genome.fa.s5.2.7.7.80.10.50.1000.81.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Dt_chr8
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  56894857

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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          145   146   147   148   149   150   151   152   153   154   155   156   157   158   159   160   
          161   162   163   164   165   166   167   168   169   170   171   172   173   174   175   176   
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This is table  81  of  185  ( 22150 repeats found )

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
25330204--25330249	17	2.6	18	82	6	58	6	15	4	73	1.19
25330182--25330249	12	6.0	11	70	17	50	5	17	4	72	1.22
25331042--25331075	14	2.4	14	90	0	50	11	14	5	67	1.39
25331040--25331066	14	1.9	14	100	0	54	11	14	7	66	1.43
25332291--25332335	20	2.2	20	84	7	56	51	11	6	31	1.63
25334581--25334611	15	2.1	15	93	0	53	35	3	12	48	1.58
25347433--25347468	18	2.0	18	94	0	63	38	13	22	25	1.91
25352088--25352164	24	3.2	24	81	9	93	27	20	20	31	1.98
25352126--25352192	25	2.7	25	80	0	71	28	17	22	31	1.97
25361224--25361248	8	3.1	8	100	0	50	36	0	0	64	0.94
25362777--25362839	20	3.2	20	68	8	56	12	31	19	36	1.89
25362775--25362853	40	2.0	40	87	0	113	13	29	17	39	1.89
25363380--25363413	12	2.8	12	95	4	59	26	38	23	11	1.89
25364375--25364418	21	2.0	21	86	8	61	40	15	9	34	1.79
25364636--25364728	42	2.2	42	92	0	150	36	13	16	33	1.88
25366501--25366601	52	1.9	52	93	0	175	33	21	17	26	1.96
25375174--25375316	39	3.7	40	81	14	158	23	23	28	24	1.99
25375253--25375335	40	2.1	39	82	6	96	24	24	30	21	1.99
25382663--25382886	40	5.7	40	87	4	269	25	22	26	25	2.00
25382663--25382905	79	3.1	78	81	8	269	26	22	26	24	2.00
25386960--25387411	227	2.0	227	89	0	697	33	13	23	29	1.92
25387511--25387674	29	5.7	29	80	2	154	25	15	21	37	1.92
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
25387506--25387664	87	1.8	86	80	9	189	26	15	21	37	1.93
25388829--25388875	23	2.1	23	84	7	62	51	12	4	31	1.59
25399739--25399877	70	2.0	70	98	0	269	22	20	25	31	1.98
25399935--25400102	85	2.0	84	97	1	318	19	23	18	39	1.92
25401907--25401979	27	2.7	27	87	4	94	26	26	10	36	1.89
25402597--25402645	23	2.1	23	100	0	98	48	12	18	20	1.79
25404870--25404922	23	2.3	23	86	0	70	45	15	11	28	1.80
25404990--25405098	38	2.8	39	87	2	157	42	11	11	34	1.77
25406889--25406957	15	4.4	15	70	18	52	13	15	1	69	1.26
25409441--25409500	30	2.0	31	86	3	86	20	33	0	46	1.51
25418018--25418129	61	1.9	58	83	5	143	49	3	4	42	1.40
25425025--25425396	50	7.6	50	86	6	494	20	31	21	26	1.98
25425105--25425186	40	2.0	40	90	0	128	20	34	21	23	1.97
25425025--25425396	190	1.9	193	85	5	516	20	31	21	26	1.98
25425844--25425880	18	2.1	18	89	0	56	18	13	5	62	1.50
25435273--25435318	22	2.1	22	88	4	67	45	10	0	43	1.39
25439266--25439300	18	1.9	18	88	11	54	25	17	0	57	1.40
25439330--25439387	29	2.0	29	86	0	80	8	13	5	72	1.26
25439300--25439382	6	14.0	6	68	6	53	6	18	3	72	1.20
25440174--25440209	14	2.6	14	91	8	56	5	13	8	72	1.27
25441422--25441466	20	2.2	20	84	7	56	51	11	6	31	1.63
25447498--25447755	126	2.0	126	97	0	489	32	14	18	34	1.91
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
25450983--25451172	40	4.8	40	90	1	265	25	22	27	24	2.00
25454301--25454348	24	2.0	24	95	0	87	27	35	16	20	1.94
25464993--25465069	24	3.2	24	81	9	93	27	19	20	32	1.97
25465031--25465098	25	2.7	24	81	4	73	27	19	22	30	1.97
25474139--25474163	8	3.1	8	100	0	50	36	0	0	64	0.94
25481183--25481297	43	2.7	43	80	10	135	30	29	17	22	1.97
25484111--25484172	25	2.5	25	84	2	81	29	22	19	29	1.98
25484132--25484179	25	1.9	25	82	0	60	31	20	18	29	1.97
25485364--25485393	12	2.5	12	94	0	51	26	36	26	10	1.88
25490242--25490377	51	2.7	51	86	4	186	31	26	18	23	1.97
25498038--25498089	15	3.2	15	73	19	50	44	0	1	53	1.11
25502370--25502548	91	2.0	91	83	2	225	34	16	20	29	1.94
