genome.fa.s5.2.7.7.80.10.50.1000.29.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Dt_chr8
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  56894857

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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This is table  29  of  185  ( 22150 repeats found )

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
8559898--8559960	31	2.0	31	93	0	108	12	20	4	61	1.49
8562940--8563424	240	2.0	240	94	0	853	23	22	15	38	1.92
8568386--8568432	19	2.5	19	86	6	60	27	19	8	44	1.79
8576157--8576285	45	2.8	45	83	5	123	37	20	28	12	1.89
8577721--8578032	143	2.2	143	84	2	405	30	20	20	29	1.97
8578155--8578259	45	2.3	45	85	6	133	33	13	25	27	1.93
8579623--8579666	23	1.9	23	85	0	61	31	0	9	59	1.29
8579630--8579698	17	4.2	16	74	18	61	28	0	8	62	1.25
8579826--8579877	26	2.0	27	88	11	81	21	3	7	67	1.32
8586492--8586529	19	2.0	19	100	0	76	15	26	5	52	1.64
8586718--8586868	72	2.1	72	96	1	277	17	26	7	48	1.74
8587654--8587791	50	2.8	50	80	2	161	23	26	21	28	1.99
8601805--8601848	2	22.0	2	95	0	79	2	0	47	50	1.13
8602577--8602673	48	2.0	48	91	0	158	35	2	19	43	1.63
8606018--8606066	5	10.2	5	77	16	50	0	22	16	61	1.34
8610447--8610498	11	4.4	12	83	11	72	75	5	0	19	1.01
8610554--8610612	27	2.2	27	87	0	82	11	30	32	25	1.92
8611775--8611824	19	2.4	21	83	9	59	22	2	4	72	1.12
8613455--8613494	20	2.0	21	85	5	55	10	15	15	60	1.60
8618447--8618566	54	2.2	54	86	2	161	22	24	23	30	1.99
8621206--8621246	19	2.0	20	90	9	66	19	0	14	65	1.26
8621655--8621773	42	2.8	42	88	0	184	34	21	21	22	1.97
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
8621746--8621946	42	4.9	42	80	8	236	20	20	19	38	1.93
8621790--8621947	79	2.0	79	87	0	226	21	18	19	39	1.92
8622281--8622330	21	2.4	21	93	0	82	2	46	18	34	1.60
8623841--8624024	9	20.2	9	81	4	208	33	1	15	50	1.52
8623841--8623988	27	5.5	27	99	0	287	33	0	14	52	1.41
8626360--8626438	39	2.1	38	83	9	99	39	22	13	24	1.91
8626339--8626630	116	2.5	113	79	7	311	43	20	14	21	1.87
8626872--8627090	103	2.1	103	93	0	375	38	28	4	28	1.77
8627072--8627208	14	9.9	14	71	12	68	48	29	0	21	1.50
8627073--8627161	28	3.2	28	74	6	81	49	30	0	20	1.49
8627245--8627312	8	8.8	8	70	12	52	41	36	1	20	1.62
8627243--8627306	15	4.2	16	84	9	82	42	35	1	20	1.62
8627331--8627398	22	3.1	22	76	4	75	36	38	5	19	1.76
8627568--8627598	12	2.6	12	100	0	62	48	6	0	45	1.28
8627591--8627615	10	2.5	10	100	0	50	36	8	0	56	1.29
8627628--8627866	73	3.3	73	85	2	315	28	26	20	25	1.99
8627766--8628076	114	2.8	111	80	6	326	26	27	20	26	1.99
8628160--8628185	12	2.2	12	100	0	52	46	30	15	7	1.74
8629673--8629786	53	2.1	53	91	1	183	38	7	1	52	1.39
8633712--8633753	19	2.2	19	86	0	57	66	2	2	28	1.16
8633778--8633821	20	2.3	19	84	7	54	43	0	6	50	1.29
8634784--8635226	107	4.1	107	100	0	886	38	6	0	54	1.32
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
8636336--8636604	136	2.0	131	95	5	479	38	9	11	40	1.74
8643307--8643339	15	2.2	15	94	0	57	51	12	30	6	1.63
8649372--8649408	9	3.9	9	92	7	56	16	0	0	83	0.64
8649372--8649404	17	1.9	17	93	0	57	15	0	0	84	0.61
8656505--8656697	49	3.7	51	81	8	194	21	26	24	26	2.00
8659213--8659329	60	2.0	60	98	0	225	33	10	17	39	1.83
8659932--8660011	40	2.0	40	85	4	108	18	18	17	45	1.86
8665151--8665184	4	8.0	4	90	9	50	23	0	5	70	1.09
8665151--8665184	9	4.0	9	96	3	54	23	0	5	70	1.09
8668947--8668980	4	8.0	4	90	9	50	23	0	2	73	0.97
8668930--8668989	22	2.7	22	73	19	61	26	0	6	66	1.16
8670790--8670833	22	2.0	22	100	0	88	9	54	13	22	1.67
8680832--8680889	22	2.6	22	81	7	64	41	17	5	36	1.72
8681113--8681145	15	2.1	16	94	5	59	27	0	6	66	1.15
