genome.fa.s5.2.7.7.80.10.50.1000.61.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Dt_chr8
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  56894857

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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          113   114   115   116   117   118   119   120   121   122   123   124   125   126   127   128   
          129   130   131   132   133   134   135   136   137   138   139   140   141   142   143   144   
          145   146   147   148   149   150   151   152   153   154   155   156   157   158   159   160   
          161   162   163   164   165   166   167   168   169   170   171   172   173   174   175   176   
          177   178   179   180   181   182   183   184   185   

This is table  61  of  185  ( 22150 repeats found )

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
19044118--19044302	79	2.3	81	84	7	236	24	22	27	25	2.00
19044119--19044302	40	4.6	40	83	9	216	24	22	27	25	2.00
19044119--19044335	79	2.7	79	81	7	201	25	22	27	24	2.00
19059528--19059577	24	2.1	24	96	0	91	36	6	4	54	1.44
19066981--19067043	18	3.8	17	73	21	53	63	11	1	23	1.36
19070127--19070159	16	2.0	17	88	5	50	51	18	3	27	1.60
19071577--19071687	42	2.6	43	81	7	129	29	26	19	24	1.99
19079516--19079625	42	2.6	43	76	7	98	34	25	16	23	1.95
19083650--19083691	11	3.8	11	90	0	57	26	47	4	21	1.70
19090192--19090830	319	2.0	319	99	0	1260	33	16	14	34	1.90
19109901--19109968	21	3.2	21	72	12	68	14	17	19	48	1.81
19109962--19110023	21	3.0	21	73	0	61	17	22	19	40	1.91
19109896--19110031	42	3.2	42	82	2	130	16	19	18	44	1.86
19110880--19110904	13	1.9	13	100	0	50	8	16	40	36	1.77
19114500--19114533	17	2.0	17	94	0	59	29	17	8	44	1.79
19122131--19122249	27	4.4	27	76	4	98	38	17	20	23	1.93
19122561--19122602	21	2.0	21	81	9	50	7	0	47	45	1.30
19126672--19126710	14	2.8	14	80	0	51	43	20	0	35	1.52
19129583--19129621	18	2.1	19	85	4	53	35	0	12	51	1.40
19130183--19130222	15	2.5	17	84	12	57	65	0	0	35	0.93
19135223--19135254	16	2.0	16	93	0	55	31	0	9	59	1.29
19140647--19140774	27	4.7	27	75	3	96	34	16	28	21	1.95
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
19144185--19144221	6	6.2	6	100	0	74	67	0	32	0	0.91
19165012--19165337	50	6.6	50	80	2	327	27	22	28	21	1.99
19166902--19166952	23	2.2	23	89	0	75	43	21	7	27	1.80
19171031--19171322	49	6.2	46	73	13	182	26	15	26	31	1.96
19171039--19171145	52	2.0	53	87	1	153	25	13	28	33	1.93
19176695--19176727	18	1.9	18	88	11	52	57	12	0	30	1.35
19176949--19176978	15	2.0	15	100	0	60	33	26	13	26	1.93
19184685--19185100	47	8.7	47	95	1	681	32	8	29	30	1.86
19186474--19186906	40	10.8	40	96	0	767	23	22	29	24	1.99
19188324--19188502	85	2.1	85	98	0	349	37	8	27	26	1.85
19190597--19191016	47	8.9	47	97	2	804	31	8	29	30	1.87
19203327--19203368	22	1.9	22	90	9	68	21	4	30	42	1.73
19203479--19203504	10	2.6	10	100	0	52	53	0	0	46	1.00
19210951--19211072	62	2.0	62	91	0	199	27	22	27	22	1.99
19211013--19211179	50	3.3	49	78	3	181	26	23	27	22	2.00
19211120--19211239	49	2.4	49	80	4	143	30	20	25	24	1.98
19211014--19211239	50	4.5	50	77	2	152	27	21	26	23	1.99
19215344--19215373	15	2.0	15	93	0	51	30	0	23	46	1.52
19221831--19222073	25	9.7	25	76	5	204	33	23	18	25	1.97
19221830--19222073	50	4.9	50	82	2	274	33	23	18	25	1.97
19221831--19222073	100	2.4	100	86	1	308	33	23	18	25	1.97
19236585--19236638	27	2.0	27	82	7	65	44	5	3	46	1.44
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
19238547--19238804	53	4.8	54	80	4	308	41	19	15	22	1.89
19238530--19238804	80	3.4	81	81	5	333	42	20	14	22	1.89
19238542--19238799	134	1.9	135	86	3	369	41	20	14	22	1.89
19238537--19238804	27	10.0	27	80	4	292	42	20	14	22	1.89
19238967--19239021	26	2.1	26	86	0	74	20	20	25	34	1.96
19241396--19241795	27	14.9	26	82	5	381	41	22	15	20	1.90
19241960--19242040	26	3.1	26	83	0	99	19	20	23	35	1.96
19242144--19242251	28	3.9	28	92	0	171	24	21	24	30	1.99
19242237--19242359	33	3.7	33	92	1	183	26	24	22	26	2.00
19260169--19260525	29	12.3	29	78	5	200	37	13	27	21	1.91
