genome.fa.s5.2.7.7.80.10.50.1000.77.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Dt_chr8
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  56894857

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   21   22   23   24   25   26   27   28   29   30   31   32   
          33   34   35   36   37   38   39   40   41   42   43   44   45   46   47   48   
          49   50   51   52   53   54   55   56   57   58   59   60   61   62   63   64   
          65   66   67   68   69   70   71   72   73   74   75   76   77   78   79   80   
          81   82   83   84   85   86   87   88   89   90   91   92   93   94   95   96   
          97   98   99   100   101   102   103   104   105   106   107   108   109   110   111   112   
          113   114   115   116   117   118   119   120   121   122   123   124   125   126   127   128   
          129   130   131   132   133   134   135   136   137   138   139   140   141   142   143   144   
          145   146   147   148   149   150   151   152   153   154   155   156   157   158   159   160   
          161   162   163   164   165   166   167   168   169   170   171   172   173   174   175   176   
          177   178   179   180   181   182   183   184   185   

This is table  77  of  185  ( 22150 repeats found )

Click on indices to view alignment

Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
24182724--24183661	129	7.3	129	77	8	770	28	21	18	31	1.97
24192426--24192479	21	2.6	21	90	0	81	33	25	14	25	1.95
24192992--24193056	33	2.0	33	96	0	121	41	12	9	36	1.75
24193386--24193432	24	2.0	24	83	8	60	31	12	17	38	1.87
24200126--24200211	25	3.3	25	72	18	68	38	0	17	44	1.49
24200563--24200617	27	2.0	27	82	0	65	52	1	21	23	1.56
24204617--24204753	56	2.4	56	78	10	154	60	1	8	29	1.34
24206322--24207010	45	15.3	43	74	11	190	28	19	18	33	1.95
24206322--24206417	42	2.2	44	87	7	135	30	22	15	31	1.95
24206538--24207022	45	10.9	44	82	4	483	28	19	18	33	1.96
24206322--24207022	89	7.8	88	75	10	553	29	19	18	33	1.95
24206538--24207022	178	2.7	179	90	1	735	28	19	18	33	1.96
24218907--24218960	19	2.8	20	80	8	58	75	1	3	18	1.03
24218989--24219014	4	6.5	4	100	0	52	76	0	0	23	0.78
24218888--24219038	64	2.4	63	81	5	180	62	1	6	28	1.31
24220220--24220261	21	2.0	21	86	9	59	9	9	57	23	1.60
24221867--24221896	14	2.2	14	94	5	53	13	13	23	50	1.77
24221881--24221922	19	2.2	20	86	4	59	19	16	11	52	1.74
24225180--24225285	53	2.0	53	98	0	203	44	8	7	39	1.63
24226723--24226763	21	1.9	22	90	5	66	29	14	7	48	1.71
24232320--24232362	18	2.4	18	80	7	52	51	0	2	46	1.13
24235782--24235813	3	10.7	3	100	0	64	34	0	0	65	0.93
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
24236265--24236319	22	2.5	22	84	0	65	34	16	25	23	1.95
24243502--24243550	3	16.3	3	100	0	98	67	0	32	0	0.91
24244526--24244852	44	7.4	44	65	12	161	26	25	17	30	1.97
24244516--24244861	132	2.6	132	91	0	557	26	25	18	30	1.98
24246295--24246329	6	6.2	6	87	12	56	0	17	0	82	0.66
24246295--24246329	11	3.1	11	91	4	52	0	17	0	82	0.66
24246296--24246328	16	2.0	17	94	5	59	0	12	0	87	0.53
24246331--24246399	35	2.0	35	86	5	97	18	2	7	71	1.23
