genome.fa.s5.2.7.7.80.10.50.1000.47.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Dt_chr8
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  56894857

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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          129   130   131   132   133   134   135   136   137   138   139   140   141   142   143   144   
          145   146   147   148   149   150   151   152   153   154   155   156   157   158   159   160   
          161   162   163   164   165   166   167   168   169   170   171   172   173   174   175   176   
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This is table  47  of  185  ( 22150 repeats found )

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
14118377--14118518	53	2.6	54	80	1	169	27	21	15	35	1.93
14119409--14119456	24	2.0	24	100	0	96	37	12	12	37	1.81
14122774--14122805	15	2.1	15	94	0	55	15	6	9	68	1.36
14124461--14124577	62	1.9	59	86	5	162	41	4	3	50	1.38
14130331--14130382	22	2.4	22	93	0	86	51	3	3	40	1.38
14136303--14136378	36	2.1	36	95	0	134	42	15	13	28	1.85
14137049--14137081	16	2.1	16	94	0	57	33	0	6	60	1.21
14141848--14141882	11	3.2	11	87	0	52	62	0	0	37	0.95
14147046--14147097	16	3.2	16	94	0	86	26	0	32	40	1.57
14147333--14147367	18	2.0	17	88	5	52	54	0	0	45	0.99
14147220--14147536	157	2.0	157	96	0	589	44	3	5	47	1.41
14147470--14147511	15	2.7	16	82	14	52	52	2	0	45	1.13
14147479--14147520	15	2.9	15	82	10	52	52	0	0	47	1.00
14147290--14147539	76	3.1	82	64	24	215	47	3	3	46	1.34
14147291--14147621	157	2.1	154	79	7	337	47	3	3	45	1.39
14147686--14147733	26	1.9	25	84	16	64	52	2	0	45	1.12
14147641--14147869	92	2.5	92	83	8	236	47	3	3	44	1.38
14150203--14150278	33	2.3	33	97	0	143	35	5	15	43	1.70
14150321--14150402	37	2.2	37	93	0	137	36	8	14	40	1.77
14153552--14153576	5	5.0	5	100	0	50	80	0	20	0	0.72
14166565--14166619	27	2.0	27	89	0	83	29	3	16	50	1.62
14166592--14166652	32	1.9	32	96	0	113	27	3	16	52	1.59
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
14167537--14167575	20	2.0	20	94	0	69	48	0	2	48	1.15
14167673--14167712	20	2.0	20	90	0	62	40	10	10	40	1.72
14170056--14170085	12	2.4	13	94	5	53	53	0	13	33	1.40
14189316--14189429	20	5.7	20	77	6	106	42	11	7	37	1.70
14189316--14189435	40	3.0	40	75	11	129	43	10	7	38	1.68
14189475--14189516	20	2.2	20	86	4	59	38	16	4	40	1.70
14190450--14190556	49	2.2	48	81	5	126	24	16	31	27	1.96
14193352--14193535	51	3.7	49	83	5	199	27	16	26	29	1.97
14193398--14193533	51	2.7	51	90	1	202	25	17	27	30	1.97
14199385--14199512	41	3.1	41	85	4	186	22	18	28	30	1.98
14199365--14199524	82	2.0	82	89	0	248	21	17	28	31	1.96
14199878--14199917	14	2.8	16	82	17	52	30	0	27	42	1.56
14200171--14200236	7	9.1	7	72	6	51	22	0	43	33	1.54
14200147--14200203	14	3.9	15	77	6	55	19	0	45	35	1.50
14200168--14200236	22	3.1	22	77	6	77	21	0	44	33	1.53
14203340--14203649	43	7.3	42	81	7	304	27	18	27	27	1.98
14203379--14203649	128	2.1	129	86	3	368	28	18	26	26	1.98
14206284--14206399	43	2.7	43	79	12	139	20	18	31	29	1.97
14209761--14209884	41	2.9	42	80	9	137	33	27	17	21	1.96
14209742--14209897	84	1.9	84	82	8	201	31	28	17	22	1.97
14209742--14209904	43	3.9	41	77	15	163	33	27	17	21	1.96
14216056--14216167	43	2.6	43	80	8	138	21	18	30	29	1.97
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
14218527--14218597	20	3.5	19	72	11	61	36	15	12	35	1.86
14218640--14218753	20	5.7	20	75	19	112	40	14	12	33	1.83
14218640--14218753	40	2.8	39	83	12	142	40	14	12	33	1.83
14218832--14218891	20	3.0	19	83	9	75	46	13	6	33	1.69
14218899--14219012	20	5.7	19	70	12	77	36	10	14	38	1.80
14223542--14223636	24	4.0	24	90	0	136	21	24	7	47	1.76
14231397--14231442	20	2.3	20	78	14	51	43	17	6	32	1.75
14231682--14231718	18	2.0	19	89	5	58	51	0	43	5	1.24
14232101--14232145	22	2.0	22	87	8	65	57	0	2	40	1.11
14237981--14238005	6	4.2	6	100	0	50	84	0	16	0	0.63
14251908--14251963	21	2.7	21	88	0	76	26	16	28	28	1.97
