genome.fa.s5.2.7.7.80.10.50.1000.91.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Dt_chr8
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  56894857

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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          145   146   147   148   149   150   151   152   153   154   155   156   157   158   159   160   
          161   162   163   164   165   166   167   168   169   170   171   172   173   174   175   176   
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This is table  91  of  185  ( 22150 repeats found )

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
28946652--28946790	34	4.1	34	70	21	94	38	1	17	42	1.58
28946772--28946851	31	2.5	31	87	6	106	38	1	12	47	1.49
28946704--28946996	156	1.9	156	99	0	577	41	1	12	43	1.52
28946928--28947095	34	5.6	34	63	30	123	42	1	10	44	1.49
28946961--28947005	22	2.0	22	95	0	81	42	0	11	46	1.39
28946928--28947130	56	3.6	56	99	0	397	42	1	10	44	1.49
28947017--28947061	22	2.0	22	95	0	81	42	0	11	46	1.39
28947073--28947117	22	2.0	22	95	0	81	42	0	11	46	1.39
28950882--28950913	16	1.9	17	93	6	57	40	21	0	37	1.54
28951468--28951679	41	5.2	41	81	2	219	33	24	26	16	1.96
28951401--28951679	82	3.4	82	77	2	193	33	22	26	17	1.96
28951759--28951834	40	1.9	40	83	5	100	15	28	25	30	1.96
28958996--28959022	14	1.9	14	100	0	54	29	3	14	51	1.60
28965139--28965262	37	3.2	39	74	12	119	27	16	22	33	1.96
28968253--28968330	38	2.1	37	90	2	120	16	8	8	65	1.46
28970032--28970069	18	2.1	18	100	0	76	34	5	10	50	1.59
28972246--28972316	27	2.5	29	81	6	92	32	0	2	64	1.08
28972170--28972318	37	4.0	36	72	16	108	38	1	2	57	1.22
28972185--28972317	10	13.9	10	69	15	68	39	0	2	57	1.17
28972186--28972317	9	13.9	9	69	19	72	40	0	2	56	1.17
28972169--28972314	20	7.8	18	69	20	61	38	1	2	58	1.18
28977992--28978028	2	18.5	2	100	0	74	0	48	0	51	1.00
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
28986317--28986356	21	1.9	21	94	0	71	25	25	22	27	2.00
28986680--28986853	95	1.8	95	92	1	258	49	9	4	36	1.55
28988642--28988689	18	2.8	17	84	6	69	12	29	45	12	1.78
28997409--28997464	26	2.2	26	86	0	76	32	28	10	28	1.90
29012664--29012712	22	2.2	23	88	3	73	30	6	18	44	1.74
29017466--29017531	26	2.5	26	92	0	105	22	25	24	27	2.00
29019958--29020015	31	1.9	31	85	3	82	32	27	18	20	1.97
29022080--29023071	109	9.1	109	97	0	1767	33	18	16	30	1.94
29022930--29023243	172	1.8	172	91	2	524	36	14	18	30	1.91
29023115--29023396	109	2.6	109	93	1	476	33	19	16	30	1.94
29022843--29023352	281	1.8	281	96	0	939	35	16	17	30	1.92
29035339--29035376	19	2.0	19	89	0	58	68	5	18	7	1.34
29035560--29035599	20	2.0	20	90	5	62	7	17	52	22	1.69
29036472--29036677	40	5.3	40	74	12	180	41	22	25	11	1.86
29037061--29037097	18	2.1	18	94	0	65	24	10	18	45	1.81
29038881--29038960	41	2.0	41	97	0	151	27	11	23	37	1.89
29050699--29050816	24	4.9	24	72	12	80	29	19	29	21	1.97
29053482--29053663	49	3.7	48	74	12	156	23	27	20	28	1.99
29053531--29053721	50	3.8	50	84	4	242	23	29	20	26	1.99
29053481--29053721	50	4.9	50	80	6	240	23	28	20	27	1.99
29053531--29053710	99	1.8	99	86	2	263	23	30	20	26	1.99
29063092--29063128	16	2.3	16	95	0	65	24	13	16	45	1.83
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
29063406--29063497	24	3.8	24	70	11	71	29	17	31	21	1.96
29063406--29063514	24	4.5	24	67	11	69	30	18	30	21	1.97
29066102--29066134	18	1.9	18	88	11	52	48	12	0	39	1.40
29073886--29073931	17	2.8	17	83	3	58	50	10	0	39	1.38
29074958--29075203	78	3.2	77	82	8	291	29	13	17	39	1.88
29074958--29075204	39	6.4	37	84	5	260	29	14	17	39	1.88
29074958--29075204	117	2.1	115	85	5	336	29	14	17	39	1.88
29076059--29076110	26	2.0	26	96	0	95	44	38	1	15	1.58
29080388--29080444	21	2.8	21	81	5	64	40	21	22	15	1.91
29087931--29087982	21	2.6	20	84	6	61	44	19	23	13	1.86
29087948--29087990	21	2.0	21	100	0	86	37	18	27	16	1.92
