genome.fa.s5.2.7.7.80.10.50.1000.33.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Dt_chr8
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  56894857

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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          145   146   147   148   149   150   151   152   153   154   155   156   157   158   159   160   
          161   162   163   164   165   166   167   168   169   170   171   172   173   174   175   176   
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This is table  33  of  185  ( 22150 repeats found )

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
9846948--9847037	29	3.1	28	68	4	81	43	18	16	21	1.88
9846949--9847077	57	2.3	57	83	2	161	41	17	17	24	1.90
9846966--9847090	57	2.2	58	82	2	146	42	18	16	23	1.89
9849148--9849371	42	5.4	42	86	4	269	30	19	22	27	1.98
9853766--9853796	16	1.9	16	93	0	53	25	19	25	29	1.99
9857791--9857900	33	3.3	32	87	2	148	15	12	34	37	1.86
9861467--9861652	51	3.7	49	82	3	219	24	17	27	30	1.97
9861657--9861756	46	2.2	44	81	11	114	25	17	25	33	1.96
9861857--9861929	37	1.9	38	86	2	103	42	2	23	31	1.68
9873144--9873177	17	2.0	17	88	0	50	70	0	0	29	0.87
9882978--9883019	16	2.6	16	74	11	50	19	9	21	50	1.75
9884268--9884327	30	2.0	30	83	3	75	41	0	38	20	1.52
9884536--9884572	9	4.1	9	92	0	65	29	10	13	45	1.77
9884626--9884656	9	3.4	9	90	0	53	38	22	12	25	1.90
9884852--9884906	29	1.9	29	85	3	76	25	12	18	43	1.85
9885762--9885829	32	2.2	32	94	2	120	61	0	1	36	1.05
9885863--9885913	22	2.3	21	87	9	75	35	0	33	31	1.58
9885866--9885964	52	1.9	52	95	0	180	38	0	32	29	1.58
9885918--9885964	22	2.1	22	96	0	85	40	0	34	25	1.56
9891220--9891292	30	2.4	30	76	0	83	24	32	23	19	1.97
9891933--9892010	24	3.4	24	75	8	81	32	11	32	24	1.91
9893302--9893351	25	2.0	25	92	0	82	36	4	28	32	1.76
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
9893651--9893700	26	1.9	26	100	0	100	46	16	26	12	1.81
9917563--9917609	16	2.9	16	81	12	60	25	10	0	63	1.26
9919738--9919826	18	5.0	18	68	25	55	50	7	6	34	1.58
9919727--9919829	51	2.0	51	100	0	206	49	9	7	33	1.64
9924003--9924039	2	18.5	2	100	0	74	0	51	0	48	1.00
9924809--9924856	3	15.3	3	79	16	53	64	4	0	31	1.12
9925302--9925353	11	4.6	11	84	13	70	34	3	1	59	1.27
9925420--9925484	21	3.0	21	76	15	51	52	0	0	47	1.00
9925705--9925815	43	2.6	43	85	0	141	31	33	14	20	1.93
9926082--9926172	43	2.1	43	85	2	121	42	10	12	34	1.77
9929775--9929840	33	2.0	33	96	0	123	46	21	13	18	1.83
9930372--9930399	13	2.2	13	100	0	56	32	0	14	53	1.41
9931816--9931873	18	3.2	18	72	0	62	41	5	37	15	1.70
9932637--9932694	15	4.0	15	80	8	66	36	43	1	18	1.61
9932643--9932722	14	5.6	14	75	7	63	37	43	0	18	1.51
9932683--9932722	21	1.9	21	89	0	62	42	42	0	15	1.46
9933526--9933923	41	9.9	41	83	7	449	26	30	22	20	1.98
9933562--9933624	32	2.0	32	90	0	99	23	30	25	20	1.99
9933976--9934091	40	2.9	39	76	9	119	23	21	20	34	1.97
9935389--9935435	22	2.1	22	96	0	85	29	10	12	46	1.76
9939663--9939783	27	4.5	27	91	1	163	34	11	25	28	1.91
9946694--9946719	12	2.2	12	100	0	52	23	38	30	7	1.83
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
9951631--9951666	18	2.0	18	100	0	72	38	11	27	22	1.88
9955300--9955356	13	4.3	13	76	12	53	36	21	1	40	1.63
9956465--9956953	243	2.0	243	99	0	969	31	14	19	35	1.91
9974504--9974599	31	3.1	31	95	3	174	31	9	13	45	1.75
9980216--9980279	28	2.4	27	84	5	76	53	10	10	25	1.68
9982215--9982272	18	3.4	17	77	13	66	5	15	1	77	1.02
9982213--9982280	33	2.0	35	85	5	95	7	17	2	72	1.21
9984627--9984686	28	2.2	27	87	3	84	53	11	6	28	1.62
9985578--9985834	137	1.9	138	81	7	317	31	25	22	20	1.98
9990920--9991120	27	7.5	27	82	1	217	34	17	22	25	1.96
9990912--9991121	81	2.6	79	81	4	249	33	19	21	25	1.97
9990920--9991146	27	8.5	26	78	6	127	33	18	22	26	1.97
