genome.fa.s5.2.7.7.80.10.50.1000.5.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Dt_chr8
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  56894857

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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This is table  5  of  185  ( 22150 repeats found )

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
1188149--1188196	24	2.0	24	100	0	96	45	12	12	29	1.78
1195956--1195990	18	1.9	18	94	0	61	17	5	5	71	1.25
1207684--1207815	69	1.9	69	93	3	230	35	16	12	34	1.87
1209701--1209819	10	12.3	9	75	19	75	69	0	30	0	0.88
1209701--1209852	4	38.2	4	72	21	76	69	0	29	0	0.93
1209700--1209809	38	3.0	37	85	10	138	69	0	30	0	0.89
1209714--1209852	38	3.7	39	78	16	127	69	0	29	0	0.93
1210188--1210705	158	3.3	156	74	15	547	51	9	10	29	1.67
1210181--1210940	318	2.4	318	90	4	1192	50	8	11	30	1.68
1215432--1215476	18	2.5	18	92	0	72	13	51	6	28	1.66
1218035--1218122	35	2.4	36	75	17	92	31	6	6	54	1.53
1223720--1223764	18	2.5	18	85	7	65	42	15	8	33	1.78
1226209--1226262	27	2.0	27	100	0	108	40	29	22	7	1.81
1226524--1226628	49	2.2	48	81	5	122	19	19	34	27	1.95
1229822--1229957	49	2.8	49	82	1	148	33	16	25	24	1.96
1231004--1231057	19	2.8	18	81	16	56	48	3	0	48	1.19
1231010--1231057	23	2.1	23	84	7	62	47	2	0	50	1.12
1231358--1231397	19	2.0	20	95	4	73	47	5	0	47	1.24
1232225--1232365	49	2.9	49	81	1	149	34	16	21	26	1.95
1233508--1233554	4	11.8	4	90	0	76	27	2	21	48	1.61
1234250--1234294	20	2.2	20	92	0	72	26	22	37	13	1.91
1238332--1238376	20	2.2	20	96	0	81	26	22	35	15	1.94
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
1250251--1250346	33	2.9	33	95	0	174	14	3	16	65	1.39
1266336--1266376	20	2.0	21	82	17	52	19	14	9	56	1.66
1271804--1271952	71	2.1	71	86	5	203	27	14	28	29	1.95
1273965--1274003	4	9.8	4	100	0	78	25	0	23	51	1.49
1299632--1299939	122	2.5	122	90	2	485	33	21	15	29	1.94
1300219--1300266	16	3.1	15	79	8	51	52	12	12	22	1.73
1300885--1301020	49	2.8	49	82	3	150	33	16	22	27	1.96
1303136--1303257	45	2.7	45	100	0	244	36	2	22	38	1.67
1303656--1303703	23	2.0	23	88	4	69	20	18	10	50	1.76
1304742--1304882	71	2.0	71	88	5	214	26	15	25	31	1.96
1304975--1305013	20	1.9	21	84	5	53	25	28	20	25	1.99
1308196--1308236	21	2.0	21	81	18	50	21	26	19	31	1.97
1310633--1310891	73	3.5	73	99	0	500	41	25	6	27	1.79
1310892--1310926	3	11.7	3	100	0	70	68	0	0	31	0.90
1318502--1318527	13	2.0	13	100	0	52	23	23	23	30	1.99
1336867--1337232	122	3.0	120	91	1	570	35	19	13	31	1.90
1346347--1346387	21	2.0	21	81	18	50	31	19	26	21	1.97
1352726--1352763	19	2.0	19	90	10	60	65	0	5	28	1.14
1360125--1360492	122	3.0	120	91	3	565	35	19	13	31	1.90
1360757--1360821	34	1.9	34	93	0	112	52	7	9	30	1.61
1363569--1363932	122	3.0	122	92	0	568	35	19	14	30	1.91
1366448--1366588	71	2.0	71	91	2	230	28	15	23	32	1.95
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
1368619--1368816	108	1.9	107	86	3	283	35	18	17	28	1.94
1368804--1369518	358	2.0	358	98	0	1369	41	13	12	33	1.81
1370702--1370726	13	1.9	13	100	0	50	72	8	4	16	1.24
1371686--1371774	44	2.0	44	84	4	117	28	24	16	30	1.97
1371867--1372180	174	1.8	174	80	2	389	26	22	21	29	1.99
1372026--1372354	129	2.5	129	81	3	347	27	24	21	27	1.99
1372151--1373499	44	30.8	44	71	9	504	27	22	19	29	1.98
1372151--1373062	173	5.2	172	75	11	787	27	23	20	29	1.98
1372318--1373500	44	26.9	44	73	12	609	27	22	19	29	1.98
1372318--1373366	265	4.0	265	97	0	1913	27	22	19	29	1.98
1372981--1373502	219	2.4	218	89	2	769	27	22	19	30	1.98
1374733--1374789	20	2.9	20	94	2	98	12	15	0	71	1.13
1374730--1374789	13	4.5	14	85	10	90	13	16	0	70	1.18