8683662--8683709	24	2.0	25	83	4	62	68	6	6	18	1.32
8690006--8690161	43	3.6	43	78	7	156	43	23	12	20	1.85
8693960--8694030	29	2.5	29	77	11	74	29	9	22	38	1.86
8694557--8694740	43	4.3	43	89	0	271	20	17	28	32	1.96
8694557--8694762	86	2.4	87	83	4	233	22	18	27	31	1.97
8694832--8694875	21	2.1	21	91	0	70	40	29	18	11	1.85
8696928--8696968	21	2.0	21	85	0	55	29	4	14	51	1.63
8697613--8697639	12	2.2	12	100	0	54	33	22	11	33	1.89
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
8699380--8699419	20	2.0	20	100	0	80	35	20	20	25	1.96
8700067--8700110	22	2.0	22	90	0	70	9	0	43	47	1.35
8703389--8703413	12	2.1	12	100	0	50	44	24	0	32	1.54
8705152--8705176	13	1.9	13	100	0	50	72	4	0	24	1.02
8708039--8708109	13	5.5	13	74	12	65	32	18	2	46	1.63
8708026--8708114	26	3.4	26	90	0	124	35	17	3	42	1.66
8714412--8714493	35	2.3	35	87	4	112	21	28	17	32	1.96
8717742--8717815	20	3.7	20	78	7	87	45	14	0	39	1.45
8717743--8717822	40	2.0	40	97	0	151	43	17	0	38	1.49
8718066--8718322	115	2.2	115	88	2	365	32	14	15	37	1.88
8721252--8721297	21	2.2	21	88	0	65	28	26	23	21	1.99
8729747--8729813	33	2.0	33	97	0	125	38	28	11	20	1.88
8731930--8731985	27	2.1	27	100	0	112	28	17	17	35	1.93
8732797--8732838	16	2.6	17	77	11	52	66	2	4	26	1.23
8752547--8752577	16	1.9	16	93	0	53	9	12	6	70	1.31
8754183--8754282	37	2.7	39	78	17	106	42	3	3	52	1.32
8754297--8754343	18	2.7	18	80	12	53	44	0	2	53	1.12
8754336--8754376	14	2.7	14	88	11	55	41	2	4	51	1.36
8755706--8755755	24	2.1	24	85	3	66	8	6	24	62	1.46
8757194--8757510	63	5.0	63	82	2	298	27	6	32	33	1.83
8759077--8759179	50	2.0	52	88	7	158	48	6	1	42	1.40
8760033--8760082	21	2.3	21	80	10	57	48	0	2	50	1.12
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
8762138--8762239	54	1.9	53	84	9	138	45	0	26	28	1.54
8766709--8766755	17	2.7	17	81	15	60	65	4	0	29	1.11
8766707--8766752	18	2.5	18	83	13	58	65	4	0	30	1.12
8766828--8766876	15	3.3	15	80	2	55	83	2	2	12	0.82
8766811--8766882	30	2.3	32	81	11	80	76	2	2	18	1.03
8768594--8768618	5	5.0	5	100	0	50	20	0	0	80	0.72
8771477--8771630	27	5.7	27	71	8	93	29	24	10	35	1.89
8771477--8771630	54	2.9	54	80	8	145	29	24	10	35	1.89
8772966--8773010	19	2.4	19	80	0	54	4	20	22	53	1.63
8774984--8775022	15	2.6	15	91	0	69	56	2	0	41	1.13
8775110--8775146	15	2.5	15	100	0	74	51	5	0	43	1.24
8774976--8775379	116	3.2	122	89	9	595	48	6	7	37	1.56
8775226--8775262	15	2.5	15	100	0	74	51	5	0	43	1.24
8775280--8775620	170	2.0	170	100	0	682	39	8	10	41	1.71
8776446--8776493	18	2.7	18	96	0	87	35	12	12	39	1.81
8776891--8777063	72	2.4	72	79	7	199	24	7	12	54	1.63
8778826--8778886	19	3.1	19	81	9	70	47	1	0	50	1.10
8779114--8779187	13	5.7	13	83	0	76	39	25	6	28	1.81
8779111--8779187	26	3.0	26	80	0	91	37	24	6	31	1.81
8783585--8783643	27	2.2	27	93	0	100	30	20	18	30	1.96
8787671--8787735	27	2.4	27	89	0	94	36	10	9	43	1.72
8789102--8789154	20	2.5	20	77	22	56	66	16	1	15	1.35
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
8805613--8805663	25	2.0	25	85	7	68	29	23	19	27	1.98
8808475--8808527	26	2.2	24	81	18	65	35	15	26	22	1.93
8808515--8808582	26	2.6	26	95	0	118	36	22	23	17	1.94
8808757--8809088	27	12.3	27	81	4	294	18	16	20	44	1.87
8811316--8811360	22	2.0	22	100	0	90	28	26	8	35	1.87
8813703--8813870	27	6.2	27	80	0	183	17	16	21	44	1.87
8813698--8813860	81	2.0	81	85	0	218	18	16	21	43	1.88
8814608--8814643	7	5.1	7	96	0	54	50	0	50	0	1.00
8817862--8817973	25	4.5	24	74	6	89	22	22	18	36	1.95
8817861--8817973	50	2.3	50	79	0	118	22	23	18	36	1.95

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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