genome.fa.s5.2.7.7.80.10.50.1000.28.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Dt_chr8
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  56894857

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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This is table  28  of  185  ( 22150 repeats found )

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
8324488--8324601	17	6.8	18	70	18	93	35	14	12	37	1.83
8324534--8324592	30	2.0	29	90	3	91	35	13	11	38	1.82
8324621--8324664	17	2.5	18	81	7	63	22	13	15	47	1.81
8324523--8324802	105	2.6	105	86	5	323	30	12	13	43	1.81
8324563--8324802	105	2.3	107	90	4	375	28	12	13	44	1.81
8324726--8325014	37	7.8	36	74	16	252	30	14	11	43	1.81
8324715--8324815	44	2.3	44	86	3	132	25	11	12	49	1.75
8324779--8324826	18	2.6	18	73	3	51	39	12	6	41	1.68
8324771--8325014	72	3.4	72	84	6	298	31	15	10	42	1.81
8324794--8325000	18	11.5	18	66	14	88	31	14	10	43	1.79
8325058--8325094	18	2.1	18	90	10	58	40	16	10	32	1.83
8325139--8325170	16	2.0	16	93	0	55	53	0	9	37	1.34
8336150--8336193	13	3.4	12	84	12	52	86	6	4	2	0.77
8336149--8336194	20	2.3	20	85	3	58	84	8	4	2	0.83
8337151--8337986	76	10.7	76	81	10	807	29	16	19	35	1.94
8337051--8337986	154	5.9	155	81	9	875	28	16	18	36	1.93
8337538--8337785	86	3.0	86	78	14	288	31	15	18	34	1.92
8339651--8339696	17	2.6	17	83	12	58	30	13	8	47	1.72
8339760--8339862	17	6.3	17	71	15	92	37	13	11	36	1.81
8339758--8339823	35	1.9	35	87	3	98	37	15	12	34	1.84
8339804--8339862	30	2.0	29	90	3	91	35	13	11	38	1.82
8339759--8339871	18	6.8	18	70	19	93	36	15	12	36	1.85
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
8339891--8339934	17	2.5	18	81	7	63	22	13	15	47	1.81
8339793--8340030	106	2.2	105	85	5	309	29	12	13	44	1.81
8339833--8340072	105	2.3	107	89	4	375	29	12	13	45	1.80
8340037--8340272	37	6.6	35	83	10	282	32	14	10	42	1.80
8339985--8340085	44	2.3	44	86	3	132	25	11	12	49	1.75
8340050--8340270	18	12.3	17	68	14	122	32	14	10	42	1.80
8340041--8340272	72	3.2	73	89	7	350	32	14	10	41	1.81
8340407--8340447	19	2.2	20	83	12	52	46	2	12	39	1.54
8343251--8343299	11	4.8	11	73	19	52	57	0	16	26	1.40
8343251--8343353	29	3.6	29	86	3	138	57	0	14	27	1.44
8343444--8343521	23	3.5	23	74	10	72	57	0	17	24	1.40
8343478--8343516	13	2.9	14	85	7	55	58	0	12	28	1.34
8343740--8343779	21	1.9	21	94	0	71	65	0	7	27	1.20
8343805--8343865	21	3.0	21	77	15	65	65	0	13	21	1.26
8343808--8343865	20	2.8	20	84	10	66	67	0	12	20	1.22
8343822--8343853	16	2.0	16	93	0	55	65	0	12	21	1.25
8343827--8343862	16	2.3	15	90	4	54	66	0	11	22	1.22
8343937--8344066	5	23.4	5	71	18	80	50	0	16	32	1.51
8343937--8344077	28	4.8	28	76	13	142	49	0	17	32	1.51
8343937--8344077	57	2.4	59	87	9	191	49	0	17	32	1.51
8343937--8344066	12	11.7	10	72	18	80	50	0	16	32	1.51
8343938--8344066	23	5.8	21	73	15	75	49	0	17	32	1.52
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
8343993--8344066	33	2.2	33	88	4	105	52	0	17	29	1.45
8344048--8344101	17	3.1	17	75	24	58	57	0	12	29	1.36
8344163--8344216	22	2.5	21	84	6	72	64	0	11	24	1.25
8344177--8344217	16	2.6	16	84	0	55	63	0	7	29	1.21
8344204--8344254	22	2.4	21	81	9	59	60	0	25	13	1.33
8344204--8344253	5	9.6	5	78	8	55	60	0	26	14	1.34
8346736--8346785	19	2.5	20	75	21	50	38	4	0	58	1.17
8354790--8355068	88	3.1	88	94	2	461	53	15	6	25	1.65
8355125--8355149	7	3.6	7	100	0	50	48	28	0	24	1.52
8355508--8355623	60	1.9	60	94	0	205	37	22	8	31	1.84
8356660--8356717	29	2.0	29	96	0	107	32	13	6	46	1.70
8356811--8356844	6	5.7	6	100	0	68	47	0	0	52	1.00
8357107--8357144	14	2.7	14	76	15	51	31	10	0	57	1.32
8358836--8358887	22	2.4	22	86	0	68	13	23	17	46	1.83
