genome.fa.s5.2.7.7.80.10.50.1000.73.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Dt_chr8
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  56894857

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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          129   130   131   132   133   134   135   136   137   138   139   140   141   142   143   144   
          145   146   147   148   149   150   151   152   153   154   155   156   157   158   159   160   
          161   162   163   164   165   166   167   168   169   170   171   172   173   174   175   176   
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This is table  73  of  185  ( 22150 repeats found )

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
22984527--22984553	2	13.5	2	100	0	54	0	48	0	51	1.00
22992902--22992949	21	2.3	20	75	10	51	72	2	16	8	1.18
22998189--22998213	8	3.1	8	100	0	50	76	0	0	24	0.80
22998813--22998859	22	2.1	22	88	0	67	38	6	8	46	1.60
23000915--23000941	5	5.4	5	100	0	54	81	0	0	18	0.69
23001854--23001898	16	3.1	15	84	12	58	55	8	0	35	1.31
23015240--23015308	23	3.2	23	62	26	60	46	7	14	31	1.72
23015229--23015312	41	2.0	41	100	0	168	46	7	14	32	1.71
23019328--23019378	23	2.2	23	89	0	75	43	21	7	27	1.80
23020109--23020262	75	2.1	75	94	0	272	48	9	23	18	1.77
23023124--23023241	59	2.0	61	88	3	177	50	3	3	42	1.35
23023533--23023576	13	3.4	13	77	0	52	38	15	4	40	1.68
23026169--23026221	23	2.3	23	93	0	97	20	20	26	32	1.98
23027952--23027979	5	5.6	5	100	0	56	21	0	0	78	0.75
23030161--23030190	15	2.0	15	93	0	51	73	10	6	10	1.25
23032971--23033078	53	2.0	53	96	0	198	43	11	13	31	1.80
23035262--23035307	22	2.0	23	83	4	58	17	8	17	56	1.65
23041053--23041088	11	3.2	11	88	4	54	16	33	0	50	1.46
23041052--23041100	22	2.2	23	82	10	57	20	32	0	46	1.51
23041068--23041188	51	2.4	51	87	2	163	33	23	1	41	1.65
23042302--23042333	7	4.6	7	96	0	55	25	0	12	62	1.30
23041506--23043168	832	2.0	832	99	0	3272	28	18	25	28	1.98
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
23043134--23043165	7	4.6	7	96	0	55	25	0	12	62	1.30
23043137--23043171	14	2.5	13	86	13	52	25	0	14	60	1.35
23043797--23043836	18	2.2	18	95	0	71	22	30	5	42	1.75
23044261--23044308	25	1.9	25	87	8	62	43	0	18	37	1.51
23044337--23044461	25	5.0	25	91	0	196	43	2	14	40	1.58
23044337--23044600	50	5.4	50	72	10	211	43	4	14	38	1.65
23044508--23044600	25	3.7	25	91	0	150	43	0	15	41	1.46
23044602--23045262	23	27.7	23	83	8	795	44	21	7	27	1.78
23044602--23045262	46	14.3	46	85	8	878	44	21	7	27	1.78
23044602--23045262	69	9.6	69	84	8	878	44	21	7	27	1.78
23044720--23044779	30	2.0	30	96	0	111	48	26	5	20	1.70
23044918--23044984	34	2.0	34	100	0	134	41	22	5	29	1.77
23045129--23045188	30	2.0	30	96	0	111	48	26	5	20	1.70
23050512--23050751	125	1.9	124	88	4	367	33	21	16	28	1.95
23050778--23050804	7	3.9	7	100	0	54	44	40	0	14	1.46
23051711--23051739	13	2.2	13	100	0	58	20	10	20	48	1.79
23064816--23064908	43	2.2	42	82	3	116	32	18	15	34	1.92
23072514--23072557	23	1.9	23	100	0	88	45	9	22	22	1.80
23078748--23078801	19	2.8	21	75	16	62	40	0	0	59	0.98
23079318--23079342	6	4.2	6	100	0	50	84	0	0	16	0.63
23081204--23081253	26	2.0	24	84	7	64	46	0	0	54	1.00
23083886--23083949	24	2.7	24	87	0	83	48	10	4	35	1.59
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
23092277--23092314	16	2.3	17	95	4	69	21	63	5	10	1.46
23092977--23093023	23	2.0	23	91	0	76	40	2	23	34	1.67
23095954--23095996	6	7.0	6	81	5	50	16	4	13	65	1.43
23101822--23101912	37	2.4	36	81	15	96	40	3	4	51	1.38
23113518--23113546	15	2.0	15	93	6	51	0	13	0	86	0.58
23132531--23132598	32	2.2	32	84	7	86	36	17	13	32	1.89
23132911--23132999	32	2.9	32	82	9	89	62	3	2	31	1.23
23132922--23132999	32	2.6	30	86	11	106	62	1	2	33	1.17
23132984--23133061	11	7.4	11	74	20	60	58	0	3	37	1.16
23133005--23133036	16	2.0	16	93	0	55	65	0	0	34	0.93
23132963--23133061	51	2.0	49	94	4	171	59	0	3	37	1.13