1374730--1374782	27	2.0	27	92	3	90	15	16	0	67	1.23
1374730--1374789	7	9.0	7	87	8	90	13	16	0	70	1.18
1375699--1375796	50	2.0	50	82	8	119	8	11	7	73	1.25
1378237--1378277	5	8.4	5	81	13	50	41	17	17	24	1.89
1378243--1378280	18	2.1	18	95	0	67	39	18	15	26	1.91
1379195--1379392	108	1.9	107	86	3	283	35	18	17	28	1.94
1380906--1380930	13	1.9	13	100	0	50	72	8	4	16	1.24
1382737--1382784	25	1.9	25	82	0	60	39	10	6	43	1.64
1382871--1382941	29	2.3	29	83	9	88	35	11	2	50	1.53
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
1386324--1386381	19	3.1	17	79	18	62	56	0	6	36	1.26
1386636--1386695	10	5.8	10	75	11	50	45	5	0	50	1.23
1386664--1386696	12	2.9	12	86	13	52	42	6	0	51	1.26
1386629--1386701	30	2.4	30	82	8	87	47	4	1	46	1.30
1386630--1386701	20	3.6	19	73	15	65	47	4	1	47	1.30
1387612--1387680	29	2.4	30	85	11	99	39	42	0	18	1.51
1387614--1387672	14	4.1	14	82	12	68	38	40	0	20	1.53
1387621--1387673	7	7.4	7	82	4	70	39	41	0	18	1.51
1387633--1387681	14	3.4	14	80	5	62	40	40	0	18	1.50
1387612--1387701	29	3.1	29	81	9	85	35	43	2	18	1.63
1410350--1410495	25	5.9	25	75	10	120	19	26	17	36	1.94
1410481--1410568	25	3.5	25	84	6	97	23	29	14	31	1.95
1410519--1410602	25	3.4	25	84	12	86	27	30	15	26	1.96
1410479--1410590	50	2.2	50	79	6	120	25	29	16	28	1.96
1415403--1415477	35	2.1	35	90	0	114	25	29	18	26	1.98
1418993--1419300	87	3.6	86	80	6	293	35	12	9	42	1.76
1418993--1419301	86	3.6	84	81	7	300	35	12	9	42	1.76
1419155--1419316	85	1.9	85	84	5	220	35	12	9	42	1.76
1426094--1426207	41	2.7	43	83	2	142	28	28	18	25	1.98
1444440--1444589	27	5.6	27	80	4	151	47	19	14	18	1.83
1444444--1444602	54	2.9	53	77	7	167	44	20	14	20	1.86
1447651--1448090	39	11.2	39	91	0	637	32	15	20	31	1.94
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
1455555--1455697	63	2.3	63	85	2	180	23	18	27	30	1.97
1456516--1456569	22	2.5	22	81	0	63	20	7	16	55	1.65
1459844--1459893	22	2.3	21	79	3	55	36	4	2	58	1.29
1459884--1459916	17	1.9	17	100	0	66	36	6	0	57	1.23
1459885--1459923	17	2.3	17	86	0	51	35	12	0	51	1.40
1469065--1469103	16	2.4	16	87	8	53	25	0	2	71	0.98
1469077--1469104	8	3.5	8	100	0	56	25	0	0	75	0.81
1469272--1469341	35	2.1	34	87	10	101	41	11	11	35	1.77
1469825--1469878	26	2.1	26	89	0	81	33	9	11	46	1.71
1472375--1472414	20	2.0	20	95	0	71	37	7	25	30	1.83
1477243--1477285	22	2.0	22	90	4	70	32	2	4	60	1.30
1477642--1477691	26	2.0	25	88	4	73	34	12	2	52	1.50
1481805--1481848	23	1.9	23	95	0	79	18	4	9	68	1.34
1485511--1485550	18	2.1	20	86	9	57	45	2	5	47	1.38
1487131--1487166	18	2.0	18	88	0	54	38	16	0	44	1.48
1487253--1487351	28	3.6	28	87	1	128	29	21	16	33	1.95
1488918--1488962	8	5.5	8	86	5	63	68	0	31	0	0.89
1488918--1488962	17	2.8	16	86	6	63	68	0	31	0	0.89
1488918--1488963	4	11.2	4	81	4	56	69	0	30	0	0.89
1488924--1488965	13	3.3	13	86	3	59	71	0	28	0	0.86
1490080--1490145	23	2.9	23	88	0	87	16	19	25	37	1.93
1490113--1490164	21	2.4	22	90	6	79	13	25	26	34	1.93
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
1491168--1491208	19	2.2	19	86	0	55	46	17	0	36	1.48
1499954--1500014	25	2.5	25	81	5	72	24	24	19	31	1.98
1504116--1504309	39	5.0	39	85	0	244	46	18	2	32	1.61
1504116--1504309	78	2.5	78	87	0	280	46	18	2	32	1.61
1506123--1506761	244	2.6	242	87	2	926	41	20	8	29	1.81
1507681--1507720	21	1.9	21	89	0	62	30	12	12	45	1.79
1508238--1508263	13	2.0	13	100	0	52	15	0	7	76	0.99
1519664--1519706	22	2.0	22	85	0	59	62	2	4	30	1.28
1531183--1531273	6	14.8	6	73	19	64	2	20	2	74	1.03
1531196--1531272	18	4.4	18	73	15	72	1	22	2	74	1.02

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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