
28442389--28442428	17	2.3	19	80	20	52	42	5	0	52	1.23
28451519--28451552	17	1.9	18	88	5	52	38	8	5	47	1.59
28455919--28455949	13	2.3	14	94	5	55	54	0	0	45	0.99
28458065--28458163	42	2.4	42	91	1	155	21	28	13	37	1.91
28459838--28460067	43	5.4	43	80	3	232	22	14	20	42	1.88
28459837--28460034	86	2.3	86	85	1	263	22	14	21	41	1.89
28461992--28462066	27	2.8	27	76	8	71	41	14	24	20	1.89
28462015--28462092	27	2.9	27	83	5	95	38	15	26	19	1.91
28469313--28469404	43	2.1	43	100	0	184	31	21	25	21	1.98
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
28469313--28469423	43	2.6	43	90	5	136	35	20	23	20	1.96
28469467--28469547	42	1.9	42	85	5	110	41	19	12	25	1.87
28483055--28483188	40	3.3	40	83	2	135	34	17	20	28	1.95
28482908--28483500	195	3.0	193	78	6	601	32	16	21	30	1.95
28483544--28483598	14	3.8	14	76	21	51	21	0	27	50	1.49
28483645--28483704	14	4.3	14	75	14	52	20	1	31	46	1.60
28483650--28483704	21	2.6	21	85	0	74	18	1	32	47	1.59
28483777--28483995	7	31.0	7	65	5	64	23	2	32	42	1.67
28483836--28483965	50	2.6	50	87	3	183	23	1	34	40	1.64
28483947--28483981	15	2.4	14	90	4	52	20	5	25	48	1.71
28484816--28485042	125	1.8	125	84	2	314	31	14	19	34	1.92
28485089--28485176	42	2.1	41	83	6	106	30	36	4	28	1.77
28486892--28487033	65	2.2	66	89	3	216	35	3	12	47	1.59
28486974--28487071	38	2.6	38	88	3	146	31	2	16	50	1.57
28487048--28487106	28	2.1	28	90	3	91	33	3	10	52	1.52
28487465--28487645	9	20.9	9	73	10	94	47	18	0	34	1.49
28487482--28487645	52	3.4	51	84	9	211	47	18	0	34	1.49
28487491--28487645	43	3.4	43	83	8	177	47	18	0	34	1.48
28493435--28493526	43	2.1	43	85	0	121	28	16	23	31	1.96
28493445--28493555	43	2.5	43	83	2	141	30	15	24	29	1.95
28500856--28500881	13	2.0	13	100	0	52	61	0	15	23	1.33
28504233--28504276	18	2.5	17	85	10	61	45	15	0	38	1.47
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
28508232--28508313	20	4.0	20	85	3	101	8	25	23	42	1.82
28513765--28513805	21	2.0	21	85	0	55	31	4	0	63	1.15
28516165--28516207	22	2.0	22	85	0	59	27	18	23	30	1.98
28518994--28519063	35	2.0	35	100	0	140	37	8	31	22	1.85
28529435--28529477	18	2.4	17	82	17	52	44	0	4	51	1.22
28534073--28534112	20	2.0	20	90	9	64	40	10	5	45	1.60
28534428--28534452	5	5.0	5	100	0	50	20	0	0	80	0.72
28537493--28537542	26	1.9	26	88	8	75	36	2	0	62	1.07
28537500--28537543	13	3.3	13	78	15	54	34	0	0	65	0.93
28542768--28542792	6	4.2	6	100	0	50	80	0	0	20	0.72

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