24258464--24258501	19	2.0	20	85	10	53	34	13	10	42	1.78
24263417--24263487	27	2.6	27	82	4	90	22	21	26	29	1.99
24269472--24269541	6	11.2	6	71	14	52	78	2	2	15	0.99
24270415--24270490	26	2.9	26	84	0	98	36	21	22	19	1.95
24270427--24270511	26	3.2	26	81	1	71	35	21	22	21	1.96
24270545--24270626	36	2.4	32	77	14	92	29	13	18	39	1.89
24270705--24270793	27	3.3	27	93	3	144	20	21	19	39	1.93
24272269--24272299	14	2.2	14	94	0	53	48	12	0	38	1.42
24273677--24273710	15	2.2	16	89	5	52	44	0	0	55	0.99
24274621--24274650	12	2.4	13	94	5	53	20	30	0	50	1.49
24277671--24277699	13	2.2	13	100	0	58	13	6	0	79	0.93
24280148--24280195	24	2.0	24	95	0	87	25	22	20	31	1.98
24283274--24283312	16	2.3	18	91	8	64	58	5	0	35	1.20
24286988--24287021	15	2.2	16	89	5	52	44	0	0	55	0.99
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
24288274--24288304	14	2.2	14	94	0	53	48	12	0	38	1.42
24293709--24293739	14	2.2	14	94	0	53	48	12	0	38	1.42
24295369--24295415	11	4.2	11	88	2	67	23	25	4	46	1.70
24295600--24295650	24	2.1	24	85	7	68	29	1	1	66	1.13
24296343--24296397	28	2.0	28	88	0	83	21	34	36	7	1.81
24296338--24296415	28	2.8	28	78	1	68	21	32	37	8	1.85
24300010--24300052	18	2.4	18	80	0	50	18	25	6	48	1.73
24300403--24300597	94	2.1	93	92	0	318	35	2	4	56	1.33
24302278--24302357	41	2.0	39	88	7	117	33	0	36	30	1.58
24312016--24312050	17	1.9	18	88	11	54	22	22	31	22	1.98
24315465--24315546	15	5.5	15	73	5	67	68	3	6	21	1.28
24315531--24315563	17	1.9	17	88	11	50	75	0	0	24	0.80
24315465--24315559	12	7.9	12	72	13	54	69	3	5	22	1.23
24321096--24321129	15	2.2	16	89	5	52	44	0	0	55	0.99
24322238--24322295	28	2.1	28	81	12	66	32	1	1	63	1.14
24323821--24323864	18	2.4	18	88	0	70	20	27	9	43	1.82
24324227--24324421	93	2.1	93	93	0	327	36	2	5	55	1.36
24324360--24324481	55	2.2	55	84	5	149	40	2	4	51	1.36
24324447--24324476	9	3.4	9	90	9	53	36	0	0	63	0.95
24330625--24330669	15	3.0	15	80	0	54	73	0	13	13	1.10
24338630--24338661	14	2.2	15	94	5	57	50	3	6	40	1.43
24338936--24338969	18	1.9	17	94	5	59	35	0	0	64	0.94
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
24338934--24338992	25	2.4	24	81	15	68	32	0	0	67	0.91
24339200--24339252	24	2.3	23	80	3	61	52	9	5	32	1.57
24339332--24339370	16	2.3	18	86	8	55	58	5	2	33	1.33
24345559--24345628	29	2.3	29	82	4	86	38	10	11	40	1.75
24345781--24345892	31	3.7	31	78	9	106	41	11	11	35	1.78
24349701--24349801	51	2.0	50	86	1	139	28	12	18	39	1.88
24349656--24350283	44	14.1	44	74	8	367	29	18	16	35	1.93
24353479--24353513	10	3.5	10	84	0	52	14	22	25	37	1.92
24359695--24359746	19	2.7	20	85	11	65	42	5	21	30	1.76
24367152--24367192	21	2.0	21	85	0	55	36	0	4	58	1.20
24369650--24369692	21	2.1	20	82	4	50	27	6	0	65	1.18
24372443--24372502	31	1.9	31	89	0	93	35	13	10	41	1.78
24381765--24381789	2	12.5	2	100	0	50	48	0	0	52	1.00
24384677--24384701	11	2.3	11	100	0	50	8	8	0	84	0.79
24396156--24396914	44	16.7	44	75	9	531	35	17	18	28	1.94
24396156--24396819	89	7.3	88	78	7	467	35	17	18	28	1.94
24396156--24396648	184	2.7	176	80	7	494	35	17	18	28	1.94
24396688--24396868	51	3.7	50	77	13	205	37	17	17	28	1.92
24396384--24396916	89	5.8	95	81	8	434	35	16	19	28	1.94
