genome.fa.s5.2.7.7.80.10.50.1000.69.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Dt_chr8
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  56894857

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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          129   130   131   132   133   134   135   136   137   138   139   140   141   142   143   144   
          145   146   147   148   149   150   151   152   153   154   155   156   157   158   159   160   
          161   162   163   164   165   166   167   168   169   170   171   172   173   174   175   176   
          177   178   179   180   181   182   183   184   185   

This is table  69  of  185  ( 22150 repeats found )

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
21778846--21778900	24	2.3	23	84	12	67	56	12	1	29	1.47
21778874--21779053	52	3.4	53	78	13	174	48	18	0	32	1.52
21778907--21779171	9	30.7	9	74	10	155	46	18	1	33	1.57
21778874--21779098	61	3.8	61	78	8	275	47	18	1	32	1.57
21778925--21779044	45	2.7	44	92	2	188	48	17	0	34	1.48
21790526--21790603	39	2.0	39	94	0	138	23	10	29	37	1.88
21797789--21797829	20	2.0	20	100	0	82	65	9	14	9	1.46
21798287--21798341	27	2.0	28	85	3	76	12	49	5	32	1.64
21800367--21800559	50	3.7	50	79	6	199	27	22	27	22	1.99
21800807--21800855	20	2.5	20	78	15	57	59	4	26	10	1.48
21807575--21807768	50	3.9	50	78	4	178	27	21	28	22	1.99
21807970--21808018	20	2.5	20	81	15	66	57	6	24	12	1.58
21818173--21818296	41	3.0	41	85	2	151	14	20	28	36	1.92
21827114--21827198	44	1.9	44	82	2	107	42	1	2	54	1.21
21837674--21837708	18	1.9	18	88	11	54	31	5	8	54	1.54
21839677--21839740	30	2.1	31	82	8	78	40	17	9	32	1.81
21841763--21841908	56	2.8	53	82	6	163	28	19	27	24	1.98
21850005--21850162	75	2.1	75	83	0	199	27	28	14	29	1.95
21851893--21851935	22	2.0	22	82	17	54	13	11	9	65	1.48
21859568--21859598	15	2.1	15	93	0	53	38	9	12	38	1.77
21861773--21861806	17	2.0	17	100	0	68	23	29	5	41	1.78
21874115--21874154	20	1.9	22	90	10	66	40	2	0	57	1.12
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
21874245--21874333	27	3.3	27	93	0	142	26	23	30	19	1.98
21874342--21874550	21	10.2	21	68	19	113	29	0	12	56	1.40
21874363--21874509	61	2.4	61	93	1	242	29	0	12	57	1.40
21874484--21874545	19	3.2	19	91	8	106	30	0	14	54	1.40
21874541--21874656	60	1.9	60	89	0	178	34	1	12	51	1.49
21874778--21874814	16	2.4	16	90	4	58	37	2	5	54	1.38
21886468--21886501	10	3.4	10	92	8	52	23	8	0	67	1.18
21894063--21894097	16	2.2	16	100	0	70	14	28	20	37	1.91
21898321--21898538	44	4.5	51	66	24	121	33	18	19	28	1.96
21898170--21898691	141	3.7	141	93	0	855	32	18	21	27	1.96
21898359--21898593	44	5.1	44	71	16	145	32	19	20	27	1.97
21898544--21898742	98	2.0	98	90	1	310	33	16	20	29	1.94
21898820--21898950	50	2.6	50	81	0	136	34	25	16	24	1.95
21912609--21912784	50	3.5	50	80	2	185	22	26	22	28	1.99
21915650--21915697	20	2.4	20	86	6	62	39	10	2	47	1.49
21920576--21920669	25	3.8	25	81	4	75	24	27	18	29	1.98
21921886--21922009	66	1.9	66	87	0	185	33	18	18	29	1.95
21922562--21922605	20	2.2	20	84	8	54	61	4	15	18	1.50
21923542--21923570	15	1.9	15	100	0	58	31	13	34	20	1.92
21930970--21931026	19	2.9	20	86	5	89	24	26	3	45	1.69
21932769--21932945	50	3.4	51	82	4	178	28	19	27	23	1.99
21932769--21933000	50	4.5	50	79	5	173	29	19	26	24	1.99
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
21933209--21933247	12	3.2	12	85	0	51	51	5	23	20	1.67
21937106--21937352	50	4.8	51	84	6	261	27	21	27	23	1.99
21937446--21937786	170	2.0	170	99	0	673	45	8	19	25	1.79
21940418--21940609	50	3.8	49	81	4	197	31	24	16	27	1.96
21940423--21940609	101	1.9	101	85	6	263	32	24	16	26	1.96
21948028--21948176	50	2.9	51	79	7	169	29	24	16	29	1.96
21953201--21953229	14	2.0	15	93	6	51	44	0	20	34	1.52
21958374--21958648	27	10.3	27	78	13	250	43	16	16	24	1.87
21958374--21958648	54	5.2	53	83	6	276	43	16	16	24	1.87
21958374--21958652	133	2.1	132	84	5	375	43	16	16	24	1.88