8358850--8358900	22	2.3	22	82	0	57	11	27	19	41	1.86
8360085--8360145	24	2.5	23	80	15	61	45	0	4	49	1.23
8360062--8360143	35	2.4	34	80	8	94	47	0	3	48	1.19
8361202--8361298	40	2.5	38	84	5	113	30	6	21	41	1.78
8362768--8362837	27	2.6	27	88	0	104	18	28	20	32	1.96
8362775--8362853	27	2.9	28	84	3	81	17	26	18	36	1.94
8372034--8372070	7	5.3	7	93	0	65	37	0	16	45	1.47
8376246--8376472	43	5.4	42	77	11	232	22	15	25	35	1.94
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
8376246--8376472	85	2.7	84	91	0	346	22	15	25	35	1.94
8399167--8399306	50	2.8	51	80	6	167	30	27	15	26	1.96
8401287--8401329	22	1.9	23	85	4	61	30	13	13	41	1.84
8405715--8405803	26	3.3	26	65	9	70	40	7	3	48	1.49
8408511--8408708	73	2.8	72	83	9	244	27	29	0	42	1.60
8408606--8408649	19	2.2	20	84	4	54	27	22	0	50	1.50
8408656--8408783	53	2.4	54	82	5	143	27	33	2	36	1.70
8418555--8418597	5	8.4	5	97	2	77	20	0	0	79	0.74
8419737--8419794	19	2.7	22	84	10	68	36	8	17	37	1.80
8420693--8420718	5	5.2	5	100	0	52	19	0	0	80	0.71
8424731--8424799	31	2.2	31	79	5	77	33	14	13	39	1.85
8426610--8426734	36	3.6	36	72	12	118	31	28	13	26	1.94
8426646--8426707	30	2.1	30	84	0	79	29	30	12	27	1.93
8426629--8426774	66	2.2	66	86	0	193	30	26	13	28	1.94
8430769--8430820	3	17.3	3	100	0	104	67	0	0	32	0.91
8431207--8432156	474	2.0	474	100	0	1900	36	17	17	29	1.93
8458438--8458476	21	1.9	21	89	5	62	43	2	5	48	1.38
8464276--8464300	13	1.9	13	100	0	50	48	16	0	36	1.46
8468899--8468936	17	2.2	17	86	9	51	47	7	2	42	1.46
8471884--8471909	12	2.2	12	100	0	52	30	7	23	38	1.83
8473346--8473392	21	2.2	22	81	11	53	42	8	21	27	1.81
8474672--8474711	21	2.0	21	85	5	55	52	5	12	30	1.60
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
8481944--8482150	114	1.8	114	84	0	288	34	15	15	33	1.90
8484388--8484433	20	2.3	20	88	0	65	52	15	6	26	1.67
8488970--8489008	20	2.0	20	94	0	69	48	15	5	30	1.66
8490261--8490346	34	2.6	33	77	17	90	41	2	2	53	1.26
8492599--8492688	39	2.3	40	82	7	112	21	26	25	26	1.99
8495644--8495677	4	8.5	4	100	0	68	76	0	0	23	0.79
8502287--8502324	19	2.0	19	89	0	58	13	7	7	71	1.31
8503245--8503285	7	5.9	7	86	11	57	70	0	17	12	1.16
8503245--8503287	21	2.1	20	91	4	68	67	0	18	13	1.23
8504553--8505442	132	6.8	132	87	3	1274	28	19	23	27	1.98
8504553--8505442	265	3.4	262	89	4	1326	28	19	23	27	1.98
8510286--8510374	26	3.4	26	78	3	97	29	2	5	62	1.30
8510895--8510932	17	2.2	18	90	4	60	21	2	13	63	1.42
8520829--8520946	51	2.3	51	83	0	146	46	10	12	30	1.75
8529577--8529633	25	2.3	25	79	8	64	68	1	28	1	1.09
8537836--8537889	26	2.0	27	85	7	74	57	0	3	38	1.17
8537794--8537879	43	2.1	42	82	10	106	54	2	8	34	1.43
8538614--8538638	10	2.5	10	100	0	50	92	0	0	8	0.40
8539826--8539859	11	3.1	11	86	0	50	17	35	2	44	1.64
8539822--8539875	22	2.5	22	80	16	60	22	31	1	44	1.63
8539841--8539942	51	2.0	53	84	7	138	27	20	0	50	1.54
8539890--8539935	22	2.1	22	87	0	65	26	19	0	54	1.44
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
8542353--8542552	21	9.5	21	88	7	291	43	31	0	25	1.55
8542527--8542579	27	1.9	28	92	3	90	39	30	1	28	1.67
8542559--8542587	15	1.9	15	100	0	58	48	20	0	31	1.50
8542634--8542847	112	1.9	111	86	3	304	42	10	7	38	1.68
8547400--8547841	125	3.5	125	89	1	672	28	21	17	32	1.96
8549689--8549727	21	1.9	20	89	5	60	64	2	2	30	1.21
8557168--8557195	5	5.6	5	100	0	56	57	0	0	42	0.99
8558311--8558341	15	2.1	15	93	0	53	54	0	0	45	0.99
8559106--8559146	20	2.0	20	85	4	55	43	7	7	41	1.60
8559908--8559960	9	5.4	9	77	16	52	13	16	1	67	1.31

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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