genome.fa.s5.2.7.7.80.10.50.1000.52.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Dt_chr8
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  56894857

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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          129   130   131   132   133   134   135   136   137   138   139   140   141   142   143   144   
          145   146   147   148   149   150   151   152   153   154   155   156   157   158   159   160   
          161   162   163   164   165   166   167   168   169   170   171   172   173   174   175   176   
          177   178   179   180   181   182   183   184   185   

This is table  52  of  185  ( 22150 repeats found )

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
15920189--15920218	12	2.5	12	94	0	51	16	26	0	56	1.40
15922281--15922333	26	2.1	24	93	6	88	32	7	5	54	1.52
15922290--15922343	26	2.2	25	83	6	65	42	9	5	42	1.60
15922687--15922716	13	2.2	14	94	5	53	46	13	10	30	1.75
15933880--15934071	25	7.9	25	71	10	114	33	21	26	18	1.96
15936412--15936500	43	2.1	43	85	4	117	25	12	23	38	1.90
15936796--15936923	66	1.9	66	85	3	177	12	25	18	42	1.86
15949897--15950081	79	2.3	81	82	7	227	25	27	22	24	2.00
15949897--15950081	40	4.7	40	82	7	225	25	27	22	24	2.00
15951217--15951311	46	2.1	46	95	0	172	22	15	29	32	1.95
15951225--15951298	24	3.2	24	62	21	57	24	14	28	32	1.95
15954220--15954335	58	2.0	58	96	0	214	23	23	19	33	1.97
15956123--15956351	40	5.7	40	93	0	377	31	20	26	21	1.98
15967614--15967737	40	3.1	41	80	9	148	26	29	19	24	1.98
15978368--15978458	42	2.2	42	91	0	146	25	32	21	19	1.97
15982189--15982261	26	2.8	25	81	6	83	35	17	8	38	1.80
15984500--15984557	30	1.9	30	89	0	89	17	22	34	25	1.96
15985900--15985945	16	2.9	16	78	12	58	67	2	2	28	1.14
15988496--15988608	56	2.0	56	94	3	201	32	23	5	38	1.78
15989456--15989500	18	2.8	16	86	10	56	71	13	2	13	1.25
15991885--15991917	12	2.6	13	90	4	50	9	27	36	27	1.87
15996622--15996721	42	2.4	41	91	5	164	26	25	10	39	1.87
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
16006135--16006208	39	1.9	39	86	2	105	8	25	8	58	1.55
16007486--16007519	7	4.9	7	96	0	59	0	11	29	58	1.33
16013129--16013170	15	2.7	16	82	14	52	45	0	2	52	1.13
16013120--16013161	15	2.9	15	82	10	52	47	0	0	52	1.00
16013273--16013307	18	2.0	17	88	5	52	45	0	0	54	0.99
16013106--16013420	157	2.0	157	97	0	594	47	5	3	44	1.41
16013544--16013588	14	2.9	16	87	12	76	35	44	0	20	1.51
16017426--16017756	169	2.0	169	94	1	583	50	15	11	22	1.76
16018588--16018680	40	2.3	40	81	5	107	27	20	24	26	1.99
16018776--16019095	41	7.8	41	76	4	279	22	26	22	28	1.99
16018778--16019095	123	2.6	122	85	3	406	22	26	22	27	1.99
16023978--16024317	23	14.9	22	73	13	167	29	6	23	40	1.79
16024009--16024280	114	2.4	114	91	1	456	29	5	23	40	1.78
16023900--16024189	137	2.1	136	95	1	526	28	6	24	40	1.79
16023901--16024317	46	9.1	45	70	14	225	29	6	23	40	1.79
16024114--16024317	91	2.2	90	80	6	241	29	6	23	40	1.79
16023901--16024317	137	3.0	137	85	6	474	29	6	23	40	1.79
16025221--16025306	42	2.0	43	88	2	129	18	18	31	31	1.95
16025342--16025450	43	2.5	43	89	0	155	22	18	30	29	1.97
16040754--16040823	25	2.7	27	78	10	83	28	24	18	28	1.98
16040598--16040885	158	1.8	158	82	5	368	31	23	15	28	1.95
16041098--16041135	10	3.9	10	86	6	51	50	13	0	36	1.42
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
16044950--16045053	42	2.5	42	84	3	129	26	15	21	36	1.93
16052487--16052536	14	3.6	14	88	0	73	36	38	0	26	1.57
16052487--16052533	7	6.7	7	82	0	58	31	40	0	27	1.57
16052558--16052596	15	2.7	14	84	7	51	46	25	0	28	1.53
16052598--16052649	7	7.4	7	79	14	54	30	53	1	13	1.50
16052732--16052777	21	2.1	22	84	4	58	34	43	2	19	1.63
16052825--16052879	25	2.2	25	93	0	92	52	20	1	25	1.56
16052837--16052892	25	2.2	25	83	0	67	55	17	0	26	1.43
16053294--16053510	114	1.9	114	83	1	283	27	24	17	30	1.97
16053308--16053682	189	2.0	189	84	3	486	27	23	17	32	1.97