19260181--19260524	58	5.9	58	77	5	327	38	13	27	21	1.90
19260169--19260514	87	4.0	85	79	9	306	38	12	27	21	1.89
19260213--19260506	146	2.0	146	82	5	355	40	12	27	20	1.88
19260325--19260514	88	2.2	88	84	4	242	40	12	28	19	1.87
19266543--19266609	33	2.0	33	94	5	118	43	11	13	31	1.80
19267585--19267812	29	7.8	29	81	3	233	37	13	28	20	1.91
19273036--19273126	40	2.3	40	92	3	148	24	19	27	28	1.99
19273036--19273163	40	3.2	40	85	3	134	25	20	27	27	1.99
19280911--19281120	40	5.3	39	89	4	242	25	21	27	25	1.99
19280858--19281120	120	2.2	120	82	4	309	25	21	27	25	1.99
19280859--19281155	80	3.7	80	81	6	230	26	21	27	24	1.99
19289233--19289578	40	8.7	40	92	3	529	24	21	27	26	1.99
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
19289803--19289908	54	2.0	54	88	0	158	36	9	19	33	1.84
19293398--19293560	81	2.0	81	98	0	317	52	9	7	29	1.63
19295713--19295890	27	6.6	27	82	3	196	26	15	28	29	1.96
19295714--19295869	82	1.9	81	86	3	224	26	16	28	29	1.96
19295710--19295890	82	2.2	81	82	2	220	26	16	27	29	1.96
19309666--19309692	14	1.9	14	100	0	54	22	7	25	44	1.79
19312522--19312552	15	2.1	15	93	0	53	22	32	19	25	1.97
19313897--19313970	37	2.0	37	100	0	148	54	18	10	16	1.71
19322196--19322418	39	5.7	40	86	7	273	25	22	27	24	2.00
19322196--19322418	79	2.8	81	85	8	282	25	22	27	24	2.00
19322196--19322451	79	3.3	79	82	9	224	26	21	27	24	1.99
19330184--19330368	79	2.3	81	84	7	236	24	22	27	25	2.00
19330185--19330368	40	4.6	40	83	9	216	24	22	27	25	2.00
19330237--19330401	79	2.1	79	84	6	210	26	21	27	25	1.99
19349484--19349563	22	3.6	22	79	0	88	40	46	1	12	1.50
19349479--19349563	11	7.7	11	72	15	68	41	45	1	11	1.48
19357750--19357840	35	2.6	35	82	0	110	37	14	18	29	1.90
19359252--19359278	4	6.8	4	100	0	54	74	0	0	25	0.83
19361168--19361214	24	1.9	25	83	12	62	42	8	8	40	1.66
19361257--19361314	29	2.0	29	89	0	89	34	12	15	37	1.85
19362053--19362178	35	3.6	35	82	4	130	39	15	16	28	1.89
19364220--19364344	48	2.6	48	83	7	150	21	16	22	40	1.91
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
19365544--19365580	15	2.6	15	87	8	51	64	21	13	0	1.27
19367263--19367461	106	1.9	106	91	0	326	31	19	16	32	1.94
19369648--19369752	53	2.0	54	88	9	162	40	20	19	19	1.91
19369640--19369839	27	7.4	27	75	5	147	37	20	20	22	1.95
19369644--19369839	80	2.4	81	79	5	193	36	20	19	22	1.95
19369703--19369855	54	2.9	53	77	9	143	32	20	22	24	1.98
19369879--19369945	23	2.9	23	79	2	71	19	5	25	49	1.71
19370043--19370095	27	2.0	27	81	7	63	22	26	20	30	1.98
19370136--19370308	32	5.4	32	79	8	149	17	19	24	38	1.93
19370136--19370308	64	2.7	63	77	7	188	17	19	24	38	1.93
19370133--19370324	96	2.0	96	79	8	203	19	19	22	38	1.93
19380275--19380312	20	2.0	20	89	5	60	47	10	13	28	1.76
19381315--19381477	74	2.2	73	85	7	215	25	33	0	39	1.61
19381368--19381416	19	2.5	19	86	3	62	24	28	0	46	1.53
19384087--19384117	16	1.9	16	100	0	62	29	0	6	64	1.18
19389359--19389581	79	2.8	78	82	9	265	24	27	22	25	2.00
19389359--19389581	39	5.7	40	86	8	266	24	27	22	25	2.00
19397351--19397573	79	2.8	78	83	7	272	24	27	22	25	2.00
19397351--19397573	39	5.7	40	87	6	280	24	27	22	25	2.00
19401096--19401211	61	1.9	58	83	8	144	40	5	3	50	1.41
19405270--19405299	11	2.7	11	94	0	51	30	0	0	70	0.88
19436732--19436780	17	2.8	17	84	9	71	44	0	0	55	0.99
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
19436732--19436782	12	4.2	12	75	9	59	45	0	0	54	0.99
19436754--19436871	61	2.0	58	88	5	173	43	2	4	50	1.35
19436758--19436893	58	2.3	60	83	8	163	44	2	5	47	1.40
19449018--19449074	30	1.9	30	85	7	80	24	22	28	24	2.00
19450503--19450527	13	1.9	13	100	0	50	40	8	20	32	1.81
19465495--19465995	252	2.0	251	90	1	790	33	21	19	25	1.97
19467479--19467518	17	2.4	17	86	0	53	35	32	17	15	1.91
19472833--19472890	5	11.6	5	79	0	62	24	36	1	37	1.66
19472833--19472890	15	3.9	15	93	0	80	24	36	1	37	1.66
19474206--19474277	34	2.1	34	92	2	119	26	18	9	45	1.80

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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