genome.fa.s5.2.7.7.80.10.50.1000.54.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Dt_chr8
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  56894857

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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          129   130   131   132   133   134   135   136   137   138   139   140   141   142   143   144   
          145   146   147   148   149   150   151   152   153   154   155   156   157   158   159   160   
          161   162   163   164   165   166   167   168   169   170   171   172   173   174   175   176   
          177   178   179   180   181   182   183   184   185   

This is table  54  of  185  ( 22150 repeats found )

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
16628094--16628139	23	2.0	23	86	0	65	17	28	2	52	1.56
16636049--16637051	250	4.0	250	87	1	1420	32	15	13	39	1.86
16636051--16637051	501	2.0	502	88	1	1501	32	15	13	39	1.85
16641354--16641400	20	2.3	20	85	0	58	10	36	21	31	1.88
16641405--16641466	20	3.1	20	80	0	70	14	35	14	35	1.87
16648297--16648466	39	4.4	39	84	0	232	17	34	15	32	1.91
16670411--16670860	219	2.0	221	93	0	769	42	12	13	32	1.80
16671912--16671969	25	2.3	25	85	5	73	29	22	22	25	1.99
16679112--16679311	51	3.9	51	84	3	233	26	15	27	31	1.95
16679112--16679304	101	1.9	102	83	3	255	25	15	27	31	1.96
16679785--16679942	78	2.0	78	87	0	226	43	9	11	36	1.73
16695665--16695782	50	2.4	49	82	1	128	28	8	13	49	1.71
16705013--16705082	27	2.7	27	84	4	90	20	21	25	32	1.97
16716015--16716083	29	2.4	29	87	4	95	27	10	27	34	1.89
16725146--16725368	79	2.8	78	83	7	272	24	27	22	25	2.00
16725146--16725368	39	5.7	40	87	6	280	24	27	22	25	2.00
16733123--16733384	39	6.7	40	88	7	337	24	27	22	25	2.00
16735734--16735851	6	19.3	6	98	1	218	16	0	0	83	0.64
16735734--16735847	1	114.0	1	68	0	66	15	0	0	84	0.63
16739892--16739929	14	2.7	14	91	0	58	36	7	18	36	1.80
16739913--16739951	19	2.1	19	95	0	69	33	10	12	43	1.77
16740049--16740087	20	2.0	20	94	0	69	48	2	0	48	1.15
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
16740248--16740897	325	2.0	325	100	0	1300	38	20	9	31	1.85
16742909--16743101	51	3.8	50	81	2	224	27	17	25	29	1.98
16747234--16747266	7	4.6	7	96	3	57	24	0	3	72	0.98
16752445--16752667	27	8.3	27	82	4	149	23	16	16	43	1.87
16752468--16752667	27	7.4	28	82	6	227	23	16	16	44	1.86
16752469--16752667	54	3.7	53	83	2	254	23	16	16	44	1.86
16752468--16752667	81	2.5	80	85	2	265	23	16	16	44	1.86
16753542--16753591	18	2.6	19	81	15	59	66	2	26	6	1.26
16759242--16759282	20	2.0	20	95	0	73	24	19	14	41	1.89
16759920--16759985	26	2.5	26	87	0	87	37	22	22	16	1.93
16760145--16760209	27	2.4	26	82	7	76	26	18	20	35	1.95
16760163--16760368	27	7.7	27	76	5	159	23	16	17	42	1.89
16760177--16760319	54	2.6	54	84	3	180	26	14	16	42	1.86
16760163--16760363	81	2.5	81	82	1	233	24	16	16	42	1.88
16760215--16760387	81	2.1	81	81	2	195	24	16	16	42	1.88
16765847--16765878	3	10.7	3	100	0	64	0	31	0	68	0.90
16765968--16766004	17	2.1	18	95	5	67	27	0	5	67	1.12
16766044--16766129	39	2.2	40	82	14	99	32	2	4	60	1.30
16770553--16770633	42	1.9	42	82	5	101	37	11	27	24	1.89
16771736--16772131	175	2.3	176	88	1	589	28	26	24	20	1.99
16771736--16772131	88	4.5	88	89	1	589	28	26	24	20	1.99
16772145--16772735	44	13.7	44	79	8	552	29	17	24	28	1.97
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
16772323--16772716	82	4.7	82	74	14	275	29	18	23	28	1.97
16772145--16772734	126	4.6	129	83	6	635	29	17	24	28	1.97
16773038--16773157	44	2.8	44	79	3	127	30	20	21	28	1.98
16773372--16773450	39	2.0	39	100	0	158	41	20	5	32	1.74
16774754--16774804	3	16.7	3	87	4	75	33	3	0	62	1.13
16774842--16774877	17	2.1	18	94	5	65	25	0	5	69	1.10
16774984--16775341	172	2.1	172	100	0	716	24	10	7	57	1.58
16778195--16778246	26	2.0	26	92	0	86	30	9	17	42	1.81
16779162--16779199	19	2.0	19	100	0	76	26	5	15	52	1.64
16780708--16780752	22	2.0	23	83	12	58	42	4	2	51	1.34
