genome.fa.s5.2.7.7.80.10.50.1000.88.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Dt_chr8
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  56894857

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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          129   130   131   132   133   134   135   136   137   138   139   140   141   142   143   144   
          145   146   147   148   149   150   151   152   153   154   155   156   157   158   159   160   
          161   162   163   164   165   166   167   168   169   170   171   172   173   174   175   176   
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This is table  88  of  185  ( 22150 repeats found )

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
27882713--27882744	15	2.1	15	94	0	55	12	3	0	84	0.74
27882715--27882747	8	4.2	8	92	7	50	12	6	0	81	0.85
27884850--27884888	3	13.3	3	94	5	71	69	0	0	30	0.89
27886424--27886474	27	1.9	26	84	11	68	23	9	11	54	1.66
27887232--27887261	9	3.3	9	100	0	60	20	0	0	80	0.72
27887240--27887316	39	2.0	40	94	2	138	32	1	1	64	1.09
27887290--27887364	28	2.6	28	87	10	98	40	2	0	57	1.13
27887308--27887341	17	2.0	17	94	0	59	41	2	0	55	1.15
27887297--27887351	11	5.4	11	75	22	57	40	3	0	56	1.17
27894372--27894422	23	2.2	23	79	6	59	66	1	7	23	1.28
27898233--27898298	8	8.6	8	73	18	52	33	4	0	62	1.16
27898237--27898296	29	2.1	29	84	9	79	31	5	0	63	1.16
27907829--27907898	25	2.8	25	91	0	113	25	21	18	34	1.96
27909035--27909064	16	1.9	16	93	6	53	30	0	20	50	1.49
27914819--27914872	25	2.2	25	86	0	72	24	11	46	18	1.81
27914988--27915034	24	2.1	21	84	11	58	31	4	40	23	1.74
27915007--27915058	24	2.1	24	82	10	61	34	1	40	23	1.66
27916119--27916228	27	4.1	27	86	0	148	40	19	16	24	1.91
27916423--27916472	26	1.9	26	83	0	64	20	20	22	38	1.94
27921048--27921154	50	2.1	49	81	6	126	28	22	29	19	1.98
27921445--27921483	20	2.0	20	90	10	62	56	7	20	15	1.63
27922825--27922960	40	3.4	39	77	9	134	39	22	17	19	1.92
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
27922995--27923272	41	6.8	41	86	0	358	22	18	29	29	1.98
27923601--27923634	14	2.4	14	100	0	68	23	0	32	44	1.54
27923800--27923934	68	2.0	70	92	2	229	29	0	22	47	1.57
27923990--27924162	94	1.8	93	87	3	258	34	1	20	43	1.59
27926418--27926458	7	5.9	7	82	0	55	21	0	48	29	1.50
27926487--27926621	68	2.0	70	92	2	229	29	0	22	47	1.57
27926677--27927131	94	4.9	94	97	0	824	34	0	21	43	1.56
27931236--27931284	22	2.2	22	100	0	98	48	16	20	14	1.80
27934002--27934032	15	2.1	15	94	5	55	74	0	0	25	0.82
27950346--27950384	20	2.0	20	100	0	78	30	5	15	48	1.66
27953186--27953239	25	2.1	26	86	10	76	31	3	1	62	1.23
27957881--27957940	30	2.0	30	93	0	102	30	16	11	41	1.84
27959845--27959882	18	2.2	17	86	9	51	36	15	2	44	1.61
27970485--27970531	23	2.1	22	84	11	60	8	17	6	68	1.37
27970642--27970692	13	3.5	14	74	15	50	19	1	7	70	1.21
27971182--27971211	13	2.4	12	89	10	51	16	0	3	80	0.85
27972377--27972403	14	1.9	14	100	0	54	44	25	7	22	1.79
27974149--27974215	29	2.3	29	84	0	80	46	16	11	25	1.81
27976641--27976699	30	2.0	30	86	0	82	37	8	25	28	1.85
27977151--27977244	23	4.1	23	83	0	116	24	20	22	32	1.97
27977154--27977249	46	2.1	46	94	0	165	23	18	23	33	1.97
27989953--27990428	27	17.7	27	82	3	459	43	17	19	19	1.89
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
27990625--27990695	26	2.7	26	95	0	124	14	25	26	33	1.94
27990763--27990855	28	3.2	28	82	7	114	25	24	20	29	1.99
28004362--28004585	40	5.6	40	91	1	308	24	20	28	26	1.99
28004323--28004585	80	3.3	80	85	3	318	23	20	28	26	1.99
28004323--28004585	120	2.2	120	82	4	318	23	20	28	26	1.99
28009940--28010331	27	14.6	27	78	5	339	43	16	19	20	1.88
28010731--28010787	30	1.9	30	92	0	96	22	22	28	26	1.99
28014845--28014960	29	4.0	29	87	3	155	27	15	15	41	1.87
28022378--28022911	266	2.0	266	89	1	811	25	15	17	41	1.88
28024624--28024648	5	5.0	5	100	0	50	80	0	0	20	0.72