14251924--14251965	21	2.0	21	100	0	84	23	19	28	28	1.98
14258440--14258517	29	2.7	28	84	11	104	25	15	30	28	1.96
14258470--14258798	175	1.9	174	96	0	613	30	14	24	30	1.95
14262362--14262421	29	2.1	29	93	0	102	35	8	13	43	1.74
14277413--14277466	25	2.2	25	93	0	90	35	29	0	35	1.58
14286097--14286130	17	1.9	18	88	5	52	38	0	0	61	0.96
14291303--14291335	14	2.3	15	94	5	59	30	0	33	36	1.58
14291359--14291405	14	3.4	14	77	11	51	29	0	38	31	1.58
14296266--14296409	43	3.4	42	83	7	191	25	15	27	32	1.95
14296645--14296701	14	4.1	14	78	17	66	61	10	1	26	1.38
14296647--14296708	27	2.3	27	82	15	76	61	9	1	27	1.37
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
14297008--14297085	22	3.7	22	68	13	65	57	14	1	26	1.45
14297225--14297286	31	2.0	31	87	6	90	35	32	1	30	1.68
14297907--14297960	25	2.1	26	83	10	67	33	5	1	59	1.31
14301687--14301788	51	2.0	52	86	5	145	22	13	11	51	1.73
14306408--14306446	3	13.7	3	84	10	55	66	0	33	0	0.92
14315076--14315118	22	1.9	23	86	13	63	41	4	0	53	1.21
14316545--14316772	27	8.5	27	87	2	282	40	19	20	19	1.92
14316952--14317023	26	2.8	26	91	0	117	13	22	25	38	1.91
14317130--14317197	28	2.4	28	77	0	73	22	23	25	29	1.99
14327702--14327762	3	20.3	3	89	0	59	55	32	11	0	1.36
14327703--14327762	9	6.7	9	90	0	75	55	33	11	0	1.36
14347234--14347319	27	3.2	27	84	0	109	44	24	15	16	1.86
14347719--14347778	29	2.0	31	90	9	97	31	15	13	40	1.85
14350229--14350540	27	11.6	27	77	7	269	39	18	17	24	1.91
14350319--14350623	81	3.8	81	75	10	268	40	19	16	23	1.91
14350511--14350662	27	5.6	26	73	14	119	41	19	17	22	1.90
14350508--14350662	54	2.9	52	73	13	134	41	18	16	22	1.90
14350915--14351100	32	5.8	32	84	2	221	20	18	21	39	1.93
14350915--14351101	64	2.9	64	86	0	257	20	18	21	39	1.92
14350915--14351103	96	2.0	96	85	4	256	20	18	21	39	1.92
14351104--14351176	22	3.3	21	73	3	65	21	19	13	45	1.85
14353218--14353246	13	2.3	13	94	5	51	41	0	24	34	1.55
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
14354236--14354319	26	3.3	25	83	3	96	22	15	30	30	1.95
14362186--14362272	37	2.4	37	90	1	131	13	8	33	44	1.73
14367967--14368015	25	2.0	25	100	0	98	24	12	38	24	1.90
14370741--14370809	28	2.5	28	71	21	72	31	21	24	21	1.98
14375705--14375735	11	2.8	11	95	0	53	70	6	0	22	1.09
14377637--14377705	31	2.2	31	94	0	120	37	10	15	36	1.82
14384676--14384768	31	3.0	31	90	0	150	46	15	16	22	1.84
14388838--14388928	25	3.6	25	79	5	94	24	23	19	32	1.97
14388890--14388939	25	2.0	25	88	7	75	34	20	16	30	1.94
14393332--14394052	359	2.0	359	96	0	1343	33	16	24	25	1.95
14400110--14400170	31	2.0	31	81	15	74	22	19	1	55	1.52
14400614--14400650	17	2.2	17	90	0	56	10	8	0	81	0.89
14401280--14401331	24	2.2	24	89	0	77	55	9	1	32	1.43
14402871--14402932	32	1.9	32	100	0	124	37	25	19	17	1.94
14410222--14410262	20	2.0	20	100	0	82	19	14	24	41	1.89
14416656--14416708	18	2.9	18	72	10	54	43	3	33	18	1.68
14420194--14420245	24	2.2	24	85	0	68	53	9	3	32	1.51
14428623--14428654	4	7.8	4	93	6	55	28	0	25	46	1.53
14428616--14428654	12	3.0	13	88	11	62	28	0	25	46	1.53
14429477--14429521	20	2.1	22	84	8	58	20	6	0	73	1.05
14435589--14435629	20	2.0	20	86	9	57	60	2	0	36	1.10
14443970--14444147	89	2.0	89	95	0	320	32	19	15	32	1.93
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
14447311--14447369	30	1.9	30	83	10	75	69	3	1	25	1.13
14450054--14450090	9	4.1	9	89	0	56	29	8	13	48	1.71
14450782--14450832	19	2.8	17	75	18	50	58	0	9	31	1.30
14451646--14451724	42	1.9	41	86	2	113	25	16	25	32	1.96
14452306--14452405	23	4.3	23	71	14	87	26	16	19	39	1.91
14452324--14452425	48	2.1	48	83	3	125	26	15	17	40	1.90
14454661--14454699	20	2.0	20	100	0	78	30	17	30	20	1.96
14458538--14458589	20	2.7	21	77	14	58	55	0	9	34	1.32
14460292--14460375	23	3.6	22	71	13	69	26	16	17	39	1.91
14460251--14460383	48	2.8	49	84	3	198	25	15	16	42	1.88

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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