genome.fa.s5.2.7.7.80.10.50.1000.60.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Dt_chr8
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  56894857

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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          129   130   131   132   133   134   135   136   137   138   139   140   141   142   143   144   
          145   146   147   148   149   150   151   152   153   154   155   156   157   158   159   160   
          161   162   163   164   165   166   167   168   169   170   171   172   173   174   175   176   
          177   178   179   180   181   182   183   184   185   

This is table  60  of  185  ( 22150 repeats found )

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
18808774--18808826	11	4.9	11	79	4	63	67	15	9	7	1.39
18808774--18808826	21	2.5	22	84	6	72	67	15	9	7	1.39
18808757--18808823	32	2.1	33	91	2	109	68	14	7	8	1.37
18809476--18809530	18	3.1	17	82	12	65	41	1	0	56	1.10
18809446--18809545	49	2.1	47	81	9	112	36	1	1	62	1.09
18809479--18809532	19	2.8	18	78	10	63	42	1	0	55	1.10
18809522--18809565	21	2.0	21	82	4	52	47	0	4	47	1.22
18813206--18813327	58	2.1	58	92	0	199	37	14	18	28	1.91
18817010--18817044	16	2.2	16	100	0	70	40	25	11	22	1.88
18819188--18819326	72	1.9	73	97	1	262	38	23	5	33	1.78
18822329--18822523	22	8.7	22	83	8	225	41	36	4	17	1.70
18822329--18822526	45	4.4	44	81	10	222	41	36	4	17	1.70
18822329--18822530	112	1.8	112	87	2	307	40	36	4	18	1.71
18826204--18826373	23	7.6	23	76	12	131	19	15	24	41	1.90
18826201--18826372	46	3.8	45	74	17	151	19	15	23	41	1.89
18830754--18830942	91	2.1	91	85	2	254	34	26	13	24	1.93
18834212--18834264	21	2.6	21	90	3	81	37	7	15	39	1.75
18837652--18837703	20	2.5	21	87	6	70	44	25	23	7	1.79
18844450--18844527	28	2.8	28	86	3	113	29	19	24	26	1.98
18846569--18846814	27	9.1	27	73	9	144	34	19	28	18	1.95
18846569--18846814	81	3.0	80	73	10	223	34	19	28	18	1.95
18846574--18846814	54	4.5	54	77	6	200	34	19	28	18	1.95
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
18852893--18852988	46	2.1	46	98	0	183	41	10	17	30	1.83
18858584--18858635	24	2.2	24	89	0	77	55	9	1	32	1.43
18860554--18860605	24	2.2	24	89	0	77	55	9	1	32	1.43
18883153--18883249	42	2.3	42	83	3	115	21	27	27	22	1.99
18883181--18883438	116	2.2	116	88	0	372	28	24	22	24	1.99
18885364--18885402	20	2.0	20	85	10	53	25	10	2	61	1.41
18891018--18891226	28	7.5	28	96	1	359	31	28	13	25	1.94
18907764--18907795	10	3.2	10	100	0	64	62	0	28	9	1.26
18907893--18908096	51	4.0	51	76	6	207	25	15	29	29	1.96
18907904--18908088	101	1.8	102	87	3	275	24	16	28	31	1.96
18908092--18908190	46	2.2	44	82	8	112	24	18	24	33	1.97
18911722--18911788	32	2.1	32	97	0	125	41	7	31	19	1.79
18916565--18916637	26	2.8	26	80	0	74	28	16	12	42	1.84
18920481--18920528	25	1.9	25	91	0	78	29	25	18	27	1.98
18920595--18920652	27	2.1	27	84	6	73	46	0	24	29	1.53
18938009--18938100	45	2.0	45	93	0	157	31	23	18	26	1.97
18938109--18938292	51	3.6	50	72	8	158	32	26	16	24	1.96
18938104--18938288	101	1.8	101	85	3	264	32	25	16	24	1.96
18945888--18945950	10	6.1	10	78	12	65	22	3	1	73	1.07
18949442--18949615	45	3.9	45	84	2	197	39	16	20	24	1.92
18949441--18949615	90	1.9	90	82	2	217	38	16	20	24	1.92
18953281--18953329	22	2.2	22	81	3	53	6	12	2	79	0.99
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
18954000--18954029	12	2.5	12	94	0	51	30	0	6	63	1.20
18954105--18954181	33	2.4	31	77	10	82	33	5	1	59	1.28
18954127--18954215	29	3.0	29	74	9	81	34	5	1	58	1.29
18954509--18954533	4	6.2	4	100	0	50	24	0	0	76	0.80
18954576--18954606	15	2.1	15	100	0	62	19	6	6	67	1.35
18954655--18954988	109	3.1	108	84	3	415	31	14	16	37	1.89
18958184--18958248	9	7.0	9	74	22	55	84	10	0	4	0.75
18959865--18960283	46	9.1	46	91	1	633	27	17	24	30	1.97
18959865--18961588	138	12.5	138	80	6	1244	27	16	25	30	1.97
18960260--18960306	23	2.0	23	87	0	67	25	17	27	29	1.97
18960224--18960352	69	1.9	69	93	0	222	27	17	26	28	1.97