24396929--24397032	44	2.4	44	86	0	136	33	15	24	26	1.95
24397318--24397346	9	3.2	9	100	0	58	37	31	20	10	1.86
24404873--24404923	26	2.0	26	88	0	75	27	45	5	21	1.75
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
24406599--24406623	9	2.8	9	100	0	50	36	0	8	56	1.29
24409093--24409180	26	3.5	25	77	7	97	56	9	9	25	1.59
24418995--24419107	23	4.7	24	82	6	140	21	25	5	47	1.71
24419926--24419968	16	2.5	17	77	11	52	23	13	0	62	1.31
24425615--24425639	2	12.5	2	100	0	50	52	0	0	48	1.00
24426005--24426050	23	2.0	24	86	4	67	50	6	0	43	1.28
24428010--24428066	15	3.5	15	71	17	51	49	1	1	47	1.22
24430678--24430741	30	2.1	31	88	5	96	37	20	14	28	1.91
24445825--24445854	11	2.7	11	100	0	60	66	0	0	33	0.92
24447105--24447162	22	2.5	23	78	16	66	17	1	13	67	1.32
24447496--24448299	93	8.8	95	70	14	376	28	21	17	32	1.96
24447678--24447946	49	5.8	46	75	7	175	27	18	17	35	1.94
24447503--24448263	139	5.5	139	79	5	597	28	20	18	32	1.96
24447457--24448258	44	17.6	45	73	10	372	28	20	18	32	1.96
24449186--24449233	17	2.9	17	82	14	64	0	20	0	79	0.74
24451558--24451582	10	2.5	10	100	0	50	44	0	8	48	1.32
24453948--24454023	35	2.2	35	97	0	143	34	26	10	28	1.90
24463266--24463460	93	2.1	92	88	4	286	44	4	4	47	1.41
24463438--24463536	52	2.0	52	80	11	118	45	6	2	46	1.39
24463493--24463526	17	2.0	17	94	0	59	44	5	0	50	1.26
24463498--24463545	17	3.0	16	79	17	55	45	6	2	45	1.40
24463542--24463720	54	3.1	54	65	22	137	41	2	7	49	1.43
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
24463538--24463725	61	3.1	61	68	14	190	41	2	6	49	1.41
24463586--24463620	18	2.0	17	88	5	52	40	0	0	60	0.97
24463535--24463757	120	1.9	120	97	0	419	42	2	6	49	1.40
24463706--24463740	18	2.0	17	88	5	52	45	0	0	54	0.99
24463569--24463754	54	3.2	54	66	21	142	43	1	4	50	1.33
24463694--24463965	144	1.9	147	94	3	487	47	2	3	46	1.34
24463850--24463884	18	2.0	17	88	5	52	45	0	0	54	0.99
24464046--24464140	45	2.1	45	88	1	138	32	27	5	34	1.79
24464121--24464172	16	3.2	16	94	0	86	34	36	0	28	1.58
24464324--24464391	16	4.2	16	94	0	109	27	0	35	36	1.58

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   21   22   23   24   25   26   27   28   29   30   31   32   
          33   34   35   36   37   38   39   40   41   42   43   44   45   46   47   48   
          49   50   51   52   53   54   55   56   57   58   59   60   61   62   63   64   
          65   66   67   68   69   70   71   72   73   74   75   76   77   78   79   80   
          81   82   83   84   85   86   87   88   89   90   91   92   93   94   95   96   
          97   98   99   100   101   102   103   104   105   106   107   108   109   110   111   112   
          113   114   115   116   117   118   119   120   121   122   123   124   125   126   127   128   
          129   130   131   132   133   134   135   136   137   138   139   140   141   142   143   144   
          145   146   147   148   149   150   151   152   153   154   155   156   157   158   159   160   
          161   162   163   164   165   166   167   168   169   170   171   172   173   174   175   176   
          177   178   179   180   181   182   183   184   185