23132932--23133071	40	3.5	40	76	7	149	60	0	2	35	1.17
23136199--23136243	21	2.1	21	88	8	65	53	35	0	11	1.37
23136419--23136468	19	2.5	20	83	6	66	16	4	34	46	1.65
23136583--23136610	13	2.2	13	100	0	56	28	28	0	42	1.56
23138518--23138587	3	23.3	3	71	5	52	28	7	4	60	1.43
23155137--23155200	26	2.4	27	94	5	112	40	10	0	48	1.38
23155253--23155312	27	2.2	27	81	0	66	31	26	26	15	1.95
23155262--23155313	27	1.9	27	92	0	86	30	23	30	15	1.95
23155421--23155482	19	3.3	19	77	4	81	46	0	12	40	1.42
23155415--23155474	18	3.3	18	76	4	75	48	0	13	38	1.42
23156295--23156358	26	2.4	27	94	5	112	40	10	0	48	1.38
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
23156411--23156470	27	2.2	27	81	0	66	31	26	26	15	1.95
23156420--23156471	27	1.9	27	92	0	86	30	23	30	15	1.95
23156579--23156640	19	3.3	19	77	4	81	46	0	12	40	1.42
23156573--23156632	18	3.3	18	76	4	75	48	0	13	38	1.42
23157193--23157244	27	1.9	27	92	0	86	13	30	23	32	1.93
23157195--23157253	27	2.2	27	84	0	73	13	27	27	32	1.94
23157307--23157371	27	2.4	28	97	2	123	49	0	10	40	1.38
23160246--23160289	3	14.7	3	100	0	88	68	0	0	31	0.90
23164279--23164325	24	2.0	24	86	0	67	21	27	14	36	1.93
23166828--23166857	8	3.8	8	100	0	60	53	13	0	33	1.40
23167097--23167220	22	5.9	21	72	16	96	31	30	0	37	1.63
23167412--23167467	24	2.3	23	77	19	60	28	0	5	66	1.14
23169596--23169660	23	2.8	24	81	6	80	47	26	0	26	1.52
23169616--23170588	28	32.3	28	80	14	959	48	24	0	27	1.51
23169616--23170588	33	32.1	32	81	13	971	48	24	0	27	1.51
23169616--23170588	61	16.1	61	79	12	1011	48	24	0	27	1.51
23169804--23169878	23	3.0	23	80	17	96	48	21	0	30	1.51
23169804--23169887	23	3.4	23	77	15	87	46	26	0	27	1.53
23169949--23170004	23	2.4	23	96	0	103	48	26	0	25	1.52
23170686--23170845	28	5.5	28	78	17	168	48	23	0	28	1.52
23170696--23170824	33	4.1	33	81	13	135	46	25	0	27	1.53
23170689--23170837	61	2.4	59	84	11	201	47	23	0	28	1.52
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
23173975--23174297	124	2.6	123	91	1	520	30	23	16	29	1.96
23176197--23176235	13	3.1	13	89	10	55	76	0	2	20	0.90
23178046--23178797	94	8.0	94	84	1	941	28	19	20	31	1.97
23181067--23181136	25	2.8	26	72	8	74	27	21	30	21	1.98
23181145--23181214	25	2.8	25	76	4	70	40	15	24	20	1.91
23181179--23181232	25	2.2	25	86	6	74	42	12	24	20	1.87
23192950--23192992	21	2.0	21	86	0	59	37	2	20	39	1.66
23196178--23196316	25	5.5	25	73	13	99	19	23	19	38	1.94
23196364--23196425	25	2.4	25	76	7	63	24	25	19	30	1.98
23201372--23201405	12	2.8	13	86	13	54	50	0	0	50	1.00
23201379--23201443	22	2.9	22	78	14	71	49	0	4	46	1.22
23201375--23201418	12	3.9	12	80	19	51	50	0	2	47	1.13
23210598--23210630	16	2.1	16	94	0	57	39	27	6	27	1.80
23215788--23215821	18	1.9	17	88	5	50	38	32	26	2	1.71
23237906--23238106	106	1.9	106	97	0	384	30	18	19	30	1.96
23238568--23238673	37	2.8	38	77	16	105	50	0	13	35	1.41
23238960--23239016	22	2.6	23	78	18	75	64	3	7	24	1.34
23240239--23240975	132	5.6	132	85	3	1018	29	26	15	27	1.96
23240226--23240949	88	8.3	88	85	3	838	29	26	15	28	1.96
23252484--23252580	38	2.6	38	79	14	103	49	0	13	37	1.42
23252867--23252923	22	2.6	23	78	18	75	64	3	7	24	1.34
23253635--23253659	13	1.9	13	100	0	50	68	0	8	24	1.16
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
23254570--23255438	132	6.6	132	87	2	1257	29	26	16	27	1.97
23254603--23255412	87	9.2	88	84	2	841	29	26	16	27	1.97
23268426--23268523	43	2.2	44	83	3	135	28	19	19	32	1.96
23268453--23268557	44	2.4	43	80	4	113	29	20	19	30	1.97
23277261--23277321	18	3.2	18	65	13	50	14	31	16	37	1.89
23277818--23277853	19	1.9	18	88	5	54	44	2	22	30	1.67
23281057--23281091	5	7.0	5	100	0	70	60	0	0	40	0.97
23285731--23285946	41	5.3	41	86	1	290	24	22	24	29	1.99
23286353--23286386	14	2.3	15	90	5	52	35	0	29	35	1.58
23286448--23286625	82	2.2	82	86	4	252	25	3	25	44	1.71

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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