18960283--18960588	46	6.7	46	89	1	420	26	16	25	30	1.97
18960178--18960398	115	1.9	115	92	0	370	28	16	26	29	1.97
18960137--18960444	161	1.9	161	92	0	517	27	15	26	29	1.96
18960076--18960490	207	2.0	207	88	0	616	27	16	25	30	1.97
18960582--18960990	132	3.1	132	92	1	660	31	16	24	26	1.97
18960685--18960908	44	5.1	45	69	12	142	29	17	25	27	1.97
18960969--18961588	46	13.5	46	89	0	936	25	15	26	31	1.96
18961808--18962146	44	7.7	45	68	14	204	30	17	23	28	1.97
18961854--18962229	88	4.3	87	67	13	230	30	18	23	27	1.98
18961583--18962542	132	7.3	132	90	1	1299	31	17	23	27	1.97
18964587--18964908	109	3.0	109	88	1	470	31	16	17	35	1.92
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
18966565--18966615	20	2.5	20	81	12	68	52	0	25	21	1.47
18970610--18970640	6	5.2	6	100	0	62	16	16	0	67	1.23
18972279--18972630	175	2.0	176	97	0	661	40	14	13	31	1.84
18972689--18972765	32	2.3	34	79	16	90	48	0	2	49	1.15
18973065--18973167	51	2.0	51	100	0	206	28	9	13	48	1.74
18975793--18975833	21	2.0	21	85	0	55	31	2	4	60	1.30
18980040--18980086	21	2.3	21	85	10	62	31	0	12	55	1.38
18980069--18980233	58	2.9	57	82	7	183	43	1	3	51	1.30
18980399--18980438	16	2.5	17	84	12	57	32	17	5	45	1.70
18980616--18980655	22	1.9	22	90	10	66	12	2	32	52	1.52
18991199--18991243	20	2.2	20	88	0	63	42	11	8	37	1.72
18996180--18996305	62	2.1	58	81	7	137	40	3	5	50	1.44
18997662--18997837	73	2.4	73	83	4	223	24	25	27	22	2.00
18997730--18998172	114	3.9	114	79	2	471	26	22	25	25	2.00
18997733--18998148	228	1.8	228	83	2	548	25	23	25	25	2.00
18997964--18998359	187	2.1	190	85	2	530	27	22	24	26	2.00
18998092--18998235	73	2.0	73	87	0	207	29	22	22	25	1.99
18998618--18998705	37	2.4	36	86	7	122	19	2	40	37	1.64
18998639--18998705	16	3.9	16	73	17	62	20	1	43	34	1.61
18998787--18998820	7	4.9	7	92	0	59	17	0	38	44	1.49
18998775--18998820	21	2.2	21	88	0	65	19	2	30	47	1.61
18998866--18998916	20	2.5	20	78	9	59	15	0	37	47	1.46
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
18999166--18999199	15	2.3	15	94	0	59	14	0	41	44	1.45
18999169--18999199	7	4.3	7	92	8	53	16	0	38	45	1.47
18999237--18999269	16	2.1	16	88	5	50	60	6	0	33	1.21
18999595--19000177	114	5.1	114	91	0	923	27	16	21	34	1.95
19000381--19000713	173	1.9	175	91	1	553	22	39	10	27	1.86
19001757--19001815	9	6.8	9	73	5	50	49	20	1	28	1.59
19001928--19002258	9	36.7	9	71	16	206	45	16	1	37	1.55
19001929--19001993	33	2.0	33	96	0	121	52	16	0	30	1.45
19001928--19002226	93	3.3	89	80	8	336	45	16	1	37	1.55
19004529--19004610	43	1.9	43	87	5	121	30	19	24	25	1.98
19004579--19004824	85	2.9	85	91	2	390	24	21	20	32	1.98
19004579--19004824	42	5.8	43	87	4	340	24	21	20	32	1.98
19005781--19005826	14	3.0	16	75	18	53	54	4	0	41	1.20
19005781--19005862	29	2.8	30	77	17	82	52	6	1	40	1.34
19007684--19007843	10	16.2	10	68	18	68	63	6	3	27	1.34
19007684--19007852	9	17.3	9	71	14	70	63	5	2	27	1.32
19007687--19007852	19	8.6	19	65	22	53	63	6	3	27	1.32
19007743--19007852	57	1.9	58	83	5	143	64	6	2	26	1.31
19007743--19007852	29	3.9	28	73	3	85	64	6	2	26	1.31
19012928--19013017	44	2.0	44	93	0	153	41	11	22	25	1.86
19013041--19013287	50	4.9	50	85	2	316	26	20	29	23	1.99
19018854--19018943	44	2.0	44	95	0	162	43	11	23	22	1.85
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
19018967--19019213	50	4.9	50	83	3	291	25	19	30	23	1.98
19022798--19022847	12	4.1	12	78	14	57	42	0	0	58	0.98
19023027--19023076	25	2.0	24	85	14	66	42	10	12	36	1.76
19026898--19026929	15	2.1	15	94	0	55	15	6	9	68	1.36
19028762--19028893	62	2.1	61	83	8	160	42	4	5	47	1.46
19029829--19029853	12	2.1	12	100	0	50	76	0	8	16	1.02
19030704--19030783	25	2.9	27	83	16	103	42	8	23	25	1.82
19035365--19035509	30	4.8	30	95	0	245	43	6	24	25	1.79
19035887--19036052	83	2.0	83	96	0	305	21	22	12	44	1.84
19038307--19038335	15	1.9	15	100	0	58	20	24	13	41	1.89

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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