genome.fa.s5.2.7.7.80.10.50.1000.25.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Dt_chr8
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  56894857

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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This is table  25  of  185  ( 22150 repeats found )

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
7483994--7484948	132	7.2	132	88	1	1310	28	18	24	28	1.98
7484500--7484825	44	7.4	44	65	6	108	30	17	23	27	1.97
7486330--7486369	4	9.8	4	89	5	62	20	0	0	80	0.72
7486629--7486662	17	2.0	17	94	0	59	29	2	5	61	1.34
7489764--7489791	9	3.1	9	100	0	56	46	10	10	32	1.73
7489850--7489905	30	1.9	29	82	13	71	19	42	0	37	1.52
7490005--7490064	30	2.0	31	86	3	86	20	40	0	40	1.52
7495614--7495677	26	2.4	26	84	7	76	17	10	9	62	1.53
7500317--7500486	88	1.9	88	87	0	250	28	20	25	25	1.99
7500626--7501237	100	6.1	100	88	0	884	29	20	23	27	1.99
7500620--7501188	50	11.4	50	71	0	402	29	20	23	26	1.99
7501244--7501437	44	4.5	43	70	12	112	28	20	20	29	1.98
7501388--7501626	129	1.9	129	84	2	329	30	18	22	28	1.97
7501293--7501555	44	6.1	44	64	20	137	29	20	20	29	1.98
7503083--7503113	16	1.9	16	93	0	53	29	6	0	64	1.18
7505972--7506055	42	2.0	42	95	4	152	14	2	19	64	1.39
7515408--7515515	54	2.0	52	87	3	153	31	3	24	40	1.72
7516169--7516212	19	2.4	19	80	3	54	59	6	2	31	1.36
7521414--7521471	20	2.8	21	89	7	84	29	3	0	67	1.07
7525442--7525474	16	2.1	16	100	0	66	27	6	24	42	1.78
7528746--7528791	24	1.9	24	82	8	58	67	10	6	15	1.40
7531913--7532090	27	6.6	27	82	3	196	27	15	27	29	1.96
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
7531914--7532069	82	1.9	81	86	3	224	27	15	27	29	1.96
7531910--7532090	82	2.2	81	82	2	220	27	15	27	29	1.96
7544897--7544921	10	2.5	10	100	0	50	56	0	8	36	1.29
7546175--7546294	49	2.4	49	77	4	125	32	21	25	20	1.97
7551343--7551392	18	2.7	18	76	11	57	40	2	16	42	1.59
7551343--7551414	36	2.0	36	84	13	94	43	5	15	36	1.70
7554397--7554433	18	2.1	17	90	5	56	43	0	2	54	1.14
7562332--7562369	12	3.2	12	88	0	58	34	2	0	63	1.09
7562310--7562403	43	2.2	42	85	9	120	35	5	1	58	1.28
7562612--7562636	5	5.0	5	100	0	50	20	0	0	80	0.72
7571205--7571235	9	3.4	9	90	0	53	25	12	22	38	1.90
7571528--7571587	30	2.0	31	83	9	79	20	38	1	40	1.62
7580874--7580926	22	2.5	20	77	19	54	56	5	0	37	1.23
7588782--7588966	51	3.6	51	76	5	187	24	17	27	30	1.97
7588788--7588974	102	1.8	101	87	3	277	25	16	27	30	1.97
7590650--7591115	43	10.8	43	86	3	609	25	30	21	22	1.99
7591435--7591489	21	2.6	21	91	0	83	7	47	14	30	1.71
7591478--7591647	87	2.0	87	86	6	238	12	27	17	42	1.86
7593482--7593712	34	7.3	33	65	27	119	41	2	10	46	1.50
7593478--7593733	53	5.3	53	69	25	244	40	2	10	46	1.51
7593448--7593803	93	3.8	93	98	0	689	40	1	10	46	1.50
7597314--7597618	73	4.2	73	96	0	538	33	18	18	29	1.95
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
7597314--7597618	147	2.1	146	94	0	538	33	18	18	29	1.95
7598707--7598800	41	2.3	41	81	3	118	21	25	23	29	1.99
7598771--7598964	41	4.7	41	77	6	187	33	22	24	19	1.97
7600528--7600624	48	2.0	48	89	0	149	40	13	19	26	1.89
7600825--7601007	29	6.6	27	73	9	118	30	20	23	26	1.98
7600825--7601132	27	11.1	25	67	17	96	30	18	25	25	1.98
7600960--7601202	111	2.2	111	87	0	342	29	18	26	25	1.98
7601085--7601143	27	2.1	27	84	3	73	27	20	27	25	1.99
7602990--7603031	20	2.1	20	100	0	84	38	28	14	19	1.90
7610642--7610683	20	2.1	20	100	0	84	38	28	14	19	1.90
7613239--7613276	17	2.2	17	90	0	58	76	0	18	5	0.97
7614107--7614231	37	3.2	40	76	7	105	27	17	23	32	1.97
7614107--7614231	40	3.2	39	74	12	121	27	17	23	32	1.97
7619541--7619590	17	2.9	17	81	3	55	68	0	2	30	1.01