25519523--25519653	65	2.0	65	95	0	235	32	12	17	37	1.87
25528737--25528822	45	1.9	45	92	0	145	36	23	15	25	1.94
25528844--25529023	51	3.5	51	77	6	195	32	27	15	24	1.95
25531737--25531818	42	2.0	42	85	4	112	30	24	14	30	1.95
25534862--25534910	20	2.5	20	96	0	89	30	16	22	30	1.96
25537223--25537265	17	2.5	17	81	7	52	46	16	11	25	1.80
25539887--25539925	20	2.0	20	85	9	55	48	5	5	41	1.47
25542693--25542843	71	2.1	70	82	1	176	28	21	22	27	1.99
25546073--25546112	17	2.4	17	88	12	57	80	5	7	7	1.03
25547511--25547557	24	2.0	23	100	0	85	17	34	8	38	1.80
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
25559447--25559520	33	2.2	32	81	9	78	56	5	2	35	1.36
25560324--25560378	28	2.0	28	100	0	110	45	18	10	25	1.82
25563228--25563315	28	3.1	28	88	1	131	28	23	23	23	2.00
25563649--25563711	27	2.3	27	83	0	72	22	15	25	36	1.94
25563664--25563878	27	8.0	27	79	6	188	18	17	20	43	1.88
25563660--25563880	54	4.1	54	82	3	268	18	17	21	42	1.89
25563665--25563881	81	2.7	81	84	1	274	18	17	20	43	1.88
25564532--25564600	35	2.0	35	86	11	97	59	8	26	5	1.50
25570059--25570091	17	2.0	16	94	5	57	18	27	12	42	1.85
25570879--25570967	28	3.2	28	80	1	99	29	19	24	26	1.98
25571081--25571151	26	2.7	26	84	0	79	42	21	19	16	1.89
25571101--25571154	26	2.1	26	89	0	81	42	20	20	16	1.89
25571202--25571269	32	2.1	32	94	0	118	30	16	16	36	1.90
25571362--25571642	108	2.6	107	88	3	379	21	16	18	44	1.87
25571362--25571709	27	13.0	27	79	7	273	20	15	19	43	1.87
25575143--25575188	21	2.1	23	84	8	60	36	15	10	36	1.82
25575617--25575748	50	2.6	52	77	7	144	36	12	15	34	1.86
25581288--25581347	23	2.6	23	100	0	120	48	11	3	36	1.56
25581417--25581478	20	3.1	20	71	0	61	40	25	17	16	1.90
25581407--25581513	40	2.7	40	84	4	128	35	24	16	23	1.95
25585542--25585588	15	3.4	14	88	8	69	25	21	12	40	1.89
25587553--25587590	18	2.1	18	90	9	60	84	5	0	10	0.77
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
25587569--25587619	12	4.1	12	76	18	50	76	9	3	9	1.14
25587553--25587613	30	2.0	30	83	6	77	78	8	3	9	1.06
25588546--25588588	7	6.3	7	86	13	63	67	0	16	16	1.24
25588549--25588588	20	2.0	20	90	9	64	70	0	15	15	1.18
25589970--25590310	44	7.3	44	67	19	136	32	18	19	29	1.96
25589970--25590310	142	2.4	142	92	0	574	32	18	19	29	1.96
25590328--25590686	50	7.2	50	73	3	292	33	22	19	24	1.97
25590328--25590837	100	5.1	100	79	4	494	33	22	19	23	1.97
25594881--25594928	15	3.4	14	83	13	62	25	20	12	41	1.87
25596893--25596931	18	2.2	18	90	9	62	84	5	0	10	0.76
25596906--25596948	14	3.1	14	83	12	54	79	6	4	9	1.06
25596909--25596960	13	4.1	12	76	13	50	76	9	3	9	1.12
25597887--25597929	7	6.3	7	86	13	63	67	0	16	16	1.24
25597890--25597929	20	2.0	20	90	9	64	70	0	15	15	1.18
25599311--25599701	44	8.3	44	68	19	200	31	18	20	28	1.97
25599340--25599679	98	3.5	98	75	9	372	32	17	21	28	1.96
25599336--25599701	192	1.9	192	92	0	615	31	18	21	28	1.97
25599438--25599575	50	2.9	47	85	9	192	30	21	22	26	1.98
25599414--25599722	98	3.2	96	73	12	317	32	17	21	27	1.96
25599719--25600184	50	9.3	50	71	4	301	33	22	19	24	1.97
25599719--25600228	100	5.1	100	80	5	523	33	22	19	24	1.97
25606252--25606285	9	3.8	9	88	11	52	41	2	32	23	1.69
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
25609841--25609975	51	2.7	50	81	1	153	30	29	18	21	1.97
25626894--25626962	27	2.7	25	80	8	84	20	28	18	31	1.96
25637874--25637933	14	4.1	14	76	19	68	38	18	5	38	1.73
25640580--25640623	23	1.9	22	82	17	54	36	25	0	38	1.56
25640668--25640761	45	2.1	45	91	0	152	31	24	18	25	1.97
25640763--25640950	50	3.7	50	78	3	207	29	28	17	24	1.97
25640765--25640948	101	1.8	101	89	2	289	29	27	17	25	1.98
25643339--25643394	20	2.8	21	75	22	57	35	1	16	46	1.57
25645591--25645652	30	2.1	30	81	3	72	37	6	24	32	1.81
25645837--25645875	18	2.2	17	86	13	53	33	0	20	46	1.51

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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