genome.fa.s5.2.7.7.80.10.50.1000.30.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Dt_chr8
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  56894857

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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This is table  30  of  185  ( 22150 repeats found )

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
8823267--8823369	25	4.0	25	69	20	70	31	5	1	61	1.31
8823302--8823373	17	4.2	18	66	13	53	30	8	0	61	1.26
8823771--8823801	11	2.9	11	95	4	55	25	0	0	74	0.82
8829562--8829752	88	2.2	88	86	1	267	29	25	25	19	1.99
8829767--8830021	44	5.8	44	87	1	332	30	18	21	29	1.97
8829783--8830021	132	1.8	132	88	1	372	30	17	21	30	1.96
8829763--8830050	132	2.2	132	83	5	370	29	19	21	29	1.98
8829767--8830050	88	3.2	88	83	6	326	30	19	21	28	1.97
8830606--8830717	44	2.5	44	73	13	113	30	16	25	26	1.97
8831472--8831496	7	3.6	7	100	0	50	12	0	0	88	0.53
8834070--8834114	16	2.8	16	96	0	81	42	4	28	24	1.74
8834104--8834196	44	2.1	44	81	4	105	32	4	27	35	1.77
8851625--8851751	28	4.5	28	87	0	173	29	11	27	30	1.92
8851625--8851751	56	2.3	56	90	0	191	29	11	27	30	1.92
8852472--8852964	46	10.6	45	74	7	355	26	13	18	41	1.87
8852497--8852954	23	19.6	22	71	16	257	26	13	18	41	1.87
8852490--8852964	93	5.1	93	93	0	806	26	13	18	42	1.87
8858696--8858729	18	1.9	18	94	5	61	50	0	8	41	1.34
8862358--8862458	34	3.0	34	78	13	88	68	1	4	24	1.20
8862375--8862458	34	2.5	33	83	11	91	69	2	3	25	1.17
8862990--8863030	18	2.1	20	86	13	59	34	14	0	51	1.43
8866997--8867027	16	2.0	16	93	6	55	58	9	0	32	1.31
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
8871355--8871426	25	2.9	25	81	8	92	29	18	23	29	1.97
8878809--8879094	154	1.9	154	85	0	401	40	16	19	23	1.91
8898093--8898152	28	2.1	28	87	0	84	20	23	16	40	1.91
8914778--8914919	67	2.1	69	84	5	180	29	15	20	34	1.93
8915195--8915223	12	2.4	12	100	0	58	44	0	24	31	1.54
8923568--8923594	11	2.5	11	100	0	54	7	0	0	92	0.38
8926690--8926748	29	2.0	29	96	0	109	27	11	13	47	1.78
8930318--8930349	5	6.4	5	100	0	64	18	0	0	81	0.70
8945896--8945940	2	22.5	2	100	0	90	0	48	0	51	1.00
8949578--8949701	59	2.1	60	84	4	162	36	5	16	41	1.72
8955225--8955281	28	2.0	27	89	6	78	29	3	0	66	1.08
8956458--8956496	18	2.2	17	86	13	53	33	0	20	46	1.51
8956722--8956797	23	3.3	23	88	0	116	25	21	23	30	1.99
8958765--8958800	17	2.1	17	94	0	63	22	19	5	52	1.66
8979046--8979223	50	3.6	50	81	3	164	26	22	29	21	1.99
8986567--8986805	50	4.7	50	76	8	180	26	19	28	25	1.99
9015820--9015893	19	3.5	21	75	13	62	33	8	17	40	1.79
9015835--9015893	23	2.6	23	79	10	59	33	6	18	40	1.77
9016246--9016885	322	2.0	322	99	0	1271	32	16	11	40	1.84
9019129--9019323	66	2.9	66	85	5	250	32	13	21	32	1.92
9019287--9019344	22	2.6	22	83	0	71	29	12	22	36	1.90
9023788--9023851	18	3.5	18	69	12	58	23	9	7	59	1.54
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
9023785--9023859	37	2.0	37	92	0	123	24	9	8	58	1.56
9023839--9023867	15	1.9	15	100	0	58	34	3	6	55	1.44
9029700--9029745	13	2.9	17	72	24	55	15	39	26	19	1.91
9029970--9030045	13	6.1	13	65	9	50	56	0	1	42	1.07
9029970--9030046	22	3.3	22	74	15	73	57	0	1	41	1.07
9032886--9032939	23	2.5	20	78	21	56	35	20	0	44	1.52
9032976--9033067	45	2.0	45	89	0	139	33	21	17	27	1.96
9033071--9033209	51	2.7	51	84	4	190	30	27	17	23	1.97
9035330--9035399	27	2.6	27	78	10	81	37	15	7	40	1.75
9043668--9043753	28	3.1	27	83	5	109	34	23	24	17	1.96
9044082--9044443	54	6.7	54	79	6	227	25	20	18	34	1.96
9044140--9044471	27	12.4	27	85	0	355	25	20	18	35	1.95
9046794--9047010	37	5.9	37	78	7	208	40	28	11	19	1.86