28025748--28025795	20	2.4	20	82	0	60	16	35	16	31	1.92
28027399--28027455	30	1.9	30	85	0	78	17	26	31	24	1.97
28031391--28031477	20	4.3	20	73	4	77	12	31	20	35	1.90
28034289--28034381	36	2.6	36	85	6	120	36	2	13	47	1.56
28041444--28041545	43	2.4	43	83	0	123	33	26	14	25	1.95
28044978--28045050	38	1.9	37	91	8	121	61	8	12	17	1.54
28046077--28046117	13	3.1	14	82	6	50	43	7	0	48	1.30
28046100--28046129	15	1.9	16	93	6	53	56	10	0	33	1.32
28046459--28046492	14	2.4	14	90	9	52	64	0	2	32	1.08
28057024--28057077	21	2.6	21	81	0	63	18	24	27	29	1.98
28060694--28060744	20	2.4	22	81	15	63	15	9	11	62	1.53
28063718--28063770	23	2.4	22	76	20	56	9	18	1	69	1.25
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
28066098--28066157	22	2.7	23	73	19	63	66	6	0	26	1.16
28066107--28066140	4	8.0	4	90	9	50	73	2	0	23	0.97
28081471--28081505	17	2.1	17	100	0	70	40	11	22	25	1.88
28087373--28087664	144	2.0	144	97	0	557	30	19	10	39	1.85
28088658--28088706	18	2.8	18	74	20	50	71	8	4	16	1.26
28100712--28101053	50	6.7	50	84	7	404	24	22	31	21	1.98
28100712--28101060	100	3.4	100	90	5	497	24	22	31	22	1.98
28107397--28107513	40	3.0	38	80	5	110	40	17	17	24	1.91
28107434--28107513	38	2.1	39	86	4	110	38	13	18	28	1.89
28107572--28107729	41	3.9	41	80	0	156	24	17	25	32	1.97
28107654--28107738	40	2.1	40	93	0	143	25	16	18	38	1.92
28107793--28107931	7	19.4	7	69	10	57	23	0	27	48	1.56
28109660--28109706	18	2.6	18	86	6	60	0	55	0	44	0.99
28117063--28117214	43	3.6	43	82	7	157	23	14	26	35	1.93
28130521--28130559	20	1.9	21	89	5	62	64	5	7	23	1.40
28132183--28132306	44	2.8	43	76	2	131	32	21	16	29	1.96
28132234--28132393	44	3.7	43	77	6	144	25	24	22	28	2.00
28132503--28132747	128	1.9	128	83	1	312	24	24	20	31	1.98
28133007--28133039	7	4.7	7	88	11	50	12	15	0	72	1.12
28133008--28133034	13	2.1	13	100	0	54	14	14	0	70	1.17
28133420--28133488	30	2.4	27	83	9	84	11	8	10	69	1.37
28133420--28133498	27	2.8	28	83	11	90	11	7	10	70	1.33
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
28133426--28133507	27	2.9	28	82	12	80	10	7	10	70	1.33
28137764--28137802	20	1.9	21	89	5	62	64	5	7	23	1.40
28141001--28141637	50	12.7	50	69	4	321	23	20	23	32	1.98
28141001--28141643	100	6.4	100	86	2	772	23	20	23	32	1.98
28141692--28141943	44	5.5	44	72	13	168	27	19	20	32	1.96
28143307--28143352	7	6.6	7	92	7	76	15	13	0	71	1.14
28143307--28143347	13	3.1	13	93	6	73	14	14	0	70	1.16
28150534--28150586	26	2.0	26	100	0	106	33	18	11	35	1.87
28151972--28152006	18	2.0	17	88	5	52	37	20	0	42	1.52
28157461--28157514	21	2.6	21	96	0	99	27	29	20	22	1.98
28159743--28159790	18	2.7	18	81	15	55	41	14	0	43	1.45
28165200--28165461	39	6.7	40	87	7	337	25	22	27	24	2.00
28178257--28178290	16	2.1	16	100	0	68	32	26	17	23	1.97
28179673--28179716	17	2.6	17	85	0	61	31	29	11	27	1.91
28179723--28179787	17	3.8	17	74	8	51	29	16	20	33	1.95
28184229--28184285	27	2.1	27	96	0	105	42	10	5	42	1.62
28184641--28184671	13	2.5	13	94	5	55	64	0	0	35	0.94
28184841--28184877	13	2.5	15	87	12	51	62	2	16	18	1.45
28186126--28186185	29	2.1	29	84	6	77	36	0	10	53	1.35
28195032--28195105	37	2.0	37	100	0	148	27	18	10	43	1.83
28208045--28208074	16	1.9	15	93	6	51	20	16	0	63	1.31
28208298--28208491	51	3.8	51	79	9	236	31	27	16	23	1.96
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
28208300--28208483	102	1.8	102	89	4	293	32	26	17	23	1.97
28215371--28215420	25	2.0	25	84	0	64	4	36	2	58	1.29
28218043--28218073	14	2.2	14	100	0	62	41	19	6	32	1.77
28218151--28218285	45	3.0	45	80	3	128	43	17	18	20	1.88
28218215--28218324	46	2.4	46	84	1	123	43	15	22	18	1.87
28223902--28224009	54	2.0	54	98	0	207	41	16	19	22	1.90
28225970--28226014	23	2.0	22	95	4	81	44	6	17	31	1.75
28228988--28229033	21	2.1	22	84	4	58	67	2	23	6	1.25
28229067--28229133	33	1.9	33	82	8	80	47	8	31	11	1.71
28235683--28235710	12	2.3	12	100	0	56	71	0	0	28	0.86

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