genome.fa.s5.2.7.7.80.10.50.1000.86.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Dt_chr8
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  56894857

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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          129   130   131   132   133   134   135   136   137   138   139   140   141   142   143   144   
          145   146   147   148   149   150   151   152   153   154   155   156   157   158   159   160   
          161   162   163   164   165   166   167   168   169   170   171   172   173   174   175   176   
          177   178   179   180   181   182   183   184   185   

This is table  86  of  185  ( 22150 repeats found )

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
27164194--27164347	54	3.0	53	89	7	228	13	21	18	46	1.83
27179271--27179300	6	5.0	6	100	0	60	33	0	0	66	0.92
27183305--27183333	4	7.2	4	100	0	58	24	51	0	24	1.48
27193189--27193529	69	4.9	69	70	7	190	29	25	17	27	1.97
27193111--27193718	138	4.4	137	77	4	436	30	23	16	28	1.97
27194002--27194412	208	2.0	208	98	0	786	35	13	12	37	1.84
27197035--27197207	46	3.7	44	82	13	170	26	17	30	26	1.97
27198279--27198317	19	2.0	21	90	10	64	10	35	28	25	1.89
27200354--27200420	27	2.5	27	87	4	91	19	28	37	14	1.91
27200559--27200588	3	10.0	3	100	0	60	33	0	66	0	0.92
27200701--27200754	27	2.0	26	86	13	74	40	0	9	50	1.35
27200916--27200940	12	2.1	12	100	0	50	44	16	16	24	1.86
27201129--27201170	16	2.6	16	82	14	50	71	7	9	11	1.31
27201507--27201587	30	3.1	25	73	16	74	70	4	2	22	1.19
27201204--27201730	154	3.5	153	89	4	793	59	7	5	27	1.46
27201661--27201686	11	2.4	11	100	0	52	76	0	0	23	0.78
27201661--27201694	12	2.9	12	91	4	52	70	0	2	26	1.01
27201694--27201728	17	2.0	18	88	5	54	68	0	2	28	1.04
27229440--27229497	29	2.0	29	100	0	116	34	6	6	51	1.55
27237795--27237843	20	2.5	19	77	9	53	32	8	0	59	1.27
27237896--27237941	20	2.2	21	81	14	60	54	2	4	39	1.32
27248131--27248166	18	2.0	18	100	0	72	27	11	33	27	1.91
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
27250190--27250258	32	2.2	32	83	0	84	26	24	33	15	1.95
27255793--27255951	46	3.6	45	75	8	132	18	20	16	44	1.87
27257326--27257374	25	1.9	25	87	4	71	16	10	10	63	1.52
27258812--27258989	27	6.6	27	84	3	205	29	28	15	26	1.96
27258833--27258988	82	1.9	81	88	3	233	29	28	15	26	1.96
27261124--27261179	27	2.1	27	96	0	103	42	14	19	23	1.88
27262201--27262234	6	5.7	6	85	0	50	35	0	44	20	1.52
27262903--27262935	17	2.0	17	88	5	50	18	0	6	75	1.00
27264913--27264958	6	7.7	6	85	0	56	17	30	0	52	1.45
27265684--27265719	14	2.6	14	100	0	72	36	22	13	27	1.92
27270728--27270839	27	4.2	26	85	7	143	37	23	24	15	1.93
27270728--27270839	54	2.1	54	88	3	163	37	23	24	15	1.93
27272257--27272327	24	3.0	24	85	0	106	23	38	2	35	1.70
27273832--27273869	14	2.4	17	87	12	55	47	0	0	52	1.00
27273952--27273984	15	2.1	16	88	5	50	54	0	0	45	0.99
27273950--27274027	12	6.1	12	75	18	52	43	0	1	55	1.08
27273799--27274084	157	1.8	157	80	8	341	47	3	7	41	1.49
27274576--27274619	23	1.9	24	90	9	74	54	0	20	25	1.45
27277563--27277637	3	25.3	3	90	2	98	36	1	4	58	1.25
27277844--27277902	25	2.5	24	81	13	68	45	5	10	38	1.60
27278865--27278898	15	2.3	15	89	0	50	38	2	17	41	1.65
27287296--27287348	27	2.0	27	81	7	63	54	1	1	41	1.22
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
27290699--27290749	19	2.6	20	75	6	50	54	3	0	41	1.19
27294503--27294576	29	2.5	29	84	8	87	51	4	1	43	1.29
27296320--27296487	86	2.0	86	91	0	273	36	11	14	38	1.82
27299788--27299972	43	4.3	43	92	0	289	27	30	19	23	1.98
27307357--27307448	39	2.3	39	88	5	132	25	28	22	23	2.00
27307338--27307501	40	4.1	40	78	10	167	24	26	23	25	2.00
27310283--27310350	14	4.9	14	77	0	73	36	42	0	20	1.52
27310276--27310350	28	2.7	28	93	4	125	40	40	0	20	1.52
27310257--27310425	29	5.9	28	80	8	92	43	33	0	22	1.53
27310307--27310370	22	2.9	22	86	6	85	40	40	0	18	1.51
27310802--27310941	40	3.6	38	75	12	122	30	20	20	27	1.98