9049628--9049662	6	5.8	6	100	0	70	17	31	0	51	1.45
9050248--9050278	16	1.9	16	100	0	62	45	16	25	12	1.83
9056790--9056833	2	22.0	2	100	0	88	0	50	0	50	1.00
9057544--9057570	14	1.9	14	100	0	54	44	7	40	7	1.60
9063289--9063525	51	4.7	50	82	6	275	29	24	15	29	1.96
9063285--9063525	99	2.4	100	80	9	278	29	24	15	29	1.96
9070289--9070573	51	5.7	50	82	4	272	30	25	14	29	1.95
9089897--9090018	29	4.2	29	92	0	208	36	14	24	23	1.93
9091765--9091792	8	3.5	8	100	0	56	25	0	0	75	0.81
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
9100652--9100768	57	2.0	60	81	6	141	27	7	8	56	1.57
9105558--9105606	21	2.3	20	89	6	71	59	0	4	36	1.17
9105556--9105619	31	2.1	31	82	11	78	59	1	3	35	1.23
9105715--9105814	19	5.5	18	74	17	73	61	1	5	33	1.25
9105715--9105825	18	6.1	19	74	18	69	60	0	4	34	1.23
9105897--9105937	18	2.3	17	87	8	55	73	0	2	24	0.96
9106238--9106334	33	2.8	35	72	20	89	49	1	3	46	1.24
9106975--9107017	16	2.7	16	82	7	52	34	0	0	65	0.93
9107150--9107175	11	2.4	11	100	0	52	26	0	0	73	0.84
9107878--9107994	3	39.0	3	100	0	234	66	0	0	33	0.92
9109563--9109596	15	2.3	15	89	0	50	50	5	5	38	1.51
9112739--9112789	23	2.2	23	89	6	77	29	9	19	41	1.84
9114453--9114499	5	9.8	5	84	6	62	23	2	34	40	1.67
9119813--9119964	9	16.6	9	69	23	70	33	1	3	61	1.20
9119812--9119870	26	2.2	26	85	8	75	30	1	1	66	1.12
9119813--9119890	18	4.6	16	78	13	84	32	1	2	64	1.15
9120009--9120080	29	2.4	29	81	4	81	23	13	15	47	1.81
9133300--9133341	22	1.9	22	85	0	57	52	2	19	26	1.58
9134160--9134212	19	2.7	21	80	14	67	33	0	7	58	1.26
9138318--9138359	22	1.9	22	85	0	57	52	2	19	26	1.58
9154830--9154865	18	1.9	18	88	5	54	58	2	0	38	1.13
9154840--9154905	30	2.2	29	82	15	80	56	0	0	43	0.99
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
9154972--9154997	9	2.9	9	100	0	52	42	0	0	57	0.98
9161704--9161891	68	2.8	68	85	0	241	35	15	24	23	1.94
9164675--9164881	27	7.7	27	80	4	229	41	21	15	21	1.90
9164675--9164866	54	3.6	54	86	2	269	42	20	16	20	1.89
9171919--9171965	7	7.3	7	88	7	57	78	12	8	0	0.95
9171892--9171965	6	12.3	6	75	12	55	78	12	8	1	1.02
9172507--9172546	19	2.0	20	85	4	55	77	2	5	15	1.04
9175937--9175976	21	1.9	21	90	10	64	65	5	7	22	1.38
9176894--9177001	37	2.9	37	87	5	155	18	17	29	34	1.94
9189412--9189450	17	2.3	17	86	0	51	2	17	2	76	1.01
9198463--9198557	38	2.5	38	80	0	109	26	12	26	34	1.92
9201117--9201219	52	2.0	52	94	0	179	47	13	23	15	1.81
9205122--9205168	11	3.9	12	83	11	53	72	2	4	21	1.12
9208807--9208984	27	6.6	27	83	3	205	26	15	28	29	1.96
9208808--9208963	82	1.9	81	88	3	233	26	15	28	29	1.96
9208804--9208984	82	2.2	81	83	2	229	27	15	27	29	1.96
9210587--9210627	21	2.0	21	81	18	50	12	12	14	60	1.58
9217867--9217923	26	2.2	25	79	11	62	17	26	22	33	1.96
9217874--9217938	26	2.5	27	85	5	80	16	24	24	33	1.96
9217953--9218002	24	2.1	24	88	0	73	16	26	22	36	1.94
9220738--9220800	1	63.0	1	96	0	117	0	98	0	1	0.12
9229353--9229396	22	2.0	22	100	0	88	27	22	9	40	1.84
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
9237591--9237676	20	4.3	20	76	10	86	10	30	18	40	1.84
9241468--9241675	25	8.3	25	75	6	143	35	20	18	25	1.96
9241452--9241634	50	3.6	50	77	3	181	36	24	16	22	1.94
9241495--9241676	75	2.4	75	80	3	188	35	20	18	26	1.95
9244650--9244701	26	2.0	27	84	3	70	26	1	3	67	1.18
9244670--9244716	17	2.9	16	85	14	62	27	0	2	70	0.99
9244660--9244717	16	3.4	16	77	15	55	25	1	1	70	1.06
9244721--9244776	16	3.2	16	76	14	58	39	0	0	60	0.97
9249078--9249105	2	14.0	2	100	0	56	0	0	50	50	1.00
9252607--9252667	30	2.0	30	96	0	113	6	11	26	55	1.59

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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