16780817--16780857	19	2.1	20	86	13	59	53	4	0	41	1.22
16781500--16781542	19	2.5	16	85	14	59	60	0	0	39	0.97
16783213--16783290	20	4.0	19	76	17	88	32	5	1	61	1.26
16783213--16783283	19	3.7	19	81	7	81	30	4	1	63	1.22
16784632--16784675	21	2.1	21	87	4	63	52	13	25	9	1.70
16793494--16793526	14	2.4	14	100	0	66	12	18	33	36	1.88
16796048--16796156	50	2.2	50	86	1	146	26	30	6	36	1.82
16806025--16806058	4	8.5	4	93	0	59	29	0	20	50	1.49
16810244--16810665	96	4.4	96	89	5	604	41	2	18	38	1.62
16810237--16810665	193	2.2	191	88	3	630	41	2	18	38	1.62
16810847--16810893	14	3.3	15	76	11	53	40	6	17	36	1.75
16810697--16810978	126	2.2	126	91	1	458	32	17	20	29	1.96
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
16814067--16814104	19	2.0	19	89	0	58	68	5	18	7	1.34
16815171--16815806	44	14.8	44	72	9	461	25	20	21	31	1.98
16815053--16815763	129	5.5	129	91	0	1093	26	20	21	31	1.98
16815131--16816118	44	22.9	43	70	11	362	26	21	21	31	1.98
16815651--16816109	218	2.1	217	82	6	538	26	23	20	29	1.98
16816155--16816388	125	1.9	125	89	1	362	26	18	19	34	1.95
16816263--16816649	50	7.8	50	70	6	223	27	19	19	34	1.96
16816264--16816665	100	4.0	98	82	4	448	27	19	19	33	1.96
16816264--16816656	200	2.0	199	86	2	547	26	19	19	34	1.96
16818918--16818982	19	3.2	20	72	14	62	10	4	7	76	1.13
16830510--16830692	90	2.0	90	98	0	357	35	12	13	39	1.81
16832055--16832082	8	3.5	8	100	0	56	67	0	0	32	0.91
16835220--16835271	15	3.6	15	80	12	56	44	0	1	53	1.11
16835350--16835391	15	2.7	16	82	14	52	45	0	2	52	1.13
16835162--16835388	121	1.9	120	98	0	436	42	1	6	49	1.39
16835341--16835382	15	2.9	15	82	10	52	47	0	0	52	1.00
16835532--16835626	45	2.1	44	84	5	120	37	27	4	30	1.76
16835605--16835653	16	3.1	16	93	0	80	26	36	2	34	1.68
16844772--16844798	4	6.8	4	100	0	54	77	0	0	22	0.76
16848525--16848613	28	3.2	28	79	1	90	20	24	17	37	1.94
16852471--16852505	10	3.4	10	84	7	52	31	0	34	34	1.58
16852466--16852527	21	3.0	21	85	7	81	29	1	33	35	1.67
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
16852466--16852527	10	5.9	11	71	16	51	29	1	33	35	1.67
16855169--16855310	67	2.1	69	84	5	180	29	15	20	34	1.93
16855586--16855614	12	2.4	12	100	0	58	44	0	24	31	1.54
16862374--16862556	42	4.4	41	86	4	251	28	21	20	28	1.98
16862374--16862556	83	2.2	83	87	3	253	28	21	20	28	1.98
16863076--16863100	2	12.5	2	100	0	50	52	48	0	0	1.00
16868443--16868591	43	3.5	43	77	7	142	28	26	14	31	1.94
16880170--16880289	60	2.0	60	100	0	240	33	26	15	25	1.95
16888761--16888918	45	3.6	45	82	5	126	32	25	17	24	1.97
16906873--16907058	40	4.7	40	83	5	207	24	21	27	26	1.99
16906874--16907091	80	2.7	79	79	7	192	26	21	27	25	1.99
16918086--16918116	16	1.9	16	93	0	53	41	6	9	41	1.63
16922824--16922876	25	2.2	25	83	10	65	33	18	22	24	1.97
16928093--16928140	10	4.8	10	77	10	53	29	16	31	22	1.96
16928093--16928140	20	2.4	20	86	6	71	29	16	31	22	1.96
16929532--16929569	20	1.9	20	88	0	58	28	31	18	21	1.97
16931875--16931939	24	2.5	26	78	9	71	32	7	35	24	1.84
16933081--16933141	27	2.2	26	77	11	68	50	8	9	31	1.65
16935248--16935289	18	2.2	20	79	12	52	71	2	4	21	1.16
16939557--16939594	19	2.0	19	100	0	76	21	21	21	36	1.95
16941411--16941635	40	5.7	40	80	6	197	25	26	21	26	2.00
16972006--16972244	42	5.7	43	78	11	237	34	25	15	23	1.95
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
16972006--16972244	85	2.8	85	86	4	331	34	25	15	23	1.95
16972229--16972296	26	2.6	26	90	0	109	19	35	23	22	1.96
16972632--16972696	30	2.2	30	80	0	76	32	27	4	35	1.77
16975962--16976115	77	2.0	77	98	0	299	32	20	16	30	1.95
16976863--16976905	19	2.1	21	83	8	54	6	30	0	62	1.21
16977867--16977986	14	8.6	14	97	1	224	20	12	0	66	1.24
16980930--16980969	16	2.6	15	76	7	53	65	5	5	25	1.34
16997646--16997802	78	2.0	78	97	0	296	31	17	21	29	1.96
16999989--17000155	84	2.0	84	100	0	334	13	30	8	47	1.72
17003598--17003664	31	2.1	32	81	13	77	31	29	11	26	1.92

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