21958495--21958677	27	6.8	26	86	5	109	42	18	16	22	1.89
21958604--21958677	26	2.8	26	85	6	87	40	17	16	25	1.90
21961261--21961310	26	1.9	26	83	0	64	22	20	18	40	1.92
21961405--21961457	28	1.9	27	88	3	79	24	26	22	26	2.00
21968469--21968521	23	2.4	22	76	20	56	9	18	1	69	1.25
21973085--21973440	27	13.2	27	84	5	411	43	17	17	21	1.88
21977478--21977515	19	2.0	19	85	10	51	57	0	2	39	1.12
21984548--21984838	44	6.7	44	68	15	158	27	24	20	27	1.99
21984951--21985282	44	7.7	44	72	12	190	27	22	20	29	1.98
21984804--21985085	141	2.0	141	90	1	449	27	21	20	30	1.98
21984587--21985281	358	1.9	358	89	1	1081	27	22	20	28	1.99
21998079--21998121	22	2.0	22	86	9	61	76	6	0	16	0.99
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
22005994--22006296	40	7.6	40	89	3	389	27	28	20	23	1.99
22011396--22011568	87	2.0	87	94	0	301	26	29	19	24	1.99
22014073--22014335	40	6.6	39	86	4	278	25	27	21	25	1.99
22014073--22014335	120	2.2	119	82	4	307	25	27	21	25	1.99
22014267--22014344	40	1.9	41	82	10	97	26	28	20	24	1.99
22028230--22028272	21	2.0	21	86	0	59	34	6	37	20	1.80
22040979--22041054	24	3.1	22	73	17	62	25	22	21	31	1.98
22040979--22041125	49	3.0	49	84	2	197	23	21	22	32	1.98
22040983--22041119	25	5.6	25	74	10	122	22	22	22	32	1.98
22046135--22046174	20	2.0	20	90	0	62	47	12	2	37	1.55
22048499--22048650	42	3.6	43	83	6	193	34	27	17	20	1.95
22048620--22048672	26	2.0	26	81	0	61	30	30	20	18	1.97
22048627--22048679	26	2.0	26	88	0	79	24	33	22	18	1.97
22048898--22048929	16	2.0	16	93	0	55	43	9	6	40	1.62
22057110--22057141	15	2.1	15	100	0	64	46	12	0	40	1.42
22062326--22062432	26	4.1	26	77	0	115	35	24	20	19	1.96
22062641--22062955	80	3.9	80	82	5	359	22	14	18	44	1.86
22062627--22062957	54	6.2	53	81	7	366	21	16	17	44	1.87
22062627--22062957	27	12.3	27	78	8	318	21	16	17	44	1.87
22069292--22069344	24	2.3	23	81	9	63	49	13	3	33	1.60
22069964--22070018	28	2.0	28	88	0	83	36	20	21	21	1.95
22070123--22070222	52	1.9	52	82	8	123	39	26	16	19	1.91
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
22070427--22070703	27	10.3	27	82	2	299	22	17	18	41	1.90
22070429--22070704	107	2.6	107	84	2	322	22	17	18	41	1.90
22076305--22076343	19	2.1	19	95	0	69	46	12	0	41	1.42
22077405--22077557	35	4.4	35	76	4	130	28	16	16	38	1.91
22081896--22081952	26	2.2	26	93	0	96	43	10	10	35	1.74
22091778--22091824	21	2.2	22	92	3	78	21	19	38	21	1.94
22111832--22111874	13	3.3	14	90	9	65	0	18	0	81	0.69
22115438--22115495	19	3.1	18	76	18	55	6	15	6	70	1.30
22116635--22116676	8	5.2	8	85	0	57	80	2	2	14	0.90
22116641--22116683	16	2.6	16	79	20	52	83	2	2	11	0.83
22118618--22118683	29	2.3	29	97	0	123	36	16	18	28	1.93
22120227--22120277	22	2.3	22	86	0	84	66	0	23	9	1.21
22127834--22127890	28	2.0	28	93	0	96	33	24	19	22	1.97
22128000--22128072	26	2.8	26	87	0	101	36	19	26	17	1.94
22128252--22128407	53	2.9	54	91	1	242	23	16	17	42	1.89
22128252--22128407	27	5.8	27	87	1	206	23	16	17	42	1.89
22131807--22131876	26	2.7	26	80	4	88	24	20	30	25	1.99
22133586--22133616	16	1.9	16	93	0	53	35	12	0	51	1.40
22147582--22147611	13	2.3	13	100	0	60	6	6	23	63	1.43
22166062--22166323	39	6.7	40	88	7	337	24	27	22	25	2.00
22173604--22173631	14	2.0	14	100	0	56	28	7	0	64	1.20
22174079--22174116	19	2.0	19	85	10	51	21	42	0	36	1.53
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
22192950--22193024	20	3.8	20	70	0	69	29	21	36	13	1.91
22192962--22193058	40	2.4	40	81	3	97	26	20	36	16	1.94
22193188--22193212	13	1.9	13	100	0	50	24	24	0	52	1.48
22202490--22202514	11	2.3	11	100	0	50	36	44	12	8	1.71
22203505--22203647	50	2.8	51	80	1	171	27	19	22	30	1.98
22204166--22204196	8	3.9	8	100	0	62	51	0	9	38	1.35
22204868--22204916	25	2.0	25	83	0	62	38	0	12	48	1.41
22205083--22205161	25	3.2	25	76	7	88	29	22	22	25	1.99
22206919--22206976	28	2.0	29	80	9	66	22	6	15	55	1.64
22208039--22208267	116	2.0	116	87	3	336	45	3	7	43	1.50

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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