genome.fa.s5.2.7.7.80.10.50.1000.78.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Dt_chr8
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  56894857

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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          129   130   131   132   133   134   135   136   137   138   139   140   141   142   143   144   
          145   146   147   148   149   150   151   152   153   154   155   156   157   158   159   160   
          161   162   163   164   165   166   167   168   169   170   171   172   173   174   175   176   
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This is table  78  of  185  ( 22150 repeats found )

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
24464372--24464466	45	2.1	44	86	1	127	34	5	26	33	1.79
24464628--24464662	18	2.0	17	88	5	52	54	0	0	45	0.99
24464586--24464658	27	2.7	27	76	8	76	52	2	0	45	1.15
24464775--24464809	18	2.0	17	88	5	52	54	0	0	45	0.99
24464547--24464821	147	1.9	149	95	1	500	46	3	2	47	1.35
24464877--24464929	16	3.4	17	73	21	53	56	0	0	43	0.99
24464803--24464989	60	3.1	59	66	13	157	49	6	2	41	1.42
24464755--24465049	119	2.5	120	93	2	495	50	4	2	43	1.35
24468028--24468086	29	2.0	31	86	6	86	38	10	16	33	1.83
24471223--24471290	31	2.2	31	84	5	84	39	10	14	35	1.80
24473498--24473597	46	2.1	47	96	3	193	38	26	19	17	1.93
24475293--24475452	42	3.9	41	85	3	212	23	20	21	35	1.96
24480907--24481069	43	3.8	43	86	0	236	26	30	18	23	1.98
24487358--24487415	26	2.2	26	90	0	98	41	6	12	39	1.69
24487403--24487644	9	27.4	9	72	12	180	34	1	18	45	1.57
24487403--24487656	34	6.9	36	71	11	142	34	1	18	45	1.59
24487405--24487532	43	2.9	43	74	13	111	35	0	18	45	1.56
24487401--24487662	113	2.4	107	94	3	443	34	1	18	45	1.60
24487664--24487770	29	3.5	29	71	15	99	32	3	14	49	1.60
24487661--24487759	33	3.1	33	67	21	93	31	4	15	49	1.63
24488131--24488178	25	1.9	25	87	8	71	62	2	0	35	1.07
24489130--24489510	191	2.0	191	90	0	591	42	11	27	18	1.85
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
24490178--24490221	21	2.1	21	83	8	54	38	36	0	25	1.56
24490961--24491592	114	5.7	112	78	10	616	24	20	19	35	1.96
24490969--24491591	227	2.8	226	81	6	688	23	21	19	35	1.95
24490961--24491461	113	4.4	113	82	4	605	25	20	18	35	1.95
24491366--24491555	100	1.9	100	87	7	278	26	22	17	33	1.96
24498576--24498600	12	2.1	12	100	0	50	48	8	0	44	1.32
24501121--24501159	21	1.9	20	94	5	69	33	10	25	30	1.89
24501332--24501370	16	2.6	15	88	11	62	53	0	0	46	1.00
24504127--24504164	15	2.5	15	95	0	67	21	0	5	73	1.02
24504166--24504217	13	4.1	13	75	12	54	55	0	0	44	0.99
24504168--24504237	22	2.9	25	83	12	76	54	0	0	45	0.99
24504193--24504256	11	6.1	11	83	8	89	56	0	0	43	0.99
24504185--24504245	22	2.6	25	75	20	67	57	0	0	42	0.98
24504196--24504268	22	3.5	20	74	9	56	58	0	2	38	1.12
24509286--24509472	98	1.9	98	92	0	311	26	11	23	37	1.89
24513670--24513886	108	2.0	108	98	0	416	33	13	23	29	1.93
24520970--24521338	44	8.4	44	65	12	139	30	20	24	25	1.99
24520968--24521334	132	2.8	132	94	0	617	30	19	24	25	1.98
24523661--24523711	23	2.3	22	80	9	59	64	5	0	29	1.17
24534097--24534132	18	2.1	18	89	5	56	61	0	2	36	1.11
24535286--24535338	8	7.0	7	80	16	61	16	0	1	81	0.79
24535285--24535338	23	2.4	22	87	6	72	18	0	1	79	0.82
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
24535296--24535338	9	4.6	9	80	8	50	16	0	2	81	0.79
24535582--24535801	111	2.0	111	89	0	341	25	22	22	29	1.99
24535693--24536303	128	4.8	128	92	0	981	26	23	19	31	1.98
24535693--24536437	128	5.8	126	88	3	918	26	23	19	31	1.98
24536483--24536744	88	3.0	88	81	4	332	22	22	24	29	1.99
24537965--24538016	6	8.0	6	81	10	50	15	15	0	69	1.20
24537964--24538005	7	6.1	7	89	10	61	14	14	0	71	1.15
24537956--24538014	27	2.2	27	84	3	84	15	13	0	71	1.15
24537967--24538014	20	2.5	20	86	10	64	14	14	0	70	1.16
24537964--24538016	27	2.0	27	92	0	88	15	15	0	69	1.19
