genome.fa.s5.2.7.7.80.10.50.1000.80.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Dt_chr8
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  56894857

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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          145   146   147   148   149   150   151   152   153   154   155   156   157   158   159   160   
          161   162   163   164   165   166   167   168   169   170   171   172   173   174   175   176   
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This is table  80  of  185  ( 22150 repeats found )

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
25091794--25091897	42	2.5	42	81	6	113	15	24	17	43	1.87
25092618--25092642	13	1.9	13	100	0	50	32	4	24	40	1.73
25094297--25094483	41	4.6	41	87	2	234	24	16	27	32	1.96
25101764--25101909	41	3.6	41	84	5	154	24	16	27	31	1.96
25104420--25104448	15	1.9	15	100	0	58	51	0	6	41	1.28
25106589--25106639	23	2.2	23	89	0	75	54	23	5	15	1.63
25107803--25107997	10	20.7	9	67	20	71	61	4	2	32	1.28
25107797--25107891	18	5.1	19	73	12	72	61	5	1	32	1.25
25107809--25107892	29	3.0	29	83	10	77	59	4	1	34	1.26
25107950--25108000	17	2.8	18	77	19	61	66	1	1	29	1.13
25108308--25108380	19	3.8	19	96	0	137	36	9	16	36	1.81
25118083--25118116	15	2.3	15	90	10	52	76	2	20	0	0.92
25118088--25118133	22	2.0	21	84	12	56	73	4	21	0	1.00
25119393--25119797	44	9.2	44	65	12	152	32	18	22	26	1.97
25119351--25119763	132	3.1	132	91	2	668	30	18	24	26	1.98
25119528--25119994	220	2.1	220	87	1	677	32	18	22	26	1.97
25119685--25119820	44	3.1	44	70	14	127	36	13	21	28	1.92
25119674--25119851	88	2.0	88	91	2	286	33	16	22	27	1.95
25120073--25120233	44	3.8	44	73	11	129	26	21	24	27	1.99
25120520--25120571	19	2.9	17	83	10	68	36	11	19	32	1.87
25120530--25120587	19	2.7	22	84	10	68	36	8	17	37	1.80
25120765--25120803	19	2.0	21	85	10	55	15	10	5	69	1.34
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
25121025--25121067	3	14.3	3	90	9	70	34	0	0	65	0.93
25123045--25123094	6	8.2	6	86	2	64	36	0	62	2	1.07
25123051--25123102	12	4.3	12	87	0	50	36	0	61	1	1.07
25124721--25124816	10	10.2	10	73	13	62	33	0	4	62	1.14
25124696--25124814	38	3.2	37	73	12	109	33	0	4	61	1.21
25124717--25124775	27	2.2	27	81	0	73	28	0	3	67	1.06
25124732--25124780	18	2.8	17	76	11	55	26	0	4	69	1.06
25124750--25124829	29	2.9	27	75	15	72	31	1	5	62	1.24
25124749--25124806	30	2.0	30	89	3	91	31	0	3	65	1.09
25124761--25124829	29	2.5	27	82	13	86	33	1	5	59	1.30
25139179--25139247	27	2.5	26	86	4	84	18	34	28	17	1.94
25139310--25139383	5	15.4	5	73	6	55	66	0	33	0	0.92
25139306--25139415	43	2.6	41	86	11	161	68	0	31	0	0.90
25139354--25139516	10	15.6	10	71	13	64	69	0	30	0	0.88
25139383--25139449	25	2.9	22	70	14	53	67	0	32	0	0.91
25139303--25139520	46	4.7	43	73	22	140	68	0	31	0	0.90
25139350--25139498	54	2.8	54	97	2	282	68	0	31	0	0.90
25139909--25140766	284	3.0	284	97	0	1587	51	6	10	31	1.62
25144459--25144524	27	2.4	27	92	0	105	15	30	33	21	1.94
25149662--25149707	4	11.0	4	90	9	74	23	4	0	71	1.03
25149664--25149720	26	2.2	26	81	6	62	29	7	1	61	1.32
25160145--25160171	14	1.9	14	100	0	54	33	7	22	37	1.82
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
25160161--25160198	20	1.9	20	88	0	58	28	13	13	44	1.81
25160285--25160361	20	3.8	20	73	13	86	36	3	1	58	1.25
25160377--25160412	18	2.0	18	88	0	54	61	8	0	30	1.26
25162651--25162696	21	2.1	22	96	4	85	47	4	28	19	1.68
25176040--25176116	38	2.0	38	100	0	154	27	28	18	25	1.98
25181744--25181943	63	3.2	63	98	0	382	37	17	12	33	1.87
25184946--25184993	3	16.0	3	100	0	96	33	33	0	33	1.58
25188437--25188515	26	3.0	24	70	15	68	58	5	1	35	1.28
25191953--25191989	18	2.0	19	89	5	58	35	0	43	21	1.53
25195109--25195167	20	3.0	20	73	9	57	37	22	25	15	1.93
25195559--25196219	324	2.0	324	97	0	1261	35	20	5	38	1.77
25195995--25196444	225	2.0	225	98	0	864	34	21	4	38	1.75
