genome.fa.s5.2.7.7.80.10.50.1000.82.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Dt_chr8
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  56894857

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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          129   130   131   132   133   134   135   136   137   138   139   140   141   142   143   144   
          145   146   147   148   149   150   151   152   153   154   155   156   157   158   159   160   
          161   162   163   164   165   166   167   168   169   170   171   172   173   174   175   176   
          177   178   179   180   181   182   183   184   185   

This is table  82  of  185  ( 22150 repeats found )

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
25646093--25646145	23	2.3	23	81	18	74	24	18	26	30	1.98
25648808--25648923	28	3.8	32	75	19	90	26	23	24	25	2.00
25648842--25648929	28	3.1	28	91	1	140	28	22	23	25	1.99
25649274--25649594	27	11.9	27	82	2	349	17	18	20	43	1.88
25649274--25649594	81	4.0	81	83	1	385	17	18	20	43	1.88
25656310--25656425	28	3.8	32	75	19	90	26	23	24	25	2.00
25656344--25656431	28	3.1	28	91	1	140	28	22	23	25	1.99
25656530--25656586	26	2.2	26	80	0	69	42	22	17	17	1.89
25656779--25656993	27	8.0	27	74	14	117	20	16	19	43	1.88
25656775--25656979	54	3.8	54	78	6	220	20	16	19	43	1.88
25656775--25656994	81	2.7	81	83	2	255	20	16	20	43	1.88
25661701--25661735	17	2.0	18	88	5	54	28	14	2	54	1.54
25663502--25663537	18	2.0	18	94	0	63	30	8	5	55	1.52
25668073--25668131	29	2.0	29	83	9	75	42	5	10	42	1.60
25674595--25674627	16	2.1	16	100	0	66	24	33	24	18	1.97
25677512--25677552	20	2.0	20	86	9	57	43	7	14	34	1.73
25683497--25683544	24	2.0	24	95	0	87	43	29	4	22	1.72
25685971--25686063	40	2.4	40	85	3	127	40	36	10	11	1.77
25698957--25699006	18	2.9	16	80	11	55	32	4	4	60	1.34
25698963--25699006	17	2.5	18	85	7	63	34	4	4	56	1.40
25700020--25700093	17	4.6	16	70	14	55	35	4	1	59	1.25
25709754--25709791	12	2.8	13	78	21	51	65	0	0	34	0.93
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
25713815--25713863	25	2.0	25	84	4	64	63	8	0	28	1.23
25713827--25713891	25	2.9	23	82	15	75	66	9	0	24	1.21
25713853--25713891	19	2.0	20	95	5	71	71	10	0	17	1.12
25716631--25716660	3	10.0	3	100	0	60	66	0	0	33	0.92
25718402--25718444	21	2.0	21	90	0	68	44	23	9	23	1.82
25719223--25719275	19	2.7	20	76	8	54	66	0	1	32	1.03
25719217--25719275	21	3.0	18	83	14	64	62	0	3	33	1.12
25721054--25721454	196	2.0	196	93	0	685	31	29	10	27	1.91
25723200--25723236	14	2.6	14	95	0	65	75	8	5	10	1.17
25726450--25726572	56	2.2	56	86	5	169	25	13	28	32	1.94
25726471--25726595	28	4.5	28	92	2	182	26	14	28	31	1.95
25729616--25729767	53	2.8	53	85	2	214	34	19	24	21	1.96
25733577--25733627	18	2.7	19	88	11	70	52	0	23	23	1.47
25734572--25734684	54	2.1	54	90	3	174	29	18	30	21	1.97
25734584--25734697	54	2.1	54	88	0	165	28	18	31	21	1.97
25736871--25736909	19	2.1	19	85	9	53	33	5	2	58	1.33
25741192--25741239	21	2.4	20	86	10	71	50	0	4	45	1.21
25748179--25748406	113	2.0	113	94	0	402	26	19	13	39	1.89
25748432--25748793	181	2.0	181	97	0	679	27	21	18	32	1.97
25748864--25749182	160	2.0	160	98	0	620	26	21	10	41	1.85
25749093--25749291	100	2.0	100	97	0	380	28	24	12	34	1.92
25749928--25750187	80	3.3	79	82	5	242	26	26	21	25	1.99
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
25749963--25750187	40	5.7	40	83	5	251	26	27	21	24	1.99
25749963--25750187	119	1.9	120	80	6	269	26	27	21	24	1.99
25755607--25755753	50	3.0	50	81	4	172	27	29	17	25	1.97
25755619--25755769	50	3.0	49	73	12	121	29	29	15	25	1.96
25759643--25759795	43	3.6	41	81	6	180	28	23	16	31	1.96
25759638--25759795	85	1.9	85	84	5	212	29	24	15	31	1.96
25760697--25760758	27	2.3	27	100	0	124	48	16	11	24	1.78
25760697--25760743	16	3.2	16	66	27	50	51	14	10	23	1.74
25761414--25761626	40	5.5	40	71	10	165	36	25	14	23	1.93
25761384--25761617	112	2.1	108	88	3	351	34	25	14	25	1.94