27311011--27311101	39	2.3	39	90	0	137	20	20	23	35	1.96
27311108--27311134	12	2.2	12	100	0	54	44	33	14	7	1.73
27311303--27311335	7	4.7	7	100	0	66	39	0	15	45	1.46
27312939--27312978	20	2.0	20	85	0	53	37	12	0	50	1.41
27315583--27315617	17	2.1	18	89	10	56	31	17	8	42	1.79
27315681--27315707	14	1.9	14	100	0	54	44	11	0	44	1.39
27321599--27321637	18	2.2	18	85	0	51	25	35	0	38	1.56
27321601--27321654	21	2.6	21	84	0	63	25	35	5	33	1.80
27323758--27323836	37	2.1	37	88	4	115	25	30	18	25	1.98
27330628--27330735	57	1.9	57	92	3	182	49	12	17	20	1.79
27333849--27334015	56	2.9	55	78	10	167	32	32	16	19	1.94
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
27336770--27336812	15	2.9	15	92	0	68	16	13	13	55	1.69
27352520--27352782	40	6.6	39	86	4	278	25	27	21	25	1.99
27352520--27352782	120	2.2	119	82	4	307	25	27	21	25	1.99
27352714--27352791	40	1.9	41	82	10	97	26	28	20	24	1.99
27360470--27360732	40	6.6	39	86	4	278	25	27	21	25	1.99
27360470--27360732	120	2.2	119	82	4	307	25	27	21	25	1.99
27360664--27360741	40	1.9	41	82	10	97	26	28	20	24	1.99
27365539--27365575	17	2.2	17	95	0	65	37	10	10	40	1.75
27369756--27369793	19	2.0	19	100	0	76	36	5	21	36	1.76
27377882--27378104	48	4.6	48	88	0	320	29	16	27	26	1.97
27384656--27384805	50	3.0	50	80	3	185	26	15	27	30	1.96
27387911--27388182	1	272.0	1	100	0	544	100	0	0	0	0.00
27400828--27401006	48	3.7	47	82	5	207	25	20	28	25	1.99
27400828--27401011	96	1.9	97	88	3	282	26	21	28	24	1.99
27401942--27402097	47	3.5	46	69	18	141	30	14	20	34	1.92
27401942--27402140	85	2.3	85	88	1	308	30	14	21	33	1.93
27402066--27402142	38	2.0	38	92	0	127	28	14	27	29	1.95
27404802--27404997	40	4.9	40	83	2	250	23	27	24	23	2.00
27404790--27404997	80	2.6	79	89	3	310	24	27	24	24	2.00
27408662--27408703	15	2.8	15	88	0	66	16	16	14	52	1.75
27410949--27411157	38	5.0	38	71	19	157	29	15	24	30	1.96
27410987--27411117	48	2.8	48	84	1	174	31	16	22	30	1.95
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
27426365--27426525	43	3.8	43	75	8	141	27	14	26	31	1.95
27428348--27428570	95	2.3	95	80	9	249	24	30	19	25	1.98
27428348--27428582	48	4.9	47	78	7	224	25	31	18	24	1.98
27434793--27434838	21	2.1	21	84	8	56	28	26	28	17	1.98
27441715--27441836	42	2.8	43	84	7	149	27	27	19	26	1.99
27449776--27450001	48	4.7	46	77	8	186	23	30	19	26	1.98
27449774--27450023	96	2.6	96	85	2	306	24	30	19	25	1.98
27449820--27450023	48	4.2	48	79	6	234	24	31	19	25	1.98
27449824--27450098	137	2.0	140	81	10	330	23	30	18	27	1.98
27451208--27452128	460	2.0	460	99	0	1815	40	22	8	28	1.84
27451842--27452856	508	2.0	508	99	0	1994	40	21	9	28	1.84
27460435--27460604	85	2.0	85	79	10	186	35	25	17	22	1.95
27461877--27461939	27	2.3	27	83	5	74	26	19	17	36	1.94
27461918--27462227	53	5.8	53	74	10	224	32	9	19	39	1.83
27461919--27462179	79	3.3	78	77	6	249	33	8	18	39	1.82
27461918--27462227	27	11.7	27	76	11	255	32	9	19	39	1.83
27462544--27462607	28	2.3	28	86	0	83	26	37	17	18	1.93
27464251--27464331	41	2.0	40	97	0	144	19	35	19	23	1.95
27472513--27472619	53	2.0	53	92	3	180	25	23	14	37	1.92
27492216--27492320	41	2.6	40	80	4	111	29	22	21	25	1.99
27492252--27492343	41	2.2	41	94	0	157	28	18	20	32	1.96
27492460--27492590	61	2.1	61	81	2	156	40	16	8	35	1.78
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
27492542--27492684	65	2.2	65	82	5	164	41	15	9	33	1.78
27500197--27500332	41	3.3	41	82	2	157	29	16	20	33	1.94
27506095--27506169	33	2.3	33	83	0	87	49	17	14	18	1.80
27508677--27508911	50	4.7	50	90	0	344	29	16	25	28	1.97
27510065--27510100	18	2.0	18	88	0	54	33	0	22	44	1.53
27515904--27515936	13	2.7	13	90	9	52	36	12	15	36	1.84
27520537--27520579	19	2.2	20	80	12	54	34	16	0	48	1.46
27520657--27520750	45	2.1	45	87	0	134	31	23	18	26	1.97
27520752--27520832	26	3.2	26	64	22	62	30	29	17	22	1.96
27520756--27520942	51	3.7	50	79	4	205	29	28	17	24	1.97

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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