24538929--24538998	29	2.4	28	76	6	68	11	10	4	74	1.20
24543824--24543859	18	2.1	18	89	5	56	61	0	2	36	1.11
24549957--24550000	23	1.9	22	82	17	54	38	22	0	38	1.55
24554828--24555088	94	2.8	93	78	9	271	32	18	23	25	1.97
24559351--24559466	42	2.8	41	89	2	178	31	20	18	28	1.97
24567083--24567140	30	1.9	30	82	6	73	27	13	3	55	1.55
24569990--24570025	4	9.0	4	93	0	63	47	25	2	25	1.65
24574204--24574232	6	4.8	6	100	0	58	0	0	34	65	0.93
24578905--24578963	10	6.1	10	78	7	50	33	0	6	59	1.24
24578916--24578970	28	2.0	28	85	0	74	41	0	5	52	1.24
24582794--24582840	20	2.4	19	85	3	58	44	10	8	36	1.70
24583797--24583833	9	4.1	9	92	0	65	45	13	10	29	1.77
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
24590004--24590100	34	2.8	34	83	7	124	18	23	24	32	1.97
24590011--24590120	35	3.2	36	81	11	131	18	22	25	33	1.96
24598122--24598156	18	2.0	18	88	5	54	40	28	2	28	1.71
24601763--24601810	25	2.0	24	83	4	60	37	20	25	16	1.93
24607706--24607743	20	1.9	19	89	5	58	31	2	23	42	1.68
24609959--24610015	22	2.6	22	72	10	53	15	17	8	57	1.63
24612884--24612940	7	7.4	7	81	18	69	40	1	0	57	1.09
24613816--24613869	25	2.2	24	80	9	63	57	9	0	33	1.31
24618558--24618624	31	2.3	27	78	14	71	40	10	8	40	1.71
24620691--24620716	11	2.4	11	100	0	52	26	0	0	73	0.84
24625897--24625935	15	2.5	15	95	4	69	46	5	15	33	1.68
24638122--24638152	16	2.0	16	93	6	55	48	12	6	32	1.67
24664306--24664358	23	2.4	22	75	9	54	9	18	1	69	1.25
24664351--24664390	18	2.2	18	86	0	53	7	25	2	65	1.32
24666259--24666311	23	2.4	22	75	9	54	9	18	1	69	1.25
24674066--24674091	3	8.7	3	100	0	52	30	0	0	69	0.89
24686676--24686715	12	3.5	12	90	6	57	37	0	2	60	1.11
24688582--24688632	20	2.4	21	80	12	59	64	7	0	27	1.21
24688584--24688626	20	2.1	21	86	4	61	67	9	0	23	1.19
24697133--24697176	21	2.0	22	95	4	81	70	0	11	18	1.16
24698125--24698191	21	3.2	22	76	18	72	34	8	1	55	1.40
24698161--24698237	3	24.3	3	75	7	64	32	3	3	59	1.34
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
24704463--24704577	44	2.6	44	83	5	126	29	19	21	29	1.97
24704381--24704689	138	2.2	138	84	4	392	33	17	21	27	1.96
24704496--24704588	44	2.1	44	83	0	123	31	17	23	27	1.97
24704504--24704998	94	5.3	93	80	5	478	34	19	18	27	1.95
24704541--24705012	189	2.5	187	83	5	576	35	19	18	26	1.94
24704601--24705012	188	2.2	189	84	3	537	35	19	17	26	1.94
24705551--24705616	31	2.2	31	86	8	91	60	13	22	3	1.47
24706148--24706176	13	2.3	13	94	5	51	34	0	3	62	1.12
24723362--24723410	18	2.7	18	78	15	55	38	2	6	53	1.38
24731940--24732033	25	3.8	24	78	10	100	24	25	20	29	1.99
24731927--24732074	49	3.0	49	82	3	172	26	23	20	29	1.99
24731938--24732074	25	5.5	24	72	20	95	26	24	21	27	1.99
24743442--24743619	27	6.6	27	78	6	146	30	27	15	26	1.96
24743442--24743619	54	3.3	55	79	7	168	30	27	15	26	1.96
24762462--24762490	3	9.7	3	100	0	58	31	0	0	68	0.89
24766287--24766349	20	3.0	20	84	6	81	42	22	25	9	1.83
24769266--24769316	3	16.7	3	79	4	57	60	1	5	31	1.31
24770656--24770828	45	3.9	45	71	13	142	27	24	19	28	1.99
24770745--24770840	45	2.1	45	81	7	106	23	25	20	30	1.99
24770814--24771727	97	9.4	97	83	5	868	29	23	16	29	1.96
24770821--24771728	342	2.7	341	85	4	1188	29	23	16	29	1.96
24771391--24771781	97	4.0	97	82	2	275	31	23	15	29	1.95
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
24771759--24772381	44	13.8	45	72	12	270	29	23	18	28	1.98
24771903--24772381	44	10.8	44	75	9	316	29	23	18	28	1.98
24771999--24772388	89	4.4	89	76	7	267	28	24	19	27	1.98
24771999--24772380	132	2.9	133	80	6	409	28	24	19	27	1.98
24771904--24772334	221	1.9	222	80	6	500	29	24	18	28	1.98
24772711--24772768	24	2.4	24	97	0	107	25	29	12	32	1.92
24773671--24773799	44	3.0	44	89	1	197	14	22	18	44	1.86
24775706--24775737	16	2.0	16	93	0	55	25	15	0	59	1.36
24775965--24776101	47	2.8	51	82	7	183	29	27	17	25	1.97
24777968--24778031	25	2.4	27	82	10	69	4	17	1	76	1.03

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