29091780--29091833	17	3.4	17	75	14	53	38	0	11	50	1.38
29095420--29095466	12	3.9	12	76	17	53	23	6	0	70	1.10
29095418--29095458	17	2.4	18	88	8	59	21	7	0	70	1.11
29098989--29099156	47	3.6	45	70	19	132	45	2	3	47	1.35
29098915--29099122	91	2.3	91	89	0	317	46	3	3	46	1.37
29098936--29099097	44	3.6	43	69	19	116	45	1	3	48	1.30
29098935--29099011	28	2.8	28	73	9	52	42	1	3	51	1.28
29099272--29099326	24	2.2	26	81	12	71	45	0	1	52	1.11
29099449--29099558	45	2.6	44	78	8	122	31	28	5	34	1.80
29099539--29099590	16	3.2	16	84	10	70	34	34	0	30	1.58
29100276--29100331	21	2.7	20	78	15	60	78	0	5	16	0.92
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
29100276--29100317	10	4.1	10	85	11	50	78	0	4	16	0.91
29100288--29100328	16	2.5	17	84	8	57	80	0	7	12	0.90
29104312--29104451	70	2.0	70	92	0	235	37	7	22	33	1.81
29104980--29105053	23	3.2	23	82	3	87	2	4	31	62	1.28
29106315--29106423	41	2.6	41	92	1	182	23	29	20	26	1.99
29110950--29111015	19	3.4	19	83	4	69	19	19	30	30	1.97
29119672--29119747	37	2.1	37	100	0	152	21	21	0	57	1.40
29119737--29119787	18	2.8	18	77	16	52	23	27	0	49	1.51
29119772--29119823	23	2.3	23	80	9	54	25	17	5	51	1.67
29122610--29122650	19	2.2	19	91	8	66	51	12	9	26	1.70
29124333--29124369	15	2.5	15	86	0	56	56	29	0	13	1.37
29124349--29124402	24	2.2	24	93	0	90	61	16	0	22	1.35
29124357--29124404	24	2.0	24	100	0	96	58	12	0	29	1.35
29124528--29124571	20	2.3	19	88	7	70	29	6	11	52	1.63
29124657--29124694	20	1.9	20	100	0	76	50	2	0	47	1.15
29125947--29126091	32	4.7	32	80	12	160	53	16	2	27	1.54
29125980--29126066	27	3.0	27	80	11	68	51	17	3	27	1.61
29125945--29126091	59	2.4	64	78	10	164	53	16	2	27	1.54
29129741--29129936	76	2.6	76	99	0	383	45	21	20	11	1.82
29132071--29132116	21	2.2	21	92	0	74	39	19	6	34	1.78
29132744--29132827	42	2.0	42	97	0	159	36	11	15	35	1.84
29133076--29133260	91	2.0	91	95	0	334	44	9	8	37	1.67
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
29136017--29136181	43	3.9	43	77	7	158	28	15	26	29	1.96
29136020--29136181	85	1.9	85	79	5	184	28	15	26	29	1.96
29138381--29138420	21	1.9	21	89	0	62	35	27	7	30	1.84
29146040--29146146	54	2.0	54	96	1	189	20	11	32	34	1.88
29153843--29153883	16	2.3	19	88	12	61	53	2	0	43	1.13
29161864--29161909	24	2.0	23	86	4	65	32	15	8	43	1.77
29161931--29161975	19	2.4	19	82	17	58	35	8	0	55	1.31
29161929--29161975	20	2.3	20	86	13	62	36	8	0	55	1.31
29168461--29169535	44	24.6	44	77	8	694	30	20	25	23	1.99
29168552--29169551	88	11.4	88	84	3	1151	30	19	26	23	1.98
29168593--29169551	131	7.3	130	82	5	1015	30	19	26	23	1.98
29168458--29169535	175	6.2	174	81	6	1074	30	20	25	23	1.99
29171460--29171502	12	3.5	12	83	3	50	27	6	0	65	1.18
29177566--29177622	28	1.9	30	86	10	82	29	0	7	63	1.21
29180630--29180729	29	3.5	29	91	4	159	38	13	0	49	1.42
29180763--29180846	27	3.1	27	89	1	134	26	30	26	16	1.97
29181337--29181397	19	3.3	19	77	9	63	49	0	8	42	1.32
29182032--29182128	28	3.5	28	92	5	162	47	0	13	39	1.43
29184138--29184212	31	2.4	31	77	8	80	42	0	10	46	1.38
29184189--29184262	33	2.3	33	80	11	84	43	1	4	51	1.29
29185407--29185455	19	2.6	19	86	0	71	16	30	30	22	1.96
29199766--29199961	41	4.8	41	88	2	268	19	21	31	27	1.98
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
29199979--29200016	20	2.0	18	90	10	58	26	2	5	65	1.27
29200347--29200378	15	2.1	15	94	0	55	25	0	34	40	1.56
29200356--29200393	14	2.7	15	84	12	53	31	0	26	42	1.56
29200822--29200871	18	2.6	19	79	17	59	76	4	4	16	1.10
29200831--29200855	13	1.9	13	100	0	50	80	4	0	16	0.87
29200827--29200871	19	2.4	18	85	14	56	77	4	2	15	1.02
29200895--29200938	22	2.0	22	82	8	54	50	2	0	47	1.13
29204864--29204992	43	3.0	43	74	15	131	21	17	31	30	1.96
29215309--29215356	23	2.3	20	75	21	53	29	16	6	47	1.71
29215315--29215359	23	2.0	23	95	0	81	28	13	6	51	1.66

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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