7619544--7619590	18	2.7	17	81	12	51	68	0	2	29	1.02
7620566--7620601	6	6.2	6	93	6	65	83	0	16	0	0.65
7625026--7625051	5	5.2	5	100	0	52	61	0	0	38	0.96
7625384--7625412	15	1.9	15	100	0	58	62	0	6	31	1.22
7628833--7628927	25	3.8	25	65	15	70	26	21	23	29	1.99
7630432--7630467	17	2.1	18	89	5	56	63	2	2	30	1.22
7631834--7631915	13	6.2	13	71	13	51	43	2	13	40	1.57
7634341--7634373	9	3.7	9	100	0	66	24	0	9	66	1.20
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
7639174--7639214	18	2.3	18	91	0	64	36	29	26	7	1.83
7641230--7641288	30	1.9	31	86	3	84	49	1	18	30	1.58
7645855--7645913	30	1.9	31	86	3	84	49	1	18	30	1.58
7653122--7653368	44	5.5	44	77	3	190	29	20	21	28	1.98
7659399--7659438	4	10.0	4	94	0	71	52	22	0	25	1.47
7665327--7665392	28	2.3	30	84	10	84	57	3	0	39	1.14
7665860--7665886	7	3.9	7	100	0	54	59	0	0	40	0.98
7667926--7668024	40	2.5	40	84	0	126	30	15	28	26	1.96
7673395--7673441	24	2.0	23	87	4	67	63	10	0	25	1.26
7674704--7674755	26	1.9	27	84	7	70	19	1	7	71	1.20
7674988--7675013	13	2.0	13	100	0	52	46	0	0	53	1.00
7678682--7678720	18	2.1	19	86	13	55	28	20	10	41	1.85
7686907--7686958	26	2.0	26	96	0	95	32	15	23	28	1.95
7687248--7687612	85	4.3	84	73	12	305	31	18	21	28	1.97
7687228--7687612	128	3.0	129	94	0	673	31	19	21	28	1.97
7687234--7687623	129	3.0	129	93	0	674	31	18	21	28	1.97
7689232--7689283	26	1.9	27	84	7	70	19	1	7	71	1.20
7689514--7689539	13	2.0	13	100	0	52	46	0	0	53	1.00
7692114--7692341	40	5.7	40	76	0	204	31	12	30	25	1.93
7692136--7692343	80	2.6	80	82	0	236	30	13	30	25	1.94
7693053--7693258	107	2.0	102	90	6	324	26	13	12	48	1.77
7710262--7710439	27	6.6	27	83	3	205	26	15	28	29	1.96
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
7710263--7710418	82	1.9	81	88	3	233	26	15	28	29	1.96
7710259--7710439	82	2.2	81	83	2	229	27	15	27	29	1.96
7714099--7714249	35	4.3	35	81	2	167	37	33	16	13	1.87
7722173--7722320	23	6.5	23	76	4	129	45	17	18	17	1.85
7722173--7722320	68	2.2	69	83	1	181	45	17	18	17	1.85
7724371--7724667	50	5.8	50	82	3	265	24	26	20	28	1.99
7730048--7730111	33	1.9	33	90	0	101	37	23	7	31	1.83
7730345--7730378	18	1.9	17	88	5	50	70	8	0	20	1.13
7740323--7740462	30	4.7	30	71	10	106	22	25	12	40	1.89
7740323--7740389	29	2.3	30	84	2	82	19	26	13	40	1.89
7740288--7740522	90	2.6	90	85	4	305	23	24	13	38	1.91
7740353--7740552	60	3.3	59	81	4	220	24	23	13	39	1.90
7740382--7740573	30	6.4	30	77	3	190	24	23	12	39	1.90
7740296--7740569	90	3.1	88	83	7	302	23	24	13	38	1.91
7740443--7740589	30	4.9	29	81	7	136	25	21	14	38	1.91
7747129--7747266	68	2.0	68	95	0	249	33	12	15	38	1.85
7750863--7750997	30	4.5	30	71	7	121	20	25	14	40	1.90
7750901--7751023	60	2.1	59	84	4	158	23	24	15	36	1.93
7750985--7751057	30	2.4	31	84	6	105	28	26	9	35	1.88
7750840--7751057	90	2.4	89	81	3	267	24	24	13	37	1.92
7759131--7759238	41	2.6	41	76	0	117	22	19	27	30	1.98
7760855--7761032	27	6.6	27	84	3	205	29	28	15	26	1.96
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
7760876--7761031	82	1.9	81	88	3	233	29	28	15	26	1.96
7769045--7769222	27	6.6	27	84	3	205	29	28	15	26	1.96
7769066--7769221	82	1.9	81	88	3	233	29	28	15	26	1.96
7774616--7775017	201	2.0	201	100	0	804	38	17	11	32	1.86
7775205--7775633	213	2.0	213	99	0	849	39	17	19	23	1.92
7779372--7779549	27	6.6	27	83	3	205	26	15	28	29	1.96
7779373--7779528	82	1.9	81	88	3	233	26	15	28	29	1.96
7779369--7779549	82	2.2	81	83	2	229	27	15	27	29	1.96
7781856--7781938	25	3.3	25	73	17	64	30	21	18	30	1.97
7783021--7783061	17	2.4	17	95	0	73	29	14	9	46	1.77

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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