25762043--25762082	17	2.3	18	83	12	57	22	17	5	55	1.61
25768727--25768945	47	4.7	47	80	7	232	28	18	31	21	1.97
25768688--25768945	140	1.8	140	85	3	358	28	18	31	21	1.97
25769220--25769259	17	2.4	17	100	0	80	22	20	10	47	1.79
25769657--25769720	30	2.1	30	97	0	119	18	23	34	23	1.96
25771807--25771917	40	2.8	40	80	4	125	34	26	17	22	1.96
25771850--25771942	40	2.3	40	88	3	134	35	25	15	23	1.94
25773766--25773817	27	2.0	26	84	3	68	34	21	26	17	1.95
25774414--25774467	27	2.0	27	85	3	74	35	20	22	22	1.96
25774468--25774640	27	6.4	26	81	6	184	22	18	20	38	1.94
25774468--25774640	54	3.2	54	85	3	233	22	18	20	38	1.94
25774468--25774639	81	2.1	81	86	0	236	22	18	20	38	1.93
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
25781261--25781379	27	4.4	27	86	0	166	23	21	20	35	1.96
25784079--25784107	15	1.9	15	100	0	58	27	27	13	31	1.94
25785272--25785303	15	2.0	17	88	11	50	50	37	0	12	1.41
25786374--25786452	37	2.1	37	90	0	122	25	31	18	24	1.98
25786707--25786963	47	5.5	47	100	0	514	29	29	9	31	1.88
25808498--25808524	14	1.9	14	100	0	54	62	0	0	37	0.95
25812944--25812981	18	2.1	18	90	9	60	52	0	15	31	1.43
25816765--25816818	14	3.9	14	80	0	63	22	0	33	44	1.53
25816884--25816974	29	3.2	28	78	12	105	23	1	37	38	1.62
25816886--25816986	14	7.1	14	77	12	91	23	0	37	37	1.62
25816884--25817002	7	16.7	7	72	10	80	24	0	35	39	1.61
25817348--25817472	61	2.0	61	93	0	214	44	12	16	27	1.83
25817411--25817627	84	2.6	83	85	5	267	40	12	21	25	1.89
25826183--25826253	29	2.5	28	84	11	90	28	12	29	29	1.93
25826362--25826429	29	2.3	29	85	5	93	27	13	30	27	1.94
25826213--25826540	174	1.9	174	96	0	611	30	14	24	31	1.94
25827351--25827517	84	2.0	84	97	0	316	39	8	19	32	1.83
25828442--25828481	20	2.0	21	90	5	64	65	2	15	17	1.39
25833802--25833842	21	2.0	21	85	9	57	48	19	9	21	1.77
25848833--25849095	40	6.6	39	81	7	219	26	21	27	25	1.99
25848956--25849130	79	2.2	80	81	2	201	25	21	29	24	1.99
25856760--25857023	80	3.3	80	80	6	261	26	21	27	24	1.99
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
25856759--25857021	40	6.6	39	82	7	228	26	21	27	24	1.99
25856879--25857056	79	2.2	80	81	2	198	25	21	28	24	1.99
25875787--25875836	17	3.1	17	82	11	77	54	16	6	24	1.64
25875787--25875833	15	3.0	15	87	6	67	53	17	6	23	1.66
25877563--25877618	28	2.0	28	92	0	94	44	3	23	28	1.70
25880901--25880941	21	1.9	22	85	5	57	60	14	4	19	1.51
25881518--25881619	42	2.5	41	88	1	150	22	24	29	23	1.99
25891217--25891251	17	2.1	17	88	0	52	68	14	2	14	1.32
25899654--25899864	75	2.8	77	91	1	336	22	17	26	33	1.96
25899733--25899858	33	3.5	33	68	24	101	23	17	26	33	1.96
25915528--25915673	71	2.1	69	89	2	220	45	8	15	30	1.77
25919472--25919514	20	2.2	20	86	0	59	60	4	2	32	1.30
25949704--25949736	16	2.1	16	88	5	50	18	9	0	72	1.10
25964389--25964439	26	1.9	27	92	4	86	25	21	21	31	1.98
25970209--25970243	17	2.1	17	88	0	52	68	14	2	14	1.32
25972590--25972657	16	4.2	16	96	0	127	26	0	35	38	1.57
25972873--25972927	15	3.4	16	80	16	53	50	1	0	47	1.11
25972893--25972927	18	2.0	17	88	5	52	54	0	0	45	0.99
25973013--25973047	18	2.0	17	88	5	52	54	0	0	45	0.99
25972908--25973098	61	3.2	60	67	20	155	48	5	2	43	1.38
25972871--25973154	120	2.4	120	90	2	446	48	4	1	44	1.34
25983641--25983920	69	3.8	75	81	6	347	21	16	26	35	1.94
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
25990026--25990203	27	6.6	27	83	3	205	26	15	28	29	1.96
25990027--25990182	82	1.9	81	88	3	233	26	15	28	29	1.96
25990023--25990203	82	2.2	81	83	2	229	27	15	27	29	1.96
25991577--25991622	23	2.0	23	100	0	92	26	21	13	39	1.90
26002747--26002890	69	2.1	69	89	0	216	47	11	13	28	1.76
26006662--26006704	20	2.2	20	86	0	59	60	4	2	32	1.30
26023475--26023506	16	2.0	16	93	0	55	25	15	0	59	1.36
26026335--26026373	20	2.0	20	90	10	62	15	23	5	56	1.59
26026573--26026765	50	3.9	50	76	4	151	24	27	19	28	1.99
26029788--26029815	9	3.1	9	100	0	56	21	25	0	53	1.46

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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