25201319--25201352	16	2.1	16	88	0	50	26	2	0	70	1.01
25202318--25202355	20	2.0	20	89	5	60	47	7	0	44	1.32
25202373--25202416	20	2.4	18	82	14	54	50	2	4	43	1.35
25202332--25202462	68	1.9	68	85	3	183	51	4	2	41	1.35
25203581--25203623	16	2.7	16	88	0	68	51	9	20	18	1.74
25205233--25205268	18	2.0	18	88	0	54	16	33	38	11	1.84
25211561--25211740	51	3.6	50	78	9	170	23	16	27	32	1.96
25211662--25211742	26	3.2	26	65	28	73	22	13	29	34	1.92
25211747--25211836	46	2.0	44	82	8	110	24	16	25	33	1.96
25211966--25211997	16	2.0	16	93	0	55	59	0	15	25	1.36
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
25216843--25216927	25	3.5	24	73	19	77	24	15	27	32	1.95
25216815--25216945	50	2.6	50	84	1	174	26	13	25	34	1.93
25224939--25225336	147	2.7	149	85	5	520	41	4	10	42	1.59
25224937--25225420	147	3.3	147	80	8	504	42	4	10	42	1.59
25227804--25227853	25	2.0	25	100	0	100	20	28	4	48	1.67
25237239--25237283	4	11.2	4	80	0	54	20	31	2	46	1.62
25242454--25242582	42	3.1	41	81	6	143	20	18	23	37	1.94
25242589--25242619	16	1.9	16	93	0	53	22	19	6	51	1.69
25243161--25243304	73	2.0	73	93	2	245	18	16	26	38	1.92
25243432--25243713	152	1.8	153	85	8	394	41	5	9	43	1.60
25243605--25243810	111	1.8	112	91	3	344	42	7	8	42	1.62
25243718--25244103	147	2.6	147	90	3	600	44	5	7	41	1.57
25243453--25243929	257	1.8	258	91	5	791	41	6	8	42	1.61
25244016--25244060	20	2.2	20	88	0	63	46	2	8	42	1.47
25243718--25244147	147	2.9	146	86	7	586	45	5	7	40	1.57
25244564--25244604	6	6.3	6	89	10	55	19	0	14	65	1.26
25244566--25244604	13	2.9	13	88	7	60	20	0	15	64	1.30
25246489--25246666	35	4.9	35	68	16	110	46	8	5	39	1.57
25246504--25246554	16	2.8	19	67	27	56	50	11	0	37	1.39
25246496--25246725	112	2.1	111	94	0	397	45	7	6	40	1.59
25246735--25246796	22	2.7	23	87	5	81	46	3	0	50	1.17
25246720--25246752	16	2.1	16	100	0	66	48	6	0	45	1.27
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
25247143--25247189	24	1.9	24	83	12	60	31	6	6	55	1.51
25247213--25247269	10	5.4	10	80	12	69	19	7	1	71	1.17
25247213--25247269	21	2.6	22	89	8	82	19	7	1	71	1.17
25252053--25252997	40	23.6	40	96	1	1702	26	27	20	24	1.99
25254867--25254899	17	2.0	17	88	5	50	48	0	0	51	1.00
25255187--25255229	20	2.2	20	84	12	54	16	23	18	41	1.89
25256050--25256127	28	2.8	26	77	22	70	46	1	1	51	1.17
25257104--25257171	22	3.1	21	73	12	66	16	26	17	39	1.90
25257261--25257319	31	1.9	31	89	0	91	52	3	20	23	1.61
25264452--25264629	27	6.6	27	84	3	205	29	28	15	26	1.96
25264473--25264628	82	1.9	81	88	3	233	29	28	15	26	1.96
25264980--25265050	27	2.7	27	84	4	83	28	22	14	35	1.93
25265002--25265059	27	2.1	28	87	3	82	24	20	10	44	1.82
25265677--25265725	23	2.1	23	100	0	98	48	12	18	20	1.79
25267949--25268001	23	2.3	23	86	0	70	45	15	11	28	1.80
25268069--25268177	38	2.8	39	88	2	157	43	11	11	33	1.77
25277295--25277339	20	2.2	21	84	7	58	22	35	0	42	1.54
25277446--25277474	9	3.2	9	100	0	58	31	0	0	68	0.89
25284903--25285014	61	1.9	58	83	5	143	49	3	4	42	1.40
25294035--25294080	20	2.4	19	85	7	58	76	2	15	6	1.09
25299551--25299592	22	2.0	21	90	4	66	59	11	7	21	1.56
25300314--25300356	20	2.2	20	87	8	61	11	27	2	58	1.46
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
25300562--25300742	50	3.7	50	79	4	181	22	27	21	28	1.99
25301190--25301226	18	2.1	18	89	0	56	18	13	5	62	1.50
25303360--25303442	42	2.0	42	97	0	157	24	27	8	39	1.84
25308450--25308592	45	3.2	45	93	0	241	39	15	20	25	1.91
25315287--25315464	28	6.4	28	92	1	261	26	11	27	33	1.91
25318425--25319367	40	23.6	40	95	1	1615	25	27	21	24	1.99
25322049--25322953	45	20.1	45	99	0	1765	38	15	20	26	1.92
25326140--25326185	22	2.1	22	88	4	67	45	10	0	43	1.39
25330134--25330168	18	1.9	18	88	11	54	25	17	0	57	1.40
25330152--25330177	12	2.2	12	100	0	52	23	11	0	65	1.25

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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