16053503--16053909	114	3.6	115	81	5	416	26	21	19	32	1.97
16054978--16055012	18	1.9	18	94	0	61	31	0	5	62	1.18
16055473--16055559	22	3.9	22	70	17	72	36	12	11	39	1.80
16055901--16055943	21	2.0	21	90	0	68	23	11	11	53	1.69
16065542--16065660	37	3.2	37	73	2	123	18	9	31	40	1.82
16070118--16070166	17	2.8	18	77	20	50	42	12	2	42	1.53
16081499--16081631	64	2.1	64	98	0	257	52	5	9	33	1.55
16083573--16083905	50	6.7	49	71	6	175	24	18	21	35	1.95
16083573--16084277	100	7.1	99	84	3	785	24	20	23	32	1.98
16083775--16084107	50	6.8	48	69	7	204	23	21	23	32	1.98
16085494--16085538	14	3.2	14	87	9	65	8	11	0	80	0.92
16086480--16086512	14	2.3	15	94	5	59	12	0	12	75	1.04
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
16086475--16086515	15	2.6	16	85	14	59	14	0	12	73	1.11
16095599--16095635	18	2.1	18	89	0	56	32	8	8	51	1.61
16095828--16095861	14	2.3	15	90	5	52	35	0	14	50	1.44
16101137--16101227	43	2.1	43	91	2	148	9	19	19	50	1.75
16101404--16101457	28	1.9	28	92	0	90	25	29	11	33	1.91
16104450--16104483	16	2.1	17	88	5	52	38	0	0	61	0.96
16111177--16111305	63	2.0	63	98	0	249	35	2	6	55	1.37
16111219--16111307	19	4.4	19	67	22	56	35	2	6	55	1.39
16111631--16111668	19	1.9	19	89	5	58	39	5	2	52	1.38
16118605--16118869	40	6.7	40	85	5	286	26	27	21	24	1.99
16118572--16118869	80	3.7	80	79	9	263	25	27	21	25	1.99
16118801--16118878	40	1.9	41	82	10	97	26	28	20	24	1.99
16126559--16126781	40	5.6	39	85	3	241	26	27	20	24	1.99
16126559--16126781	120	1.9	119	81	6	272	26	27	20	24	1.99
16132413--16132638	51	4.3	51	91	4	335	28	22	15	33	1.95
16132467--16132638	58	3.1	57	85	11	257	28	22	15	33	1.94
16151219--16151304	45	1.9	45	82	0	109	31	20	18	29	1.97
16151308--16151449	50	2.8	50	84	3	178	31	28	16	23	1.96
16164041--16164085	23	2.0	23	90	0	72	31	8	17	42	1.80
16180660--16180735	39	1.9	39	94	0	134	34	27	1	36	1.66
16188202--16188240	18	2.2	18	85	0	51	51	0	41	7	1.31
16189049--16189091	15	2.9	14	86	6	50	16	6	4	72	1.24
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
16214106--16214153	24	1.9	26	91	8	82	29	20	8	41	1.81
16218727--16219065	25	14.4	24	78	13	271	39	17	24	19	1.92
16218723--16219065	47	7.3	47	81	7	344	39	16	24	19	1.92
16218816--16219065	72	3.5	73	79	10	273	39	17	24	18	1.92
16229538--16229818	74	3.8	74	98	0	535	39	20	6	34	1.77
16229830--16229877	24	1.9	26	91	8	82	29	20	8	41	1.81
16237424--16237476	24	2.2	24	79	0	61	47	18	13	20	1.82
16273770--16273956	67	2.8	67	90	1	286	22	25	18	34	1.96
16277605--16277678	32	2.3	33	81	9	89	50	5	4	40	1.44
16297738--16297792	22	2.3	24	79	14	62	38	3	5	52	1.42
16303417--16303454	20	1.9	20	89	10	60	57	5	0	36	1.21
16304090--16304464	76	5.0	76	95	2	605	49	8	10	32	1.66
16307576--16307864	51	5.7	49	81	10	311	30	28	17	23	1.97
16307578--16307859	102	2.8	101	92	3	503	30	28	17	23	1.97
16310723--16310801	34	2.3	34	76	10	81	29	21	21	27	1.99
16311227--16311665	27	16.3	27	85	0	529	19	17	21	42	1.90
16311916--16311956	20	2.0	20	90	0	64	21	43	17	17	1.87
16318493--16318557	32	2.0	32	96	0	121	29	6	26	38	1.80
16323247--16323279	17	1.9	17	93	0	57	39	0	12	48	1.40
16323411--16323497	25	3.5	25	79	6	95	28	22	22	25	1.99
16329856--16329914	24	2.4	25	77	8	68	37	6	3	52	1.45
16336707--16336758	25	2.0	25	82	10	61	57	11	13	17	1.64
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
16337575--16337615	17	2.4	17	88	8	57	24	31	12	31	1.92
16339448--16339672	41	5.6	41	79	6	190	34	16	28	20	1.94
16346888--16346969	40	2.0	41	88	2	121	36	15	25	21	1.94
16351766--16351806	21	2.0	21	90	0	64	31	26	12	29	1.92
16352042--16352109	32	2.2	31	82	10	84	47	17	5	29	1.71
16353419--16353486	29	2.3	30	77	10	77	22	16	20	41	1.90
16353426--16353481	29	1.9	29	85	7	78	25	16	19	39	1.91
16354415--16354469	29	1.9	29	85	3	76	41	20	12	25	1.87
16355486--16355535	20	2.7	18	80	20	59	54	2	4	40	1.31
16355488--16355535	9	5.2	9	77	22	55	54	2	2	41	1.24

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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