9991244--9991301	27	2.1	27	81	6	64	20	24	20	34	1.97
9991319--9991508	32	6.0	31	81	4	218	21	18	20	40	1.92
9991331--9991508	96	1.9	96	87	2	268	21	18	19	41	1.91
9991582--9991644	26	2.4	26	91	0	99	20	19	20	39	1.92
9991767--9991820	28	1.9	28	85	7	74	20	22	25	31	1.98
9995354--9995459	48	2.2	48	85	9	137	14	24	1	59	1.45
9997629--9997693	20	3.3	19	73	16	51	38	16	21	23	1.93
10010100--10010137	20	1.9	20	88	0	58	28	7	13	50	1.69
10010085--10010151	34	1.9	35	84	3	91	29	7	13	49	1.69
10011469--10011535	27	2.4	28	80	7	75	55	19	4	20	1.60
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
10013084--10013155	37	1.9	37	100	0	144	40	15	5	38	1.70
10015163--10015195	14	2.4	14	94	0	57	15	9	60	15	1.58
10016128--10016168	21	1.9	22	85	5	57	73	2	4	19	1.13
10016126--10016165	14	2.9	14	84	0	53	75	2	5	17	1.10
10016487--10016551	32	2.0	32	100	0	130	46	0	16	36	1.48
10016825--10016865	21	2.0	21	100	0	82	34	9	14	41	1.79
10019808--10019993	97	1.9	97	100	0	372	28	20	20	30	1.98
10020042--10020148	50	2.1	50	85	0	151	20	31	21	26	1.98
10027358--10027599	50	4.7	50	78	5	211	25	26	21	27	1.99
10028582--10028615	13	2.6	13	100	0	68	38	0	14	47	1.45
10045200--10045240	20	2.0	20	85	4	55	34	14	4	46	1.66
10048644--10048834	51	3.8	51	77	6	201	24	16	27	31	1.97
10053901--10054091	51	3.8	51	77	6	201	24	16	27	31	1.97
10060006--10060092	43	2.0	43	100	0	174	29	32	19	18	1.96
10062128--10062171	21	2.1	21	87	8	63	36	0	15	47	1.46
10062112--10062168	12	5.1	12	76	20	52	36	0	14	49	1.43
10062124--10062237	12	9.4	13	70	21	52	34	0	15	49	1.51
10062277--10062317	19	2.2	19	91	8	66	53	0	2	43	1.13
10062334--10062379	24	2.0	22	83	8	56	45	0	8	45	1.34
10062312--10062379	22	3.1	22	72	13	61	48	0	7	44	1.30
10067059--10067108	17	2.9	17	90	0	82	26	24	6	44	1.76
10073979--10074031	7	7.7	7	80	4	54	33	45	0	20	1.52
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
10073979--10074032	14	3.9	14	80	4	65	33	46	0	20	1.51
10073979--10074038	21	2.9	20	80	7	66	35	43	0	21	1.53
10074088--10074176	35	2.5	35	88	3	133	35	40	1	22	1.62
10074125--10074179	28	2.0	28	85	0	74	36	43	0	20	1.52
10074540--10074773	40	5.8	39	81	6	193	34	26	18	20	1.96
10074540--10074773	41	5.8	41	81	4	251	34	26	18	20	1.96
10074576--10074773	81	2.4	80	82	5	227	36	24	18	20	1.95
10074789--10074862	38	2.0	37	89	2	112	24	32	20	22	1.98
10074946--10075040	39	2.4	41	81	10	99	26	21	17	34	1.95
10083352--10083438	45	1.9	45	90	0	138	34	21	16	27	1.95
10083447--10083631	51	3.6	51	86	3	250	30	28	18	22	1.97
10083446--10083631	101	1.9	100	83	7	234	31	27	18	22	1.97
10085056--10085097	15	2.9	15	82	3	50	61	2	11	23	1.42
10087800--10087932	42	3.2	41	86	6	169	52	18	17	12	1.74
10089695--10089722	12	2.3	12	100	0	56	42	7	7	42	1.59
10095829--10096131	40	7.6	40	89	3	380	27	28	20	24	1.99
10116116--10116245	46	2.9	45	81	3	154	34	20	20	24	1.96
10116116--10116266	45	3.3	44	79	6	142	35	18	21	25	1.96
10129636--10129679	22	2.0	21	83	12	54	40	0	0	59	0.98
10131211--10131258	22	2.3	21	85	7	62	27	4	8	60	1.44
10133399--10133459	10	6.2	10	75	11	63	62	9	16	11	1.54
10133394--10133451	29	2.0	30	86	3	82	63	12	13	10	1.51
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
10137272--10137377	21	5.2	21	71	8	76	22	35	17	23	1.95
10137289--10137324	17	2.1	17	89	0	54	19	33	25	22	1.97
10138803--10138847	22	2.0	21	83	12	54	40	0	20	40	1.52
10141090--10141123	16	2.2	16	89	5	52	29	8	14	47	1.75
10143646--10143686	22	1.9	21	85	5	55	48	4	0	46	1.23
10146543--10146592	18	2.5	20	87	9	68	72	4	20	4	1.18
10155490--10155518	14	2.1	14	100	0	58	41	6	24	27	1.80
10167127--10167159	16	2.1	16	100	0	66	24	45	0	30	1.53
10175609--10175647	8	5.4	8	88	11	50	0	17	0	82	0.68
10175604--10175648	22	2.0	22	82	0	54	2	17	0	80	0.82

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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